ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55388

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.007, 0.033, 0.059, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.033 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.001, 0.027, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2 A 0, -0.001, 0.030, 0.062, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.030 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.004, 0.044, 0.084, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.044 std_dev=0.040
N2 A 0, -0.001, 0.043, 0.088, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.043 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.031, 0.114, 0.197, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.114 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.032, 0.119, 0.205, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.119 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.033, 0.145, 0.257, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.145 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.047, 0.164, 0.280, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.164 std_dev=0.117
O2' A 0, 0.050, 0.186, 0.323, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.186 std_dev=0.136
O3' A 0, 0.035, 0.192, 0.349, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.157
C5' A 0, 0.067, 0.241, 0.415, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.241 std_dev=0.174
C5 B 0, 0.070, 0.280, 0.490, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.280 std_dev=0.210
C6 B 0, 0.058, 0.293, 0.529, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.293 std_dev=0.236
N3 B 0, 0.073, 0.318, 0.563, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.318 std_dev=0.245
C2 B 0, 0.097, 0.354, 0.610, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.354 std_dev=0.256
C4 B 0, -0.001, 0.257, 0.515, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.257 std_dev=0.258
O5' A 0, 0.109, 0.375, 0.641, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.375 std_dev=0.266
N1 B 0, 0.046, 0.333, 0.621, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.333 std_dev=0.287
C5' B 0, 0.120, 0.414, 0.708, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.414 std_dev=0.294
N7 B 0, 0.123, 0.422, 0.722, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.422 std_dev=0.299
O5' B 0, 0.096, 0.397, 0.698, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.397 std_dev=0.301
C4' B 0, 0.131, 0.450, 0.769, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.450 std_dev=0.319
N9 B 0, 0.096, 0.417, 0.738, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.417 std_dev=0.321
C8 B 0, 0.140, 0.490, 0.840, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.490 std_dev=0.350
OP1 B 0, 0.129, 0.480, 0.831, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.480 std_dev=0.351
P B 0, 0.139, 0.500, 0.862, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.500 std_dev=0.362
C3' B 0, 0.152, 0.527, 0.903, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.527 std_dev=0.376
C1' B 0, 0.139, 0.522, 0.905, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.522 std_dev=0.383
N6 B 0, -0.015, 0.370, 0.755, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.370 std_dev=0.385
O3' B 0, 0.161, 0.555, 0.949, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.555 std_dev=0.394
OP2 B 0, 0.162, 0.557, 0.951, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.557 std_dev=0.395
O4' B 0, 0.154, 0.552, 0.950, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.552 std_dev=0.398
P A 0, 0.123, 0.544, 0.965, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.544 std_dev=0.421
C2' B 0, 0.163, 0.589, 1.015, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.589 std_dev=0.426
O2' B 0, 0.166, 0.606, 1.047, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.606 std_dev=0.441
OP1 A 0, 0.126, 0.641, 1.157, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.641 std_dev=0.515
OP2 A 0, 0.155, 0.763, 1.372, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.763 std_dev=0.609

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.05 0.00
C2 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.08 0.03 0.08 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.05 0.02 0.11 0.11 0.04 0.31 0.21 0.20
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.13 0.06 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.09 0.04
C4 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.03 0.23 0.11 0.12
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.05
C5 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.24 0.11 0.12
C5' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.08 0.08 0.08 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.07 0.03 0.04 0.04
C6 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.07 0.09 0.01 0.27 0.16 0.16
C8 0.01 0.08 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.05 0.00 0.06 0.09 0.05 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.16 0.04 0.05
N1 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.09 0.11 0.03 0.30 0.21 0.19
N2 0.07 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.06 0.08 0.04 0.09 0.03 0.00 0.03 0.08 0.07 0.06 0.02 0.13 0.13 0.06 0.33 0.27 0.23
N3 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.08 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.00 0.09 0.10 0.03 0.26 0.16 0.16
N7 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.05 0.08 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02 0.20 0.07 0.09
N9 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.16 0.04 0.06
O2' 0.04 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.00 0.05 0.06 0.08 0.02 0.16 0.09 0.08
O3' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.15 0.06
O4' 0.01 0.11 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.09 0.13 0.09 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.09 0.06
O5' 0.00 0.11 0.06 0.07 0.08 0.01 0.07 0.01 0.09 0.03 0.11 0.13 0.10 0.06 0.04 0.08 0.06 0.04 0.00 0.09 0.07 0.03 0.02
O6 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.09 0.00 0.27 0.16 0.15
OP1 0.09 0.31 0.13 0.07 0.23 0.01 0.24 0.03 0.27 0.16 0.30 0.33 0.26 0.20 0.16 0.16 0.03 0.01 0.07 0.27 0.00 0.04 0.03
OP2 0.05 0.21 0.06 0.09 0.11 0.09 0.11 0.04 0.16 0.04 0.21 0.27 0.16 0.07 0.04 0.09 0.15 0.09 0.03 0.16 0.04 0.00 0.02
P 0.00 0.20 0.05 0.04 0.12 0.05 0.12 0.04 0.16 0.05 0.19 0.23 0.16 0.09 0.06 0.08 0.06 0.06 0.02 0.15 0.03 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.11 0.15 0.11 0.09 0.19 0.11 0.24 0.16 0.18 0.08 0.32 0.21 0.10 0.07 0.17 0.07 0.12 0.11 0.14 0.10
C2 0.09 0.10 0.14 0.17 0.11 0.11 0.15 0.11 0.16 0.14 0.14 0.07 0.19 0.16 0.11 0.06 0.18 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09
C2' 0.10 0.12 0.12 0.16 0.14 0.11 0.20 0.13 0.24 0.18 0.19 0.10 0.31 0.22 0.13 0.04 0.17 0.10 0.13 0.12 0.16 0.11
C3' 0.12 0.17 0.14 0.17 0.16 0.12 0.22 0.13 0.27 0.19 0.24 0.14 0.34 0.23 0.15 0.05 0.17 0.11 0.14 0.13 0.17 0.13
C4 0.06 0.03 0.10 0.15 0.10 0.09 0.17 0.10 0.20 0.16 0.14 0.03 0.25 0.20 0.10 0.05 0.17 0.06 0.10 0.10 0.14 0.09
C4' 0.13 0.22 0.15 0.17 0.19 0.12 0.25 0.13 0.32 0.20 0.31 0.17 0.39 0.25 0.17 0.08 0.17 0.12 0.16 0.15 0.18 0.15
C5 0.02 0.09 0.05 0.13 0.05 0.07 0.13 0.09 0.13 0.15 0.04 0.08 0.19 0.18 0.07 0.08 0.15 0.04 0.09 0.09 0.14 0.09
C5' 0.17 0.33 0.16 0.17 0.26 0.13 0.32 0.15 0.39 0.26 0.40 0.25 0.44 0.31 0.22 0.07 0.14 0.16 0.19 0.18 0.22 0.18
C6 0.04 0.10 0.04 0.13 0.04 0.07 0.09 0.09 0.08 0.14 0.04 0.09 0.11 0.15 0.07 0.09 0.16 0.04 0.08 0.09 0.13 0.08
C8 0.00 0.13 0.04 0.11 0.02 0.05 0.13 0.08 0.15 0.14 0.01 0.11 0.25 0.19 0.05 0.09 0.14 0.01 0.08 0.08 0.14 0.08
N1 0.05 0.06 0.10 0.15 0.07 0.09 0.11 0.10 0.11 0.13 0.08 0.03 0.14 0.14 0.09 0.03 0.18 0.06 0.09 0.09 0.12 0.08
N2 0.11 0.13 0.17 0.17 0.12 0.11 0.14 0.11 0.16 0.13 0.16 0.10 0.18 0.15 0.12 0.11 0.19 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09
N3 0.09 0.12 0.14 0.17 0.13 0.10 0.18 0.11 0.22 0.16 0.19 0.08 0.25 0.19 0.13 0.06 0.18 0.09 0.11 0.11 0.13 0.10
N7 0.03 0.19 0.01 0.10 0.03 0.05 0.10 0.08 0.09 0.14 0.08 0.15 0.17 0.17 0.05 0.11 0.13 0.03 0.08 0.08 0.14 0.08
N9 0.05 0.04 0.08 0.14 0.08 0.08 0.17 0.10 0.21 0.16 0.13 0.06 0.29 0.21 0.09 0.06 0.16 0.05 0.10 0.10 0.14 0.09
O2' 0.09 0.06 0.11 0.16 0.09 0.11 0.15 0.12 0.17 0.16 0.10 0.07 0.24 0.19 0.11 0.03 0.18 0.09 0.11 0.11 0.15 0.10
O3' 0.11 0.12 0.13 0.17 0.12 0.11 0.17 0.12 0.21 0.15 0.17 0.12 0.28 0.19 0.12 0.07 0.18 0.10 0.13 0.12 0.13 0.12
O4' 0.12 0.17 0.16 0.18 0.16 0.12 0.23 0.13 0.31 0.18 0.29 0.14 0.39 0.24 0.14 0.13 0.20 0.11 0.15 0.14 0.16 0.14
O5' 0.11 0.27 0.12 0.12 0.20 0.08 0.26 0.09 0.33 0.19 0.34 0.19 0.38 0.24 0.16 0.05 0.09 0.09 0.13 0.12 0.16 0.11
O6 0.09 0.17 0.05 0.09 0.08 0.05 0.04 0.07 0.03 0.11 0.10 0.17 0.03 0.10 0.07 0.17 0.14 0.05 0.05 0.07 0.13 0.06
OP1 0.30 0.42 0.31 0.30 0.38 0.27 0.41 0.28 0.46 0.37 0.46 0.37 0.49 0.40 0.34 0.27 0.25 0.28 0.31 0.31 0.34 0.29
OP2 0.26 0.35 0.26 0.25 0.31 0.25 0.33 0.26 0.37 0.29 0.38 0.31 0.39 0.32 0.28 0.24 0.20 0.26 0.28 0.29 0.29 0.26
P 0.22 0.34 0.22 0.21 0.29 0.20 0.33 0.20 0.37 0.28 0.38 0.28 0.41 0.32 0.26 0.18 0.17 0.21 0.23 0.23 0.26 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.12 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.08 0.07 0.06 0.04 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.12 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.06 0.07 0.04 0.07
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.09 0.03 0.02 0.09 0.10 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.07 0.08 0.07 0.08
C8 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.08 0.07 0.02 0.08
N1 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06
N3 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01
N6 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.10 0.12 0.12 0.12
N7 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.10 0.11 0.07 0.11
N9 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.08 0.05 0.03 0.05 0.10 0.03
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.07 0.08 0.04 0.11 0.09 0.04 0.08 0.00 0.02 0.05 0.09 0.14 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.05 0.09 0.05
O5' 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.08 0.04 0.02 0.10 0.10 0.02 0.03 0.05 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.04 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.07 0.04 0.08 0.07 0.04 0.02 0.12 0.11 0.01 0.05 0.09 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.09 0.02 0.12 0.12 0.02 0.07 0.04 0.04 0.07 0.02 0.05 0.04 0.12 0.07 0.04 0.10 0.14 0.09 0.04 0.02 0.00 0.00
P 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.08 0.06 0.01 0.12 0.11 0.02 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00