ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55394

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N2 A 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C4' A 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
O2' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C5' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O3' A 0, 0.000, 0.110, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C4 B 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C8 B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C2 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
N7 B 0, 0.000, 0.272, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.272 std_dev=0.272
O2' B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
N3 B 0, 0.000, 0.277, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C5 B 0, 0.000, 0.278, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.278 std_dev=0.278
O5' A 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C2' B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
N9 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
N1 B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
P A 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C6 B 0, 0.000, 0.333, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.333 std_dev=0.333
OP2 B 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
C3' B 0, 0.000, 0.366, 0.731, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.366 std_dev=0.366
C1' B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
O5' B 0, 0.000, 0.373, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.373 std_dev=0.373
P B 0, 0.000, 0.393, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.393 std_dev=0.393
OP1 B 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
OP2 A 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
OP1 A 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C5' B 0, 0.000, 0.411, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.411 std_dev=0.411
N6 B 0, 0.000, 0.418, 0.837, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.418 std_dev=0.418
C4' B 0, 0.000, 0.457, 0.913, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.457 std_dev=0.457
O3' B 0, 0.000, 0.495, 0.990, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.495 std_dev=0.495
O4' B 0, 0.000, 0.509, 1.018, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.509 std_dev=0.509

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.03 0.06 0.07 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.11 0.02 0.04 0.08 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.12 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.10 0.03
C4 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.11 0.00 0.03 0.09 0.01
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.09 0.05 0.01
C5 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.10 0.00
C5' 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.00
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.01 0.12 0.03
N1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.08 0.02
N2 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.03 0.09 0.01
N3 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.02 0.05 0.08 0.02
N7 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.10 0.02 0.03 0.12 0.03
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.02 0.04 0.08 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.14 0.05
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.08 0.01
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.09 0.04 0.04
O5' 0.08 0.11 0.00 0.03 0.11 0.03 0.11 0.00 0.12 0.09 0.12 0.09 0.10 0.10 0.10 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
O6 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.00
OP1 0.06 0.04 0.02 0.05 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.07 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.12 0.10 0.09 0.05 0.10 0.01 0.09 0.12 0.08 0.09 0.08 0.12 0.08 0.14 0.08 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03 0.01 0.07 0.05 0.02
C2 0.03 0.15 0.04 0.04 0.08 0.04 0.10 0.03 0.16 0.03 0.18 0.10 0.18 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.08 0.08 0.06
C2' 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02
C3' 0.06 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.07 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01
C4 0.03 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.11 0.05 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.02
C4' 0.10 0.01 0.09 0.09 0.03 0.07 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.10 0.13 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01
C5 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.08 0.04 0.02 0.01 0.02
C5' 0.17 0.05 0.16 0.16 0.10 0.15 0.07 0.10 0.03 0.12 0.03 0.09 0.00 0.07 0.14 0.18 0.21 0.15 0.12 0.01 0.05 0.07
C6 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.08 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01
C8 0.12 0.00 0.07 0.07 0.06 0.09 0.03 0.07 0.01 0.08 0.02 0.04 0.02 0.04 0.09 0.05 0.09 0.12 0.06 0.01 0.00 0.03
N1 0.00 0.12 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.15 0.07 0.11 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
N2 0.07 0.17 0.07 0.08 0.11 0.08 0.14 0.08 0.20 0.08 0.20 0.13 0.24 0.11 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.13 0.13 0.11
N3 0.02 0.14 0.03 0.03 0.07 0.03 0.10 0.03 0.16 0.03 0.17 0.10 0.18 0.06 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.07 0.05
N7 0.12 0.01 0.07 0.06 0.08 0.10 0.05 0.09 0.01 0.09 0.00 0.06 0.00 0.06 0.10 0.04 0.08 0.14 0.07 0.01 0.02 0.05
N9 0.06 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.03 0.08 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.04 0.02
O2' 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.10 0.07 0.06
O3' 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.12 0.07 0.06
O4' 0.09 0.03 0.08 0.08 0.02 0.07 0.01 0.03 0.05 0.05 0.06 0.01 0.08 0.00 0.06 0.09 0.12 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00
O5' 0.07 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.06 0.07 0.07 0.04 0.02 0.14 0.07 0.07
O6 0.07 0.03 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03 0.07 0.00 0.06 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.09 0.05 0.01 0.00 0.04
OP1 0.08 0.04 0.07 0.07 0.02 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.11 0.08 0.07 0.00 0.04 0.04
OP2 0.04 0.14 0.06 0.05 0.11 0.03 0.13 0.08 0.15 0.09 0.15 0.12 0.16 0.12 0.08 0.06 0.01 0.02 0.07 0.13 0.12 0.10
P 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.07 0.03 0.08 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.09 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C2 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.08 0.04 0.02 0.01 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
C4 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C5' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01
C8 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01
N1 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.03
N3 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.03
N6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
N7 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.06 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
O3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.08 0.06
O5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00