ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55386

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.018, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.005, 0.027, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.009, 0.035, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.007, 0.034, 0.060, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.012, 0.040, 0.068, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.040 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.010, 0.078, 0.147, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.078 std_dev=0.069
C6 B 0, 0.100, 0.345, 0.589, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.345 std_dev=0.244
C5 B 0, 0.116, 0.448, 0.781, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.448 std_dev=0.332
N6 B 0, 0.125, 0.467, 0.810, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.467 std_dev=0.343
C4 B 0, 0.100, 0.457, 0.815, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.457 std_dev=0.358
N3 B 0, 0.152, 0.519, 0.885, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.519 std_dev=0.367
N1 B 0, -0.041, 0.346, 0.733, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.346 std_dev=0.387
C2 B 0, 0.064, 0.495, 0.926, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.495 std_dev=0.431
N7 B 0, 0.203, 0.736, 1.270, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.736 std_dev=0.534
N9 B 0, 0.116, 0.662, 1.208, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.662 std_dev=0.546
C8 B 0, 0.221, 0.841, 1.462, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.841 std_dev=0.620
C1' B 0, 0.097, 0.810, 1.523, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.810 std_dev=0.713
O4' B 0, 0.218, 1.003, 1.789, 1.918 max_d=1.918 avg_d=1.003 std_dev=0.785
O4' A 0, 0.130, 1.164, 2.197, 2.511 max_d=2.511 avg_d=1.164 std_dev=1.033
C4' B 0, 0.373, 1.408, 2.442, 2.456 max_d=2.456 avg_d=1.408 std_dev=1.034
O3' B 0, 0.427, 1.465, 2.503, 2.272 max_d=2.272 avg_d=1.465 std_dev=1.038
C3' B 0, 0.432, 1.510, 2.588, 2.445 max_d=2.445 avg_d=1.510 std_dev=1.078
C2' A 0, 0.121, 1.246, 2.371, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.246 std_dev=1.125
C4' A 0, 0.312, 1.637, 2.963, 3.246 max_d=3.246 avg_d=1.637 std_dev=1.325
C2' B 0, 0.057, 1.468, 2.879, 3.373 max_d=3.373 avg_d=1.468 std_dev=1.411
C3' A 0, 0.317, 1.762, 3.208, 3.540 max_d=3.540 avg_d=1.762 std_dev=1.445
O5' B 0, 0.618, 2.136, 3.653, 3.384 max_d=3.384 avg_d=2.136 std_dev=1.517
O3' A 0, 0.580, 2.196, 3.812, 3.841 max_d=3.841 avg_d=2.196 std_dev=1.616
O2' A 0, 0.329, 2.008, 3.687, 4.110 max_d=4.110 avg_d=2.008 std_dev=1.679
P B 0, 0.712, 2.432, 4.151, 3.668 max_d=3.668 avg_d=2.432 std_dev=1.720
C5' B 0, 0.605, 2.367, 4.129, 4.226 max_d=4.226 avg_d=2.367 std_dev=1.762
OP1 B 0, 0.726, 2.689, 4.652, 4.629 max_d=4.629 avg_d=2.689 std_dev=1.963
O2' B 0, 0.002, 2.084, 4.167, 4.928 max_d=4.928 avg_d=2.084 std_dev=2.082
OP2 B 0, 0.951, 3.322, 5.693, 5.378 max_d=5.378 avg_d=3.322 std_dev=2.371
C5' A 0, 0.134, 2.726, 5.319, 6.212 max_d=6.212 avg_d=2.726 std_dev=2.592
O5' A 0, 0.054, 3.299, 6.545, 7.712 max_d=7.712 avg_d=3.299 std_dev=3.245
P A 0, -0.337, 4.312, 8.962, 10.768 max_d=10.768 avg_d=4.312 std_dev=4.650
OP2 A 0, -0.441, 4.578, 9.596, 11.564 max_d=11.564 avg_d=4.578 std_dev=5.018
OP1 A 0, -0.507, 4.731, 9.970, 12.034 max_d=12.034 avg_d=4.731 std_dev=5.238

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.17 0.01 0.05 0.01 0.04 0.24 0.08
C2 0.03 0.00 0.17 0.60 0.02 0.80 0.02 1.34 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.46 0.44 0.63 1.72 0.02 1.87 2.08 2.03
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.08 0.01 0.04 0.15 0.06 0.14 0.10 0.23 0.18 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.28 0.06 0.33 0.48 0.35
C3' 0.01 0.60 0.01 0.00 0.33 0.01 0.25 0.03 0.34 0.27 0.49 0.69 0.57 0.23 0.14 0.04 0.01 0.02 0.24 0.30 0.18 0.32 0.26
C4 0.01 0.02 0.08 0.33 0.00 0.37 0.00 0.53 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.19 0.32 0.67 0.01 0.62 0.57 0.68
C4' 0.02 0.80 0.01 0.01 0.37 0.00 0.14 0.02 0.29 0.42 0.59 0.99 0.79 0.28 0.04 0.18 0.02 0.01 0.05 0.19 0.12 0.17 0.06
C5 0.00 0.02 0.04 0.25 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.11 0.11 0.37 0.01 0.24 0.13 0.29
C5' 0.07 1.34 0.15 0.03 0.53 0.02 0.15 0.00 0.43 0.70 0.97 1.75 1.25 0.50 0.05 0.06 0.12 0.03 0.01 0.25 0.23 0.20 0.03
C6 0.01 0.01 0.06 0.34 0.01 0.29 0.01 0.43 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.20 0.24 0.64 0.01 0.58 0.57 0.68
C8 0.02 0.02 0.14 0.27 0.00 0.42 0.00 0.70 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.18 0.36 0.95 0.01 1.01 1.23 1.07
N1 0.02 0.01 0.10 0.49 0.02 0.59 0.02 0.97 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.35 0.35 0.47 1.27 0.02 1.36 1.52 1.50
N2 0.06 0.01 0.23 0.69 0.01 0.99 0.01 1.75 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.61 0.53 0.74 2.25 0.03 2.62 2.98 2.81
N3 0.03 0.01 0.18 0.57 0.01 0.79 0.01 1.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.44 0.40 0.65 1.55 0.01 1.58 1.66 1.71
N7 0.01 0.02 0.11 0.23 0.00 0.28 0.00 0.50 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.14 0.21 0.76 0.02 0.86 1.07 0.88
N9 0.00 0.02 0.03 0.14 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.03 0.01 0.21 0.02 0.16 0.25 0.17
O2' 0.02 0.46 0.00 0.04 0.23 0.18 0.19 0.06 0.24 0.30 0.35 0.61 0.44 0.26 0.12 0.00 0.05 0.13 0.24 0.23 0.33 0.49 0.32
O3' 0.17 0.44 0.01 0.01 0.19 0.02 0.11 0.12 0.20 0.18 0.35 0.53 0.40 0.14 0.03 0.05 0.00 0.12 0.30 0.18 0.32 0.47 0.36
O4' 0.01 0.63 0.01 0.02 0.32 0.01 0.11 0.03 0.24 0.36 0.47 0.74 0.65 0.21 0.01 0.13 0.12 0.00 0.14 0.15 0.18 0.18 0.12
O5' 0.05 1.72 0.28 0.24 0.67 0.05 0.37 0.01 0.64 0.95 1.27 2.25 1.55 0.76 0.21 0.24 0.30 0.14 0.00 0.50 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.06 0.30 0.01 0.19 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.23 0.18 0.15 0.50 0.00 0.39 0.34 0.48
OP1 0.04 1.87 0.33 0.18 0.62 0.12 0.24 0.23 0.58 1.01 1.36 2.62 1.58 0.86 0.16 0.33 0.32 0.18 0.02 0.39 0.00 0.02 0.00
OP2 0.24 2.08 0.48 0.32 0.57 0.17 0.13 0.20 0.57 1.23 1.52 2.98 1.66 1.07 0.25 0.49 0.47 0.18 0.01 0.34 0.02 0.00 0.00
P 0.08 2.03 0.35 0.26 0.68 0.06 0.29 0.03 0.68 1.07 1.50 2.81 1.71 0.88 0.17 0.32 0.36 0.12 0.01 0.48 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.32 0.24 0.39 0.25 0.21 0.25 0.70 0.29 0.20 0.33 0.28 0.28 0.21 0.23 0.10 0.05 0.32 0.59 0.25 0.51 0.48
C2 0.18 0.29 0.23 0.51 0.09 0.59 0.16 1.31 0.14 0.25 0.12 0.31 0.32 0.36 0.04 0.46 0.14 0.16 1.26 0.80 1.37 1.22
C2' 0.41 0.68 0.86 0.94 0.51 0.73 0.46 1.15 0.55 0.36 0.69 0.60 0.47 0.35 0.42 0.56 0.51 0.30 1.04 0.51 0.95 0.95
C3' 0.22 0.29 0.39 0.41 0.22 0.36 0.32 0.77 0.47 0.27 0.48 0.18 0.61 0.33 0.22 0.28 0.33 0.33 0.73 0.47 0.61 0.69
C4 0.33 0.33 0.07 0.26 0.27 0.29 0.15 0.89 0.10 0.16 0.22 0.34 0.11 0.10 0.27 0.54 0.24 0.23 0.84 0.30 0.94 0.78
C4' 0.83 0.75 0.35 0.36 0.69 0.67 0.50 0.56 0.40 0.55 0.54 0.81 0.17 0.42 0.70 0.61 0.84 1.02 0.40 0.58 0.04 0.27
C5 0.46 0.28 0.35 0.11 0.33 0.23 0.19 0.84 0.05 0.29 0.14 0.36 0.22 0.17 0.38 0.97 0.45 0.22 0.83 0.21 1.10 0.82
C5' 1.48 1.37 1.01 1.08 1.21 1.36 0.82 0.97 0.62 0.91 0.92 1.48 0.14 0.64 1.23 1.30 1.66 1.68 0.68 0.90 0.41 0.51
C6 0.48 0.25 0.50 0.15 0.28 0.32 0.06 1.02 0.09 0.20 0.07 0.35 0.38 0.14 0.35 1.24 0.55 0.15 1.07 0.41 1.47 1.11
C8 0.45 0.29 0.27 0.08 0.37 0.13 0.34 0.61 0.25 0.41 0.23 0.34 0.14 0.37 0.42 0.75 0.39 0.35 0.55 0.31 0.69 0.47
N1 0.34 0.25 0.24 0.25 0.16 0.53 0.14 1.30 0.17 0.19 0.07 0.32 0.41 0.37 0.18 1.00 0.39 0.19 1.34 0.78 1.62 1.34
N2 0.03 0.25 0.55 0.80 0.08 0.80 0.30 1.55 0.22 0.46 0.08 0.23 0.35 0.52 0.19 0.19 0.13 0.29 1.44 1.12 1.48 1.39
N3 0.18 0.35 0.29 0.50 0.16 0.45 0.01 1.08 0.05 0.10 0.22 0.32 0.17 0.17 0.10 0.25 0.07 0.15 1.01 0.55 1.04 0.95
N7 0.52 0.26 0.47 0.16 0.38 0.12 0.31 0.65 0.15 0.44 0.16 0.35 0.06 0.35 0.46 1.04 0.53 0.31 0.62 0.24 0.90 0.59
N9 0.35 0.33 0.05 0.22 0.32 0.19 0.28 0.72 0.25 0.27 0.29 0.34 0.14 0.24 0.32 0.45 0.23 0.32 0.64 0.23 0.68 0.55
O2' 0.88 1.09 1.35 1.42 0.90 1.09 0.76 1.38 0.79 0.68 1.00 1.04 0.61 0.62 0.83 1.10 1.03 0.72 1.24 0.64 1.17 1.14
O3' 0.30 0.79 0.73 0.67 0.53 0.45 0.60 0.86 0.78 0.41 0.92 0.61 0.83 0.50 0.40 0.48 0.18 0.13 0.87 0.54 0.82 0.87
O4' 1.00 1.14 0.49 0.40 0.99 0.71 0.85 0.53 0.85 0.77 1.04 1.11 0.60 0.69 0.93 0.78 0.86 1.15 0.37 0.70 0.15 0.27
O5' 1.70 1.38 1.35 1.40 1.30 1.54 0.80 1.10 0.50 0.99 0.80 1.60 0.27 0.65 1.37 1.74 2.06 1.80 0.80 0.94 0.25 0.57
O6 0.57 0.22 0.79 0.33 0.30 0.25 0.06 0.95 0.12 0.27 0.03 0.34 0.41 0.12 0.41 1.62 0.74 0.14 1.06 0.36 1.67 1.17
OP1 2.05 1.58 1.72 1.91 1.46 2.05 0.80 1.48 0.44 1.04 0.84 1.88 0.32 0.57 1.56 2.07 2.69 2.22 1.01 1.05 0.52 0.69
OP2 2.21 1.51 2.02 2.10 1.49 2.03 0.73 1.35 0.30 1.06 0.72 1.90 0.57 0.50 1.64 2.57 2.94 2.18 0.86 0.89 0.11 0.49
P 2.27 1.78 1.95 2.06 1.68 2.15 1.00 1.56 0.61 1.25 1.02 2.10 0.21 0.76 1.78 2.37 2.83 2.36 1.11 1.18 0.51 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.01 0.11 0.40 0.13 0.15
C2 0.04 0.00 0.47 0.20 0.01 0.28 0.02 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.60 0.15 0.54 0.21 0.39 0.51 0.17
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.23 0.04 0.07 0.14 0.19 0.31 0.35 0.47 0.12 0.19 0.02 0.01 0.03 0.02 0.53 0.48 0.49 0.47
C3' 0.04 0.20 0.01 0.00 0.14 0.01 0.17 0.04 0.20 0.16 0.21 0.17 0.21 0.17 0.10 0.02 0.02 0.00 0.40 0.09 0.34 0.29
C4 0.02 0.01 0.23 0.14 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.13 0.29 0.08 0.30 0.26 0.10
C4' 0.02 0.28 0.04 0.01 0.08 0.00 0.08 0.02 0.06 0.32 0.17 0.29 0.11 0.26 0.09 0.15 0.03 0.01 0.06 0.65 0.09 0.17
C5 0.02 0.02 0.07 0.17 0.00 0.08 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.10 0.13 0.24 0.27 0.31 0.24
C5' 0.04 0.30 0.14 0.04 0.16 0.02 0.28 0.00 0.25 0.51 0.22 0.29 0.35 0.49 0.20 0.11 0.12 0.06 0.02 0.34 0.23 0.06
C6 0.02 0.01 0.19 0.20 0.00 0.06 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.08 0.24 0.20 0.33 0.29 0.16
C8 0.01 0.01 0.31 0.16 0.00 0.32 0.01 0.51 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.61 0.18 0.26 0.47 0.21 0.57 0.52
N1 0.03 0.00 0.35 0.21 0.01 0.17 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.38 0.10 0.41 0.13 0.38 0.39 0.07
N3 0.04 0.00 0.47 0.17 0.00 0.29 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.61 0.18 0.54 0.23 0.35 0.47 0.16
N6 0.01 0.02 0.12 0.21 0.01 0.11 0.01 0.35 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.07 0.15 0.33 0.33 0.35 0.28
N7 0.02 0.02 0.19 0.17 0.01 0.26 0.00 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.51 0.16 0.13 0.48 0.18 0.60 0.49
N9 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.15 0.02 0.11 0.28 0.21 0.22
O2' 0.00 0.60 0.01 0.02 0.19 0.15 0.13 0.11 0.12 0.61 0.38 0.61 0.13 0.51 0.17 0.00 0.04 0.12 0.52 0.48 0.48 0.46
O3' 0.23 0.15 0.03 0.02 0.13 0.03 0.10 0.12 0.08 0.18 0.10 0.18 0.07 0.16 0.15 0.04 0.00 0.13 0.34 0.41 0.22 0.13
O4' 0.01 0.54 0.02 0.00 0.29 0.01 0.13 0.06 0.24 0.26 0.41 0.54 0.15 0.13 0.02 0.12 0.13 0.00 0.03 0.77 0.01 0.37
O5' 0.11 0.21 0.53 0.40 0.08 0.06 0.24 0.02 0.20 0.47 0.13 0.23 0.33 0.48 0.11 0.52 0.34 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02
OP1 0.40 0.39 0.48 0.09 0.30 0.65 0.27 0.34 0.33 0.21 0.38 0.35 0.33 0.18 0.28 0.48 0.41 0.77 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.51 0.49 0.34 0.26 0.09 0.31 0.23 0.29 0.57 0.39 0.47 0.35 0.60 0.21 0.48 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.17 0.47 0.29 0.10 0.17 0.24 0.06 0.16 0.52 0.07 0.16 0.28 0.49 0.22 0.46 0.13 0.37 0.02 0.00 0.00 0.00