ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55391

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
N1 A 0, 0.000, 0.000, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.000 std_dev=0.000
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N9 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O4' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O2' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C3' A 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O3' A 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C5' A 0, 0.000, 0.104, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.104
O5' A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
O5' B 0, 0.000, 0.197, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.197
P A 0, 0.000, 0.206, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.206 std_dev=0.206
OP1 A 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C2 B 0, 0.000, 0.228, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C5' B 0, 0.000, 0.237, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.237 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
P B 0, 0.000, 0.238, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.238 std_dev=0.238
OP1 B 0, 0.000, 0.241, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.241 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
O4' B 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C4 B 0, 0.000, 0.270, 0.541, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.270 std_dev=0.270
C6 B 0, 0.000, 0.273, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.273 std_dev=0.273
C4' B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
N6 B 0, 0.000, 0.287, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.287 std_dev=0.287
C5 B 0, 0.000, 0.290, 0.581, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C1' B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
OP2 A 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
N9 B 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C3' B 0, 0.000, 0.315, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.315 std_dev=0.315
N7 B 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
OP2 B 0, 0.000, 0.331, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C2' B 0, 0.000, 0.334, 0.668, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C8 B 0, 0.000, 0.334, 0.669, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.334 std_dev=0.334
O3' B 0, 0.000, 0.366, 0.733, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.366 std_dev=0.366
O2' B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.10 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.08 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.10 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.09 0.12 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.07 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.11 0.08
N2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.10 0.07
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.09 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.10 0.07
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
O5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.12 0.09
OP1 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.05 0.05 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.10 0.01 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.12 0.07 0.11 0.10 0.09 0.10 0.06 0.00 0.04 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.06 0.09 0.03 0.08 0.04 0.09 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.09 0.05 0.08 0.17 0.18 0.14
C2 0.03 0.01 0.09 0.13 0.02 0.09 0.03 0.11 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.15 0.04 0.08 0.16 0.13 0.11
C2' 0.07 0.02 0.09 0.10 0.06 0.10 0.08 0.10 0.07 0.09 0.03 0.04 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.17 0.20 0.15
C3' 0.05 0.00 0.07 0.08 0.05 0.08 0.06 0.10 0.04 0.08 0.01 0.02 0.05 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.17 0.22 0.16
C4 0.01 0.05 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.09 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.03 0.07 0.17 0.16 0.12
C4' 0.03 0.00 0.04 0.06 0.03 0.07 0.04 0.09 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.05 0.08 0.17 0.22 0.15
C5 0.03 0.10 0.01 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.08 0.03 0.10 0.08 0.07 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.16 0.15 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.15 0.21 0.13
C6 0.05 0.10 0.01 0.07 0.08 0.04 0.07 0.08 0.08 0.04 0.09 0.10 0.07 0.05 0.06 0.03 0.09 0.01 0.06 0.16 0.12 0.10
C8 0.02 0.09 0.00 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.09 0.02 0.11 0.07 0.09 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.16 0.17 0.13
N1 0.01 0.06 0.05 0.11 0.03 0.07 0.02 0.10 0.03 0.00 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.07 0.16 0.12 0.10
N2 0.05 0.04 0.11 0.15 0.05 0.11 0.05 0.12 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.10 0.17 0.06 0.09 0.16 0.12 0.11
N3 0.04 0.00 0.08 0.12 0.04 0.09 0.04 0.11 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.13 0.05 0.08 0.17 0.15 0.12
N7 0.05 0.12 0.03 0.03 0.09 0.02 0.10 0.06 0.13 0.06 0.13 0.10 0.12 0.08 0.07 0.04 0.03 0.01 0.05 0.16 0.16 0.12
N9 0.01 0.05 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.03 0.07 0.16 0.17 0.13
O2' 0.09 0.06 0.11 0.12 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.08 0.07 0.12 0.11 0.09 0.11 0.12 0.09 0.09 0.16 0.19 0.15
O3' 0.08 0.03 0.09 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.07 0.10 0.04 0.05 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.17 0.24 0.17
O4' 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.06 0.03 0.09 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.04 0.08 0.18 0.20 0.15
O5' 0.05 0.08 0.05 0.02 0.06 0.00 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.07 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.01 0.04 0.14 0.19 0.12
O6 0.10 0.12 0.07 0.03 0.12 0.02 0.11 0.07 0.11 0.09 0.11 0.12 0.09 0.09 0.11 0.09 0.06 0.04 0.04 0.15 0.11 0.09
OP1 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.07 0.10 0.05 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.13 0.06 0.03 0.06 0.15 0.06
OP2 0.11 0.13 0.14 0.11 0.12 0.07 0.11 0.02 0.11 0.09 0.13 0.13 0.10 0.09 0.11 0.15 0.15 0.06 0.01 0.13 0.20 0.11
P 0.08 0.10 0.10 0.07 0.09 0.04 0.08 0.01 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08 0.07 0.08 0.11 0.10 0.04 0.01 0.12 0.19 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02
C2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.09 0.03
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.11 0.04
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02
N3 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.12 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01
O5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.05 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.11 0.06 0.04 0.10 0.12 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00