ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55401

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 19, 15, 8, 9, 7, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.020, 0.039, 0.058, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.039 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.034 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.035 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.008, 0.034, 0.059, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.034 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.020, 0.071, 0.122, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.071 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.014, 0.069, 0.124, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.069 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.082, 0.153, 0.225, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.153 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.078, 0.167, 0.255, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.167 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.045, 0.142, 0.238, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.142 std_dev=0.096
C5' A 0, 0.081, 0.205, 0.329, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.205 std_dev=0.124
O3' A 0, 0.089, 0.226, 0.362, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.226 std_dev=0.136
P A 0, 0.068, 0.245, 0.421, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.245 std_dev=0.176
N1 B 0, 0.171, 0.348, 0.526, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.348 std_dev=0.177
C6 B 0, 0.122, 0.305, 0.488, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.305 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.074, 0.257, 0.441, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.257 std_dev=0.183
OP1 A 0, 0.120, 0.304, 0.489, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.304 std_dev=0.184
N3 B 0, 0.128, 0.313, 0.497, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.313 std_dev=0.185
C2 B 0, 0.176, 0.361, 0.547, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.361 std_dev=0.186
C5 B 0, 0.079, 0.266, 0.454, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.266 std_dev=0.187
OP2 A 0, 0.075, 0.272, 0.469, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.272 std_dev=0.197
N9 B 0, 0.075, 0.272, 0.469, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.272 std_dev=0.197
C2' B 0, 0.074, 0.281, 0.489, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.281 std_dev=0.207
C1' B 0, 0.094, 0.303, 0.512, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.303 std_dev=0.209
O6 B 0, 0.135, 0.350, 0.564, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.350 std_dev=0.214
C8 B 0, 0.090, 0.310, 0.531, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.310 std_dev=0.220
N7 B 0, 0.081, 0.301, 0.522, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.301 std_dev=0.221
O2' B 0, 0.102, 0.327, 0.552, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.327 std_dev=0.225
N2 B 0, 0.244, 0.469, 0.695, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.469 std_dev=0.226
C3' B 0, 0.030, 0.277, 0.524, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.277 std_dev=0.247
O5' A 0, -0.022, 0.235, 0.492, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.235 std_dev=0.257
O4' B 0, 0.075, 0.333, 0.591, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.333 std_dev=0.258
O3' B 0, 0.038, 0.298, 0.558, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.298 std_dev=0.260
C4' B 0, 0.039, 0.318, 0.597, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.318 std_dev=0.279
O5' B 0, 0.041, 0.346, 0.651, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.346 std_dev=0.305
C5' B 0, 0.013, 0.327, 0.641, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.327 std_dev=0.314
P B 0, 0.034, 0.379, 0.725, 2.220 max_d=2.220 avg_d=0.379 std_dev=0.346
OP2 B 0, 0.061, 0.410, 0.759, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.410 std_dev=0.349
OP1 B 0, 0.035, 0.442, 0.848, 2.378 max_d=2.378 avg_d=0.442 std_dev=0.406

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.18 0.05
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.17 0.01 0.10 0.12 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.04 0.11 0.13 0.05
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.14 0.07 0.16 0.10 0.09
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.17 0.01 0.10 0.13 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.16 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.21 0.01 0.12 0.12 0.12
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.07 0.15 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.22 0.00 0.14 0.13 0.13
C8 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03 0.21 0.02 0.11 0.13 0.10
N1 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.07 0.03 0.20 0.01 0.12 0.12 0.11
N2 0.04 0.01 0.07 0.07 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.09 0.04 0.15 0.02 0.10 0.12 0.08
N3 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.14 0.01 0.09 0.13 0.07
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.24 0.02 0.13 0.13 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.15 0.02 0.08 0.14 0.07
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.10 0.07 0.03 0.02 0.00 0.06 0.03 0.05 0.04 0.11 0.14 0.04
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.04 0.06 0.00 0.02 0.13 0.09 0.22 0.10 0.13
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.06 0.22 0.09
O5' 0.06 0.17 0.10 0.14 0.17 0.01 0.21 0.01 0.22 0.21 0.20 0.15 0.14 0.24 0.15 0.05 0.13 0.05 0.00 0.25 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.09 0.03 0.25 0.00 0.16 0.14 0.15
OP1 0.05 0.10 0.11 0.16 0.10 0.07 0.12 0.07 0.14 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.08 0.11 0.22 0.06 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.12 0.13 0.10 0.13 0.16 0.12 0.15 0.13 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.10 0.22 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.05 0.09 0.08 0.03 0.12 0.01 0.13 0.10 0.11 0.08 0.07 0.13 0.07 0.04 0.13 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.12 0.12 0.15 0.10 0.20 0.10 0.17 0.11 0.13 0.09 0.11 0.17 0.18 0.27 0.27 0.22
C2 0.11 0.14 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.14 0.12 0.18 0.13 0.14 0.12 0.13 0.10 0.11 0.18 0.11 0.29 0.27 0.23
C2' 0.10 0.12 0.08 0.09 0.10 0.09 0.13 0.12 0.14 0.14 0.11 0.20 0.11 0.16 0.11 0.12 0.09 0.10 0.16 0.19 0.25 0.26 0.21
C3' 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.13 0.11 0.14 0.14 0.08 0.16 0.09 0.16 0.11 0.12 0.09 0.11 0.14 0.20 0.22 0.23 0.19
C4 0.09 0.13 0.10 0.10 0.07 0.10 0.09 0.12 0.08 0.13 0.10 0.19 0.11 0.13 0.09 0.14 0.11 0.09 0.16 0.11 0.27 0.26 0.21
C4' 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.13 0.16 0.15 0.16 0.18 0.09 0.16 0.09 0.20 0.14 0.14 0.11 0.14 0.17 0.22 0.26 0.27 0.22
C5 0.10 0.14 0.13 0.12 0.06 0.12 0.06 0.13 0.08 0.12 0.12 0.18 0.11 0.11 0.08 0.16 0.14 0.11 0.16 0.09 0.27 0.26 0.21
C5' 0.17 0.12 0.16 0.16 0.16 0.18 0.20 0.19 0.19 0.23 0.12 0.15 0.13 0.25 0.19 0.18 0.15 0.19 0.21 0.25 0.28 0.28 0.25
C6 0.08 0.14 0.13 0.12 0.07 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.13 0.17 0.12 0.11 0.06 0.16 0.14 0.09 0.15 0.12 0.27 0.26 0.21
C8 0.13 0.15 0.14 0.14 0.10 0.15 0.11 0.16 0.08 0.17 0.13 0.20 0.12 0.17 0.13 0.17 0.15 0.15 0.19 0.11 0.27 0.27 0.23
N1 0.08 0.14 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.17 0.12 0.14 0.10 0.13 0.10 0.08 0.17 0.11 0.29 0.27 0.23
N2 0.15 0.15 0.15 0.15 0.14 0.15 0.13 0.16 0.12 0.16 0.13 0.18 0.15 0.15 0.15 0.16 0.14 0.15 0.20 0.12 0.31 0.28 0.25
N3 0.11 0.14 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.19 0.12 0.14 0.11 0.14 0.10 0.10 0.17 0.12 0.28 0.26 0.22
N7 0.14 0.15 0.16 0.16 0.10 0.16 0.08 0.17 0.09 0.16 0.15 0.19 0.13 0.15 0.13 0.18 0.17 0.16 0.19 0.10 0.27 0.27 0.23
N9 0.10 0.13 0.11 0.11 0.08 0.11 0.11 0.13 0.09 0.15 0.10 0.20 0.11 0.16 0.11 0.15 0.11 0.11 0.17 0.13 0.27 0.26 0.22
O2' 0.12 0.14 0.10 0.10 0.12 0.11 0.14 0.13 0.15 0.14 0.12 0.21 0.13 0.16 0.12 0.14 0.10 0.12 0.18 0.19 0.27 0.27 0.22
O3' 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.12 0.10 0.14 0.12 0.09 0.15 0.09 0.15 0.10 0.10 0.08 0.09 0.13 0.19 0.20 0.22 0.16
O4' 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.13 0.15 0.16 0.14 0.18 0.09 0.18 0.10 0.20 0.13 0.15 0.12 0.14 0.19 0.21 0.28 0.28 0.24
O5' 0.20 0.31 0.19 0.15 0.23 0.16 0.20 0.13 0.22 0.17 0.29 0.36 0.28 0.16 0.20 0.22 0.13 0.19 0.12 0.19 0.15 0.14 0.11
O6 0.13 0.16 0.19 0.18 0.12 0.15 0.12 0.13 0.15 0.10 0.15 0.17 0.15 0.13 0.10 0.21 0.20 0.14 0.14 0.16 0.26 0.26 0.20
OP1 0.12 0.24 0.12 0.10 0.15 0.11 0.13 0.12 0.16 0.14 0.23 0.30 0.20 0.14 0.13 0.15 0.09 0.13 0.13 0.15 0.22 0.22 0.18
OP2 0.14 0.17 0.16 0.16 0.14 0.16 0.13 0.15 0.14 0.16 0.17 0.19 0.15 0.16 0.15 0.17 0.16 0.17 0.15 0.14 0.21 0.20 0.18
P 0.13 0.22 0.13 0.11 0.15 0.12 0.13 0.11 0.16 0.14 0.22 0.27 0.19 0.14 0.13 0.16 0.11 0.14 0.11 0.15 0.19 0.18 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.09 0.05
C2 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.10 0.02 0.13 0.17 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.10 0.08 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.12 0.08 0.06
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.10 0.01 0.12 0.16 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.13 0.01 0.16 0.19 0.14
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.10 0.07 0.05 0.05 0.11 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.10 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.13 0.01 0.17 0.20 0.15
C8 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.14 0.02 0.13 0.16 0.12
N1 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.11 0.01 0.15 0.19 0.13
N2 0.05 0.01 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.10 0.05 0.10 0.03 0.13 0.17 0.11
N3 0.04 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.09 0.01 0.11 0.15 0.10
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.15 0.02 0.17 0.20 0.15
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.10 0.13 0.09
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.02 0.07 0.09 0.07 0.03 0.02 0.00 0.06 0.05 0.05 0.06 0.09 0.08 0.05
O3' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.04 0.06 0.00 0.02 0.08 0.07 0.16 0.10 0.09
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.02 0.06 0.09 0.08
O5' 0.05 0.10 0.05 0.06 0.10 0.01 0.13 0.01 0.13 0.14 0.11 0.10 0.09 0.15 0.10 0.05 0.08 0.06 0.00 0.15 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.02 0.15 0.00 0.19 0.22 0.17
OP1 0.06 0.13 0.10 0.12 0.12 0.06 0.16 0.06 0.17 0.13 0.15 0.13 0.11 0.17 0.10 0.09 0.16 0.06 0.02 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.17 0.08 0.08 0.16 0.04 0.19 0.02 0.20 0.16 0.19 0.17 0.15 0.20 0.13 0.08 0.10 0.09 0.02 0.22 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.06 0.06 0.11 0.03 0.14 0.01 0.15 0.12 0.13 0.11 0.10 0.15 0.09 0.05 0.09 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00