ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55402

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 15, 8, 4, 4, 2, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, -0.001, 0.006, 0.014, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.006 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.014 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.001, 0.017, 0.032, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.001, 0.024, 0.046, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.024 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.022, 0.065, 0.108, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.065 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.030, 0.082, 0.134, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.082 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.051, 0.112, 0.174, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.112 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.031, 0.106, 0.181, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.106 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.043, 0.132, 0.221, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.132 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.067, 0.189, 0.311, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.189 std_dev=0.122
O5' A 0, 0.076, 0.203, 0.330, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.203 std_dev=0.127
O3' A 0, 0.072, 0.219, 0.367, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.219 std_dev=0.147
P A 0, 0.072, 0.293, 0.513, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.293 std_dev=0.221
N3 B 0, 0.052, 0.298, 0.543, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.298 std_dev=0.246
O3' B 0, 0.026, 0.278, 0.530, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.278 std_dev=0.252
C4 B 0, 0.037, 0.291, 0.545, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.291 std_dev=0.254
C2 B 0, 0.042, 0.297, 0.552, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.297 std_dev=0.255
OP2 A 0, 0.082, 0.336, 0.591, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.336 std_dev=0.255
N9 B 0, 0.072, 0.331, 0.590, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.331 std_dev=0.259
N2 B 0, 0.103, 0.366, 0.629, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.366 std_dev=0.263
C1' B 0, 0.069, 0.341, 0.612, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.341 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.057, 0.332, 0.607, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.332 std_dev=0.275
OP1 A 0, 0.074, 0.352, 0.630, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.352 std_dev=0.278
N1 B 0, -0.001, 0.281, 0.564, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.281 std_dev=0.283
C8 B 0, 0.120, 0.403, 0.686, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.403 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.031, 0.326, 0.621, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.326 std_dev=0.295
N7 B 0, 0.117, 0.417, 0.717, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.417 std_dev=0.300
C3' B 0, -0.003, 0.329, 0.660, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.329 std_dev=0.332
O4' B 0, 0.099, 0.433, 0.767, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.433 std_dev=0.334
O6 B 0, 0.051, 0.392, 0.733, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.392 std_dev=0.341
C2' B 0, 0.003, 0.362, 0.720, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.362 std_dev=0.358
C4' B 0, 0.035, 0.402, 0.769, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.402 std_dev=0.367
P B 0, -0.010, 0.460, 0.930, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.460 std_dev=0.470
C5' B 0, 0.026, 0.515, 1.003, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.515 std_dev=0.488
O5' B 0, -0.036, 0.453, 0.942, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.453 std_dev=0.489
O2' B 0, -0.149, 0.370, 0.888, 3.194 max_d=3.194 avg_d=0.370 std_dev=0.518
OP2 B 0, 0.049, 0.600, 1.151, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.600 std_dev=0.551
OP1 B 0, 0.017, 0.571, 1.126, 2.262 max_d=2.262 avg_d=0.571 std_dev=0.554

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.07 0.00 0.09 0.15 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.08 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.14 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.12 0.16 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.09 0.00 0.12 0.18 0.14
C8 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.10 0.14 0.12
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.08 0.00 0.11 0.17 0.13
N2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.07 0.01 0.08 0.14 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.06 0.00 0.08 0.13 0.10
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.13 0.17 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.11 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.08 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.09 0.12 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06
O5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.09 0.00 0.14 0.19 0.15
OP1 0.04 0.09 0.06 0.08 0.09 0.04 0.12 0.04 0.12 0.10 0.11 0.08 0.08 0.13 0.07 0.06 0.12 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.15 0.05 0.05 0.14 0.02 0.16 0.01 0.18 0.14 0.17 0.14 0.13 0.17 0.11 0.04 0.07 0.07 0.01 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.02 0.03 0.11 0.01 0.13 0.01 0.14 0.12 0.13 0.11 0.10 0.15 0.10 0.02 0.06 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.17 0.11 0.15 0.17 0.17 0.21 0.18 0.16 0.17 0.16 0.14 0.18 0.15 0.21 0.15 0.22 0.17 0.19 0.14 0.25 0.08
C2 0.12 0.20 0.21 0.10 0.14 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.17 0.25 0.19 0.12 0.12 0.29 0.15 0.15 0.10 0.14 0.25 0.23 0.18
C2' 0.15 0.16 0.19 0.12 0.15 0.19 0.17 0.24 0.20 0.16 0.20 0.17 0.14 0.17 0.15 0.26 0.14 0.23 0.19 0.21 0.13 0.28 0.07
C3' 0.13 0.13 0.17 0.11 0.13 0.18 0.16 0.23 0.19 0.15 0.17 0.13 0.12 0.17 0.13 0.22 0.13 0.21 0.18 0.22 0.09 0.28 0.06
C4 0.12 0.15 0.16 0.09 0.11 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.19 0.12 0.14 0.12 0.18 0.15 0.18 0.13 0.14 0.15 0.21 0.09
C4' 0.14 0.13 0.17 0.11 0.14 0.18 0.17 0.22 0.18 0.16 0.16 0.13 0.13 0.18 0.14 0.18 0.14 0.21 0.18 0.21 0.09 0.27 0.05
C5 0.11 0.15 0.12 0.07 0.12 0.10 0.14 0.13 0.15 0.15 0.15 0.17 0.12 0.16 0.12 0.09 0.14 0.15 0.12 0.16 0.11 0.19 0.09
C5' 0.14 0.13 0.15 0.12 0.14 0.17 0.17 0.21 0.18 0.17 0.15 0.14 0.13 0.19 0.14 0.14 0.15 0.20 0.18 0.21 0.07 0.27 0.06
C6 0.11 0.19 0.11 0.05 0.16 0.07 0.16 0.09 0.17 0.15 0.18 0.20 0.18 0.16 0.13 0.09 0.14 0.12 0.09 0.17 0.13 0.16 0.12
C8 0.15 0.11 0.14 0.12 0.16 0.17 0.19 0.20 0.19 0.19 0.15 0.11 0.11 0.21 0.17 0.10 0.16 0.21 0.19 0.20 0.11 0.22 0.09
N1 0.12 0.21 0.18 0.09 0.16 0.08 0.15 0.09 0.16 0.14 0.18 0.23 0.20 0.15 0.14 0.20 0.14 0.14 0.07 0.16 0.20 0.19 0.17
N2 0.14 0.21 0.24 0.15 0.15 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.18 0.26 0.20 0.13 0.13 0.36 0.18 0.17 0.14 0.14 0.33 0.28 0.25
N3 0.11 0.18 0.20 0.10 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.16 0.23 0.15 0.12 0.11 0.27 0.15 0.17 0.12 0.13 0.21 0.24 0.14
N7 0.14 0.12 0.12 0.11 0.14 0.14 0.18 0.17 0.18 0.19 0.15 0.13 0.10 0.20 0.15 0.08 0.16 0.17 0.17 0.19 0.11 0.21 0.10
N9 0.14 0.13 0.16 0.11 0.14 0.16 0.16 0.19 0.16 0.17 0.15 0.15 0.12 0.17 0.15 0.16 0.15 0.21 0.17 0.17 0.12 0.23 0.08
O2' 0.15 0.18 0.21 0.13 0.15 0.20 0.17 0.25 0.20 0.16 0.20 0.19 0.15 0.17 0.15 0.30 0.14 0.24 0.20 0.22 0.16 0.31 0.10
O3' 0.12 0.12 0.17 0.11 0.12 0.17 0.15 0.23 0.18 0.12 0.16 0.12 0.11 0.15 0.11 0.24 0.12 0.19 0.18 0.23 0.10 0.30 0.07
O4' 0.14 0.14 0.16 0.11 0.15 0.17 0.18 0.21 0.18 0.18 0.16 0.14 0.13 0.19 0.15 0.17 0.15 0.22 0.18 0.21 0.12 0.25 0.06
O5' 0.13 0.13 0.14 0.12 0.14 0.16 0.16 0.20 0.17 0.17 0.14 0.16 0.13 0.18 0.14 0.12 0.16 0.18 0.18 0.21 0.08 0.27 0.08
O6 0.15 0.20 0.08 0.06 0.20 0.09 0.20 0.12 0.21 0.19 0.20 0.20 0.20 0.20 0.18 0.18 0.14 0.14 0.11 0.21 0.12 0.15 0.14
OP1 0.17 0.19 0.16 0.16 0.18 0.20 0.20 0.24 0.21 0.20 0.20 0.22 0.18 0.22 0.18 0.14 0.18 0.21 0.23 0.25 0.18 0.35 0.14
OP2 0.16 0.18 0.16 0.16 0.15 0.17 0.16 0.20 0.16 0.18 0.17 0.22 0.16 0.19 0.16 0.18 0.20 0.17 0.20 0.19 0.19 0.31 0.14
P 0.14 0.16 0.14 0.13 0.14 0.16 0.17 0.20 0.17 0.18 0.16 0.19 0.14 0.19 0.15 0.14 0.18 0.18 0.19 0.21 0.13 0.30 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.07 0.23 0.10
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.18 0.11 0.10 0.00 0.09 0.27 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.03 0.13 0.15 0.09
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.02 0.05 0.03 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.04 0.13 0.10 0.09
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.06 0.07 0.01 0.07 0.23 0.08
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.07 0.12 0.09 0.05 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.16 0.12
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.03 0.09 0.01 0.11 0.21 0.07
C5' 0.04 0.15 0.09 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.12 0.11 0.14 0.18 0.14 0.11 0.07 0.03 0.07 0.01 0.00 0.12 0.10 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.05 0.09 0.00 0.10 0.22 0.08
C8 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.03 0.06 0.12 0.01 0.18 0.19 0.10
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.14 0.09 0.10 0.00 0.07 0.25 0.10
N2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.21 0.14 0.13 0.01 0.15 0.30 0.15
N3 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.17 0.11 0.09 0.00 0.09 0.27 0.11
N7 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 0.04 0.12 0.01 0.19 0.19 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.10 0.21 0.08
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.03 0.08 0.05 0.03 0.04 0.15 0.07 0.17 0.12 0.13 0.05 0.00 0.07 0.04 0.13 0.06 0.13 0.28 0.13
O3' 0.11 0.18 0.02 0.00 0.11 0.01 0.08 0.07 0.10 0.03 0.14 0.21 0.17 0.03 0.07 0.07 0.00 0.08 0.08 0.08 0.17 0.15 0.13
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.14 0.11 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.04 0.13 0.27 0.15
O5' 0.04 0.10 0.13 0.09 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.07 0.13 0.08 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.10 0.00 0.13 0.21 0.08
OP1 0.07 0.09 0.13 0.13 0.07 0.10 0.11 0.10 0.10 0.18 0.07 0.15 0.09 0.19 0.10 0.13 0.17 0.13 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.27 0.15 0.10 0.23 0.16 0.21 0.08 0.22 0.19 0.25 0.30 0.27 0.19 0.21 0.28 0.15 0.27 0.01 0.21 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.12 0.09 0.09 0.08 0.12 0.07 0.01 0.08 0.10 0.10 0.15 0.11 0.09 0.08 0.13 0.13 0.15 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00