ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55377

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.018, 0.035, 0.053, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.035 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C6 B 0, 0.037, 0.264, 0.490, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.264 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.029, 0.271, 0.512, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.271 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.075, 0.316, 0.558, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.316 std_dev=0.242
C4 B 0, 0.037, 0.298, 0.558, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.298 std_dev=0.260
C2 B 0, 0.073, 0.338, 0.602, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.338 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.062, 0.336, 0.609, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.336 std_dev=0.273
N6 B 0, 0.009, 0.298, 0.587, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.298 std_dev=0.289
N7 B 0, 0.014, 0.343, 0.673, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.343 std_dev=0.329
N9 B 0, -0.010, 0.355, 0.721, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.355 std_dev=0.365
C8 B 0, -0.017, 0.385, 0.787, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.385 std_dev=0.402
C1' B 0, -0.053, 0.428, 0.909, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.428 std_dev=0.481
C2' B 0, -0.128, 0.538, 1.203, 2.285 max_d=2.285 avg_d=0.538 std_dev=0.666
O4' A 0, -0.335, 0.406, 1.147, 2.433 max_d=2.433 avg_d=0.406 std_dev=0.741
C2' A 0, -0.397, 0.400, 1.196, 2.589 max_d=2.589 avg_d=0.400 std_dev=0.796
O4' B 0, -0.219, 0.581, 1.382, 2.731 max_d=2.731 avg_d=0.581 std_dev=0.800
C3' B 0, -0.239, 0.568, 1.376, 2.750 max_d=2.750 avg_d=0.568 std_dev=0.807
C4' B 0, -0.234, 0.584, 1.401, 2.778 max_d=2.778 avg_d=0.584 std_dev=0.817
O2' B 0, -0.256, 0.730, 1.716, 3.374 max_d=3.374 avg_d=0.730 std_dev=0.986
C4' A 0, -0.465, 0.556, 1.576, 3.326 max_d=3.326 avg_d=0.556 std_dev=1.020
C3' A 0, -0.571, 0.527, 1.625, 3.616 max_d=3.616 avg_d=0.527 std_dev=1.098
O2' A 0, -0.507, 0.669, 1.846, 3.836 max_d=3.836 avg_d=0.669 std_dev=1.177
O3' B 0, -0.501, 0.732, 1.965, 4.103 max_d=4.103 avg_d=0.732 std_dev=1.233
O3' A 0, -0.613, 0.650, 1.914, 4.201 max_d=4.201 avg_d=0.650 std_dev=1.264
C5' B 0, -0.772, 0.935, 2.643, 5.704 max_d=5.704 avg_d=0.935 std_dev=1.707
C5' A 0, -0.927, 1.008, 2.943, 6.275 max_d=6.275 avg_d=1.008 std_dev=1.935
O5' B 0, -0.931, 1.128, 3.187, 6.844 max_d=6.844 avg_d=1.128 std_dev=2.059
O5' A 0, -1.193, 1.107, 3.407, 7.573 max_d=7.573 avg_d=1.107 std_dev=2.300
P B 0, -1.486, 1.496, 4.479, 9.868 max_d=9.868 avg_d=1.496 std_dev=2.983
OP2 A 0, -1.730, 1.385, 4.500, 10.180 max_d=10.180 avg_d=1.385 std_dev=3.115
P A 0, -1.831, 1.352, 4.535, 10.335 max_d=10.335 avg_d=1.352 std_dev=3.183
OP1 B 0, -1.698, 1.630, 4.958, 10.979 max_d=10.979 avg_d=1.630 std_dev=3.328
OP2 B 0, -1.716, 1.681, 5.079, 11.245 max_d=11.245 avg_d=1.681 std_dev=3.398
OP1 A 0, -2.083, 1.653, 5.389, 12.204 max_d=12.204 avg_d=1.653 std_dev=3.736

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.22 0.01 0.18 0.01 0.16 0.29 0.20
C2 0.03 0.00 0.15 0.03 0.01 0.47 0.01 0.95 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.34 0.11 0.45 1.23 0.01 1.27 1.35 1.34
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.17 0.05 0.06 0.11 0.19 0.16 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.42 0.04 0.34 0.32 0.37
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.11 0.00 0.21 0.02 0.18 0.30 0.10 0.10 0.04 0.30 0.17 0.02 0.01 0.02 0.26 0.22 0.19 0.24 0.20
C4 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.18 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.08 0.23 0.55 0.01 0.40 0.33 0.44
C4' 0.01 0.47 0.01 0.00 0.18 0.00 0.07 0.01 0.15 0.32 0.32 0.62 0.45 0.24 0.07 0.20 0.03 0.00 0.03 0.10 0.16 0.22 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.12 0.09 0.31 0.01 0.14 0.22 0.17
C5' 0.07 0.95 0.17 0.02 0.40 0.01 0.18 0.00 0.36 0.45 0.70 1.25 0.89 0.33 0.07 0.05 0.16 0.02 0.01 0.26 0.10 0.25 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.18 0.01 0.15 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.18 0.54 0.00 0.34 0.31 0.42
C8 0.01 0.01 0.06 0.30 0.00 0.32 0.01 0.45 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.10 0.27 0.50 0.02 0.78 1.04 0.79
N1 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.32 0.01 0.70 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.15 0.33 0.95 0.01 0.90 0.94 0.98
N2 0.04 0.00 0.19 0.10 0.01 0.62 0.01 1.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.45 0.11 0.54 1.59 0.01 1.83 1.99 1.88
N3 0.03 0.00 0.16 0.04 0.00 0.45 0.00 0.89 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.08 0.45 1.11 0.01 1.07 1.07 1.12
N7 0.01 0.01 0.04 0.30 0.00 0.24 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.13 0.16 0.35 0.02 0.66 0.88 0.63
N9 0.00 0.02 0.01 0.17 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.08 0.03 0.19 0.01 0.20 0.39 0.24
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.17 0.20 0.22 0.05 0.22 0.36 0.25 0.45 0.33 0.34 0.15 0.00 0.05 0.14 0.42 0.26 0.34 0.42 0.40
O3' 0.22 0.11 0.03 0.01 0.08 0.03 0.12 0.16 0.15 0.10 0.15 0.11 0.08 0.13 0.08 0.05 0.00 0.16 0.14 0.17 0.17 0.30 0.16
O4' 0.01 0.45 0.02 0.02 0.23 0.00 0.09 0.02 0.18 0.27 0.33 0.54 0.45 0.16 0.03 0.14 0.16 0.00 0.10 0.13 0.13 0.31 0.15
O5' 0.18 1.23 0.42 0.26 0.55 0.03 0.31 0.01 0.54 0.50 0.95 1.59 1.11 0.35 0.19 0.42 0.14 0.10 0.00 0.42 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.22 0.01 0.10 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.17 0.13 0.42 0.00 0.17 0.17 0.25
OP1 0.16 1.27 0.34 0.19 0.40 0.16 0.14 0.10 0.34 0.78 0.90 1.83 1.07 0.66 0.20 0.34 0.17 0.13 0.02 0.17 0.00 0.06 0.01
OP2 0.29 1.35 0.32 0.24 0.33 0.22 0.22 0.25 0.31 1.04 0.94 1.99 1.07 0.88 0.39 0.42 0.30 0.31 0.01 0.17 0.06 0.00 0.01
P 0.20 1.34 0.37 0.20 0.44 0.04 0.17 0.01 0.42 0.79 0.98 1.88 1.12 0.63 0.24 0.40 0.16 0.15 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.19 0.65 0.30 0.05 0.71 0.08 1.25 0.13 0.15 0.18 0.13 0.16 0.13 0.11 0.80 0.52 0.83 0.99 1.28 1.38 1.48
C2 0.38 0.19 0.28 0.42 0.13 0.27 0.11 0.29 0.20 0.13 0.21 0.20 0.27 0.12 0.20 0.07 0.59 0.67 0.42 0.54 0.74 0.40
C2' 0.64 0.48 0.27 0.51 0.44 1.32 0.29 1.80 0.25 0.38 0.34 0.56 0.15 0.28 0.48 0.27 0.43 1.39 1.57 1.79 1.78 2.00
C3' 0.51 0.85 0.20 0.40 0.60 1.22 0.49 1.89 0.56 0.34 0.72 0.81 0.48 0.34 0.47 0.41 0.30 1.25 1.85 2.11 2.31 2.41
C4 0.26 0.17 0.48 0.30 0.07 0.60 0.06 0.91 0.13 0.17 0.18 0.14 0.18 0.13 0.17 0.45 0.46 0.86 0.38 0.46 0.48 0.62
C4' 0.34 0.40 1.01 0.56 0.11 0.33 0.14 1.02 0.19 0.38 0.35 0.24 0.18 0.28 0.27 1.29 0.90 0.40 1.04 1.49 1.81 1.74
C5 0.30 0.12 0.39 0.24 0.14 0.60 0.09 0.90 0.10 0.24 0.15 0.12 0.16 0.18 0.25 0.38 0.33 0.81 0.32 0.39 0.41 0.51
C5' 0.67 0.55 1.34 0.98 0.18 0.26 0.23 0.61 0.22 0.70 0.49 0.25 0.23 0.52 0.53 1.61 1.38 0.17 0.65 1.09 1.63 1.37
C6 0.35 0.12 0.24 0.20 0.16 0.46 0.08 0.60 0.13 0.29 0.17 0.13 0.21 0.20 0.29 0.17 0.29 0.70 0.19 0.31 0.45 0.24
C8 0.26 0.11 0.54 0.29 0.13 0.78 0.10 1.32 0.07 0.22 0.11 0.11 0.11 0.17 0.22 0.68 0.35 0.86 0.89 1.10 1.26 1.27
N1 0.40 0.15 0.17 0.28 0.13 0.30 0.05 0.32 0.18 0.24 0.19 0.16 0.27 0.11 0.28 0.09 0.40 0.63 0.47 0.62 0.86 0.51
N2 0.43 0.21 0.23 0.58 0.17 0.13 0.16 0.27 0.22 0.10 0.22 0.24 0.30 0.15 0.22 0.23 0.75 0.50 0.84 1.02 1.26 0.87
N3 0.28 0.21 0.46 0.41 0.10 0.43 0.11 0.58 0.18 0.11 0.21 0.20 0.23 0.13 0.12 0.30 0.62 0.79 0.10 0.17 0.23 0.24
N7 0.29 0.11 0.44 0.28 0.19 0.72 0.14 1.16 0.06 0.26 0.10 0.15 0.11 0.20 0.26 0.53 0.30 0.83 0.63 0.77 0.86 0.91
N9 0.22 0.15 0.59 0.30 0.07 0.72 0.07 1.20 0.11 0.18 0.15 0.10 0.14 0.14 0.17 0.68 0.45 0.87 0.78 0.97 1.07 1.16
O2' 0.76 0.26 0.33 0.67 0.36 1.49 0.21 1.91 0.06 0.45 0.12 0.41 0.15 0.31 0.52 0.26 0.57 1.50 1.75 2.14 1.92 2.23
O3' 0.63 0.79 0.18 0.70 0.63 1.49 0.52 2.19 0.54 0.44 0.66 0.80 0.45 0.42 0.56 0.20 0.51 1.37 2.40 2.89 2.86 3.10
O4' 0.58 0.18 1.27 0.79 0.36 0.16 0.35 0.75 0.24 0.55 0.18 0.24 0.24 0.46 0.52 1.52 1.06 0.22 0.63 1.02 1.29 1.24
O5' 1.31 0.31 2.03 1.74 0.68 0.92 0.66 0.21 0.33 1.25 0.28 0.37 0.32 1.00 1.11 2.27 2.16 0.72 0.30 0.37 0.92 0.61
O6 0.36 0.12 0.19 0.18 0.21 0.44 0.16 0.56 0.11 0.36 0.18 0.14 0.20 0.28 0.33 0.16 0.21 0.62 0.26 0.41 0.58 0.34
OP1 1.34 0.65 1.98 1.91 0.40 1.28 0.35 0.69 0.21 1.23 0.68 0.17 0.25 0.86 1.02 2.28 2.51 0.95 0.54 0.30 0.69 0.16
OP2 1.10 0.79 1.76 1.77 0.28 1.03 0.29 0.57 0.29 1.15 0.78 0.31 0.29 0.81 0.87 1.85 2.18 0.69 0.71 0.61 0.17 0.23
P 1.47 0.41 2.16 2.11 0.59 1.36 0.56 0.76 0.09 1.39 0.42 0.16 0.08 1.03 1.18 2.34 2.67 1.02 0.75 0.44 0.38 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.30 0.37 0.26
C2 0.02 0.00 0.05 0.59 0.01 0.74 0.01 1.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.58 0.51 0.80 0.87 0.99 0.92
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.23 0.30 0.18
C3' 0.01 0.59 0.00 0.00 0.30 0.01 0.16 0.02 0.28 0.22 0.47 0.57 0.20 0.11 0.04 0.02 0.01 0.01 0.20 0.25 0.18 0.16
C4 0.02 0.01 0.03 0.30 0.00 0.35 0.00 0.54 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.27 0.28 0.09 0.12 0.22 0.13
C4' 0.01 0.74 0.02 0.01 0.35 0.00 0.17 0.01 0.33 0.30 0.57 0.72 0.23 0.16 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.14 0.11 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.17 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.13 0.34 0.41 0.56 0.41
C5' 0.02 1.22 0.02 0.02 0.54 0.01 0.28 0.00 0.55 0.46 0.96 1.12 0.38 0.26 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.29 0.18 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.28 0.01 0.33 0.00 0.55 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.29 0.23 0.11 0.17 0.28 0.17
C8 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.30 0.01 0.46 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.19 0.24 1.07 1.13 1.35 1.16
N1 0.02 0.00 0.04 0.47 0.01 0.57 0.01 0.96 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.47 0.39 0.47 0.53 0.59 0.55
N3 0.03 0.01 0.05 0.57 0.00 0.72 0.00 1.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.52 0.52 0.69 0.70 0.78 0.77
N6 0.02 0.01 0.03 0.20 0.01 0.23 0.01 0.38 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.22 0.15 0.27 0.38 0.52 0.38
N7 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.16 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.12 0.92 1.05 1.30 1.08
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.46 0.49 0.60 0.47
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.11 0.04 0.06 0.03 0.11 0.12 0.20 0.23 0.08 0.07 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.07 0.14 0.06
O3' 0.01 0.58 0.02 0.01 0.27 0.03 0.16 0.05 0.29 0.19 0.47 0.52 0.22 0.09 0.03 0.04 0.00 0.02 0.28 0.21 0.12 0.20
O4' 0.01 0.51 0.01 0.01 0.28 0.00 0.13 0.02 0.23 0.24 0.39 0.52 0.15 0.12 0.03 0.04 0.02 0.00 0.28 0.28 0.25 0.21
O5' 0.30 0.80 0.19 0.20 0.09 0.02 0.34 0.01 0.11 1.07 0.47 0.69 0.27 0.92 0.46 0.07 0.28 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.87 0.23 0.25 0.12 0.14 0.41 0.29 0.17 1.13 0.53 0.70 0.38 1.05 0.49 0.07 0.21 0.28 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.37 0.99 0.30 0.18 0.22 0.11 0.56 0.18 0.28 1.35 0.59 0.78 0.52 1.30 0.60 0.14 0.12 0.25 0.02 0.04 0.00 0.00
P 0.26 0.92 0.18 0.16 0.13 0.03 0.41 0.02 0.17 1.16 0.55 0.77 0.38 1.08 0.47 0.06 0.20 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00