ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55383

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.016, 0.029, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.013, 0.027, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.020, 0.038, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.038 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.017, 0.036, 0.056, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.028, 0.052, 0.075, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.052 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.012, 0.047, 0.081, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.047 std_dev=0.035
O6 A 0, 0.012, 0.046, 0.081, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.046 std_dev=0.035
C4 B 0, 0.116, 0.373, 0.630, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.373 std_dev=0.257
C3' B 0, 0.149, 0.407, 0.665, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.407 std_dev=0.258
N9 B 0, 0.157, 0.423, 0.689, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.423 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.071, 0.342, 0.612, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.342 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.151, 0.429, 0.707, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.429 std_dev=0.278
C2' B 0, 0.190, 0.478, 0.765, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.478 std_dev=0.288
C8 B 0, 0.200, 0.497, 0.795, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.497 std_dev=0.298
N7 B 0, 0.198, 0.501, 0.804, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.501 std_dev=0.303
C6 B 0, 0.124, 0.434, 0.745, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.434 std_dev=0.310
C1' B 0, 0.163, 0.474, 0.785, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.474 std_dev=0.311
C2 B 0, 0.012, 0.335, 0.658, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.335 std_dev=0.323
N1 B 0, 0.066, 0.395, 0.723, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.395 std_dev=0.329
N6 B 0, 0.175, 0.524, 0.874, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.524 std_dev=0.350
O4' B 0, 0.191, 0.568, 0.946, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.568 std_dev=0.378
C4' B 0, 0.145, 0.543, 0.941, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.543 std_dev=0.398
O2' B 0, 0.409, 0.811, 1.212, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.811 std_dev=0.401
O3' B 0, 0.321, 0.896, 1.471, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.896 std_dev=0.575
C5' B 0, 0.067, 0.765, 1.463, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.765 std_dev=0.698
O5' B 0, 0.116, 0.963, 1.811, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.963 std_dev=0.848
O4' A 0, -0.249, 0.668, 1.585, 2.686 max_d=2.686 avg_d=0.668 std_dev=0.917
C2' A 0, -0.375, 0.568, 1.511, 2.670 max_d=2.670 avg_d=0.568 std_dev=0.943
C3' A 0, -0.119, 1.095, 2.310, 3.552 max_d=3.552 avg_d=1.095 std_dev=1.214
C4' A 0, -0.109, 1.144, 2.396, 3.741 max_d=3.741 avg_d=1.144 std_dev=1.253
O2' A 0, -0.258, 1.012, 2.282, 3.753 max_d=3.753 avg_d=1.012 std_dev=1.270
O3' A 0, 0.093, 1.390, 2.687, 3.353 max_d=3.353 avg_d=1.390 std_dev=1.297
P B 0, 0.209, 1.586, 2.962, 3.448 max_d=3.448 avg_d=1.586 std_dev=1.376
OP1 B 0, 0.272, 1.670, 3.068, 3.514 max_d=3.514 avg_d=1.670 std_dev=1.398
OP2 B 0, 0.227, 1.880, 3.533, 3.881 max_d=3.881 avg_d=1.880 std_dev=1.653
C5' A 0, -0.241, 1.897, 4.035, 6.496 max_d=6.496 avg_d=1.897 std_dev=2.138
O5' A 0, -0.437, 1.965, 4.367, 7.223 max_d=7.223 avg_d=1.965 std_dev=2.402
OP1 A 0, 0.460, 3.254, 6.048, 8.526 max_d=8.526 avg_d=3.254 std_dev=2.794
P A 0, -0.820, 2.245, 5.310, 8.944 max_d=8.944 avg_d=2.245 std_dev=3.065
OP2 A 0, -1.188, 2.405, 5.997, 10.347 max_d=10.347 avg_d=2.405 std_dev=3.592

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.30 0.04 0.43 0.39 0.26
C2 0.06 0.00 0.49 0.46 0.01 0.35 0.01 0.73 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.45 0.13 0.43 0.04 0.59 1.36 0.70
C2' 0.00 0.49 0.00 0.01 0.25 0.04 0.12 0.13 0.22 0.24 0.37 0.59 0.48 0.13 0.04 0.00 0.02 0.02 0.37 0.16 0.61 0.55 0.43
C3' 0.01 0.46 0.01 0.00 0.18 0.01 0.21 0.02 0.20 0.51 0.30 0.64 0.44 0.44 0.20 0.03 0.00 0.02 0.39 0.22 0.53 0.28 0.35
C4 0.04 0.01 0.25 0.18 0.00 0.12 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.19 0.07 0.18 0.02 0.43 0.71 0.16
C4' 0.02 0.35 0.04 0.01 0.12 0.00 0.05 0.01 0.08 0.26 0.23 0.48 0.33 0.20 0.07 0.27 0.06 0.01 0.02 0.05 0.28 0.13 0.04
C5 0.03 0.01 0.12 0.21 0.01 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.12 0.05 0.40 0.01 0.81 0.63 0.35
C5' 0.04 0.73 0.13 0.02 0.31 0.01 0.18 0.00 0.30 0.31 0.54 0.95 0.67 0.24 0.08 0.17 0.16 0.02 0.00 0.23 0.29 0.11 0.02
C6 0.04 0.02 0.22 0.20 0.01 0.08 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.34 0.14 0.07 0.27 0.01 0.64 0.78 0.20
C8 0.01 0.01 0.24 0.51 0.00 0.26 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.34 0.04 0.79 0.01 1.33 0.62 0.83
N1 0.05 0.01 0.37 0.30 0.01 0.23 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.38 0.29 0.11 0.22 0.03 0.40 1.11 0.40
N2 0.07 0.00 0.59 0.64 0.01 0.48 0.02 0.95 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.42 0.62 0.16 0.75 0.05 1.10 1.82 1.16
N3 0.06 0.01 0.48 0.44 0.00 0.33 0.01 0.67 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.34 0.45 0.12 0.35 0.03 0.45 1.16 0.57
N7 0.01 0.01 0.13 0.44 0.01 0.20 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.32 0.03 0.73 0.01 1.33 0.63 0.77
N9 0.01 0.02 0.04 0.20 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.15 0.09 0.02 0.43 0.02 0.73 0.49 0.40
O2' 0.02 0.38 0.00 0.03 0.28 0.27 0.28 0.17 0.34 0.13 0.38 0.42 0.34 0.20 0.15 0.00 0.08 0.19 0.08 0.34 0.33 0.39 0.16
O3' 0.21 0.45 0.02 0.00 0.19 0.06 0.12 0.16 0.14 0.34 0.29 0.62 0.45 0.32 0.09 0.08 0.00 0.15 0.26 0.14 0.42 0.20 0.15
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.11 0.16 0.12 0.03 0.02 0.19 0.15 0.00 0.37 0.07 0.45 0.34 0.31
O5' 0.30 0.43 0.37 0.39 0.18 0.02 0.40 0.00 0.27 0.79 0.22 0.75 0.35 0.73 0.43 0.08 0.26 0.37 0.00 0.36 0.03 0.02 0.01
O6 0.04 0.04 0.16 0.22 0.02 0.05 0.01 0.23 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.34 0.14 0.07 0.36 0.00 0.84 0.73 0.30
OP1 0.43 0.59 0.61 0.53 0.43 0.28 0.81 0.29 0.64 1.33 0.40 1.10 0.45 1.33 0.73 0.33 0.42 0.45 0.03 0.84 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 1.36 0.55 0.28 0.71 0.13 0.63 0.11 0.78 0.62 1.11 1.82 1.16 0.63 0.49 0.39 0.20 0.34 0.02 0.73 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.70 0.43 0.35 0.16 0.04 0.35 0.02 0.20 0.83 0.40 1.16 0.57 0.77 0.40 0.16 0.15 0.31 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.31 0.25 0.11 0.13 0.26 0.10 0.56 0.23 0.25 0.35 0.21 0.25 0.20 0.16 0.57 0.11 0.25 0.68 0.89 0.97 0.89
C2 0.16 0.07 0.09 0.06 0.20 0.14 0.30 0.33 0.27 0.33 0.12 0.08 0.33 0.37 0.24 0.41 0.14 0.19 0.52 0.70 0.85 0.70
C2' 0.47 0.32 0.44 0.47 0.43 0.59 0.46 0.77 0.40 0.53 0.33 0.37 0.41 0.53 0.47 0.60 0.42 0.57 0.77 0.67 0.71 0.80
C3' 0.64 0.16 0.77 0.73 0.38 0.87 0.26 1.15 0.04 0.55 0.04 0.32 0.16 0.38 0.54 0.93 0.65 0.75 1.20 1.21 1.29 1.34
C4 0.16 0.19 0.16 0.06 0.10 0.17 0.17 0.42 0.07 0.31 0.16 0.11 0.10 0.31 0.19 0.53 0.08 0.20 0.60 0.77 0.90 0.78
C4' 0.41 0.29 0.46 0.29 0.37 0.53 0.49 0.88 0.52 0.52 0.41 0.28 0.69 0.58 0.42 0.75 0.19 0.52 1.00 1.18 1.32 1.26
C5 0.19 0.17 0.15 0.06 0.15 0.16 0.19 0.38 0.10 0.31 0.12 0.12 0.11 0.30 0.23 0.53 0.09 0.20 0.58 0.74 0.87 0.75
C5' 0.55 0.85 0.52 0.36 0.74 0.60 0.93 0.95 1.15 0.68 1.06 0.71 1.45 0.86 0.63 0.83 0.20 0.64 1.09 1.33 1.50 1.41
C6 0.20 0.14 0.10 0.08 0.24 0.14 0.28 0.30 0.22 0.33 0.15 0.14 0.22 0.33 0.27 0.41 0.14 0.21 0.50 0.69 0.82 0.68
C8 0.22 0.26 0.28 0.10 0.14 0.26 0.09 0.54 0.18 0.22 0.26 0.22 0.18 0.13 0.17 0.62 0.12 0.26 0.71 0.83 0.95 0.88
N1 0.19 0.13 0.09 0.07 0.25 0.14 0.33 0.29 0.30 0.34 0.20 0.14 0.32 0.37 0.27 0.36 0.16 0.21 0.49 0.68 0.82 0.67
N2 0.16 0.09 0.07 0.06 0.21 0.13 0.32 0.31 0.32 0.33 0.17 0.10 0.40 0.38 0.24 0.37 0.16 0.19 0.49 0.69 0.83 0.68
N3 0.15 0.14 0.13 0.06 0.13 0.16 0.23 0.39 0.15 0.32 0.10 0.06 0.21 0.35 0.20 0.48 0.10 0.19 0.56 0.74 0.88 0.75
N7 0.21 0.22 0.23 0.08 0.12 0.21 0.09 0.45 0.10 0.25 0.18 0.19 0.10 0.19 0.19 0.63 0.09 0.23 0.64 0.78 0.90 0.81
N9 0.18 0.27 0.23 0.09 0.10 0.23 0.07 0.50 0.16 0.26 0.27 0.19 0.15 0.22 0.16 0.57 0.09 0.23 0.66 0.83 0.94 0.85
O2' 0.43 0.69 0.21 0.39 0.65 0.41 0.82 0.47 0.93 0.62 0.82 0.61 1.12 0.81 0.56 0.39 0.33 0.52 0.43 0.39 0.36 0.43
O3' 0.66 0.23 0.80 0.73 0.33 0.97 0.23 1.32 0.26 0.58 0.31 0.27 0.42 0.38 0.53 0.96 0.64 0.82 1.33 1.44 1.43 1.53
O4' 0.48 0.21 0.38 0.22 0.45 0.52 0.60 0.81 0.49 0.73 0.28 0.28 0.58 0.82 0.55 0.64 0.19 0.60 0.95 1.14 1.31 1.20
O5' 0.27 0.47 0.53 0.81 0.32 0.46 0.53 0.49 0.79 0.32 0.72 0.29 1.13 0.49 0.25 0.54 0.90 0.26 0.55 0.75 0.83 0.74
O6 0.23 0.20 0.13 0.11 0.26 0.16 0.28 0.24 0.23 0.32 0.20 0.21 0.23 0.31 0.29 0.32 0.18 0.22 0.45 0.65 0.77 0.62
OP1 1.17 0.71 1.40 1.89 0.82 1.49 0.81 1.33 0.90 1.06 0.89 0.72 1.16 0.90 1.02 0.99 2.13 1.22 1.18 1.32 1.00 1.08
OP2 0.49 1.49 0.32 0.58 1.04 0.23 1.25 0.41 1.70 0.68 1.80 1.14 2.01 0.98 0.71 0.23 0.80 0.41 0.61 1.16 1.30 1.11
P 0.37 0.84 0.60 0.98 0.55 0.57 0.78 0.52 1.13 0.48 1.14 0.56 1.49 0.66 0.42 0.39 1.15 0.37 0.54 0.86 0.87 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.30 0.00 0.14 0.21 0.18 0.16
C2 0.04 0.00 0.11 0.07 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.27 0.36 0.06 0.16 0.25 0.28 0.21
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.23 0.07 0.06 0.09 0.11 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.42 0.56 0.56 0.52
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.12 0.22 0.08 0.07 0.15 0.21 0.11 0.01 0.02 0.00 0.09 0.35 0.24 0.22
C4 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.24 0.24 0.03 0.13 0.18 0.23 0.17
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.19 0.06 0.00 0.01 0.19 0.04 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.14 0.01 0.11 0.16 0.28 0.18
C5' 0.08 0.08 0.23 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.09 0.07 0.15 0.12 0.09 0.05 0.12 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.31 0.17 0.01 0.12 0.17 0.27 0.18
C8 0.01 0.01 0.06 0.22 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.22 0.05 0.05 0.09 0.18 0.38 0.22
N1 0.03 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.27 0.04 0.14 0.20 0.26 0.19
N3 0.04 0.00 0.11 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.25 0.38 0.06 0.16 0.25 0.27 0.20
N6 0.03 0.02 0.07 0.15 0.02 0.05 0.02 0.15 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.33 0.13 0.03 0.12 0.18 0.30 0.18
N7 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01 0.04 0.00 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.26 0.05 0.03 0.08 0.22 0.42 0.23
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.17 0.16 0.00 0.11 0.14 0.21 0.15
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.24 0.19 0.28 0.05 0.31 0.22 0.30 0.25 0.33 0.26 0.17 0.00 0.07 0.12 0.39 0.60 0.76 0.58
O3' 0.30 0.36 0.02 0.02 0.24 0.06 0.14 0.12 0.17 0.05 0.27 0.38 0.13 0.05 0.16 0.07 0.00 0.26 0.13 0.39 0.28 0.23
O4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.06 0.03 0.03 0.00 0.12 0.26 0.00 0.09 0.04 0.17 0.12
O5' 0.14 0.16 0.42 0.09 0.13 0.01 0.11 0.00 0.12 0.09 0.14 0.16 0.12 0.08 0.11 0.39 0.13 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.21 0.25 0.56 0.35 0.18 0.19 0.16 0.07 0.17 0.18 0.20 0.25 0.18 0.22 0.14 0.60 0.39 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.28 0.56 0.24 0.23 0.04 0.28 0.01 0.27 0.38 0.26 0.27 0.30 0.42 0.21 0.76 0.28 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.21 0.52 0.22 0.17 0.06 0.18 0.02 0.18 0.22 0.19 0.20 0.18 0.23 0.15 0.58 0.23 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00