ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55381

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.008, 0.030, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.006, 0.029, 0.052, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.001, 0.027, 0.053, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.027 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.006, 0.040, 0.075, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.040 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.005, 0.048, 0.091, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.048 std_dev=0.043
O6 A 0, 0.013, 0.056, 0.100, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.056 std_dev=0.044
N7 A 0, 0.004, 0.060, 0.116, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.060 std_dev=0.056
C8 A 0, 0.007, 0.080, 0.153, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.080 std_dev=0.073
C5 B 0, 0.057, 0.222, 0.386, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.222 std_dev=0.165
N7 B 0, 0.065, 0.239, 0.413, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.239 std_dev=0.174
C4 B 0, 0.061, 0.254, 0.447, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.254 std_dev=0.193
C6 B 0, 0.053, 0.276, 0.498, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.276 std_dev=0.223
C8 B 0, 0.060, 0.303, 0.546, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.303 std_dev=0.243
N3 B 0, 0.036, 0.285, 0.535, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.285 std_dev=0.249
N9 B 0, 0.045, 0.316, 0.588, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.316 std_dev=0.272
N6 B 0, 0.053, 0.326, 0.599, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.326 std_dev=0.273
C2 B 0, 0.033, 0.312, 0.590, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.312 std_dev=0.278
N1 B 0, 0.045, 0.331, 0.616, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.331 std_dev=0.285
C1' B 0, -0.013, 0.442, 0.898, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.442 std_dev=0.456
O4' B 0, -0.165, 0.860, 1.885, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.860 std_dev=1.025
O4' A 0, -0.272, 0.805, 1.883, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.805 std_dev=1.077
C4' B 0, -0.180, 0.908, 1.997, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.908 std_dev=1.089
C2' B 0, -0.220, 0.896, 2.012, 2.522 max_d=2.522 avg_d=0.896 std_dev=1.116
C2' A 0, -0.290, 0.918, 2.126, 2.648 max_d=2.648 avg_d=0.918 std_dev=1.208
C4' A 0, -0.360, 1.025, 2.409, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.025 std_dev=1.384
C3' B 0, -0.294, 1.096, 2.486, 3.122 max_d=3.122 avg_d=1.096 std_dev=1.390
O2' B 0, -0.384, 1.271, 2.926, 3.652 max_d=3.652 avg_d=1.271 std_dev=1.655
C3' A 0, -0.453, 1.254, 2.961, 3.678 max_d=3.678 avg_d=1.254 std_dev=1.707
O2' A 0, -0.479, 1.399, 3.278, 4.064 max_d=4.064 avg_d=1.399 std_dev=1.879
O3' A 0, -0.550, 1.519, 3.589, 4.500 max_d=4.500 avg_d=1.519 std_dev=2.070
O3' B 0, -0.513, 1.624, 3.760, 4.765 max_d=4.765 avg_d=1.624 std_dev=2.136
C5' B 0, -0.555, 1.915, 4.385, 5.464 max_d=5.464 avg_d=1.915 std_dev=2.470
C5' A 0, -0.762, 1.991, 4.744, 5.944 max_d=5.944 avg_d=1.991 std_dev=2.753
O5' B 0, -0.765, 2.354, 5.472, 6.935 max_d=6.935 avg_d=2.354 std_dev=3.119
O5' A 0, -0.957, 2.511, 5.978, 7.655 max_d=7.655 avg_d=2.511 std_dev=3.467
P B 0, -1.208, 3.384, 7.977, 10.033 max_d=10.033 avg_d=3.384 std_dev=4.592
P A 0, -1.325, 3.533, 8.392, 10.631 max_d=10.631 avg_d=3.533 std_dev=4.858
OP2 B 0, -1.252, 3.731, 8.714, 11.060 max_d=11.060 avg_d=3.731 std_dev=4.983
OP2 A 0, -1.372, 3.753, 8.877, 11.190 max_d=11.190 avg_d=3.753 std_dev=5.125
OP1 B 0, -1.407, 3.820, 9.046, 11.310 max_d=11.310 avg_d=3.820 std_dev=5.226
OP1 A 0, -1.520, 4.105, 9.730, 12.363 max_d=12.363 avg_d=4.105 std_dev=5.625

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.01 0.33 0.02 0.33 0.22 0.26
C2 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.51 0.00 0.94 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.55 1.65 0.01 1.95 2.29 2.05
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.13 0.08 0.02 0.09 0.09 0.07 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.57 0.08 0.59 0.63 0.57
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.11 0.01 0.28 0.01 0.22 0.48 0.04 0.29 0.15 0.47 0.24 0.05 0.01 0.03 0.27 0.30 0.37 0.11 0.23
C4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.15 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.05 0.28 0.75 0.01 0.77 0.82 0.80
C4' 0.02 0.51 0.03 0.01 0.15 0.00 0.11 0.01 0.06 0.51 0.30 0.72 0.52 0.43 0.14 0.30 0.03 0.01 0.01 0.11 0.15 0.19 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.28 0.00 0.11 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.45 0.05 0.09 0.46 0.01 0.41 0.33 0.39
C5' 0.05 0.94 0.13 0.01 0.27 0.01 0.26 0.00 0.19 0.92 0.56 1.35 0.90 0.81 0.27 0.15 0.18 0.01 0.02 0.27 0.25 0.37 0.03
C6 0.02 0.00 0.08 0.22 0.00 0.06 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.45 0.06 0.19 0.65 0.00 0.67 0.71 0.70
C8 0.02 0.00 0.02 0.48 0.00 0.51 0.00 0.92 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.51 0.03 0.33 0.87 0.02 0.95 1.06 0.98
N1 0.02 0.00 0.09 0.04 0.01 0.30 0.01 0.56 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.03 0.40 1.20 0.01 1.42 1.65 1.49
N2 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.72 0.01 1.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.67 2.16 0.01 2.71 3.20 2.80
N3 0.01 0.00 0.07 0.15 0.00 0.52 0.00 0.90 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.56 1.55 0.01 1.70 1.95 1.80
N7 0.02 0.00 0.03 0.47 0.00 0.43 0.00 0.81 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.58 0.08 0.20 0.75 0.02 0.85 0.96 0.85
N9 0.01 0.01 0.01 0.24 0.01 0.14 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.09 0.01 0.34 0.01 0.31 0.15 0.25
O2' 0.01 0.08 0.01 0.05 0.24 0.30 0.45 0.15 0.45 0.51 0.27 0.11 0.05 0.58 0.28 0.00 0.06 0.23 0.35 0.54 0.39 0.63 0.40
O3' 0.30 0.06 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.18 0.06 0.03 0.03 0.09 0.11 0.08 0.09 0.06 0.00 0.14 0.13 0.11 0.31 0.22 0.19
O4' 0.01 0.55 0.03 0.03 0.28 0.01 0.09 0.01 0.19 0.33 0.40 0.67 0.56 0.20 0.01 0.23 0.14 0.00 0.19 0.11 0.22 0.06 0.13
O5' 0.33 1.65 0.57 0.27 0.75 0.01 0.46 0.02 0.65 0.87 1.20 2.16 1.55 0.75 0.34 0.35 0.13 0.19 0.00 0.50 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.30 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.54 0.11 0.11 0.50 0.00 0.48 0.44 0.47
OP1 0.33 1.95 0.59 0.37 0.77 0.15 0.41 0.25 0.67 0.95 1.42 2.71 1.70 0.85 0.31 0.39 0.31 0.22 0.02 0.48 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 2.29 0.63 0.11 0.82 0.19 0.33 0.37 0.71 1.06 1.65 3.20 1.95 0.96 0.15 0.63 0.22 0.06 0.02 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.26 2.05 0.57 0.23 0.80 0.02 0.39 0.03 0.70 0.98 1.49 2.80 1.80 0.85 0.25 0.40 0.19 0.13 0.00 0.47 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.23 1.05 0.54 0.16 0.63 0.20 1.29 0.25 0.14 0.27 0.16 0.28 0.18 0.10 1.23 0.99 1.01 1.26 1.55 1.59 1.81
C2 0.33 0.13 0.53 0.90 0.10 0.12 0.15 0.34 0.21 0.07 0.19 0.11 0.27 0.13 0.17 0.22 1.15 0.55 0.84 1.15 1.36 0.96
C2' 0.77 0.69 0.25 0.20 0.60 1.43 0.44 2.09 0.43 0.41 0.53 0.76 0.34 0.34 0.60 0.41 0.34 1.81 2.01 2.15 2.11 2.46
C3' 0.52 1.15 0.50 0.09 0.75 1.18 0.67 2.05 0.83 0.38 1.04 1.01 0.77 0.46 0.54 0.89 0.57 1.52 2.33 2.66 2.96 3.09
C4 0.13 0.20 0.83 0.67 0.12 0.28 0.20 0.50 0.27 0.08 0.27 0.12 0.30 0.17 0.05 0.76 0.98 0.79 0.29 0.25 0.25 0.47
C4' 0.66 0.35 1.70 1.07 0.22 0.08 0.17 0.99 0.17 0.55 0.38 0.07 0.22 0.37 0.49 2.17 1.66 0.39 1.32 1.96 2.32 2.27
C5 0.16 0.19 0.65 0.50 0.08 0.27 0.15 0.41 0.26 0.02 0.27 0.11 0.30 0.10 0.07 0.60 0.76 0.71 0.22 0.15 0.17 0.34
C5' 1.30 0.58 2.37 1.88 0.42 0.90 0.29 0.08 0.25 1.01 0.64 0.16 0.33 0.66 0.94 2.93 2.61 0.48 0.60 1.25 2.01 1.64
C6 0.25 0.11 0.42 0.51 0.07 0.12 0.08 0.02 0.20 0.12 0.20 0.08 0.29 0.06 0.16 0.29 0.71 0.57 0.34 0.59 0.76 0.42
C8 0.15 0.31 0.88 0.39 0.20 0.51 0.21 1.02 0.28 0.13 0.32 0.25 0.29 0.17 0.14 1.04 0.69 0.84 1.04 1.26 1.41 1.49
N1 0.34 0.09 0.36 0.69 0.11 0.10 0.10 0.35 0.19 0.16 0.17 0.10 0.27 0.09 0.22 0.15 0.89 0.48 0.84 1.20 1.48 1.05
N2 0.42 0.13 0.38 1.06 0.14 0.36 0.14 0.82 0.19 0.13 0.16 0.15 0.24 0.13 0.23 0.15 1.32 0.37 1.46 1.93 2.16 1.72
N3 0.20 0.17 0.82 0.91 0.10 0.10 0.19 0.15 0.25 0.07 0.23 0.10 0.28 0.17 0.04 0.60 1.24 0.73 0.24 0.38 0.48 0.16
N7 0.13 0.28 0.71 0.36 0.15 0.41 0.17 0.73 0.27 0.07 0.32 0.20 0.29 0.11 0.10 0.80 0.62 0.75 0.67 0.76 0.85 0.96
N9 0.11 0.25 0.96 0.54 0.18 0.48 0.22 0.96 0.27 0.13 0.29 0.19 0.29 0.19 0.11 1.05 0.90 0.90 0.90 1.05 1.13 1.30
O2' 1.10 0.41 0.19 0.63 0.54 1.95 0.28 2.65 0.20 0.49 0.25 0.63 0.24 0.26 0.72 0.18 0.21 2.17 2.31 2.62 2.17 2.74
O3' 0.85 1.09 0.02 0.75 0.87 1.83 0.75 2.90 0.80 0.62 0.95 1.07 0.73 0.62 0.78 0.42 0.24 1.93 3.18 3.90 3.82 4.18
O4' 1.02 0.43 2.06 1.43 0.77 0.31 0.68 0.55 0.50 0.91 0.39 0.66 0.44 0.78 0.93 2.36 1.87 0.10 0.71 1.26 1.48 1.51
O5' 1.60 0.69 2.64 2.37 0.77 1.36 0.75 0.55 0.58 1.49 0.80 0.39 0.65 1.15 1.31 3.00 3.09 0.83 0.11 0.57 1.40 0.98
O6 0.27 0.10 0.28 0.39 0.12 0.12 0.06 0.06 0.13 0.20 0.16 0.11 0.24 0.12 0.21 0.19 0.56 0.51 0.40 0.70 0.90 0.55
OP1 2.04 0.87 2.95 2.90 0.85 2.21 0.81 1.52 0.60 1.87 1.00 0.41 0.69 1.39 1.61 3.44 3.85 1.54 0.79 0.27 1.04 0.35
OP2 1.98 0.84 2.84 3.01 0.78 2.27 0.74 1.87 0.47 1.95 1.00 0.15 0.61 1.44 1.62 3.05 3.66 1.55 1.39 1.19 0.08 0.62
P 2.21 0.63 3.18 3.21 1.01 2.36 0.93 1.69 0.52 2.03 0.78 0.42 0.59 1.54 1.79 3.52 4.08 1.67 1.07 0.57 0.57 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.20 0.20 0.27 0.22
C2 0.03 0.00 0.14 0.51 0.01 0.73 0.01 1.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.45 0.45 0.68 1.33 1.45 1.68 1.55
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.14 0.08 0.17 0.04 0.12 0.03 0.00 0.04 0.01 0.13 0.13 0.19 0.14
C3' 0.01 0.51 0.00 0.00 0.20 0.01 0.05 0.02 0.19 0.31 0.38 0.48 0.11 0.21 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.11 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.20 0.00 0.28 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.17 0.33 0.30 0.27 0.28 0.28
C4' 0.01 0.73 0.02 0.01 0.28 0.00 0.05 0.01 0.22 0.51 0.52 0.72 0.10 0.37 0.09 0.02 0.04 0.00 0.03 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.09 0.32 0.43 0.57 0.45
C5' 0.06 1.12 0.02 0.02 0.32 0.01 0.15 0.00 0.25 0.94 0.75 1.04 0.15 0.76 0.25 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.19 0.00 0.22 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.20 0.24 0.25 0.27 0.33 0.28
C8 0.01 0.01 0.14 0.31 0.00 0.51 0.00 0.94 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.33 0.22 0.43 1.32 1.43 1.67 1.54
N1 0.02 0.00 0.08 0.38 0.00 0.52 0.01 0.75 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.36 0.49 0.86 0.95 1.10 1.00
N3 0.03 0.00 0.17 0.48 0.00 0.72 0.00 1.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.46 0.38 0.70 1.21 1.22 1.34 1.31
N6 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.16 0.13 0.27 0.41 0.54 0.42
N7 0.01 0.00 0.12 0.21 0.00 0.37 0.00 0.76 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.26 0.14 0.28 1.12 1.32 1.62 1.42
N9 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.09 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.45 0.48 0.60 0.52
O2' 0.02 0.45 0.00 0.02 0.17 0.02 0.04 0.02 0.10 0.33 0.30 0.46 0.04 0.26 0.05 0.00 0.08 0.09 0.09 0.07 0.14 0.08
O3' 0.03 0.45 0.04 0.01 0.17 0.04 0.08 0.02 0.20 0.22 0.36 0.38 0.16 0.14 0.03 0.08 0.00 0.03 0.09 0.12 0.13 0.11
O4' 0.01 0.68 0.01 0.03 0.33 0.00 0.09 0.03 0.24 0.43 0.49 0.70 0.13 0.28 0.04 0.09 0.03 0.00 0.08 0.10 0.08 0.08
O5' 0.20 1.33 0.13 0.05 0.30 0.03 0.32 0.01 0.25 1.32 0.86 1.21 0.27 1.12 0.45 0.09 0.09 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.20 1.45 0.13 0.11 0.27 0.06 0.43 0.06 0.27 1.43 0.95 1.22 0.41 1.32 0.48 0.07 0.12 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 1.68 0.19 0.09 0.28 0.05 0.57 0.02 0.33 1.67 1.10 1.34 0.54 1.62 0.60 0.14 0.13 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.22 1.55 0.14 0.07 0.28 0.02 0.45 0.01 0.28 1.54 1.00 1.31 0.42 1.42 0.52 0.08 0.11 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00