Doublet Group distance statistics: 55385

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C8	A	0, 0.013, 0.037, 0.062, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.037 std_dev=0.024
C6	A	0, 0.010, 0.035, 0.059, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.024
N9	A	0, 0.006, 0.031, 0.055, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.025
N1	A	0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C5	A	0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.034 std_dev=0.026
C4	A	0, 0.013, 0.040, 0.067, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.040 std_dev=0.027
C1'	A	0, 0.011, 0.038, 0.066, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.038 std_dev=0.028
N3	A	0, 0.017, 0.047, 0.077, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.047 std_dev=0.030
N7	A	0, 0.014, 0.046, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.046 std_dev=0.032
N2	A	0, 0.000, 0.053, 0.105, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.053 std_dev=0.053
O6	A	0, 0.030, 0.115, 0.199, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.115 std_dev=0.085
C2'	B	0, 0.139, 0.407, 0.675, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.407 std_dev=0.268
O2'	B	0, 0.182, 0.502, 0.823, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.502 std_dev=0.321
O4'	A	0, 0.186, 0.523, 0.859, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.523 std_dev=0.337
C4	B	0, 0.187, 0.535, 0.883, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.535 std_dev=0.348
C5	B	0, 0.172, 0.543, 0.913, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.543 std_dev=0.370
N3	B	0, 0.178, 0.550, 0.922, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.550 std_dev=0.372
C2'	A	0, 0.180, 0.596, 1.013, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.596 std_dev=0.416
C6	B	0, 0.142, 0.567, 0.992, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.567 std_dev=0.425
C2	B	0, 0.179, 0.625, 1.071, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.625 std_dev=0.446
N9	B	0, 0.247, 0.716, 1.186, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.716 std_dev=0.469
N1	B	0, 0.165, 0.646, 1.128, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.646 std_dev=0.481
N7	B	0, 0.236, 0.719, 1.201, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.719 std_dev=0.483
C8	B	0, 0.277, 0.809, 1.340, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.809 std_dev=0.532
N6	B	0, 0.132, 0.666, 1.199, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.666 std_dev=0.534
C1'	B	0, 0.276, 0.818, 1.359, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.818 std_dev=0.542
C3'	B	0, 0.273, 0.837, 1.401, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.837 std_dev=0.564
C4'	A	0, 0.283, 0.938, 1.593, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.938 std_dev=0.655
C3'	A	0, 0.288, 0.956, 1.625, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.956 std_dev=0.668
C5'	A	0, 0.470, 1.309, 2.148, 2.053 max_d=2.053 avg_d=1.309 std_dev=0.839
O2'	A	0, 0.205, 1.074, 1.944, 1.940 max_d=1.940 avg_d=1.074 std_dev=0.870
O5'	A	0, 0.278, 1.175, 2.072, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.175 std_dev=0.897
C4'	B	0, 0.303, 1.212, 2.120, 2.390 max_d=2.390 avg_d=1.212 std_dev=0.909
O3'	B	0, 0.341, 1.256, 2.172, 2.356 max_d=2.356 avg_d=1.256 std_dev=0.915
OP2	B	0, 0.461, 1.385, 2.309, 2.567 max_d=2.567 avg_d=1.385 std_dev=0.924
O4'	B	0, 0.286, 1.218, 2.149, 2.367 max_d=2.367 avg_d=1.218 std_dev=0.932
O3'	A	0, 0.399, 1.548, 2.697, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.548 std_dev=1.149
O5'	B	0, 0.469, 1.676, 2.883, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.676 std_dev=1.207
OP2	A	0, 0.578, 1.878, 3.177, 3.283 max_d=3.283 avg_d=1.878 std_dev=1.300
C5'	B	0, 0.377, 1.808, 3.239, 3.525 max_d=3.525 avg_d=1.808 std_dev=1.431
P	A	0, 0.356, 1.880, 3.405, 3.506 max_d=3.506 avg_d=1.880 std_dev=1.524
P	B	0, 0.538, 2.073, 3.607, 3.803 max_d=3.803 avg_d=2.073 std_dev=1.534
OP1	A	0, 0.443, 2.722, 5.001, 5.081 max_d=5.081 avg_d=2.722 std_dev=2.279
OP1	B	0, 0.584, 3.113, 5.643, 5.844 max_d=5.844 avg_d=3.113 std_dev=2.529

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.03	0.02	0.02	0.05	0.04	0.05	0.04	0.05	0.05	0.03	0.06	0.02	0.01	0.38	0.00	0.09	0.06	0.17	0.18	0.23
C2	0.04	0.00	0.32	0.26	0.03	0.04	0.02	0.05	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.03	0.04	0.08	0.26	0.18	0.09	0.03	0.24	0.19	0.28
C2'	0.01	0.32	0.00	0.01	0.14	0.00	0.02	0.14	0.08	0.23	0.21	0.41	0.33	0.18	0.02	0.01	0.06	0.02	0.34	0.01	0.20	0.23	0.34
C3'	0.03	0.26	0.01	0.00	0.25	0.02	0.29	0.05	0.32	0.22	0.30	0.25	0.22	0.27	0.19	0.01	0.00	0.02	0.10	0.33	0.19	0.34	0.05
C4	0.02	0.03	0.14	0.25	0.00	0.04	0.01	0.11	0.01	0.01	0.04	0.03	0.01	0.01	0.01	0.23	0.20	0.10	0.08	0.02	0.12	0.20	0.18
C4'	0.02	0.04	0.00	0.02	0.04	0.00	0.09	0.02	0.08	0.17	0.04	0.07	0.05	0.16	0.08	0.30	0.02	0.00	0.04	0.09	0.08	0.19	0.11
C5	0.05	0.02	0.02	0.29	0.01	0.09	0.00	0.19	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.00	0.03	0.40	0.08	0.07	0.11	0.02	0.07	0.24	0.09
C5'	0.04	0.05	0.14	0.05	0.11	0.02	0.19	0.00	0.18	0.25	0.11	0.03	0.03	0.26	0.13	0.15	0.22	0.03	0.01	0.20	0.09	0.23	0.03
C6	0.05	0.01	0.08	0.32	0.01	0.08	0.01	0.18	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.04	0.38	0.07	0.10	0.10	0.01	0.10	0.23	0.12
C8	0.04	0.03	0.23	0.22	0.01	0.17	0.01	0.25	0.02	0.00	0.03	0.03	0.02	0.02	0.01	0.47	0.04	0.09	0.15	0.04	0.14	0.28	0.09
N1	0.05	0.00	0.21	0.30	0.04	0.04	0.03	0.11	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.05	0.24	0.16	0.16	0.09	0.03	0.18	0.20	0.21
N2	0.05	0.01	0.41	0.25	0.03	0.07	0.02	0.03	0.01	0.03	0.02	0.00	0.02	0.02	0.05	0.09	0.32	0.20	0.09	0.04	0.31	0.19	0.33
N3	0.03	0.01	0.33	0.22	0.01	0.05	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.03	0.03	0.31	0.17	0.09	0.03	0.25	0.19	0.29
N7	0.06	0.03	0.18	0.27	0.01	0.16	0.00	0.26	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.00	0.04	0.52	0.03	0.03	0.16	0.04	0.18	0.32	0.12
N9	0.02	0.04	0.02	0.19	0.01	0.08	0.03	0.13	0.04	0.01	0.05	0.05	0.03	0.04	0.00	0.26	0.17	0.01	0.09	0.05	0.06	0.19	0.13
O2'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.23	0.30	0.40	0.15	0.38	0.47	0.24	0.09	0.03	0.52	0.26	0.00	0.05	0.21	0.09	0.46	0.06	0.20	0.15
O3'	0.38	0.26	0.06	0.00	0.20	0.02	0.08	0.22	0.07	0.04	0.16	0.32	0.31	0.03	0.17	0.05	0.00	0.22	0.14	0.03	0.41	0.42	0.16
O4'	0.00	0.18	0.02	0.02	0.10	0.00	0.07	0.03	0.10	0.09	0.16	0.20	0.17	0.03	0.01	0.21	0.22	0.00	0.10	0.10	0.22	0.19	0.25
O5'	0.09	0.09	0.34	0.10	0.08	0.04	0.11	0.01	0.10	0.15	0.09	0.09	0.09	0.16	0.09	0.09	0.14	0.10	0.00	0.11	0.02	0.01	0.01
O6	0.06	0.03	0.01	0.33	0.02	0.09	0.02	0.20	0.01	0.04	0.03	0.04	0.03	0.04	0.05	0.46	0.03	0.10	0.11	0.00	0.11	0.23	0.09
OP1	0.17	0.24	0.20	0.19	0.12	0.08	0.07	0.09	0.10	0.14	0.18	0.31	0.25	0.18	0.06	0.06	0.41	0.22	0.02	0.11	0.00	0.02	0.02
OP2	0.18	0.19	0.23	0.34	0.20	0.19	0.24	0.23	0.23	0.28	0.20	0.19	0.19	0.32	0.19	0.20	0.42	0.19	0.01	0.23	0.02	0.00	0.00
P	0.23	0.28	0.34	0.05	0.18	0.11	0.09	0.03	0.12	0.09	0.21	0.33	0.29	0.12	0.13	0.15	0.16	0.25	0.01	0.09	0.02	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.44	0.24	0.25	0.25	0.12	0.18	0.24	0.23	0.11	0.39	0.38	0.11	0.08	0.19	0.26	0.44	0.32	0.24	0.05	0.09	0.26
C2	0.42	0.25	0.15	0.12	0.32	0.37	0.19	0.51	0.06	0.30	0.08	0.39	0.14	0.20	0.37	0.19	0.35	0.65	0.50	0.33	0.23	0.50
C2'	0.22	0.71	0.19	0.18	0.31	0.20	0.15	0.33	0.26	0.07	0.62	0.56	0.10	0.11	0.17	0.17	0.35	0.38	0.29	0.12	0.18	0.29
C3'	0.74	1.07	0.37	0.44	0.85	0.79	0.79	0.99	0.90	0.65	1.07	0.98	0.80	0.63	0.75	0.32	0.27	0.93	1.00	0.86	0.64	1.06
C4	0.30	0.38	0.20	0.21	0.32	0.19	0.24	0.30	0.19	0.25	0.28	0.39	0.06	0.20	0.30	0.23	0.43	0.44	0.30	0.08	0.07	0.30
C4'	0.55	0.84	0.15	0.18	0.69	0.53	0.70	0.71	0.80	0.57	0.88	0.76	0.82	0.60	0.60	0.09	0.03	0.71	0.74	0.53	0.49	0.81
C5	0.29	0.27	0.21	0.27	0.32	0.11	0.28	0.18	0.21	0.30	0.21	0.32	0.12	0.27	0.32	0.22	0.49	0.36	0.17	0.16	0.08	0.16
C5'	0.73	1.00	0.35	0.37	0.89	0.68	0.94	0.84	1.05	0.81	1.07	0.92	1.14	0.87	0.81	0.28	0.17	0.85	0.89	0.62	0.69	0.96
C6	0.36	0.14	0.19	0.25	0.31	0.14	0.25	0.21	0.11	0.36	0.07	0.27	0.07	0.28	0.38	0.21	0.49	0.44	0.20	0.11	0.08	0.18
C8	0.18	0.37	0.24	0.33	0.27	0.10	0.27	0.11	0.34	0.19	0.38	0.32	0.30	0.21	0.22	0.24	0.52	0.20	0.09	0.34	0.23	0.08
N1	0.43	0.13	0.16	0.16	0.30	0.29	0.19	0.40	0.06	0.34	0.08	0.31	0.11	0.23	0.39	0.19	0.40	0.60	0.38	0.17	0.18	0.37
N2	0.45	0.18	0.13	0.08	0.29	0.46	0.15	0.63	0.07	0.29	0.09	0.35	0.20	0.17	0.37	0.18	0.29	0.75	0.61	0.51	0.32	0.63
N3	0.37	0.38	0.16	0.13	0.33	0.32	0.21	0.47	0.11	0.26	0.20	0.43	0.09	0.18	0.34	0.20	0.35	0.58	0.46	0.29	0.17	0.48
N7	0.21	0.28	0.24	0.36	0.28	0.12	0.30	0.12	0.31	0.27	0.29	0.28	0.27	0.28	0.27	0.23	0.55	0.20	0.11	0.41	0.23	0.11
N9	0.22	0.42	0.23	0.26	0.28	0.11	0.24	0.21	0.27	0.18	0.38	0.37	0.16	0.16	0.24	0.25	0.46	0.32	0.21	0.09	0.09	0.21
O2'	0.53	0.16	0.86	0.83	0.51	0.50	0.70	0.35	0.66	0.79	0.30	0.25	0.95	0.88	0.61	0.83	0.95	0.35	0.37	0.44	0.80	0.33
O3'	0.57	0.79	0.20	0.38	0.65	0.78	0.62	1.08	0.68	0.54	0.79	0.73	0.62	0.54	0.59	0.10	0.22	0.87	1.14	1.17	0.88	1.31
O4'	0.29	0.54	0.14	0.15	0.41	0.19	0.43	0.33	0.51	0.33	0.58	0.47	0.52	0.36	0.35	0.19	0.38	0.41	0.36	0.09	0.13	0.40
O5'	0.49	0.74	0.22	0.19	0.64	0.35	0.70	0.44	0.81	0.58	0.81	0.66	0.90	0.66	0.57	0.20	0.24	0.52	0.46	0.18	0.28	0.47
O6	0.35	0.07	0.20	0.33	0.26	0.09	0.22	0.10	0.10	0.39	0.07	0.17	0.09	0.31	0.39	0.21	0.58	0.34	0.10	0.31	0.11	0.08
OP1	0.86	1.00	0.48	0.49	1.04	0.77	1.22	0.94	1.29	1.15	1.14	0.95	1.50	1.29	1.01	0.36	0.25	0.93	1.03	0.69	1.09	1.16
OP2	0.82	1.02	0.45	0.35	1.04	0.59	1.21	0.66	1.29	1.10	1.15	0.97	1.48	1.26	0.99	0.37	0.12	0.81	0.72	0.24	0.68	0.73
P	0.63	0.77	0.26	0.21	0.80	0.47	0.95	0.59	1.02	0.89	0.90	0.72	1.21	1.02	0.77	0.17	0.03	0.66	0.66	0.27	0.65	0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.08	0.01	0.01	0.04	0.01	0.05	0.02	0.06	0.03	0.07	0.07	0.06	0.05	0.02	0.01	0.03	0.01	0.08	0.13	0.06	0.06
C2	0.08	0.00	0.40	0.14	0.02	0.22	0.02	0.52	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.54	0.27	0.32	0.63	0.71	0.43	0.74
C2'	0.01	0.40	0.00	0.01	0.23	0.01	0.16	0.01	0.24	0.12	0.35	0.38	0.19	0.03	0.04	0.01	0.03	0.01	0.04	0.12	0.17	0.06
C3'	0.01	0.14	0.01	0.00	0.06	0.01	0.03	0.01	0.05	0.08	0.10	0.13	0.03	0.05	0.02	0.01	0.01	0.02	0.06	0.14	0.23	0.05
C4	0.04	0.02	0.23	0.06	0.00	0.14	0.01	0.32	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.28	0.12	0.18	0.42	0.40	0.25	0.46
C4'	0.01	0.22	0.01	0.01	0.14	0.00	0.10	0.01	0.15	0.08	0.21	0.20	0.15	0.02	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.17	0.07	0.04
C5	0.05	0.02	0.16	0.03	0.01	0.10	0.00	0.27	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.20	0.06	0.08	0.38	0.34	0.23	0.44
C5'	0.02	0.52	0.01	0.01	0.32	0.01	0.27	0.00	0.39	0.10	0.50	0.45	0.37	0.06	0.10	0.01	0.02	0.02	0.01	0.22	0.05	0.03
C6	0.06	0.01	0.24	0.05	0.02	0.15	0.01	0.39	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.31	0.12	0.15	0.52	0.53	0.35	0.63
C8	0.03	0.03	0.12	0.08	0.01	0.08	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.11	0.12	0.20	0.07	0.12	0.16	0.06
N1	0.07	0.01	0.35	0.10	0.02	0.21	0.01	0.50	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.04	0.46	0.21	0.26	0.62	0.70	0.43	0.76
N3	0.07	0.01	0.38	0.13	0.01	0.20	0.01	0.45	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.03	0.49	0.25	0.32	0.54	0.58	0.34	0.60
N6	0.06	0.01	0.19	0.03	0.02	0.15	0.01	0.37	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.04	0.26	0.07	0.12	0.49	0.51	0.34	0.62
N7	0.05	0.02	0.03	0.05	0.01	0.02	0.00	0.06	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.00	0.03	0.03	0.07	0.11	0.14	0.06	0.12	0.16
N9	0.02	0.04	0.04	0.02	0.02	0.03	0.03	0.10	0.04	0.01	0.04	0.03	0.04	0.03	0.00	0.05	0.03	0.01	0.17	0.14	0.11	0.17
O2'	0.01	0.54	0.01	0.01	0.28	0.01	0.20	0.01	0.31	0.11	0.46	0.49	0.26	0.03	0.05	0.00	0.05	0.04	0.03	0.12	0.17	0.05
O3'	0.03	0.27	0.03	0.01	0.12	0.02	0.06	0.02	0.12	0.12	0.21	0.25	0.07	0.07	0.03	0.05	0.00	0.03	0.09	0.17	0.34	0.05
O4'	0.01	0.32	0.01	0.02	0.18	0.01	0.08	0.02	0.15	0.20	0.26	0.32	0.12	0.11	0.01	0.04	0.03	0.00	0.08	0.17	0.12	0.05
O5'	0.08	0.63	0.04	0.06	0.42	0.01	0.38	0.01	0.52	0.07	0.62	0.54	0.49	0.14	0.17	0.03	0.09	0.08	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.13	0.71	0.12	0.14	0.40	0.17	0.34	0.22	0.53	0.12	0.70	0.58	0.51	0.06	0.14	0.12	0.17	0.17	0.02	0.00	0.00	0.00
OP2	0.06	0.43	0.17	0.23	0.25	0.07	0.23	0.05	0.35	0.16	0.43	0.34	0.34	0.12	0.11	0.17	0.34	0.12	0.01	0.00	0.00	0.01
P	0.06	0.74	0.06	0.05	0.46	0.04	0.44	0.03	0.63	0.06	0.76	0.60	0.62	0.16	0.17	0.05	0.05	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00