ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55375

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.014, 0.027, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.021, 0.044, 0.068, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.044 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.019, 0.045, 0.071, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.045 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.021, 0.047, 0.074, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.047 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.019, 0.047, 0.075, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.047 std_dev=0.028
C4 B 0, 0.084, 0.167, 0.249, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.167 std_dev=0.082
N3 B 0, 0.150, 0.320, 0.491, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.320 std_dev=0.171
C5 B 0, 0.075, 0.251, 0.428, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.251 std_dev=0.177
N9 B 0, 0.062, 0.241, 0.419, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.241 std_dev=0.179
C2 B 0, 0.107, 0.389, 0.672, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.389 std_dev=0.282
C2' A 0, -0.098, 0.190, 0.478, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.190 std_dev=0.288
O4' A 0, -0.100, 0.192, 0.483, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.192 std_dev=0.291
C8 B 0, 0.043, 0.336, 0.629, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.336 std_dev=0.293
N7 B 0, 0.066, 0.367, 0.669, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.367 std_dev=0.301
C6 B 0, 0.015, 0.341, 0.667, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.341 std_dev=0.326
C1' B 0, 0.042, 0.381, 0.720, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.381 std_dev=0.339
N1 B 0, 0.050, 0.395, 0.741, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.395 std_dev=0.345
O4' B 0, 0.054, 0.528, 1.001, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.528 std_dev=0.473
O5' B 0, 0.135, 0.619, 1.102, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.619 std_dev=0.483
N6 B 0, 0.007, 0.520, 1.033, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.520 std_dev=0.513
C4' A 0, -0.180, 0.352, 0.884, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.352 std_dev=0.532
C2' B 0, -0.115, 0.455, 1.026, 2.018 max_d=2.018 avg_d=0.455 std_dev=0.570
P B 0, 0.010, 0.585, 1.160, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.585 std_dev=0.575
C5' B 0, -0.013, 0.576, 1.165, 2.180 max_d=2.180 avg_d=0.576 std_dev=0.589
O2' A 0, -0.182, 0.411, 1.004, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.411 std_dev=0.593
O2' B 0, -0.108, 0.486, 1.081, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.486 std_dev=0.595
C3' A 0, -0.207, 0.402, 1.010, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.402 std_dev=0.609
C5' A 0, -0.171, 0.444, 1.059, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.444 std_dev=0.615
C4' B 0, -0.042, 0.574, 1.190, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.574 std_dev=0.616
C3' B 0, -0.077, 0.596, 1.269, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.596 std_dev=0.673
O5' A 0, -0.336, 0.685, 1.705, 3.779 max_d=3.779 avg_d=0.685 std_dev=1.020
O3' A 0, -0.358, 0.672, 1.702, 2.908 max_d=2.908 avg_d=0.672 std_dev=1.030
OP2 B 0, -0.073, 0.981, 2.035, 3.240 max_d=3.240 avg_d=0.981 std_dev=1.054
O3' B 0, -0.215, 0.895, 2.006, 3.153 max_d=3.153 avg_d=0.895 std_dev=1.110
OP1 B 0, -0.221, 0.992, 2.204, 4.057 max_d=4.057 avg_d=0.992 std_dev=1.212
P A 0, -0.502, 1.005, 2.513, 5.636 max_d=5.636 avg_d=1.005 std_dev=1.508
OP1 A 0, -0.455, 1.270, 2.995, 6.306 max_d=6.306 avg_d=1.270 std_dev=1.725
OP2 A 0, -0.518, 1.316, 3.149, 6.522 max_d=6.522 avg_d=1.316 std_dev=1.833

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.24 0.02 0.47 0.25 0.27
C2 0.03 0.00 0.18 0.10 0.02 0.08 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.20 0.31 0.15 0.38 0.02 0.74 0.69 0.47
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.19 0.09 0.09 0.14 0.22 0.17 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.07 0.39 0.17 0.32
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.17 0.01 0.27 0.02 0.26 0.32 0.19 0.06 0.07 0.35 0.19 0.01 0.01 0.02 0.06 0.30 0.16 0.11 0.10
C4 0.02 0.02 0.09 0.17 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.16 0.07 0.46 0.01 0.81 0.71 0.55
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.20 0.05 0.13 0.08 0.19 0.08 0.24 0.03 0.00 0.02 0.10 0.07 0.15 0.06
C5 0.01 0.02 0.05 0.27 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.07 0.03 0.63 0.01 1.03 1.00 0.77
C5' 0.07 0.09 0.19 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.11 0.19 0.08 0.13 0.09 0.20 0.06 0.06 0.16 0.02 0.01 0.14 0.25 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.09 0.06 0.63 0.01 1.05 1.07 0.79
C8 0.01 0.02 0.09 0.32 0.01 0.20 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.28 0.16 0.11 0.70 0.02 1.05 0.91 0.82
N1 0.02 0.01 0.14 0.19 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.22 0.19 0.11 0.51 0.02 0.91 0.91 0.64
N2 0.05 0.01 0.22 0.06 0.02 0.13 0.02 0.13 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.23 0.42 0.18 0.30 0.03 0.66 0.60 0.36
N3 0.04 0.01 0.17 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.18 0.34 0.14 0.33 0.02 0.67 0.56 0.40
N7 0.01 0.02 0.05 0.35 0.01 0.19 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.30 0.18 0.07 0.76 0.02 1.18 1.15 0.94
N9 0.01 0.03 0.01 0.19 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.17 0.09 0.01 0.46 0.02 0.76 0.61 0.53
O2' 0.02 0.20 0.01 0.01 0.19 0.24 0.25 0.06 0.26 0.28 0.22 0.23 0.18 0.30 0.17 0.00 0.04 0.18 0.21 0.29 0.30 0.15 0.26
O3' 0.27 0.31 0.02 0.01 0.16 0.03 0.07 0.16 0.09 0.16 0.19 0.42 0.34 0.18 0.09 0.04 0.00 0.20 0.16 0.10 0.44 0.27 0.27
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.02 0.06 0.11 0.11 0.18 0.14 0.07 0.01 0.18 0.20 0.00 0.23 0.05 0.39 0.19 0.21
O5' 0.24 0.38 0.29 0.06 0.46 0.02 0.63 0.01 0.63 0.70 0.51 0.30 0.33 0.76 0.46 0.21 0.16 0.23 0.00 0.70 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.07 0.30 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.29 0.10 0.05 0.70 0.00 1.17 1.23 0.91
OP1 0.47 0.74 0.39 0.16 0.81 0.07 1.03 0.25 1.05 1.05 0.91 0.66 0.67 1.18 0.76 0.30 0.44 0.39 0.02 1.17 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.69 0.17 0.11 0.71 0.15 1.00 0.29 1.07 0.91 0.91 0.60 0.56 1.15 0.61 0.15 0.27 0.19 0.02 1.23 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.47 0.32 0.10 0.55 0.06 0.77 0.01 0.79 0.82 0.64 0.36 0.40 0.94 0.53 0.26 0.27 0.21 0.00 0.91 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.14 0.29 0.48 0.06 0.24 0.17 0.15 0.24 0.16 0.20 0.10 0.35 0.23 0.10 0.59 0.70 0.17 0.14 0.68 0.49 0.31
C2 0.09 0.25 0.12 0.43 0.07 0.18 0.12 0.20 0.16 0.21 0.24 0.18 0.27 0.26 0.09 0.40 0.43 0.10 0.32 1.04 0.74 0.32
C2' 0.20 0.17 0.30 0.52 0.15 0.27 0.20 0.20 0.24 0.19 0.21 0.15 0.32 0.25 0.16 0.50 0.75 0.20 0.19 0.70 0.54 0.29
C3' 0.79 0.50 0.94 0.46 0.57 0.57 0.47 0.57 0.40 0.59 0.42 0.59 0.39 0.47 0.67 1.13 0.43 0.71 0.66 0.72 0.19 0.74
C4 0.10 0.16 0.15 0.47 0.05 0.22 0.13 0.18 0.18 0.17 0.17 0.13 0.27 0.22 0.08 0.46 0.53 0.09 0.25 0.85 0.62 0.25
C4' 0.61 0.30 0.78 0.45 0.36 0.47 0.29 0.49 0.26 0.41 0.24 0.39 0.35 0.33 0.46 1.03 0.61 0.55 0.61 0.63 0.43 0.78
C5 0.12 0.16 0.17 0.48 0.07 0.26 0.14 0.22 0.17 0.15 0.14 0.15 0.27 0.21 0.08 0.39 0.47 0.10 0.28 0.77 0.61 0.20
C5' 0.63 0.36 0.82 0.54 0.38 0.52 0.25 0.47 0.22 0.34 0.26 0.45 0.27 0.25 0.45 1.07 0.75 0.54 0.58 0.34 0.63 0.66
C6 0.15 0.19 0.22 0.46 0.08 0.25 0.14 0.23 0.19 0.13 0.13 0.19 0.35 0.22 0.09 0.31 0.40 0.11 0.32 0.84 0.66 0.20
C8 0.11 0.15 0.17 0.50 0.07 0.30 0.14 0.23 0.16 0.17 0.14 0.14 0.23 0.23 0.07 0.51 0.64 0.13 0.23 0.55 0.55 0.26
N1 0.11 0.24 0.15 0.43 0.08 0.20 0.14 0.21 0.15 0.18 0.17 0.20 0.34 0.25 0.08 0.33 0.38 0.06 0.33 0.97 0.71 0.26
N2 0.10 0.28 0.12 0.41 0.08 0.17 0.12 0.23 0.17 0.24 0.29 0.19 0.25 0.28 0.11 0.40 0.41 0.14 0.35 1.13 0.80 0.38
N3 0.12 0.21 0.16 0.45 0.06 0.20 0.12 0.20 0.20 0.21 0.24 0.14 0.30 0.24 0.10 0.46 0.51 0.13 0.29 0.99 0.70 0.32
N7 0.15 0.18 0.20 0.51 0.09 0.33 0.14 0.27 0.18 0.16 0.17 0.16 0.24 0.20 0.10 0.41 0.54 0.16 0.28 0.60 0.57 0.22
N9 0.12 0.14 0.20 0.48 0.04 0.24 0.14 0.16 0.19 0.16 0.16 0.11 0.28 0.22 0.07 0.53 0.63 0.11 0.19 0.71 0.55 0.26
O2' 0.37 0.51 0.25 0.72 0.49 0.51 0.54 0.40 0.56 0.48 0.54 0.48 0.58 0.56 0.45 0.19 0.89 0.44 0.42 0.58 0.82 0.17
O3' 0.98 0.41 1.14 0.75 0.56 1.00 0.43 1.14 0.37 0.69 0.34 0.55 0.48 0.49 0.75 1.25 0.52 1.04 1.18 1.22 0.64 1.38
O4' 0.35 0.13 0.49 0.41 0.13 0.28 0.15 0.24 0.21 0.23 0.16 0.17 0.35 0.23 0.23 0.81 0.69 0.29 0.32 0.62 0.35 0.54
O5' 1.06 0.91 1.30 0.95 0.85 0.82 0.61 0.60 0.57 0.62 0.73 0.99 0.39 0.46 0.87 1.59 0.99 0.86 0.55 0.20 0.51 0.39
O6 0.21 0.19 0.31 0.48 0.11 0.31 0.16 0.28 0.26 0.11 0.20 0.22 0.41 0.19 0.12 0.26 0.38 0.18 0.34 0.78 0.66 0.17
OP1 1.49 1.35 1.78 1.48 1.22 1.26 0.90 0.95 0.87 0.84 1.09 1.45 0.64 0.66 1.21 2.06 1.45 1.26 0.89 0.24 0.69 0.61
OP2 1.50 1.57 1.70 1.27 1.36 1.08 1.08 0.75 1.11 0.91 1.35 1.62 0.90 0.80 1.28 2.15 1.20 1.19 0.68 0.27 0.54 0.42
P 1.37 1.19 1.62 1.32 1.09 1.15 0.79 0.84 0.74 0.78 0.95 1.30 0.50 0.59 1.11 1.96 1.40 1.16 0.71 0.26 0.53 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.19 0.68 0.15 0.19
C2 0.04 0.00 0.13 0.14 0.02 0.04 0.02 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.29 0.32 0.07 0.31 0.81 0.59 0.13
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.18 0.06 0.07 0.10 0.13 0.05 0.05 0.01 0.01 0.05 0.03 0.36 0.65 0.31 0.43
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.18 0.01 0.27 0.03 0.26 0.32 0.20 0.11 0.31 0.34 0.20 0.03 0.01 0.02 0.06 0.28 0.23 0.07
C4 0.02 0.02 0.06 0.18 0.00 0.06 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.19 0.03 0.34 0.79 0.55 0.13
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.11 0.17 0.07 0.03 0.14 0.17 0.09 0.23 0.04 0.01 0.02 0.33 0.19 0.10
C5 0.02 0.02 0.03 0.27 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.30 0.15 0.04 0.43 0.82 0.77 0.18
C5' 0.09 0.14 0.18 0.03 0.16 0.01 0.22 0.00 0.22 0.26 0.18 0.12 0.26 0.28 0.16 0.10 0.16 0.03 0.01 0.21 0.33 0.03
C6 0.03 0.01 0.06 0.26 0.02 0.11 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.33 0.17 0.05 0.43 0.82 0.85 0.19
C8 0.02 0.02 0.07 0.32 0.01 0.17 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.22 0.19 0.08 0.47 0.79 0.64 0.18
N1 0.04 0.00 0.10 0.20 0.02 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.32 0.23 0.05 0.37 0.82 0.75 0.15
N3 0.04 0.01 0.13 0.11 0.01 0.03 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.26 0.34 0.07 0.27 0.78 0.47 0.13
N6 0.03 0.02 0.05 0.31 0.02 0.14 0.02 0.26 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.35 0.18 0.06 0.48 0.81 0.99 0.25
N7 0.02 0.02 0.05 0.34 0.01 0.17 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.28 0.21 0.07 0.51 0.81 0.87 0.24
N9 0.01 0.02 0.01 0.20 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.17 0.13 0.02 0.32 0.76 0.43 0.13
O2' 0.03 0.29 0.01 0.03 0.25 0.23 0.30 0.10 0.33 0.22 0.32 0.26 0.35 0.28 0.17 0.00 0.07 0.17 0.29 0.57 0.32 0.39
O3' 0.27 0.32 0.05 0.01 0.19 0.04 0.15 0.16 0.17 0.19 0.23 0.34 0.18 0.21 0.13 0.07 0.00 0.19 0.14 0.42 0.31 0.18
O4' 0.01 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.02 0.17 0.19 0.00 0.10 0.63 0.12 0.18
O5' 0.19 0.31 0.36 0.06 0.34 0.02 0.43 0.01 0.43 0.47 0.37 0.27 0.48 0.51 0.32 0.29 0.14 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.68 0.81 0.65 0.28 0.79 0.33 0.82 0.21 0.82 0.79 0.82 0.78 0.81 0.81 0.76 0.57 0.42 0.63 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.59 0.31 0.23 0.55 0.19 0.77 0.33 0.85 0.64 0.75 0.47 0.99 0.87 0.43 0.32 0.31 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.13 0.43 0.07 0.13 0.10 0.18 0.03 0.19 0.18 0.15 0.13 0.25 0.24 0.13 0.39 0.18 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00