Doublet Group distance statistics: 55387

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2	A	0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1'	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4	A	0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C5	A	0, -0.002, 0.011, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N9	A	0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N2	A	0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C8	A	0, 0.004, 0.031, 0.059, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.031 std_dev=0.028
N7	A	0, 0.005, 0.034, 0.064, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.034 std_dev=0.029
O6	A	0, 0.017, 0.062, 0.106, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.062 std_dev=0.044
C2	B	0, 0.084, 0.346, 0.608, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.346 std_dev=0.262
N3	B	0, -0.034, 0.246, 0.525, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.246 std_dev=0.280
C4	B	0, 0.110, 0.432, 0.753, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.432 std_dev=0.322
C5	B	0, 0.161, 0.579, 0.997, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.579 std_dev=0.418
N1	B	0, 0.138, 0.574, 1.009, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.574 std_dev=0.435
C6	B	0, 0.157, 0.653, 1.149, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.653 std_dev=0.496
N9	B	0, 0.193, 0.722, 1.250, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.722 std_dev=0.529
N7	B	0, 0.240, 0.836, 1.432, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.836 std_dev=0.596
O4'	A	0, 0.158, 0.775, 1.391, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.775 std_dev=0.617
C2'	A	0, 0.158, 0.777, 1.395, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.777 std_dev=0.618
C8	B	0, 0.257, 0.894, 1.532, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.894 std_dev=0.637
O2'	A	0, 0.163, 0.839, 1.514, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.839 std_dev=0.675
C2'	B	0, 0.232, 0.907, 1.583, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.907 std_dev=0.676
C1'	B	0, 0.213, 0.918, 1.622, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.918 std_dev=0.704
N6	B	0, 0.225, 0.988, 1.751, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.988 std_dev=0.763
O4'	B	0, 0.248, 1.056, 1.864, 1.962 max_d=1.962 avg_d=1.056 std_dev=0.808
C4'	B	0, 0.328, 1.141, 1.954, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.141 std_dev=0.813
C5'	B	0, 0.376, 1.286, 2.196, 1.979 max_d=1.979 avg_d=1.286 std_dev=0.910
C4'	A	0, 0.237, 1.149, 2.060, 2.229 max_d=2.229 avg_d=1.149 std_dev=0.911
C3'	A	0, 0.252, 1.233, 2.214, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.233 std_dev=0.981
C3'	B	0, 0.375, 1.383, 2.392, 2.376 max_d=2.376 avg_d=1.383 std_dev=1.009
O2'	B	0, 0.361, 1.637, 2.913, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.637 std_dev=1.276
OP1	B	0, 0.455, 1.777, 3.100, 3.169 max_d=3.169 avg_d=1.777 std_dev=1.322
O3'	A	0, 0.334, 1.705, 3.075, 3.355 max_d=3.355 avg_d=1.705 std_dev=1.370
O5'	B	0, 0.519, 1.915, 3.311, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.915 std_dev=1.396
O3'	B	0, 0.424, 1.853, 3.282, 3.477 max_d=3.477 avg_d=1.853 std_dev=1.429
O5'	A	0, 0.334, 1.840, 3.345, 3.688 max_d=3.688 avg_d=1.840 std_dev=1.506
P	B	0, 0.486, 2.010, 3.534, 3.689 max_d=3.689 avg_d=2.010 std_dev=1.524
C5'	A	0, 0.419, 1.973, 3.526, 3.797 max_d=3.797 avg_d=1.973 std_dev=1.554
P	A	0, 0.552, 2.468, 4.385, 4.671 max_d=4.671 avg_d=2.468 std_dev=1.916
OP2	A	0, 0.777, 2.803, 4.830, 4.722 max_d=4.722 avg_d=2.803 std_dev=2.027
OP1	A	0, 0.661, 2.836, 5.012, 5.287 max_d=5.287 avg_d=2.836 std_dev=2.176
OP2	B	0, 0.834, 3.124, 5.414, 5.426 max_d=5.426 avg_d=3.124 std_dev=2.290

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.09	0.02	0.16	0.86	0.33
C2	0.00	0.00	0.26	0.17	0.00	0.13	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.30	0.24	0.23	0.34	0.01	0.35	0.80	0.25
C2'	0.00	0.26	0.00	0.00	0.14	0.00	0.08	0.00	0.14	0.11	0.21	0.31	0.25	0.04	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.12	0.16	0.58	0.19
C3'	0.01	0.17	0.00	0.00	0.10	0.00	0.08	0.01	0.11	0.05	0.15	0.20	0.15	0.02	0.03	0.01	0.00	0.02	0.06	0.11	0.27	0.37	0.11
C4	0.00	0.00	0.14	0.10	0.00	0.07	0.00	0.15	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.15	0.13	0.12	0.25	0.01	0.40	0.85	0.34
C4'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.07	0.00	0.05	0.00	0.08	0.05	0.11	0.14	0.11	0.03	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.23	0.55	0.13
C5	0.01	0.00	0.08	0.08	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.10	0.06	0.26	0.01	0.58	0.79	0.38
C5'	0.01	0.26	0.00	0.01	0.15	0.00	0.12	0.00	0.18	0.12	0.24	0.30	0.22	0.08	0.06	0.01	0.02	0.01	0.01	0.17	0.32	0.31	0.02
C6	0.01	0.00	0.14	0.11	0.01	0.08	0.01	0.18	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.15	0.16	0.11	0.31	0.00	0.60	0.72	0.33
C8	0.01	0.00	0.11	0.05	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.07	0.13	0.21	0.02	0.62	0.88	0.53
N1	0.00	0.00	0.21	0.15	0.00	0.11	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.24	0.21	0.19	0.34	0.01	0.48	0.75	0.27
N2	0.01	0.00	0.31	0.20	0.00	0.14	0.00	0.30	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.37	0.29	0.27	0.36	0.02	0.28	0.79	0.22
N3	0.00	0.00	0.25	0.15	0.00	0.11	0.00	0.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.28	0.21	0.22	0.29	0.00	0.29	0.84	0.26
N7	0.01	0.00	0.04	0.02	0.00	0.03	0.00	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.02	0.06	0.21	0.03	0.73	0.79	0.49
N9	0.00	0.00	0.02	0.03	0.00	0.02	0.00	0.06	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.04	0.00	0.17	0.02	0.38	0.89	0.40
O2'	0.01	0.30	0.00	0.01	0.15	0.01	0.09	0.01	0.15	0.10	0.24	0.37	0.28	0.04	0.02	0.00	0.01	0.03	0.02	0.13	0.26	0.58	0.15
O3'	0.01	0.24	0.00	0.00	0.13	0.01	0.10	0.02	0.16	0.07	0.21	0.29	0.21	0.02	0.04	0.01	0.00	0.02	0.13	0.15	0.55	0.16	0.17
O4'	0.00	0.23	0.01	0.02	0.12	0.00	0.06	0.01	0.11	0.13	0.19	0.27	0.22	0.06	0.00	0.03	0.02	0.00	0.10	0.07	0.11	0.92	0.36
O5'	0.09	0.34	0.01	0.06	0.25	0.01	0.26	0.01	0.31	0.21	0.34	0.36	0.29	0.21	0.17	0.02	0.13	0.10	0.00	0.31	0.02	0.01	0.00
O6	0.02	0.01	0.12	0.11	0.01	0.07	0.01	0.17	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.03	0.02	0.13	0.15	0.07	0.31	0.00	0.69	0.64	0.35
OP1	0.16	0.35	0.16	0.27	0.40	0.23	0.58	0.32	0.60	0.62	0.48	0.28	0.29	0.73	0.38	0.26	0.55	0.11	0.02	0.69	0.00	0.00	0.00
OP2	0.86	0.80	0.58	0.37	0.85	0.55	0.79	0.31	0.72	0.88	0.75	0.79	0.84	0.79	0.89	0.58	0.16	0.92	0.01	0.64	0.00	0.00	0.00
P	0.33	0.25	0.19	0.11	0.34	0.13	0.38	0.02	0.33	0.53	0.27	0.22	0.26	0.49	0.40	0.15	0.17	0.36	0.00	0.35	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.02	0.23	0.05	0.32	0.03	0.25	0.15	0.39	0.12	0.23	0.14	0.17	0.33	0.32	0.07	0.34	0.24	0.15	0.32	0.26	0.16	0.14
C2	0.19	0.22	0.04	0.30	0.11	0.17	0.12	0.36	0.14	0.14	0.05	0.26	0.29	0.22	0.12	0.46	0.29	0.09	0.31	0.23	0.43	0.32
C2'	0.21	0.59	0.20	0.16	0.28	0.03	0.14	0.15	0.26	0.06	0.53	0.48	0.12	0.12	0.16	0.51	0.08	0.08	0.51	0.22	0.28	0.30
C3'	0.28	0.65	0.25	0.13	0.39	0.05	0.30	0.17	0.44	0.10	0.64	0.55	0.35	0.09	0.26	0.54	0.09	0.17	0.55	0.14	0.38	0.38
C4	0.06	0.24	0.07	0.32	0.05	0.25	0.12	0.44	0.08	0.19	0.13	0.21	0.25	0.28	0.03	0.41	0.26	0.14	0.26	0.27	0.32	0.22
C4'	0.10	0.36	0.05	0.27	0.16	0.17	0.10	0.34	0.18	0.10	0.33	0.28	0.13	0.12	0.09	0.37	0.23	0.11	0.41	0.16	0.32	0.28
C5	0.05	0.23	0.14	0.33	0.09	0.30	0.10	0.52	0.08	0.18	0.16	0.20	0.16	0.25	0.04	0.45	0.32	0.21	0.21	0.33	0.42	0.26
C5'	0.15	0.36	0.06	0.29	0.22	0.23	0.22	0.42	0.30	0.17	0.37	0.29	0.31	0.20	0.17	0.37	0.29	0.20	0.38	0.14	0.42	0.35
C6	0.14	0.22	0.19	0.31	0.15	0.28	0.14	0.54	0.11	0.18	0.14	0.23	0.16	0.23	0.12	0.53	0.32	0.16	0.25	0.35	0.58	0.37
C8	0.04	0.22	0.12	0.37	0.02	0.34	0.08	0.53	0.05	0.24	0.18	0.16	0.12	0.28	0.07	0.38	0.36	0.28	0.22	0.36	0.24	0.14
N1	0.22	0.21	0.13	0.29	0.16	0.20	0.12	0.44	0.09	0.18	0.07	0.26	0.18	0.21	0.17	0.55	0.27	0.11	0.31	0.29	0.55	0.39
N2	0.24	0.18	0.08	0.32	0.10	0.14	0.12	0.30	0.19	0.13	0.10	0.25	0.32	0.19	0.14	0.43	0.40	0.17	0.34	0.20	0.43	0.34
N3	0.11	0.24	0.00	0.30	0.06	0.19	0.14	0.36	0.17	0.16	0.08	0.23	0.35	0.27	0.04	0.41	0.25	0.06	0.30	0.21	0.33	0.25
N7	0.02	0.22	0.17	0.37	0.06	0.35	0.08	0.58	0.10	0.21	0.19	0.17	0.14	0.24	0.05	0.42	0.41	0.30	0.17	0.39	0.37	0.22
N9	0.02	0.23	0.08	0.34	0.03	0.28	0.12	0.45	0.06	0.23	0.15	0.18	0.24	0.31	0.06	0.37	0.28	0.19	0.27	0.29	0.22	0.15
O2'	0.20	0.54	0.17	0.18	0.23	0.08	0.14	0.12	0.21	0.16	0.45	0.44	0.32	0.25	0.13	0.46	0.06	0.10	0.54	0.28	0.32	0.33
O3'	0.39	0.81	0.33	0.15	0.50	0.17	0.41	0.11	0.57	0.18	0.80	0.68	0.48	0.17	0.36	0.61	0.16	0.29	0.67	0.21	0.50	0.49
O4'	0.04	0.13	0.08	0.39	0.04	0.31	0.14	0.45	0.11	0.21	0.06	0.08	0.24	0.26	0.09	0.28	0.36	0.20	0.29	0.24	0.27	0.20
O5'	0.25	0.46	0.18	0.23	0.34	0.28	0.35	0.49	0.44	0.27	0.49	0.39	0.47	0.30	0.28	0.49	0.25	0.29	0.40	0.17	0.51	0.43
O6	0.15	0.20	0.30	0.32	0.17	0.31	0.18	0.62	0.16	0.22	0.16	0.21	0.19	0.25	0.16	0.57	0.42	0.19	0.26	0.43	0.75	0.48
OP1	0.76	0.73	0.91	0.88	0.72	0.64	0.67	0.44	0.67	0.68	0.70	0.74	0.63	0.64	0.73	1.02	1.01	0.59	1.21	0.81	1.07	1.03
OP2	0.83	1.16	0.94	0.64	0.96	0.42	0.90	0.19	1.00	0.70	1.13	1.09	0.96	0.74	0.83	1.15	0.74	0.53	0.84	0.23	0.84	0.72
P	0.54	0.72	0.61	0.44	0.61	0.23	0.59	0.10	0.65	0.46	0.72	0.68	0.65	0.49	0.54	0.81	0.55	0.31	0.79	0.23	0.77	0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.14	0.00	0.20	0.01	0.12	0.15
C2	0.02	0.00	0.28	0.24	0.00	0.02	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.24	0.27	0.12	0.44	0.16	0.31	0.39
C2'	0.00	0.28	0.00	0.00	0.14	0.01	0.06	0.09	0.12	0.14	0.22	0.27	0.09	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.41	0.21	0.44	0.40
C3'	0.01	0.24	0.00	0.00	0.15	0.00	0.16	0.02	0.19	0.22	0.22	0.21	0.19	0.20	0.11	0.01	0.01	0.01	0.38	0.21	0.22	0.29
C4	0.01	0.00	0.14	0.15	0.00	0.01	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.13	0.11	0.07	0.47	0.17	0.26	0.38
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.06	0.01	0.02	0.02	0.05	0.03	0.18	0.02	0.00	0.01	0.10	0.18	0.02
C5	0.00	0.01	0.06	0.16	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.14	0.06	0.05	0.60	0.26	0.42	0.51
C5'	0.04	0.06	0.09	0.02	0.06	0.00	0.08	0.00	0.09	0.08	0.07	0.05	0.10	0.09	0.06	0.08	0.13	0.01	0.00	0.17	0.15	0.00
C6	0.00	0.00	0.12	0.19	0.00	0.01	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.12	0.08	0.61	0.29	0.50	0.55
C8	0.01	0.01	0.14	0.22	0.00	0.06	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.19	0.19	0.05	0.60	0.24	0.29	0.45
N1	0.01	0.00	0.22	0.22	0.00	0.01	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.20	0.21	0.11	0.54	0.24	0.43	0.48
N3	0.02	0.00	0.27	0.21	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.23	0.26	0.11	0.38	0.12	0.21	0.31
N6	0.00	0.01	0.09	0.19	0.00	0.02	0.01	0.10	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.17	0.11	0.07	0.68	0.35	0.61	0.63
N7	0.01	0.01	0.07	0.20	0.00	0.05	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.18	0.16	0.01	0.67	0.32	0.46	0.56
N9	0.00	0.01	0.01	0.11	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.03	0.01	0.43	0.13	0.15	0.32
O2'	0.01	0.24	0.00	0.01	0.13	0.18	0.14	0.08	0.16	0.19	0.20	0.23	0.17	0.18	0.09	0.00	0.03	0.12	0.19	0.09	0.43	0.25
O3'	0.14	0.27	0.01	0.01	0.11	0.02	0.06	0.13	0.12	0.19	0.21	0.26	0.11	0.16	0.03	0.03	0.00	0.12	0.22	0.35	0.14	0.24
O4'	0.00	0.12	0.00	0.01	0.07	0.00	0.05	0.01	0.08	0.05	0.11	0.11	0.07	0.01	0.01	0.12	0.12	0.00	0.12	0.18	0.32	0.10
O5'	0.20	0.44	0.41	0.38	0.47	0.01	0.60	0.00	0.61	0.60	0.54	0.38	0.68	0.67	0.43	0.19	0.22	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00
OP1	0.01	0.16	0.21	0.21	0.17	0.10	0.26	0.17	0.29	0.24	0.24	0.12	0.35	0.32	0.13	0.09	0.35	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00
OP2	0.12	0.31	0.44	0.22	0.26	0.18	0.42	0.15	0.50	0.29	0.43	0.21	0.61	0.46	0.15	0.43	0.14	0.32	0.00	0.00	0.00	0.00
P	0.15	0.39	0.40	0.29	0.38	0.02	0.51	0.00	0.55	0.45	0.48	0.31	0.63	0.56	0.32	0.25	0.24	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00