Doublet Group distance statistics: 55390

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C6	A	0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N1	A	0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C2	A	0, -0.002, 0.017, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.018
C4	A	0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C1'	A	0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N2	A	0, 0.004, 0.027, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.022
N9	A	0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.024
N7	A	0, 0.008, 0.036, 0.064, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.036 std_dev=0.028
O6	A	0, 0.010, 0.039, 0.068, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.039 std_dev=0.029
C8	A	0, 0.006, 0.046, 0.086, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.046 std_dev=0.040
O4'	A	0, 0.020, 0.116, 0.212, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.116 std_dev=0.096
C2'	A	0, 0.008, 0.153, 0.298, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.153 std_dev=0.145
C4'	A	0, 0.065, 0.237, 0.409, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.237 std_dev=0.172
C3'	A	0, 0.043, 0.242, 0.441, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.242 std_dev=0.199
O2'	A	0, 0.063, 0.268, 0.473, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.268 std_dev=0.205
O3'	A	0, 0.025, 0.303, 0.580, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.303 std_dev=0.277
OP2	B	0, 0.098, 0.426, 0.754, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.426 std_dev=0.328
P	B	0, 0.052, 0.385, 0.717, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.385 std_dev=0.332
C5'	A	0, 0.132, 0.478, 0.824, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.478 std_dev=0.346
O5'	B	0, 0.077, 0.426, 0.774, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.426 std_dev=0.348
OP1	B	0, 0.119, 0.497, 0.875, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.497 std_dev=0.378
C2	B	0, 0.244, 0.852, 1.461, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.852 std_dev=0.609
N1	B	0, 0.245, 0.858, 1.470, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.858 std_dev=0.612
C6	B	0, 0.254, 0.875, 1.496, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.875 std_dev=0.621
N3	B	0, 0.254, 0.878, 1.503, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.878 std_dev=0.625
C4	B	0, 0.258, 0.887, 1.517, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.887 std_dev=0.629
C5	B	0, 0.262, 0.899, 1.535, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.899 std_dev=0.637
N7	B	0, 0.264, 0.901, 1.538, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.901 std_dev=0.637
C8	B	0, 0.265, 0.906, 1.547, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.906 std_dev=0.641
N9	B	0, 0.265, 0.906, 1.547, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.906 std_dev=0.641
N6	B	0, 0.266, 0.913, 1.560, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.913 std_dev=0.647
C1'	B	0, 0.274, 0.944, 1.615, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.944 std_dev=0.670
O4'	B	0, 0.276, 0.959, 1.641, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.959 std_dev=0.682
O2'	B	0, 0.274, 1.018, 1.762, 1.756 max_d=1.756 avg_d=1.018 std_dev=0.744
C2'	B	0, 0.311, 1.077, 1.843, 1.719 max_d=1.719 avg_d=1.077 std_dev=0.766
O5'	A	0, 0.300, 1.068, 1.837, 1.776 max_d=1.776 avg_d=1.068 std_dev=0.769
P	A	0, 0.237, 1.092, 1.948, 2.088 max_d=2.088 avg_d=1.092 std_dev=0.855
OP2	A	0, 0.282, 1.140, 1.998, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.140 std_dev=0.858
C4'	B	0, 0.364, 1.264, 2.164, 2.026 max_d=2.026 avg_d=1.264 std_dev=0.900
C3'	B	0, 0.391, 1.344, 2.297, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.344 std_dev=0.953
O3'	B	0, 0.441, 1.515, 2.589, 2.366 max_d=2.366 avg_d=1.515 std_dev=1.074
C5'	B	0, 0.471, 1.612, 2.752, 2.471 max_d=2.471 avg_d=1.612 std_dev=1.141
OP1	A	0, 0.523, 2.196, 3.870, 4.058 max_d=4.058 avg_d=2.196 std_dev=1.673

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.04	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.23	0.02	0.29	0.37	0.22
C2	0.04	0.00	0.04	0.11	0.01	0.04	0.00	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.10	0.10	0.04	0.44	0.01	0.62	0.49	0.44
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.04	0.01	0.04	0.07	0.03	0.06	0.05	0.07	0.02	0.00	0.01	0.01	0.28	0.05	0.40	0.29	0.28
C3'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.08	0.00	0.05	0.01	0.07	0.05	0.09	0.13	0.11	0.05	0.03	0.01	0.00	0.01	0.36	0.06	0.49	0.19	0.33
C4	0.02	0.01	0.02	0.08	0.00	0.05	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.06	0.06	0.01	0.44	0.02	0.58	0.49	0.42
C4'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.08	0.07	0.06	0.04	0.03	0.08	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01	0.09	0.20	0.28	0.04
C5	0.01	0.00	0.04	0.05	0.00	0.07	0.00	0.19	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.07	0.04	0.01	0.52	0.01	0.70	0.54	0.50
C5'	0.03	0.14	0.01	0.01	0.15	0.00	0.19	0.00	0.21	0.17	0.18	0.13	0.11	0.21	0.12	0.02	0.01	0.00	0.00	0.24	0.31	0.39	0.01
C6	0.02	0.01	0.04	0.07	0.01	0.08	0.01	0.21	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.05	0.01	0.53	0.01	0.76	0.56	0.53
C8	0.01	0.01	0.07	0.05	0.00	0.07	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.06	0.02	0.51	0.02	0.60	0.52	0.46
N1	0.03	0.00	0.03	0.09	0.01	0.06	0.00	0.18	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.10	0.08	0.03	0.50	0.01	0.72	0.53	0.50
N2	0.04	0.00	0.06	0.13	0.01	0.04	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.10	0.14	0.05	0.41	0.01	0.59	0.48	0.42
N3	0.04	0.00	0.05	0.11	0.01	0.03	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.10	0.04	0.40	0.01	0.54	0.46	0.40
N7	0.01	0.00	0.07	0.05	0.00	0.08	0.00	0.21	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.06	0.02	0.55	0.02	0.72	0.57	0.53
N9	0.00	0.02	0.02	0.03	0.00	0.05	0.01	0.12	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.03	0.02	0.00	0.41	0.02	0.50	0.46	0.37
O2'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.06	0.01	0.07	0.02	0.09	0.05	0.10	0.10	0.08	0.07	0.03	0.00	0.03	0.04	0.06	0.10	0.19	0.24	0.10
O3'	0.01	0.10	0.01	0.00	0.06	0.01	0.04	0.01	0.05	0.06	0.08	0.14	0.10	0.06	0.02	0.03	0.00	0.01	0.25	0.04	0.44	0.07	0.24
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.03	0.05	0.04	0.02	0.00	0.04	0.01	0.00	0.10	0.03	0.14	0.37	0.10
O5'	0.23	0.44	0.28	0.36	0.44	0.01	0.52	0.00	0.53	0.51	0.50	0.41	0.40	0.55	0.41	0.06	0.25	0.10	0.00	0.55	0.02	0.02	0.00
O6	0.02	0.01	0.05	0.06	0.02	0.09	0.01	0.24	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.10	0.04	0.03	0.55	0.00	0.83	0.58	0.56
OP1	0.29	0.62	0.40	0.49	0.58	0.20	0.70	0.31	0.76	0.60	0.72	0.59	0.54	0.72	0.50	0.19	0.44	0.14	0.02	0.83	0.00	0.01	0.01
OP2	0.37	0.49	0.29	0.19	0.49	0.28	0.54	0.39	0.56	0.52	0.53	0.48	0.46	0.57	0.46	0.24	0.07	0.37	0.02	0.58	0.01	0.00	0.01
P	0.22	0.44	0.28	0.33	0.42	0.04	0.50	0.01	0.53	0.46	0.50	0.42	0.40	0.53	0.37	0.10	0.24	0.10	0.00	0.56	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.24	0.19	0.32	0.18	0.32	0.19	0.46	0.22	0.14	0.25	0.20	0.22	0.16	0.14	0.12	0.37	0.18	0.06	0.02	0.09	0.02
C2	0.18	0.12	0.17	0.17	0.02	0.21	0.10	0.27	0.19	0.04	0.20	0.02	0.23	0.05	0.09	0.21	0.18	0.20	0.22	0.17	0.10	0.15
C2'	0.13	0.30	0.21	0.35	0.24	0.32	0.25	0.48	0.28	0.19	0.30	0.27	0.27	0.22	0.20	0.10	0.39	0.17	0.04	0.03	0.11	0.03
C3'	0.08	0.24	0.13	0.25	0.19	0.17	0.21	0.30	0.23	0.15	0.25	0.21	0.22	0.18	0.15	0.03	0.31	0.06	0.07	0.01	0.05	0.00
C4	0.13	0.15	0.15	0.24	0.07	0.28	0.10	0.40	0.17	0.06	0.20	0.07	0.19	0.07	0.07	0.16	0.27	0.20	0.13	0.08	0.02	0.06
C4'	0.08	0.23	0.16	0.27	0.17	0.22	0.18	0.32	0.21	0.13	0.24	0.19	0.21	0.15	0.13	0.07	0.34	0.09	0.06	0.01	0.03	0.02
C5	0.20	0.10	0.23	0.32	0.12	0.35	0.07	0.47	0.09	0.11	0.13	0.13	0.12	0.07	0.15	0.22	0.34	0.27	0.08	0.03	0.06	0.03
C5'	0.08	0.29	0.08	0.17	0.21	0.11	0.23	0.19	0.28	0.16	0.31	0.23	0.30	0.20	0.15	0.01	0.26	0.05	0.07	0.07	0.07	0.03
C6	0.25	0.12	0.25	0.32	0.18	0.35	0.12	0.45	0.07	0.17	0.09	0.19	0.09	0.12	0.21	0.24	0.33	0.29	0.10	0.05	0.02	0.05
C8	0.15	0.13	0.23	0.35	0.10	0.36	0.09	0.50	0.12	0.08	0.15	0.12	0.12	0.07	0.10	0.19	0.40	0.22	0.06	0.09	0.17	0.09
N1	0.25	0.03	0.23	0.26	0.13	0.30	0.05	0.37	0.08	0.15	0.10	0.12	0.15	0.07	0.19	0.24	0.26	0.27	0.16	0.12	0.05	0.10
N2	0.21	0.16	0.22	0.17	0.09	0.15	0.16	0.16	0.23	0.06	0.22	0.09	0.27	0.11	0.11	0.27	0.17	0.15	0.29	0.24	0.16	0.21
N3	0.10	0.19	0.09	0.13	0.09	0.19	0.15	0.28	0.21	0.03	0.24	0.10	0.23	0.10	0.00	0.16	0.16	0.14	0.22	0.16	0.09	0.14
N7	0.20	0.13	0.26	0.37	0.13	0.38	0.09	0.52	0.08	0.12	0.12	0.16	0.09	0.08	0.15	0.23	0.41	0.27	0.07	0.09	0.15	0.09
N9	0.11	0.18	0.17	0.29	0.11	0.31	0.13	0.45	0.17	0.08	0.21	0.12	0.18	0.10	0.09	0.15	0.33	0.19	0.07	0.02	0.08	0.02
O2'	0.29	0.35	0.34	0.48	0.34	0.46	0.34	0.59	0.34	0.32	0.35	0.35	0.34	0.33	0.33	0.22	0.51	0.34	0.05	0.06	0.11	0.06
O3'	0.15	0.27	0.19	0.30	0.24	0.17	0.25	0.28	0.25	0.21	0.26	0.26	0.25	0.22	0.21	0.08	0.36	0.14	0.03	0.01	0.00	0.01
O4'	0.09	0.21	0.17	0.30	0.15	0.28	0.17	0.40	0.19	0.12	0.22	0.17	0.20	0.14	0.12	0.10	0.35	0.14	0.06	0.00	0.08	0.01
O5'	0.52	0.71	0.64	0.76	0.64	0.62	0.66	0.73	0.68	0.59	0.71	0.67	0.68	0.63	0.59	0.47	0.79	0.50	0.41	0.37	0.64	0.44
O6	0.28	0.21	0.29	0.37	0.25	0.38	0.20	0.48	0.15	0.22	0.16	0.25	0.09	0.19	0.25	0.27	0.38	0.32	0.07	0.03	0.04	0.03
OP1	0.71	1.00	0.85	0.96	0.89	0.77	0.95	0.85	1.01	0.84	1.05	0.90	1.04	0.91	0.81	0.69	1.02	0.65	0.64	0.63	0.89	0.67
OP2	0.40	0.55	0.51	0.58	0.51	0.44	0.55	0.51	0.58	0.50	0.59	0.50	0.59	0.54	0.47	0.38	0.62	0.36	0.22	0.15	0.34	0.18
P	0.51	0.71	0.64	0.75	0.63	0.59	0.66	0.69	0.70	0.59	0.73	0.65	0.70	0.63	0.58	0.48	0.79	0.48	0.42	0.39	0.63	0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.16	0.18	0.08	0.14
C2	0.04	0.00	0.13	0.16	0.02	0.13	0.01	0.23	0.01	0.03	0.00	0.00	0.01	0.02	0.03	0.10	0.17	0.04	0.26	0.25	0.22	0.26
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.06	0.01	0.03	0.01	0.08	0.06	0.11	0.12	0.07	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.15	0.15	0.07	0.13
C3'	0.01	0.16	0.00	0.00	0.08	0.00	0.08	0.00	0.11	0.11	0.14	0.14	0.11	0.11	0.06	0.01	0.00	0.01	0.27	0.21	0.13	0.21
C4	0.02	0.02	0.06	0.08	0.00	0.07	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.07	0.03	0.26	0.25	0.19	0.24
C4'	0.01	0.13	0.01	0.00	0.07	0.00	0.07	0.00	0.10	0.04	0.12	0.12	0.09	0.05	0.03	0.04	0.00	0.00	0.01	0.11	0.14	0.00
C5	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.07	0.00	0.15	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.08	0.02	0.27	0.26	0.21	0.25
C5'	0.01	0.23	0.01	0.00	0.14	0.00	0.15	0.00	0.20	0.08	0.23	0.19	0.20	0.12	0.07	0.04	0.02	0.01	0.00	0.17	0.24	0.01
C6	0.02	0.01	0.08	0.11	0.01	0.10	0.01	0.20	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.08	0.11	0.03	0.27	0.25	0.22	0.25
C8	0.01	0.03	0.06	0.11	0.01	0.04	0.02	0.08	0.03	0.00	0.03	0.01	0.04	0.00	0.01	0.04	0.11	0.02	0.24	0.25	0.17	0.22
N1	0.03	0.00	0.11	0.14	0.01	0.12	0.02	0.23	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.09	0.15	0.04	0.27	0.25	0.23	0.26
N3	0.04	0.00	0.12	0.14	0.01	0.12	0.00	0.19	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.09	0.14	0.04	0.27	0.25	0.19	0.25
N6	0.02	0.01	0.07	0.11	0.01	0.09	0.01	0.20	0.00	0.04	0.01	0.02	0.00	0.04	0.02	0.08	0.11	0.03	0.26	0.25	0.22	0.25
N7	0.01	0.02	0.03	0.11	0.01	0.05	0.01	0.12	0.02	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.01	0.03	0.11	0.02	0.25	0.25	0.19	0.23
N9	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.03	0.01	0.07	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.05	0.01	0.24	0.24	0.15	0.21
O2'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.05	0.04	0.05	0.04	0.08	0.04	0.09	0.09	0.08	0.03	0.02	0.00	0.03	0.04	0.02	0.06	0.06	0.01
O3'	0.01	0.17	0.01	0.00	0.07	0.00	0.08	0.02	0.11	0.11	0.15	0.14	0.11	0.11	0.05	0.03	0.00	0.01	0.36	0.24	0.23	0.28
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.04	0.04	0.03	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.21	0.22	0.13	0.16
O5'	0.16	0.26	0.15	0.27	0.26	0.01	0.27	0.00	0.27	0.24	0.27	0.27	0.26	0.25	0.24	0.02	0.36	0.21	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.18	0.25	0.15	0.21	0.25	0.11	0.26	0.17	0.25	0.25	0.25	0.25	0.25	0.25	0.24	0.06	0.24	0.22	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.08	0.22	0.07	0.13	0.19	0.14	0.21	0.24	0.22	0.17	0.23	0.19	0.22	0.19	0.15	0.06	0.23	0.13	0.02	0.00	0.00	0.00
P	0.14	0.26	0.13	0.21	0.24	0.00	0.25	0.01	0.25	0.22	0.26	0.25	0.25	0.23	0.21	0.01	0.28	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00