ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55400

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 14, 25, 15, 6, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.015, 0.023, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.014, 0.024, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.013, 0.029, 0.046, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.032 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.025, 0.048, 0.072, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.048 std_dev=0.024
C3' A 0, 0.118, 0.203, 0.287, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.203 std_dev=0.084
O4' A 0, 0.136, 0.223, 0.310, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.223 std_dev=0.087
C2' A 0, 0.108, 0.200, 0.293, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.200 std_dev=0.093
C4' A 0, 0.192, 0.302, 0.413, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.302 std_dev=0.110
N7 B 0, 0.165, 0.279, 0.392, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.279 std_dev=0.114
O3' A 0, 0.129, 0.249, 0.369, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.249 std_dev=0.120
C4 B 0, 0.132, 0.254, 0.376, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.254 std_dev=0.122
C5 B 0, 0.114, 0.239, 0.364, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.239 std_dev=0.125
C8 B 0, 0.151, 0.277, 0.403, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.277 std_dev=0.126
N3 B 0, 0.162, 0.290, 0.418, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.290 std_dev=0.128
N9 B 0, 0.142, 0.270, 0.399, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.270 std_dev=0.128
O6 B 0, 0.135, 0.270, 0.405, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.270 std_dev=0.135
C6 B 0, 0.097, 0.232, 0.368, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.232 std_dev=0.136
C2 B 0, 0.141, 0.279, 0.416, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.279 std_dev=0.138
N1 B 0, 0.092, 0.236, 0.379, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.236 std_dev=0.144
C1' B 0, 0.165, 0.312, 0.458, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.312 std_dev=0.147
O5' B 0, 0.187, 0.340, 0.494, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.340 std_dev=0.153
O4' B 0, 0.162, 0.320, 0.478, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.320 std_dev=0.158
C2' B 0, 0.226, 0.386, 0.545, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.386 std_dev=0.159
N2 B 0, 0.169, 0.330, 0.490, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.330 std_dev=0.161
C5' A 0, 0.217, 0.380, 0.544, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.380 std_dev=0.164
C3' B 0, 0.169, 0.333, 0.498, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.333 std_dev=0.164
C4' B 0, 0.155, 0.320, 0.486, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.320 std_dev=0.166
C5' B 0, 0.152, 0.329, 0.505, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.329 std_dev=0.176
O2' A 0, 0.203, 0.387, 0.570, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.387 std_dev=0.184
O2' B 0, 0.262, 0.452, 0.642, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.452 std_dev=0.190
P B 0, 0.169, 0.368, 0.566, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.368 std_dev=0.199
OP2 B 0, 0.303, 0.502, 0.701, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.502 std_dev=0.199
P A 0, 0.334, 0.540, 0.747, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.540 std_dev=0.207
O3' B 0, 0.177, 0.384, 0.592, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.384 std_dev=0.208
O5' A 0, 0.283, 0.512, 0.742, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.512 std_dev=0.230
OP1 B 0, 0.275, 0.507, 0.739, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.507 std_dev=0.232
OP2 A 0, 0.576, 0.895, 1.213, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.895 std_dev=0.318
OP1 A 0, 0.557, 0.911, 1.265, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.911 std_dev=0.354

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.14 0.19 0.08
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.06 0.18 0.01 0.10 0.24 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.16 0.17 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.18 0.15 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.17 0.01 0.11 0.23 0.11
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.15 0.14 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.20 0.01 0.12 0.24 0.13
C5' 0.02 0.07 0.05 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.10 0.15 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.22 0.01 0.12 0.25 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.04 0.18 0.02 0.15 0.23 0.13
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.05 0.21 0.01 0.10 0.25 0.12
N2 0.04 0.00 0.06 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.13 0.07 0.17 0.01 0.12 0.25 0.11
N3 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.06 0.16 0.01 0.11 0.23 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.21 0.02 0.15 0.24 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.15 0.02 0.13 0.22 0.10
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.05 0.06 0.06 0.09 0.13 0.10 0.04 0.02 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.17 0.17 0.04
O3' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.09 0.13 0.09 0.04 0.04 0.05 0.00 0.04 0.08 0.06 0.19 0.12 0.06
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.13 0.04 0.13 0.19 0.10
O5' 0.09 0.18 0.03 0.07 0.17 0.02 0.20 0.01 0.22 0.18 0.21 0.17 0.16 0.21 0.15 0.04 0.08 0.13 0.00 0.24 0.02 0.03 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.04 0.24 0.00 0.14 0.26 0.15
OP1 0.14 0.10 0.16 0.18 0.11 0.15 0.12 0.15 0.12 0.15 0.10 0.12 0.11 0.15 0.13 0.17 0.19 0.13 0.02 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.24 0.17 0.15 0.23 0.14 0.24 0.17 0.25 0.23 0.25 0.25 0.23 0.24 0.22 0.17 0.12 0.19 0.03 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.04 0.04 0.11 0.05 0.13 0.01 0.13 0.13 0.12 0.11 0.10 0.14 0.10 0.04 0.06 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.14 0.11 0.07 0.11 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.11 0.17 0.14 0.09 0.10 0.14 0.08 0.10 0.10 0.09 0.12 0.14 0.12
C2 0.10 0.10 0.12 0.08 0.07 0.08 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.13 0.10 0.13 0.08 0.16 0.09 0.08 0.10 0.15 0.13 0.14 0.12
C2' 0.11 0.14 0.11 0.08 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.17 0.13 0.10 0.11 0.14 0.08 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.12
C3' 0.08 0.09 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.13 0.09 0.08 0.07 0.10 0.06 0.07 0.09 0.10 0.12 0.14 0.11
C4 0.12 0.13 0.14 0.09 0.11 0.10 0.07 0.11 0.07 0.09 0.09 0.15 0.14 0.09 0.11 0.16 0.09 0.11 0.11 0.11 0.13 0.14 0.12
C4' 0.09 0.11 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.14 0.10 0.08 0.08 0.12 0.07 0.08 0.10 0.09 0.13 0.14 0.12
C5 0.14 0.14 0.16 0.12 0.13 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.11 0.15 0.15 0.10 0.13 0.18 0.12 0.13 0.13 0.12 0.14 0.16 0.14
C5' 0.11 0.12 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.11 0.10 0.14 0.12 0.11 0.11 0.14 0.10 0.11 0.13 0.10 0.16 0.18 0.16
C6 0.14 0.11 0.18 0.14 0.11 0.12 0.08 0.12 0.08 0.10 0.09 0.13 0.13 0.10 0.12 0.19 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.16 0.14
C8 0.15 0.17 0.15 0.11 0.15 0.13 0.14 0.14 0.14 0.14 0.16 0.18 0.17 0.13 0.15 0.17 0.11 0.14 0.14 0.12 0.16 0.17 0.16
N1 0.12 0.10 0.16 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.12 0.09 0.18 0.11 0.09 0.10 0.15 0.12 0.15 0.12
N2 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.14 0.14 0.15 0.14 0.12 0.14 0.11 0.16 0.11 0.15 0.12 0.10 0.13 0.17 0.15 0.16 0.14
N3 0.10 0.10 0.12 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.09 0.07 0.13 0.11 0.10 0.08 0.15 0.09 0.09 0.10 0.14 0.12 0.14 0.11
N7 0.16 0.16 0.17 0.14 0.16 0.14 0.14 0.15 0.13 0.15 0.15 0.17 0.17 0.14 0.16 0.18 0.14 0.15 0.16 0.13 0.17 0.18 0.17
N9 0.13 0.16 0.14 0.09 0.13 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.13 0.17 0.15 0.10 0.12 0.16 0.09 0.12 0.12 0.09 0.13 0.15 0.13
O2' 0.14 0.17 0.14 0.11 0.14 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.16 0.20 0.16 0.11 0.13 0.16 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11
O3' 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.13 0.13 0.16 0.12
O4' 0.12 0.14 0.13 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.11 0.18 0.14 0.09 0.11 0.16 0.10 0.11 0.11 0.09 0.13 0.15 0.13
O5' 0.17 0.13 0.19 0.19 0.15 0.19 0.14 0.22 0.12 0.18 0.11 0.15 0.15 0.17 0.17 0.20 0.21 0.18 0.23 0.13 0.25 0.27 0.25
O6 0.16 0.12 0.20 0.17 0.12 0.15 0.09 0.15 0.09 0.12 0.10 0.13 0.14 0.10 0.13 0.21 0.19 0.15 0.16 0.13 0.16 0.18 0.16
OP1 0.14 0.18 0.12 0.12 0.15 0.13 0.16 0.16 0.17 0.15 0.18 0.20 0.16 0.16 0.15 0.13 0.11 0.14 0.16 0.18 0.17 0.21 0.18
OP2 0.27 0.21 0.29 0.27 0.24 0.27 0.22 0.27 0.21 0.25 0.20 0.22 0.24 0.23 0.25 0.33 0.30 0.27 0.27 0.22 0.26 0.30 0.28
P 0.14 0.12 0.15 0.13 0.12 0.13 0.12 0.16 0.11 0.13 0.10 0.14 0.13 0.13 0.13 0.18 0.14 0.14 0.16 0.12 0.16 0.20 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.07 0.01 0.08 0.12 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.08 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.10 0.10 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.12 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.10 0.14 0.10
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.09 0.01 0.11 0.15 0.11
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.09 0.13 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.08 0.01 0.10 0.14 0.10
N2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.07 0.02 0.08 0.12 0.08
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.11 0.08
N7 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.11 0.16 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.10 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.04 0.05 0.00 0.01 0.10 0.08 0.14 0.15 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.07 0.07 0.05
O5' 0.05 0.07 0.04 0.07 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.04 0.10 0.06 0.00 0.10 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03 0.10 0.00 0.13 0.17 0.12
OP1 0.06 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.07 0.08 0.14 0.07 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.12 0.08 0.10 0.12 0.02 0.14 0.02 0.15 0.13 0.14 0.12 0.11 0.16 0.10 0.06 0.15 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.05 0.08 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.07 0.04 0.12 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00