ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55392

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O2' A 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O3' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.000, 0.073, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.073 std_dev=0.073
N6 B 0, 0.000, 0.129, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C5' A 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C6 B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
O5' A 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
C5 B 0, 0.000, 0.215, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.215 std_dev=0.215
C3' B 0, 0.000, 0.218, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.218 std_dev=0.218
N1 B 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C4' B 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C2' B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
N7 B 0, 0.000, 0.284, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C4 B 0, 0.000, 0.288, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.288
C8 B 0, 0.000, 0.321, 0.641, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.321 std_dev=0.321
N9 B 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
O3' B 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
C2 B 0, 0.000, 0.365, 0.729, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.365 std_dev=0.365
N3 B 0, 0.000, 0.380, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C1' B 0, 0.000, 0.396, 0.792, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.396 std_dev=0.396
O2' B 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
O4' B 0, 0.000, 0.458, 0.916, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.458
C5' B 0, 0.000, 0.488, 0.977, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.488 std_dev=0.488
O5' B 0, 0.000, 0.579, 1.157, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.579 std_dev=0.579
P A 0, 0.000, 0.657, 1.315, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.657 std_dev=0.657
P B 0, 0.000, 0.771, 1.543, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.771 std_dev=0.771
OP2 B 0, 0.000, 0.847, 1.695, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.847 std_dev=0.847
OP1 B 0, 0.000, 0.871, 1.742, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.871 std_dev=0.871
OP2 A 0, 0.000, 0.931, 1.862, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.931 std_dev=0.931
OP1 A 0, 0.000, 0.950, 1.900, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.950 std_dev=0.950

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.30 0.16
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.00 0.29 0.59 0.36
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.24 0.01 0.08
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.26 0.53 0.33
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.11 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.00 0.35 0.56 0.37
C5' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.39 0.60 0.40
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.26 0.41 0.28
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.00 0.36 0.62 0.39
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.01 0.27 0.59 0.35
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.00 0.23 0.54 0.33
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.35 0.49 0.34
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.19 0.43 0.27
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.09 0.01
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.29 0.03 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.29 0.18
O5' 0.06 0.10 0.01 0.03 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.13 0.11 0.09 0.10 0.13 0.11 0.00 0.04 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.44 0.60 0.41
OP1 0.03 0.29 0.12 0.24 0.26 0.10 0.35 0.05 0.39 0.26 0.36 0.27 0.23 0.35 0.19 0.17 0.29 0.06 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00
OP2 0.30 0.59 0.11 0.01 0.53 0.11 0.56 0.03 0.60 0.41 0.62 0.59 0.54 0.49 0.43 0.09 0.03 0.29 0.00 0.60 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.36 0.01 0.08 0.33 0.03 0.37 0.00 0.40 0.28 0.39 0.35 0.33 0.34 0.27 0.01 0.09 0.18 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.02 0.03 0.14 0.03 0.09 0.06 0.19 0.04 0.09 0.01 0.00 0.06 0.11 0.06 0.01 0.21 0.07 0.37 0.57 0.50 0.48
C2 0.10 0.15 0.11 0.15 0.10 0.14 0.05 0.21 0.05 0.04 0.11 0.15 0.03 0.01 0.09 0.07 0.16 0.08 0.31 0.45 0.36 0.36
C2' 0.11 0.04 0.02 0.10 0.10 0.04 0.11 0.15 0.08 0.16 0.04 0.07 0.09 0.16 0.12 0.04 0.19 0.15 0.35 0.58 0.51 0.49
C3' 0.11 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.09 0.13 0.05 0.15 0.01 0.04 0.06 0.15 0.11 0.03 0.19 0.15 0.34 0.57 0.50 0.47
C4 0.02 0.06 0.07 0.15 0.02 0.12 0.03 0.19 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.07 0.00 0.05 0.20 0.01 0.34 0.51 0.42 0.42
C4' 0.06 0.05 0.03 0.12 0.03 0.05 0.06 0.13 0.02 0.13 0.04 0.02 0.04 0.13 0.07 0.02 0.21 0.11 0.33 0.55 0.48 0.45
C5 0.02 0.04 0.08 0.15 0.00 0.11 0.05 0.16 0.04 0.06 0.01 0.04 0.08 0.10 0.01 0.07 0.20 0.01 0.31 0.47 0.38 0.38
C5' 0.10 0.03 0.00 0.08 0.07 0.00 0.10 0.04 0.05 0.18 0.02 0.00 0.07 0.19 0.12 0.00 0.18 0.17 0.25 0.49 0.41 0.39
C6 0.08 0.08 0.11 0.15 0.05 0.12 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.09 0.06 0.05 0.05 0.10 0.18 0.04 0.27 0.41 0.31 0.32
C8 0.06 0.00 0.04 0.14 0.06 0.07 0.09 0.14 0.07 0.13 0.02 0.02 0.09 0.16 0.08 0.04 0.23 0.10 0.34 0.55 0.45 0.45
N1 0.12 0.14 0.12 0.15 0.10 0.14 0.04 0.18 0.02 0.04 0.08 0.15 0.04 0.00 0.09 0.10 0.15 0.09 0.27 0.40 0.31 0.32
N2 0.13 0.20 0.11 0.15 0.13 0.16 0.08 0.22 0.08 0.07 0.15 0.18 0.00 0.04 0.12 0.08 0.13 0.11 0.30 0.43 0.35 0.35
N3 0.06 0.11 0.09 0.16 0.06 0.14 0.02 0.22 0.03 0.01 0.08 0.10 0.04 0.02 0.05 0.06 0.18 0.04 0.34 0.50 0.42 0.41
N7 0.04 0.00 0.06 0.14 0.05 0.08 0.09 0.12 0.07 0.12 0.02 0.01 0.09 0.15 0.07 0.06 0.23 0.08 0.32 0.50 0.40 0.41
N9 0.03 0.02 0.05 0.14 0.03 0.09 0.06 0.18 0.04 0.09 0.00 0.01 0.08 0.12 0.05 0.03 0.21 0.06 0.35 0.55 0.47 0.46
O2' 0.14 0.09 0.04 0.10 0.12 0.05 0.12 0.19 0.10 0.15 0.08 0.11 0.09 0.14 0.14 0.08 0.17 0.15 0.38 0.60 0.55 0.51
O3' 0.09 0.00 0.00 0.12 0.06 0.06 0.07 0.17 0.03 0.12 0.01 0.03 0.03 0.11 0.09 0.03 0.19 0.12 0.36 0.58 0.53 0.49
O4' 0.02 0.07 0.06 0.15 0.00 0.09 0.04 0.16 0.01 0.09 0.05 0.05 0.04 0.11 0.04 0.05 0.22 0.06 0.35 0.56 0.48 0.46
O5' 0.19 0.08 0.09 0.00 0.17 0.08 0.20 0.03 0.15 0.27 0.09 0.11 0.16 0.27 0.21 0.08 0.11 0.26 0.19 0.46 0.37 0.35
O6 0.09 0.06 0.13 0.14 0.05 0.11 0.01 0.12 0.03 0.00 0.01 0.09 0.06 0.04 0.05 0.13 0.17 0.05 0.22 0.34 0.24 0.26
OP1 0.41 0.26 0.35 0.29 0.34 0.32 0.32 0.28 0.25 0.41 0.23 0.31 0.21 0.38 0.39 0.34 0.19 0.46 0.07 0.24 0.22 0.14
OP2 0.51 0.52 0.42 0.31 0.54 0.34 0.56 0.26 0.55 0.55 0.53 0.52 0.54 0.57 0.54 0.39 0.16 0.52 0.01 0.41 0.25 0.23
P 0.38 0.30 0.29 0.21 0.36 0.25 0.38 0.20 0.34 0.42 0.30 0.33 0.33 0.42 0.39 0.28 0.08 0.42 0.04 0.38 0.28 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02
C2 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.05 0.00 0.12 0.20 0.09 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.09 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.11 0.03 0.01 0.09 0.11 0.05 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.15 0.19 0.12 0.15
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.12 0.04 0.00 0.10 0.12 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.24 0.31 0.27 0.27
C5' 0.03 0.10 0.01 0.00 0.13 0.00 0.19 0.00 0.19 0.21 0.15 0.08 0.22 0.23 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.25 0.34 0.29 0.28
C8 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.01 0.26 0.26 0.27 0.27
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.00 0.19 0.28 0.20 0.21
N3 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.05 0.00 0.09 0.14 0.03 0.07
N6 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.30 0.42 0.39 0.36
N7 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.12 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.31 0.36 0.36 0.34
N9 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.15 0.15 0.09 0.13
O2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.11 0.12 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.18 0.07
O3' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.12 0.00 0.05 0.08 0.12 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.12 0.06 0.02
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.06
O5' 0.03 0.12 0.02 0.04 0.15 0.00 0.24 0.00 0.25 0.26 0.19 0.09 0.30 0.31 0.15 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.20 0.06 0.08 0.19 0.02 0.31 0.05 0.34 0.26 0.28 0.14 0.42 0.36 0.15 0.01 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.09 0.09 0.04 0.12 0.11 0.27 0.02 0.29 0.27 0.20 0.03 0.39 0.36 0.09 0.18 0.06 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.12 0.01 0.02 0.15 0.04 0.27 0.00 0.28 0.27 0.21 0.07 0.36 0.34 0.13 0.07 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00