Doublet Group distance statistics: 55384

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C5	A	0, -0.001, 0.013, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C2	A	0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C6	A	0, 0.016, 0.031, 0.047, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N9	A	0, 0.018, 0.043, 0.068, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.043 std_dev=0.025
N2	A	0, 0.025, 0.052, 0.080, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.052 std_dev=0.027
N7	A	0, 0.017, 0.045, 0.073, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.045 std_dev=0.028
C8	A	0, 0.016, 0.046, 0.076, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.046 std_dev=0.030
O6	A	0, 0.053, 0.106, 0.159, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.106 std_dev=0.053
C5'	B	0, 0.135, 0.287, 0.438, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.287 std_dev=0.151
C2'	A	0, 0.148, 0.301, 0.454, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.301 std_dev=0.153
C4'	B	0, 0.159, 0.341, 0.523, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.341 std_dev=0.182
C5	B	0, 0.159, 0.363, 0.566, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.363 std_dev=0.204
O4'	A	0, 0.201, 0.407, 0.612, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.407 std_dev=0.205
C4	B	0, 0.137, 0.345, 0.552, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.345 std_dev=0.207
O2'	A	0, 0.186, 0.395, 0.603, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.395 std_dev=0.208
C6	B	0, 0.158, 0.375, 0.592, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.375 std_dev=0.217
N3	B	0, 0.100, 0.319, 0.537, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.319 std_dev=0.219
C3'	B	0, 0.216, 0.437, 0.658, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.437 std_dev=0.221
O4'	B	0, 0.182, 0.403, 0.625, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.403 std_dev=0.221
N6	B	0, 0.186, 0.416, 0.646, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.416 std_dev=0.230
O3'	B	0, 0.228, 0.470, 0.713, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.470 std_dev=0.242
C2	B	0, 0.171, 0.428, 0.685, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.428 std_dev=0.257
N9	B	0, 0.229, 0.487, 0.745, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.487 std_dev=0.258
C1'	B	0, 0.233, 0.492, 0.750, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.492 std_dev=0.259
OP2	B	0, 0.234, 0.493, 0.753, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.493 std_dev=0.259
C2'	B	0, 0.252, 0.512, 0.773, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.512 std_dev=0.260
N7	B	0, 0.243, 0.505, 0.768, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.505 std_dev=0.262
N1	B	0, 0.196, 0.467, 0.738, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.467 std_dev=0.271
P	B	0, 0.223, 0.497, 0.771, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.497 std_dev=0.274
O2'	B	0, 0.253, 0.539, 0.825, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.539 std_dev=0.286
O5'	B	0, 0.226, 0.517, 0.808, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.517 std_dev=0.291
C8	B	0, 0.281, 0.591, 0.902, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.591 std_dev=0.311
OP1	B	0, 0.227, 0.559, 0.891, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.559 std_dev=0.332
C3'	A	0, 0.288, 0.688, 1.089, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.688 std_dev=0.401
P	A	0, 0.192, 0.603, 1.014, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.603 std_dev=0.411
O5'	A	0, 0.274, 0.689, 1.103, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.689 std_dev=0.415
C4'	A	0, 0.319, 0.761, 1.203, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.761 std_dev=0.442
OP2	A	0, 0.301, 0.799, 1.297, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.799 std_dev=0.498
OP1	A	0, 0.202, 0.729, 1.257, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.729 std_dev=0.527
O3'	A	0, 0.309, 0.871, 1.433, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.871 std_dev=0.562
C5'	A	0, 0.590, 1.319, 2.049, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.319 std_dev=0.730

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.07	0.01	0.08	0.11	0.06
C2	0.02	0.00	0.04	0.17	0.01	0.15	0.01	0.31	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.22	0.04	0.28	0.02	0.38	0.45	0.36
C2'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.05	0.04	0.05	0.04	0.04	0.05	0.02	0.00	0.01	0.01	0.10	0.06	0.14	0.08	0.09
C3'	0.02	0.17	0.01	0.00	0.17	0.00	0.20	0.01	0.22	0.15	0.20	0.14	0.14	0.20	0.13	0.01	0.01	0.01	0.13	0.24	0.18	0.06	0.11
C4	0.01	0.01	0.03	0.17	0.00	0.13	0.00	0.23	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.18	0.02	0.21	0.00	0.24	0.32	0.25
C4'	0.01	0.15	0.01	0.00	0.13	0.00	0.14	0.00	0.16	0.07	0.16	0.14	0.14	0.11	0.07	0.05	0.01	0.00	0.00	0.16	0.07	0.11	0.01
C5	0.00	0.01	0.04	0.20	0.00	0.14	0.00	0.26	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.23	0.01	0.22	0.01	0.27	0.37	0.28
C5'	0.02	0.31	0.01	0.01	0.23	0.00	0.26	0.00	0.31	0.15	0.32	0.30	0.26	0.22	0.14	0.05	0.02	0.01	0.00	0.32	0.08	0.17	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.22	0.00	0.16	0.00	0.31	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.27	0.02	0.25	0.00	0.35	0.44	0.33
C8	0.00	0.01	0.04	0.15	0.00	0.07	0.01	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.09	0.14	0.01	0.14	0.02	0.15	0.25	0.17
N1	0.02	0.01	0.05	0.20	0.01	0.16	0.01	0.32	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.26	0.03	0.28	0.01	0.39	0.48	0.37
N2	0.03	0.01	0.04	0.14	0.01	0.14	0.01	0.30	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.21	0.05	0.29	0.02	0.44	0.50	0.40
N3	0.02	0.00	0.04	0.14	0.00	0.14	0.00	0.26	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.17	0.04	0.25	0.01	0.29	0.35	0.29
N7	0.01	0.01	0.05	0.20	0.01	0.11	0.00	0.22	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.21	0.01	0.18	0.02	0.22	0.33	0.23
N9	0.00	0.01	0.02	0.13	0.01	0.07	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.04	0.11	0.01	0.14	0.01	0.15	0.23	0.16
O2'	0.02	0.03	0.00	0.01	0.02	0.05	0.04	0.05	0.04	0.09	0.03	0.04	0.03	0.07	0.04	0.00	0.04	0.07	0.06	0.05	0.08	0.11	0.06
O3'	0.01	0.22	0.01	0.01	0.18	0.01	0.23	0.02	0.27	0.14	0.26	0.21	0.17	0.21	0.11	0.04	0.00	0.01	0.09	0.29	0.17	0.06	0.08
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.05	0.04	0.01	0.01	0.07	0.01	0.00	0.05	0.01	0.05	0.10	0.04
O5'	0.07	0.28	0.10	0.13	0.21	0.00	0.22	0.00	0.25	0.14	0.28	0.29	0.25	0.18	0.14	0.06	0.09	0.05	0.00	0.26	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.02	0.06	0.24	0.00	0.16	0.01	0.32	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.05	0.29	0.01	0.26	0.00	0.36	0.46	0.35
OP1	0.08	0.38	0.14	0.18	0.24	0.07	0.27	0.08	0.35	0.15	0.39	0.44	0.29	0.22	0.15	0.08	0.17	0.05	0.01	0.36	0.00	0.01	0.00
OP2	0.11	0.45	0.08	0.06	0.32	0.11	0.37	0.17	0.44	0.25	0.48	0.50	0.35	0.33	0.23	0.11	0.06	0.10	0.01	0.46	0.01	0.00	0.00
P	0.06	0.36	0.09	0.11	0.25	0.01	0.28	0.01	0.33	0.17	0.37	0.40	0.29	0.23	0.16	0.06	0.08	0.04	0.00	0.35	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.09	0.10	0.09	0.06	0.09	0.06	0.16	0.07	0.12	0.22	0.07	0.06	0.16	0.24	0.14	0.20	0.10	0.08	0.16	0.13	0.23	0.18
C2	0.23	0.31	0.30	0.24	0.24	0.17	0.17	0.07	0.19	0.10	0.26	0.30	0.13	0.09	0.19	0.33	0.30	0.18	0.05	0.10	0.16	0.10
C2'	0.08	0.07	0.07	0.06	0.08	0.06	0.13	0.07	0.09	0.20	0.05	0.03	0.12	0.20	0.12	0.15	0.11	0.07	0.14	0.10	0.18	0.14
C3'	0.06	0.13	0.07	0.09	0.03	0.09	0.04	0.10	0.06	0.13	0.12	0.08	0.07	0.11	0.07	0.11	0.15	0.06	0.11	0.06	0.10	0.09
C4	0.18	0.30	0.23	0.16	0.15	0.13	0.05	0.04	0.09	0.11	0.22	0.27	0.05	0.12	0.11	0.31	0.22	0.13	0.07	0.11	0.19	0.13
C4'	0.10	0.14	0.08	0.08	0.11	0.08	0.11	0.09	0.08	0.19	0.11	0.12	0.08	0.17	0.14	0.09	0.09	0.09	0.14	0.07	0.13	0.11
C5	0.20	0.36	0.25	0.18	0.20	0.14	0.12	0.06	0.17	0.09	0.31	0.31	0.09	0.08	0.15	0.30	0.24	0.15	0.05	0.10	0.18	0.11
C5'	0.10	0.18	0.11	0.10	0.08	0.12	0.04	0.10	0.09	0.08	0.15	0.16	0.09	0.05	0.05	0.18	0.14	0.11	0.08	0.06	0.10	0.05
C6	0.23	0.38	0.28	0.22	0.27	0.17	0.22	0.08	0.28	0.11	0.37	0.34	0.20	0.09	0.20	0.32	0.27	0.18	0.04	0.10	0.15	0.09
C8	0.13	0.25	0.16	0.11	0.09	0.10	0.08	0.05	0.08	0.13	0.17	0.20	0.13	0.16	0.09	0.25	0.17	0.10	0.08	0.11	0.20	0.14
N1	0.25	0.36	0.30	0.25	0.28	0.18	0.24	0.09	0.27	0.13	0.34	0.34	0.21	0.12	0.23	0.33	0.30	0.19	0.05	0.09	0.15	0.09
N2	0.24	0.28	0.30	0.27	0.23	0.19	0.18	0.09	0.19	0.14	0.24	0.28	0.15	0.13	0.21	0.32	0.32	0.19	0.08	0.09	0.16	0.10
N3	0.20	0.27	0.27	0.19	0.16	0.14	0.07	0.05	0.10	0.11	0.20	0.26	0.06	0.12	0.13	0.33	0.26	0.14	0.08	0.10	0.19	0.12
N7	0.17	0.32	0.21	0.15	0.15	0.12	0.09	0.06	0.13	0.10	0.27	0.26	0.10	0.11	0.12	0.27	0.21	0.13	0.06	0.11	0.19	0.12
N9	0.12	0.22	0.16	0.10	0.06	0.09	0.08	0.04	0.05	0.16	0.13	0.18	0.11	0.18	0.08	0.26	0.16	0.09	0.10	0.12	0.21	0.15
O2'	0.15	0.13	0.11	0.08	0.19	0.09	0.23	0.08	0.23	0.25	0.18	0.13	0.25	0.27	0.20	0.17	0.10	0.12	0.14	0.07	0.18	0.13
O3'	0.12	0.08	0.11	0.11	0.08	0.11	0.06	0.11	0.04	0.15	0.07	0.07	0.07	0.11	0.12	0.12	0.14	0.11	0.11	0.03	0.06	0.05
O4'	0.06	0.14	0.08	0.06	0.09	0.05	0.16	0.08	0.13	0.24	0.11	0.10	0.16	0.24	0.13	0.22	0.10	0.06	0.17	0.14	0.24	0.19
O5'	0.14	0.17	0.14	0.10	0.14	0.08	0.14	0.08	0.16	0.15	0.18	0.15	0.16	0.13	0.14	0.13	0.00	0.12	0.10	0.06	0.09	0.06
O6	0.24	0.40	0.28	0.23	0.28	0.17	0.25	0.09	0.33	0.14	0.40	0.35	0.28	0.13	0.22	0.31	0.28	0.18	0.06	0.10	0.14	0.09
OP1	0.08	0.15	0.10	0.02	0.08	0.02	0.09	0.08	0.13	0.03	0.15	0.12	0.16	0.07	0.04	0.18	0.01	0.04	0.15	0.31	0.30	0.24
OP2	0.09	0.28	0.08	0.04	0.22	0.05	0.26	0.09	0.31	0.16	0.32	0.23	0.33	0.22	0.16	0.06	0.02	0.08	0.09	0.07	0.22	0.11
P	0.03	0.16	0.05	0.02	0.09	0.03	0.11	0.04	0.15	0.02	0.17	0.12	0.17	0.07	0.03	0.09	0.01	0.02	0.07	0.14	0.18	0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.04	0.07	0.04	0.03
C2	0.02	0.00	0.10	0.09	0.00	0.03	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.13	0.02	0.06	0.07	0.09	0.07
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.06	0.01	0.05	0.01	0.07	0.02	0.09	0.09	0.06	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.08	0.05	0.03
C3'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.05	0.00	0.05	0.01	0.06	0.03	0.08	0.08	0.06	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.10	0.07	0.05
C4	0.01	0.00	0.06	0.05	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.07	0.01	0.06	0.07	0.09	0.07
C4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.03	0.02	0.03	0.01	0.02	0.03	0.00	0.01	0.08	0.01	0.01
C5	0.00	0.00	0.05	0.05	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.07	0.02	0.07	0.08	0.12	0.09
C5'	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.04	0.00	0.04	0.05	0.03	0.03	0.05	0.05	0.02	0.02	0.02	0.02	0.00	0.07	0.01	0.01
C6	0.01	0.00	0.07	0.06	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.05	0.10	0.03	0.07	0.09	0.13	0.10
C8	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.02	0.03	0.07	0.08	0.10	0.08
N1	0.01	0.00	0.09	0.08	0.01	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.12	0.02	0.07	0.07	0.12	0.09
N3	0.02	0.00	0.09	0.08	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.10	0.02	0.06	0.07	0.08	0.06
N6	0.01	0.00	0.06	0.06	0.01	0.02	0.01	0.05	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.09	0.04	0.08	0.11	0.16	0.12
N7	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.03	0.08	0.10	0.13	0.11
N9	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.06	0.06	0.07	0.06
O2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.04	0.02	0.03	0.02	0.05	0.02	0.08	0.07	0.05	0.01	0.00	0.00	0.03	0.02	0.02	0.10	0.04	0.03
O3'	0.02	0.13	0.01	0.01	0.07	0.03	0.07	0.02	0.10	0.02	0.12	0.10	0.09	0.03	0.02	0.03	0.00	0.03	0.06	0.13	0.11	0.07
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.03	0.02	0.02	0.04	0.03	0.01	0.02	0.03	0.00	0.05	0.07	0.02	0.02
O5'	0.04	0.06	0.02	0.03	0.06	0.01	0.07	0.00	0.07	0.07	0.07	0.06	0.08	0.08	0.06	0.02	0.06	0.05	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.07	0.07	0.08	0.10	0.07	0.08	0.08	0.07	0.09	0.08	0.07	0.07	0.11	0.10	0.06	0.10	0.13	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.04	0.09	0.05	0.07	0.09	0.01	0.12	0.01	0.13	0.10	0.12	0.08	0.16	0.13	0.07	0.04	0.11	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.03	0.07	0.03	0.05	0.07	0.01	0.09	0.01	0.10	0.08	0.09	0.06	0.12	0.11	0.06	0.03	0.07	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00