ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55403

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 5, 7, 2, 8, 3, 5, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.015, 0.023, 0.032, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.022, 0.034, 0.045, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.034 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.015, 0.028, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.037, 0.055, 0.073, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.055 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.014, 0.034, 0.053, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.021, 0.042, 0.064, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.042 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.019, 0.045, 0.070, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.045 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.018, 0.046, 0.075, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.046 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.023, 0.061, 0.098, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.061 std_dev=0.037
O3' A 0, 0.229, 0.355, 0.480, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.355 std_dev=0.126
O4' A 0, 0.342, 0.488, 0.634, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.488 std_dev=0.146
C2' A 0, 0.345, 0.496, 0.647, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.496 std_dev=0.151
C3' A 0, 0.329, 0.488, 0.646, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.488 std_dev=0.159
C4' A 0, 0.370, 0.551, 0.732, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.551 std_dev=0.181
P A 0, 0.475, 0.680, 0.885, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.680 std_dev=0.205
N7 B 0, 0.228, 0.441, 0.655, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.441 std_dev=0.214
C8 B 0, 0.267, 0.485, 0.702, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.485 std_dev=0.217
C5 B 0, 0.231, 0.451, 0.671, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.451 std_dev=0.220
C6 B 0, 0.243, 0.464, 0.685, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.464 std_dev=0.221
N1 B 0, 0.284, 0.515, 0.746, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.515 std_dev=0.231
O6 B 0, 0.255, 0.489, 0.723, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.489 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.275, 0.512, 0.749, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.512 std_dev=0.237
O2' A 0, 0.519, 0.762, 1.005, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.762 std_dev=0.243
N9 B 0, 0.299, 0.542, 0.785, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.542 std_dev=0.243
C2 B 0, 0.318, 0.565, 0.812, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.565 std_dev=0.247
N3 B 0, 0.320, 0.578, 0.837, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.578 std_dev=0.258
N2 B 0, 0.367, 0.641, 0.914, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.641 std_dev=0.273
O5' A 0, 0.796, 1.071, 1.345, 1.689 max_d=1.689 avg_d=1.071 std_dev=0.274
OP2 B 0, 0.580, 0.858, 1.137, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.858 std_dev=0.278
C3' B 0, 0.400, 0.681, 0.962, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.681 std_dev=0.281
O4' B 0, 0.389, 0.679, 0.969, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.679 std_dev=0.290
C2' B 0, 0.428, 0.719, 1.011, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.719 std_dev=0.291
C1' B 0, 0.375, 0.667, 0.959, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.667 std_dev=0.292
P B 0, 0.365, 0.660, 0.956, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.660 std_dev=0.295
C5' A 0, 0.721, 1.018, 1.315, 1.552 max_d=1.552 avg_d=1.018 std_dev=0.297
O5' B 0, 0.263, 0.566, 0.869, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.566 std_dev=0.303
C4' B 0, 0.373, 0.690, 1.007, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.690 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.343, 0.671, 0.998, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.671 std_dev=0.327
OP1 B 0, 0.419, 0.749, 1.078, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.749 std_dev=0.329
O3' B 0, 0.472, 0.811, 1.149, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.811 std_dev=0.338
OP1 A 0, 0.913, 1.278, 1.643, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.278 std_dev=0.365
O2' B 0, 0.510, 0.911, 1.312, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.911 std_dev=0.401
OP2 A 0, 0.350, 0.774, 1.198, 2.324 max_d=2.324 avg_d=0.774 std_dev=0.424

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.20 0.23 0.09
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.10 0.12 0.19 0.01 0.14 0.46 0.20
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.06 0.21 0.16 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.03 0.26 0.13 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.06 0.16 0.01 0.14 0.37 0.15
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.05 0.08 0.11 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.23 0.12 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.04 0.17 0.01 0.14 0.39 0.17
C5' 0.06 0.15 0.06 0.02 0.13 0.00 0.15 0.00 0.17 0.16 0.16 0.16 0.14 0.17 0.11 0.05 0.02 0.02 0.01 0.18 0.21 0.10 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.07 0.18 0.00 0.14 0.44 0.19
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.05 0.17 0.02 0.18 0.30 0.16
N1 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.10 0.19 0.01 0.13 0.47 0.20
N2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.11 0.14 0.21 0.01 0.15 0.49 0.22
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.10 0.11 0.17 0.01 0.15 0.41 0.17
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.03 0.17 0.01 0.17 0.35 0.17
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.14 0.01 0.17 0.30 0.12
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.09 0.01 0.09 0.05 0.12 0.08 0.15 0.17 0.13 0.08 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.12 0.24 0.17 0.05
O3' 0.05 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.07 0.04 0.09 0.11 0.10 0.04 0.05 0.05 0.00 0.07 0.10 0.06 0.30 0.14 0.08
O4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02 0.07 0.05 0.10 0.14 0.11 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.17 0.06 0.19 0.23 0.12
O5' 0.10 0.19 0.06 0.10 0.16 0.01 0.17 0.01 0.18 0.17 0.19 0.21 0.17 0.17 0.14 0.07 0.10 0.17 0.00 0.18 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.06 0.06 0.18 0.00 0.15 0.45 0.20
OP1 0.20 0.14 0.21 0.26 0.14 0.23 0.14 0.21 0.14 0.18 0.13 0.15 0.15 0.17 0.17 0.24 0.30 0.19 0.02 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.46 0.16 0.13 0.37 0.12 0.39 0.10 0.44 0.30 0.47 0.49 0.41 0.35 0.30 0.17 0.14 0.23 0.02 0.45 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.20 0.05 0.08 0.15 0.05 0.17 0.02 0.19 0.16 0.20 0.22 0.17 0.17 0.12 0.05 0.08 0.12 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.17 0.13 0.13 0.15 0.12 0.15 0.11 0.16 0.14 0.18 0.18 0.16 0.15 0.14 0.15 0.13 0.14 0.10 0.17 0.12 0.14 0.11
C2 0.15 0.13 0.17 0.15 0.12 0.14 0.11 0.14 0.10 0.15 0.11 0.14 0.13 0.14 0.14 0.18 0.16 0.15 0.17 0.11 0.20 0.30 0.22
C2' 0.13 0.16 0.13 0.12 0.13 0.11 0.13 0.10 0.13 0.13 0.15 0.18 0.15 0.13 0.13 0.15 0.12 0.12 0.10 0.13 0.11 0.13 0.11
C3' 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.08 0.11 0.11 0.11 0.15 0.11 0.12 0.10 0.13 0.11 0.10 0.09 0.14 0.11 0.13 0.10
C4 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.14 0.14 0.12 0.14 0.15 0.16 0.17 0.16 0.14 0.15 0.16 0.18 0.14 0.10 0.13 0.13 0.17 0.12
C4' 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.15 0.13 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.11 0.14 0.14 0.16 0.13
C5 0.18 0.19 0.19 0.20 0.19 0.18 0.18 0.16 0.18 0.18 0.19 0.18 0.19 0.19 0.18 0.19 0.23 0.18 0.12 0.18 0.15 0.17 0.13
C5' 0.16 0.15 0.16 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.16 0.18 0.15 0.15 0.15 0.19 0.17 0.17 0.18 0.16 0.16 0.17 0.20 0.20 0.18
C6 0.18 0.17 0.21 0.23 0.17 0.20 0.15 0.17 0.15 0.17 0.16 0.17 0.17 0.16 0.17 0.21 0.27 0.18 0.13 0.14 0.16 0.22 0.15
C8 0.20 0.22 0.17 0.19 0.22 0.19 0.23 0.18 0.25 0.21 0.24 0.22 0.21 0.23 0.21 0.17 0.21 0.20 0.14 0.27 0.17 0.16 0.15
N1 0.15 0.14 0.19 0.19 0.12 0.16 0.09 0.14 0.09 0.13 0.12 0.15 0.14 0.11 0.13 0.20 0.23 0.14 0.13 0.10 0.17 0.30 0.20
N2 0.22 0.16 0.20 0.19 0.20 0.21 0.20 0.23 0.17 0.26 0.15 0.16 0.17 0.24 0.23 0.20 0.15 0.23 0.27 0.16 0.29 0.38 0.31
N3 0.14 0.14 0.15 0.14 0.12 0.13 0.11 0.12 0.10 0.14 0.12 0.15 0.13 0.13 0.14 0.17 0.14 0.14 0.14 0.11 0.16 0.22 0.17
N7 0.21 0.22 0.20 0.22 0.22 0.21 0.24 0.20 0.25 0.23 0.23 0.21 0.22 0.25 0.22 0.19 0.25 0.21 0.17 0.26 0.19 0.18 0.17
N9 0.16 0.19 0.15 0.16 0.18 0.15 0.18 0.13 0.19 0.17 0.20 0.19 0.18 0.17 0.17 0.16 0.17 0.16 0.11 0.20 0.13 0.15 0.12
O2' 0.16 0.21 0.17 0.15 0.16 0.14 0.15 0.13 0.15 0.15 0.19 0.23 0.19 0.15 0.15 0.19 0.15 0.15 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13
O3' 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.14 0.10 0.15 0.13 0.13 0.13 0.11 0.14 0.12 0.14 0.13 0.11 0.12 0.19 0.12 0.13 0.12
O4' 0.18 0.20 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18 0.15 0.18 0.17 0.19 0.21 0.19 0.17 0.18 0.20 0.17 0.17 0.14 0.18 0.16 0.17 0.14
O5' 0.13 0.13 0.16 0.18 0.13 0.17 0.14 0.20 0.14 0.16 0.14 0.15 0.12 0.16 0.14 0.17 0.20 0.15 0.20 0.16 0.26 0.26 0.23
O6 0.22 0.18 0.24 0.27 0.19 0.24 0.18 0.23 0.17 0.21 0.17 0.18 0.19 0.19 0.20 0.25 0.33 0.22 0.18 0.17 0.20 0.24 0.19
OP1 0.23 0.29 0.22 0.19 0.24 0.20 0.23 0.20 0.25 0.22 0.27 0.32 0.27 0.22 0.23 0.26 0.18 0.22 0.19 0.24 0.23 0.26 0.22
OP2 0.34 0.27 0.36 0.40 0.32 0.39 0.33 0.42 0.30 0.36 0.27 0.24 0.29 0.36 0.34 0.35 0.42 0.36 0.42 0.29 0.48 0.42 0.42
P 0.11 0.11 0.12 0.15 0.11 0.14 0.13 0.17 0.13 0.14 0.12 0.13 0.11 0.15 0.12 0.15 0.17 0.12 0.17 0.14 0.24 0.23 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.07 0.04
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.10 0.03 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.09 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.10 0.10 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.11 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.11 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.10 0.13 0.10
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.09 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.02 0.11 0.00 0.12 0.15 0.11
C8 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.03 0.11 0.02 0.09 0.12 0.08
N1 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.09 0.02 0.10 0.01 0.10 0.13 0.10
N2 0.03 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.12 0.03 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.03 0.08 0.01 0.09 0.10 0.07
N7 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.03 0.12 0.02 0.11 0.15 0.11
N9 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.02 0.08 0.09 0.06
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.09 0.13 0.10 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05 0.09 0.08 0.05
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.12 0.05 0.04 0.00 0.01 0.14 0.11 0.14 0.17 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.04 0.09 0.07 0.05
O5' 0.06 0.09 0.05 0.08 0.09 0.01 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10 0.09 0.08 0.12 0.08 0.05 0.14 0.08 0.00 0.13 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.11 0.04 0.13 0.00 0.14 0.18 0.14
OP1 0.08 0.09 0.10 0.11 0.08 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.14 0.09 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.10 0.11 0.11 0.04 0.13 0.02 0.15 0.12 0.13 0.11 0.10 0.15 0.09 0.08 0.17 0.07 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.06 0.08 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.11 0.06 0.05 0.12 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00