ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55379

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.001, 0.022, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.001, 0.023, 0.045, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N7 A 0, -0.001, 0.025, 0.052, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.025 std_dev=0.026
C8 A 0, -0.002, 0.031, 0.064, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.031 std_dev=0.033
N2 A 0, -0.008, 0.039, 0.086, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.039 std_dev=0.047
N9 B 0, 0.179, 0.512, 0.845, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.512 std_dev=0.333
C4 B 0, 0.144, 0.507, 0.870, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.507 std_dev=0.363
C1' B 0, 0.197, 0.569, 0.941, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.569 std_dev=0.372
C2' A 0, 0.050, 0.435, 0.821, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.435 std_dev=0.385
C8 B 0, 0.238, 0.679, 1.120, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.679 std_dev=0.441
N3 B 0, 0.136, 0.580, 1.024, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.580 std_dev=0.444
O4' A 0, 0.041, 0.497, 0.953, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.497 std_dev=0.456
C5 B 0, 0.170, 0.639, 1.109, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.639 std_dev=0.470
N7 B 0, 0.262, 0.749, 1.237, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.749 std_dev=0.487
O2' A 0, 0.091, 0.620, 1.149, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.620 std_dev=0.529
C2 B 0, 0.233, 0.795, 1.357, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.795 std_dev=0.562
C3' A 0, 0.174, 0.759, 1.343, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.759 std_dev=0.584
C2' B 0, 0.282, 0.876, 1.470, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.876 std_dev=0.594
C6 B 0, 0.206, 0.810, 1.414, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.810 std_dev=0.604
N1 B 0, 0.245, 0.891, 1.537, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.891 std_dev=0.646
C4' A 0, 0.083, 0.750, 1.417, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.750 std_dev=0.667
O3' A 0, 0.293, 0.993, 1.692, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.993 std_dev=0.699
N6 B 0, 0.304, 1.020, 1.736, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.020 std_dev=0.716
O2' B 0, 0.212, 1.100, 1.987, 2.583 max_d=2.583 avg_d=1.100 std_dev=0.888
C3' B 0, 0.412, 1.326, 2.239, 2.573 max_d=2.573 avg_d=1.326 std_dev=0.913
O4' B 0, 0.366, 1.297, 2.228, 2.964 max_d=2.964 avg_d=1.297 std_dev=0.931
O3' B 0, 0.428, 1.462, 2.495, 3.151 max_d=3.151 avg_d=1.462 std_dev=1.033
O5' A 0, 0.308, 1.352, 2.397, 2.929 max_d=2.929 avg_d=1.352 std_dev=1.045
C4' B 0, 0.404, 1.466, 2.527, 3.492 max_d=3.492 avg_d=1.466 std_dev=1.061
C5' A 0, 0.121, 1.232, 2.343, 3.018 max_d=3.018 avg_d=1.232 std_dev=1.111
O5' B 0, 0.609, 2.064, 3.518, 4.743 max_d=4.743 avg_d=2.064 std_dev=1.454
P B 0, 0.402, 1.949, 3.496, 4.454 max_d=4.454 avg_d=1.949 std_dev=1.547
P A 0, -0.026, 1.600, 3.226, 4.236 max_d=4.236 avg_d=1.600 std_dev=1.626
OP2 A 0, 0.329, 1.993, 3.658, 4.528 max_d=4.528 avg_d=1.993 std_dev=1.665
C5' B 0, 0.548, 2.239, 3.931, 5.231 max_d=5.231 avg_d=2.239 std_dev=1.691
OP1 B 0, 0.863, 2.559, 4.255, 4.504 max_d=4.504 avg_d=2.559 std_dev=1.696
OP2 B 0, 0.677, 2.836, 4.994, 5.766 max_d=5.766 avg_d=2.836 std_dev=2.159
OP1 A 0, 0.411, 2.839, 5.268, 6.569 max_d=6.569 avg_d=2.839 std_dev=2.428

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.13 0.02 0.29 0.06 0.18
C2 0.04 0.00 0.31 0.23 0.01 0.18 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.23 0.33 0.22 0.01 0.40 0.33 0.21
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.17 0.02 0.09 0.14 0.15 0.14 0.25 0.36 0.30 0.06 0.03 0.00 0.06 0.01 0.33 0.11 0.57 0.38 0.41
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.20 0.00 0.26 0.03 0.27 0.25 0.26 0.21 0.19 0.28 0.17 0.02 0.00 0.01 0.12 0.29 0.44 0.16 0.23
C4 0.02 0.01 0.17 0.20 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.16 0.16 0.23 0.01 0.29 0.31 0.20
C4' 0.01 0.18 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.05 0.24 0.11 0.27 0.18 0.20 0.07 0.20 0.03 0.00 0.01 0.08 0.14 0.03 0.08
C5 0.01 0.01 0.09 0.26 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.21 0.05 0.34 0.01 0.32 0.48 0.32
C5' 0.08 0.28 0.14 0.03 0.17 0.01 0.18 0.00 0.18 0.30 0.22 0.36 0.27 0.29 0.13 0.09 0.12 0.01 0.01 0.20 0.14 0.03 0.01
C6 0.02 0.00 0.15 0.27 0.01 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.25 0.12 0.34 0.00 0.38 0.55 0.34
C8 0.02 0.01 0.14 0.25 0.01 0.24 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.22 0.22 0.42 0.01 0.25 0.41 0.37
N1 0.03 0.00 0.25 0.26 0.00 0.11 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.25 0.24 0.27 0.01 0.39 0.46 0.26
N2 0.07 0.00 0.36 0.21 0.01 0.27 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.26 0.41 0.21 0.02 0.45 0.30 0.22
N3 0.04 0.00 0.30 0.19 0.00 0.18 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.19 0.33 0.20 0.01 0.37 0.25 0.19
N7 0.01 0.01 0.06 0.28 0.00 0.20 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.25 0.14 0.46 0.01 0.35 0.58 0.46
N9 0.00 0.01 0.03 0.17 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.10 0.01 0.23 0.01 0.22 0.22 0.19
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.08 0.20 0.14 0.09 0.11 0.30 0.13 0.32 0.23 0.28 0.12 0.00 0.07 0.13 0.25 0.15 0.57 0.39 0.35
O3' 0.07 0.23 0.06 0.00 0.16 0.03 0.21 0.12 0.25 0.22 0.25 0.26 0.19 0.25 0.10 0.07 0.00 0.05 0.09 0.28 0.54 0.22 0.23
O4' 0.00 0.33 0.01 0.01 0.16 0.00 0.05 0.01 0.12 0.22 0.24 0.41 0.33 0.14 0.01 0.13 0.05 0.00 0.11 0.07 0.35 0.19 0.27
O5' 0.13 0.22 0.33 0.12 0.23 0.01 0.34 0.01 0.34 0.42 0.27 0.21 0.20 0.46 0.23 0.25 0.09 0.11 0.00 0.40 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.28 0.07 0.40 0.00 0.43 0.65 0.43
OP1 0.29 0.40 0.57 0.44 0.29 0.14 0.32 0.14 0.38 0.25 0.39 0.45 0.37 0.35 0.22 0.57 0.54 0.35 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.33 0.38 0.16 0.31 0.03 0.48 0.03 0.55 0.41 0.46 0.30 0.25 0.58 0.22 0.39 0.22 0.19 0.01 0.65 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.21 0.41 0.23 0.20 0.08 0.32 0.01 0.34 0.37 0.26 0.22 0.19 0.46 0.19 0.35 0.23 0.27 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.43 0.14 0.44 0.23 0.38 0.23 0.52 0.33 0.33 0.47 0.31 0.35 0.32 0.23 0.42 0.25 0.36 0.49 0.63 1.32 0.70
C2 0.23 0.36 0.19 0.46 0.18 0.35 0.19 0.52 0.18 0.33 0.34 0.26 0.17 0.32 0.24 0.35 0.33 0.33 0.46 0.69 1.07 0.51
C2' 0.47 0.78 0.33 0.28 0.55 0.35 0.53 0.37 0.66 0.46 0.82 0.66 0.67 0.46 0.48 0.64 0.19 0.50 0.54 0.61 1.42 0.77
C3' 0.66 0.82 0.54 0.42 0.72 0.54 0.75 0.57 0.83 0.70 0.87 0.75 0.90 0.72 0.68 0.84 0.43 0.69 0.78 0.80 1.56 0.94
C4 0.25 0.43 0.14 0.46 0.26 0.43 0.26 0.60 0.36 0.36 0.47 0.32 0.34 0.33 0.26 0.47 0.25 0.40 0.49 0.65 1.20 0.61
C4' 0.34 0.47 0.21 0.30 0.37 0.32 0.43 0.43 0.50 0.47 0.53 0.38 0.59 0.50 0.38 0.59 0.22 0.42 0.63 0.70 1.44 0.79
C5 0.30 0.44 0.20 0.52 0.31 0.55 0.33 0.75 0.42 0.38 0.48 0.35 0.41 0.33 0.31 0.58 0.33 0.50 0.55 0.73 1.15 0.65
C5' 0.44 0.56 0.37 0.32 0.49 0.31 0.58 0.40 0.64 0.59 0.63 0.48 0.76 0.64 0.49 0.76 0.35 0.45 0.76 0.94 1.56 0.96
C6 0.31 0.41 0.21 0.54 0.31 0.58 0.28 0.81 0.34 0.34 0.42 0.35 0.30 0.26 0.30 0.61 0.34 0.51 0.55 0.81 1.03 0.62
C8 0.32 0.47 0.22 0.52 0.33 0.55 0.37 0.73 0.48 0.39 0.54 0.37 0.55 0.37 0.32 0.59 0.39 0.53 0.56 0.72 1.24 0.72
N1 0.26 0.38 0.16 0.50 0.23 0.45 0.19 0.65 0.22 0.32 0.36 0.31 0.17 0.26 0.26 0.45 0.31 0.37 0.47 0.78 0.98 0.52
N2 0.26 0.28 0.27 0.46 0.18 0.32 0.24 0.46 0.22 0.33 0.25 0.20 0.28 0.34 0.25 0.28 0.47 0.36 0.50 0.71 1.02 0.49
N3 0.22 0.39 0.16 0.43 0.19 0.34 0.20 0.50 0.22 0.34 0.39 0.27 0.20 0.34 0.23 0.37 0.27 0.33 0.47 0.63 1.17 0.57
N7 0.34 0.46 0.26 0.56 0.35 0.63 0.39 0.84 0.49 0.41 0.52 0.38 0.54 0.38 0.35 0.65 0.45 0.60 0.62 0.77 1.19 0.73
N9 0.26 0.45 0.15 0.46 0.27 0.44 0.29 0.60 0.40 0.36 0.51 0.33 0.44 0.34 0.27 0.50 0.27 0.42 0.50 0.65 1.26 0.67
O2' 0.20 0.47 0.14 0.36 0.19 0.28 0.20 0.37 0.22 0.36 0.46 0.32 0.21 0.39 0.21 0.34 0.17 0.30 0.67 0.82 1.58 0.96
O3' 0.66 0.82 0.55 0.42 0.71 0.58 0.72 0.62 0.80 0.68 0.85 0.75 0.84 0.69 0.68 0.81 0.47 0.72 0.93 0.98 1.76 1.15
O4' 0.16 0.38 0.09 0.47 0.14 0.40 0.18 0.56 0.29 0.31 0.43 0.24 0.36 0.30 0.17 0.42 0.33 0.35 0.54 0.61 1.28 0.66
O5' 0.71 0.79 0.69 0.53 0.76 0.53 0.84 0.56 0.89 0.83 0.86 0.74 0.99 0.88 0.76 1.07 0.59 0.64 0.86 1.09 1.59 1.03
O6 0.36 0.39 0.31 0.61 0.33 0.71 0.29 0.99 0.33 0.32 0.38 0.36 0.31 0.24 0.33 0.74 0.45 0.62 0.67 0.95 0.97 0.71
OP1 0.85 0.68 0.80 0.68 0.79 0.83 0.87 0.92 0.86 0.97 0.76 0.68 0.99 0.99 0.86 1.13 0.61 0.90 1.15 1.20 1.67 1.21
OP2 1.15 1.06 1.17 0.96 1.15 0.98 1.23 1.01 1.21 1.30 1.11 1.06 1.28 1.35 1.19 1.53 0.99 1.08 1.25 1.50 1.72 1.33
P 0.88 0.70 0.82 0.67 0.82 0.82 0.91 0.93 0.88 1.04 0.77 0.71 0.99 1.06 0.91 1.18 0.62 0.93 1.13 1.10 1.52 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.01 0.25 0.54 0.62 0.28
C2 0.02 0.00 0.39 0.26 0.00 0.16 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.41 0.28 0.32 0.62 0.44 1.24 0.62
C2' 0.00 0.39 0.00 0.01 0.19 0.02 0.06 0.17 0.15 0.26 0.29 0.40 0.09 0.16 0.03 0.00 0.01 0.01 0.46 0.75 0.70 0.44
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.20 0.00 0.25 0.02 0.25 0.33 0.25 0.24 0.28 0.32 0.18 0.02 0.01 0.02 0.34 0.66 0.59 0.35
C4 0.01 0.00 0.19 0.20 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.13 0.17 0.55 0.39 1.16 0.55
C4' 0.01 0.16 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.20 0.11 0.16 0.07 0.16 0.06 0.23 0.02 0.01 0.02 0.59 0.39 0.23
C5 0.01 0.00 0.06 0.25 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.13 0.07 0.61 0.46 1.39 0.70
C5' 0.06 0.26 0.17 0.02 0.15 0.01 0.14 0.00 0.17 0.20 0.22 0.24 0.16 0.18 0.09 0.08 0.18 0.01 0.00 0.23 0.31 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.25 0.01 0.06 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.12 0.14 0.66 0.50 1.49 0.77
C8 0.01 0.01 0.26 0.33 0.00 0.20 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.44 0.30 0.19 0.52 0.42 1.20 0.59
N1 0.01 0.00 0.29 0.25 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.19 0.25 0.66 0.44 1.42 0.73
N3 0.02 0.00 0.40 0.24 0.00 0.16 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.42 0.29 0.32 0.56 0.45 1.08 0.53
N6 0.01 0.01 0.09 0.28 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.15 0.09 0.67 0.61 1.62 0.86
N7 0.01 0.00 0.16 0.32 0.00 0.16 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.39 0.28 0.10 0.60 0.56 1.43 0.75
N9 0.00 0.01 0.03 0.18 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.12 0.01 0.45 0.35 0.98 0.44
O2' 0.01 0.41 0.00 0.02 0.16 0.23 0.19 0.08 0.17 0.44 0.28 0.42 0.21 0.39 0.16 0.00 0.06 0.16 0.26 0.82 0.52 0.32
O3' 0.23 0.28 0.01 0.01 0.13 0.02 0.13 0.18 0.12 0.30 0.19 0.29 0.15 0.28 0.12 0.06 0.00 0.17 0.27 0.86 0.52 0.41
O4' 0.01 0.32 0.01 0.02 0.17 0.01 0.07 0.01 0.14 0.19 0.25 0.32 0.09 0.10 0.01 0.16 0.17 0.00 0.05 0.56 0.52 0.34
O5' 0.25 0.62 0.46 0.34 0.55 0.02 0.61 0.00 0.66 0.52 0.66 0.56 0.67 0.60 0.45 0.26 0.27 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.54 0.44 0.75 0.66 0.39 0.59 0.46 0.23 0.50 0.42 0.44 0.45 0.61 0.56 0.35 0.82 0.86 0.56 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.62 1.24 0.70 0.59 1.16 0.39 1.39 0.31 1.49 1.20 1.42 1.08 1.62 1.43 0.98 0.52 0.52 0.52 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.62 0.44 0.35 0.55 0.23 0.70 0.01 0.77 0.59 0.73 0.53 0.86 0.75 0.44 0.32 0.41 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00