ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55380

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.009, 0.028, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.009, 0.046, 0.082, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.046 std_dev=0.036
N9 A 0, 0.003, 0.044, 0.085, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.044 std_dev=0.041
O6 A 0, 0.036, 0.080, 0.123, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.080 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.004, 0.048, 0.091, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.048 std_dev=0.043
N2 A 0, 0.020, 0.064, 0.109, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.064 std_dev=0.045
N6 B 0, 0.139, 0.469, 0.799, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.469 std_dev=0.330
N7 B 0, 0.120, 0.457, 0.794, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.457 std_dev=0.337
C5 B 0, 0.115, 0.461, 0.807, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.461 std_dev=0.346
C6 B 0, 0.145, 0.491, 0.837, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.491 std_dev=0.346
C4 B 0, 0.168, 0.554, 0.941, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.554 std_dev=0.387
N1 B 0, 0.253, 0.657, 1.062, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.657 std_dev=0.404
C8 B 0, 0.124, 0.532, 0.941, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.532 std_dev=0.409
N9 B 0, 0.148, 0.572, 0.995, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.572 std_dev=0.423
N3 B 0, 0.257, 0.695, 1.134, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.695 std_dev=0.438
C2 B 0, 0.291, 0.730, 1.170, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.730 std_dev=0.440
C1' B 0, 0.181, 0.689, 1.197, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.689 std_dev=0.508
O4' B 0, 0.191, 0.852, 1.514, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.852 std_dev=0.662
O4' A 0, -0.070, 1.119, 2.307, 2.563 max_d=2.563 avg_d=1.119 std_dev=1.189
C4' B 0, 0.106, 1.371, 2.637, 2.948 max_d=2.948 avg_d=1.371 std_dev=1.265
C2' A 0, -0.083, 1.223, 2.529, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.223 std_dev=1.306
C4' A 0, -0.123, 1.409, 2.942, 3.602 max_d=3.602 avg_d=1.409 std_dev=1.533
C2' B 0, 0.072, 1.642, 3.213, 3.617 max_d=3.617 avg_d=1.642 std_dev=1.570
O2' A 0, -0.092, 1.718, 3.527, 4.000 max_d=4.000 avg_d=1.718 std_dev=1.809
C3' A 0, -0.175, 1.721, 3.616, 4.371 max_d=4.371 avg_d=1.721 std_dev=1.896
C3' B 0, 0.028, 1.934, 3.840, 4.321 max_d=4.321 avg_d=1.934 std_dev=1.906
O2' B 0, 0.030, 1.995, 3.961, 4.559 max_d=4.559 avg_d=1.995 std_dev=1.966
O3' A 0, -0.284, 2.269, 4.822, 6.353 max_d=6.353 avg_d=2.269 std_dev=2.553
C5' B 0, -0.030, 2.543, 5.116, 5.665 max_d=5.665 avg_d=2.543 std_dev=2.573
O3' B 0, -0.126, 2.743, 5.613, 6.413 max_d=6.413 avg_d=2.743 std_dev=2.869
C5' A 0, -0.182, 2.709, 5.600, 6.387 max_d=6.387 avg_d=2.709 std_dev=2.891
O5' B 0, -0.268, 3.320, 6.907, 7.656 max_d=7.656 avg_d=3.320 std_dev=3.587
O5' A 0, -0.298, 3.314, 6.926, 7.755 max_d=7.755 avg_d=3.314 std_dev=3.612
P B 0, -0.528, 4.479, 9.485, 10.374 max_d=10.374 avg_d=4.479 std_dev=5.007
P A 0, -0.398, 4.661, 9.720, 10.834 max_d=10.834 avg_d=4.661 std_dev=5.059
OP2 B 0, -0.500, 4.818, 10.136, 10.993 max_d=10.993 avg_d=4.818 std_dev=5.318
OP2 A 0, -0.423, 5.123, 10.668, 11.948 max_d=11.948 avg_d=5.123 std_dev=5.546
OP1 A 0, -0.471, 5.276, 11.022, 12.108 max_d=12.108 avg_d=5.276 std_dev=5.747
OP1 B 0, -0.675, 5.246, 11.168, 12.356 max_d=12.356 avg_d=5.246 std_dev=5.921

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.26 0.01 0.12 0.03 0.07 0.26 0.17
C2 0.05 0.00 0.12 0.43 0.01 0.63 0.01 1.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.40 0.60 1.54 0.02 1.83 2.28 1.99
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.03 0.06 0.14 0.07 0.11 0.09 0.17 0.12 0.11 0.03 0.00 0.02 0.03 0.37 0.07 0.27 0.56 0.42
C3' 0.02 0.43 0.00 0.00 0.27 0.01 0.35 0.02 0.35 0.52 0.36 0.56 0.42 0.51 0.25 0.05 0.01 0.03 0.05 0.40 0.11 0.08 0.06
C4 0.02 0.01 0.06 0.27 0.00 0.25 0.00 0.40 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.17 0.30 0.50 0.01 0.56 0.74 0.66
C4' 0.02 0.63 0.03 0.01 0.25 0.00 0.13 0.01 0.18 0.50 0.41 0.83 0.62 0.40 0.12 0.32 0.01 0.01 0.01 0.14 0.12 0.04 0.02
C5 0.03 0.01 0.06 0.35 0.00 0.13 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.36 0.19 0.10 0.13 0.01 0.10 0.18 0.13
C5' 0.04 1.14 0.14 0.02 0.40 0.01 0.11 0.00 0.29 0.79 0.77 1.56 1.07 0.63 0.14 0.18 0.20 0.02 0.02 0.15 0.13 0.01 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.35 0.01 0.18 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.26 0.22 0.35 0.01 0.45 0.60 0.53
C8 0.04 0.01 0.11 0.52 0.01 0.50 0.01 0.79 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.46 0.23 0.38 1.07 0.03 1.10 1.22 1.12
N1 0.05 0.01 0.09 0.36 0.03 0.41 0.01 0.77 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.35 0.34 0.43 1.02 0.02 1.29 1.62 1.40
N2 0.07 0.00 0.17 0.56 0.02 0.83 0.01 1.56 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.52 0.53 0.73 2.11 0.04 2.64 3.26 2.79
N3 0.05 0.01 0.12 0.42 0.01 0.62 0.02 1.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.37 0.35 0.62 1.42 0.02 1.56 1.91 1.72
N7 0.04 0.01 0.11 0.51 0.01 0.40 0.01 0.63 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.46 0.24 0.23 0.88 0.03 0.94 1.08 0.94
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.12 0.02 0.14 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.27 0.08 0.03 0.19 0.03 0.18 0.22 0.16
O2' 0.01 0.40 0.00 0.05 0.28 0.32 0.36 0.18 0.35 0.46 0.35 0.52 0.37 0.46 0.27 0.00 0.12 0.20 0.22 0.39 0.14 0.57 0.29
O3' 0.26 0.40 0.02 0.01 0.17 0.01 0.19 0.20 0.26 0.23 0.34 0.53 0.35 0.24 0.08 0.12 0.00 0.12 0.24 0.29 0.54 0.35 0.35
O4' 0.01 0.60 0.03 0.03 0.30 0.01 0.10 0.02 0.22 0.38 0.43 0.73 0.62 0.23 0.03 0.20 0.12 0.00 0.08 0.14 0.08 0.19 0.13
O5' 0.12 1.54 0.37 0.05 0.50 0.01 0.13 0.02 0.35 1.07 1.02 2.11 1.42 0.88 0.19 0.22 0.24 0.08 0.00 0.17 0.01 0.02 0.02
O6 0.03 0.02 0.07 0.40 0.01 0.14 0.01 0.15 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.39 0.29 0.14 0.17 0.00 0.17 0.24 0.23
OP1 0.07 1.83 0.27 0.11 0.56 0.12 0.10 0.13 0.45 1.10 1.29 2.64 1.56 0.94 0.18 0.14 0.54 0.08 0.01 0.17 0.00 0.05 0.01
OP2 0.26 2.28 0.56 0.08 0.74 0.04 0.18 0.01 0.60 1.22 1.62 3.26 1.91 1.08 0.22 0.57 0.35 0.19 0.02 0.24 0.05 0.00 0.01
P 0.17 1.99 0.42 0.06 0.66 0.02 0.13 0.02 0.53 1.12 1.40 2.79 1.72 0.94 0.16 0.29 0.35 0.13 0.02 0.23 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 0.21 1.34 0.51 0.21 0.58 0.19 1.67 0.17 0.31 0.21 0.19 0.17 0.25 0.31 1.80 0.97 0.74 1.40 2.07 2.38 2.28
C2 0.30 0.20 1.17 1.08 0.08 0.23 0.10 0.23 0.14 0.31 0.23 0.07 0.16 0.23 0.24 1.09 1.41 0.34 0.71 0.57 0.42 0.39
C2' 0.56 0.83 0.40 0.42 0.65 1.55 0.52 2.61 0.55 0.40 0.69 0.84 0.45 0.37 0.55 0.77 0.31 1.70 2.31 2.80 3.01 3.08
C3' 0.26 1.09 0.67 0.16 0.64 1.19 0.56 2.37 0.72 0.29 0.96 0.95 0.66 0.37 0.38 1.15 0.42 1.28 2.41 3.17 3.51 3.47
C4 0.43 0.16 1.26 0.66 0.24 0.30 0.21 1.04 0.15 0.37 0.19 0.14 0.16 0.30 0.36 1.46 1.00 0.54 0.48 0.89 1.25 1.10
C4' 0.96 0.33 1.87 1.05 0.44 0.07 0.45 1.22 0.28 0.87 0.32 0.22 0.30 0.71 0.76 2.46 1.58 0.13 1.35 2.38 2.66 2.53
C5 0.42 0.07 1.03 0.44 0.28 0.36 0.25 1.04 0.15 0.38 0.12 0.18 0.15 0.33 0.37 1.25 0.69 0.49 0.48 0.91 1.29 1.07
C5' 1.71 0.32 2.60 1.92 0.87 0.98 0.87 0.21 0.48 1.58 0.33 0.42 0.49 1.30 1.40 3.20 2.53 0.81 0.54 1.76 2.14 1.85
C6 0.35 0.07 0.87 0.51 0.24 0.26 0.23 0.67 0.08 0.36 0.09 0.15 0.11 0.31 0.33 0.98 0.72 0.40 0.21 0.23 0.51 0.38
C8 0.48 0.18 1.10 0.22 0.32 0.62 0.29 1.62 0.21 0.39 0.18 0.27 0.20 0.34 0.40 1.52 0.49 0.62 1.33 2.09 2.55 2.22
N1 0.29 0.16 0.93 0.79 0.13 0.21 0.12 0.32 0.07 0.33 0.19 0.08 0.11 0.27 0.26 0.89 1.04 0.33 0.67 0.52 0.40 0.41
N2 0.19 0.24 1.13 1.38 0.04 0.50 0.07 0.44 0.16 0.24 0.25 0.14 0.18 0.17 0.14 0.91 1.73 0.21 1.37 1.41 1.33 1.19
N3 0.38 0.21 1.38 1.03 0.16 0.09 0.16 0.59 0.15 0.34 0.23 0.11 0.17 0.26 0.30 1.41 1.43 0.47 0.14 0.16 0.45 0.40
N7 0.44 0.16 0.97 0.22 0.32 0.55 0.30 1.40 0.21 0.39 0.15 0.28 0.20 0.34 0.39 1.31 0.42 0.55 1.00 1.64 2.09 1.76
N9 0.48 0.19 1.29 0.48 0.28 0.49 0.25 1.46 0.19 0.38 0.20 0.23 0.19 0.32 0.39 1.65 0.84 0.62 1.09 1.70 2.11 1.90
O2' 0.95 0.60 0.07 0.77 0.72 2.03 0.56 3.06 0.45 0.69 0.45 0.77 0.37 0.56 0.80 0.33 0.30 2.13 2.72 3.24 3.13 3.40
O3' 0.78 1.23 0.16 0.91 0.94 1.92 0.78 3.14 0.86 0.59 1.05 1.22 0.75 0.60 0.77 0.47 0.46 1.83 3.39 4.29 4.23 4.50
O4' 1.42 0.40 2.35 1.46 0.90 0.43 0.82 0.79 0.55 1.21 0.35 0.69 0.50 1.02 1.20 2.88 1.89 0.31 0.73 1.66 2.00 1.81
O5' 1.85 0.46 2.72 2.20 0.91 1.27 0.96 0.23 0.49 1.83 0.44 0.35 0.52 1.50 1.55 3.13 2.80 1.04 0.18 1.20 1.78 1.34
O6 0.34 0.14 0.71 0.39 0.27 0.30 0.27 0.65 0.16 0.35 0.10 0.22 0.14 0.33 0.33 0.82 0.53 0.37 0.26 0.22 0.47 0.34
OP1 2.18 0.51 2.85 2.63 1.05 1.98 1.15 1.15 0.55 2.29 0.44 0.35 0.60 1.89 1.85 3.26 3.34 1.66 0.67 0.62 1.16 0.66
OP2 2.40 0.46 3.03 2.91 1.26 2.20 1.38 1.50 0.66 2.65 0.41 0.42 0.72 2.22 2.14 3.20 3.35 1.89 1.42 0.52 0.39 0.34
P 2.51 0.32 3.27 3.05 1.34 2.25 1.40 1.34 0.73 2.56 0.33 0.58 0.76 2.13 2.17 3.59 3.73 1.92 1.05 0.31 0.84 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.36 0.42 0.16 0.34
C2 0.03 0.00 0.09 0.80 0.02 0.86 0.02 1.35 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.29 0.79 0.59 1.03 1.33 1.80 1.38
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.09 0.06 0.10 0.09 0.10 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.14 0.17 0.12 0.10
C3' 0.01 0.80 0.01 0.00 0.36 0.01 0.13 0.02 0.31 0.43 0.60 0.80 0.20 0.30 0.04 0.01 0.01 0.02 0.11 0.12 0.27 0.11
C4 0.02 0.02 0.07 0.36 0.00 0.37 0.01 0.52 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.33 0.29 0.15 0.19 0.40 0.22
C4' 0.02 0.86 0.02 0.01 0.37 0.00 0.11 0.01 0.30 0.51 0.63 0.86 0.17 0.37 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.24 0.20 0.03
C5 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.14 0.08 0.58 0.58 0.48 0.59
C5' 0.03 1.35 0.02 0.02 0.52 0.01 0.14 0.00 0.43 0.81 0.98 1.28 0.21 0.62 0.10 0.04 0.04 0.03 0.01 0.38 0.26 0.01
C6 0.02 0.02 0.09 0.31 0.01 0.30 0.01 0.43 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.32 0.21 0.25 0.24 0.33 0.26
C8 0.01 0.02 0.06 0.43 0.01 0.51 0.02 0.81 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.20 0.37 0.40 1.57 1.66 1.61 1.69
N1 0.03 0.01 0.10 0.60 0.01 0.63 0.02 0.98 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.20 0.61 0.43 0.55 0.81 1.17 0.82
N3 0.02 0.01 0.09 0.80 0.01 0.86 0.02 1.28 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.28 0.73 0.62 0.94 1.11 1.53 1.19
N6 0.03 0.03 0.10 0.20 0.01 0.17 0.02 0.21 0.01 0.06 0.02 0.03 0.00 0.06 0.03 0.08 0.23 0.11 0.54 0.55 0.50 0.57
N7 0.03 0.02 0.06 0.30 0.03 0.37 0.01 0.62 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.03 0.15 0.26 0.28 1.43 1.55 1.56 1.59
N9 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.04 0.03 0.65 0.66 0.48 0.64
O2' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.11 0.03 0.06 0.04 0.09 0.20 0.20 0.28 0.08 0.15 0.05 0.00 0.07 0.03 0.09 0.10 0.22 0.08
O3' 0.03 0.79 0.03 0.01 0.33 0.02 0.14 0.04 0.32 0.37 0.61 0.73 0.23 0.26 0.04 0.07 0.00 0.02 0.39 0.31 0.55 0.41
O4' 0.01 0.59 0.01 0.02 0.29 0.01 0.08 0.03 0.21 0.40 0.43 0.62 0.11 0.28 0.03 0.03 0.02 0.00 0.35 0.49 0.12 0.34
O5' 0.36 1.03 0.14 0.11 0.15 0.02 0.58 0.01 0.25 1.57 0.55 0.94 0.54 1.43 0.65 0.09 0.39 0.35 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.42 1.33 0.17 0.12 0.19 0.24 0.58 0.38 0.24 1.66 0.81 1.11 0.55 1.55 0.66 0.10 0.31 0.49 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.16 1.80 0.12 0.27 0.40 0.20 0.48 0.26 0.33 1.61 1.17 1.53 0.50 1.56 0.48 0.22 0.55 0.12 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.34 1.38 0.10 0.11 0.22 0.03 0.59 0.01 0.26 1.69 0.82 1.19 0.57 1.59 0.64 0.08 0.41 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00