ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55405

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 5, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.014, 0.035, 0.056, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.016, 0.038, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.017, 0.057, 0.096, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.057 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.052, 0.127, 0.202, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.127 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.112, 0.208, 0.304, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.208 std_dev=0.096
C4' A 0, 0.106, 0.230, 0.353, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.230 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.159, 0.312, 0.464, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.312 std_dev=0.153
O2' A 0, 0.184, 0.345, 0.505, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.345 std_dev=0.161
C5' A 0, 0.189, 0.402, 0.616, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.402 std_dev=0.214
O3' A 0, 0.244, 0.477, 0.710, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.477 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.227, 0.465, 0.703, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.465 std_dev=0.238
C6 B 0, 0.323, 0.589, 0.855, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.589 std_dev=0.266
O5' A 0, 0.320, 0.592, 0.863, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.592 std_dev=0.271
N7 B 0, 0.206, 0.479, 0.752, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.479 std_dev=0.273
C4 B 0, 0.243, 0.516, 0.789, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.516 std_dev=0.273
O6 B 0, 0.378, 0.657, 0.936, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.657 std_dev=0.279
O5' B 0, 0.388, 0.677, 0.967, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.677 std_dev=0.290
C5' B 0, 0.412, 0.704, 0.997, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.704 std_dev=0.292
C8 B 0, 0.240, 0.537, 0.833, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.537 std_dev=0.296
N9 B 0, 0.217, 0.514, 0.812, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.514 std_dev=0.298
P B 0, 0.370, 0.674, 0.977, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.674 std_dev=0.303
O4' B 0, 0.391, 0.701, 1.010, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.701 std_dev=0.309
C4' B 0, 0.406, 0.721, 1.036, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.721 std_dev=0.315
P A 0, 0.333, 0.652, 0.971, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.652 std_dev=0.319
N3 B 0, 0.343, 0.666, 0.989, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.666 std_dev=0.323
OP2 B 0, 0.390, 0.715, 1.040, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.715 std_dev=0.325
C1' B 0, 0.303, 0.640, 0.977, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.640 std_dev=0.337
N1 B 0, 0.389, 0.740, 1.090, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.740 std_dev=0.351
OP1 A 0, 0.412, 0.783, 1.155, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.783 std_dev=0.371
C2 B 0, 0.403, 0.775, 1.147, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.775 std_dev=0.372
C3' B 0, 0.401, 0.779, 1.157, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.779 std_dev=0.378
OP1 B 0, 0.407, 0.811, 1.215, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.811 std_dev=0.404
C2' B 0, 0.328, 0.764, 1.199, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.764 std_dev=0.435
OP2 A 0, 0.137, 0.610, 1.083, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.610 std_dev=0.473
O3' B 0, 0.430, 0.903, 1.377, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.903 std_dev=0.473
N2 B 0, 0.531, 1.017, 1.503, 1.714 max_d=1.714 avg_d=1.017 std_dev=0.486
O2' B 0, 0.243, 1.008, 1.772, 3.029 max_d=3.029 avg_d=1.008 std_dev=0.765

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.03 0.08 0.10 0.07
C2 0.04 0.00 0.09 0.06 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.10 0.05 0.15 0.02 0.18 0.25 0.18
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.07 0.11 0.09 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.10 0.08 0.06
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.06 0.12 0.05 0.10 0.06 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02 0.16 0.02 0.19 0.25 0.18
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.04 0.07 0.05 0.09 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.22 0.02 0.26 0.33 0.25
C5' 0.03 0.08 0.03 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.10 0.08 0.07 0.17 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.16 0.07 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.06 0.03 0.22 0.01 0.28 0.36 0.27
C8 0.02 0.02 0.05 0.12 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.12 0.04 0.23 0.04 0.26 0.30 0.23
N1 0.04 0.01 0.07 0.05 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.07 0.04 0.19 0.02 0.23 0.31 0.22
N2 0.06 0.01 0.11 0.10 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.19 0.15 0.07 0.13 0.03 0.16 0.23 0.16
N3 0.04 0.01 0.09 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.15 0.10 0.05 0.12 0.02 0.15 0.21 0.15
N7 0.02 0.02 0.03 0.11 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.04 0.26 0.04 0.31 0.37 0.29
N9 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.15 0.02 0.17 0.21 0.16
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.08 0.06 0.07 0.06 0.10 0.03 0.14 0.19 0.15 0.02 0.02 0.00 0.05 0.06 0.07 0.09 0.11 0.08 0.07
O3' 0.03 0.10 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.02 0.06 0.12 0.07 0.15 0.10 0.12 0.05 0.05 0.00 0.02 0.11 0.09 0.13 0.13 0.10
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.03 0.07 0.09 0.07
O5' 0.07 0.15 0.05 0.08 0.16 0.01 0.22 0.01 0.22 0.23 0.19 0.13 0.12 0.26 0.15 0.07 0.11 0.08 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.08 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.09 0.09 0.03 0.25 0.00 0.33 0.41 0.31
OP1 0.08 0.18 0.10 0.11 0.19 0.07 0.26 0.07 0.28 0.26 0.23 0.16 0.15 0.31 0.17 0.11 0.13 0.07 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.25 0.08 0.09 0.25 0.02 0.33 0.02 0.36 0.30 0.31 0.23 0.21 0.37 0.21 0.08 0.13 0.09 0.01 0.41 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.18 0.06 0.08 0.18 0.02 0.25 0.02 0.27 0.23 0.22 0.16 0.15 0.29 0.16 0.07 0.10 0.07 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.16 0.08 0.14 0.17 0.17 0.21 0.13 0.21 0.21 0.16 0.20 0.18 0.25 0.17 0.16 0.16 0.21 0.10 0.24 0.05 0.09 0.04
C2 0.36 0.15 0.36 0.31 0.19 0.26 0.18 0.17 0.17 0.32 0.14 0.18 0.19 0.28 0.28 0.53 0.28 0.21 0.18 0.23 0.14 0.12 0.11
C2' 0.16 0.17 0.09 0.12 0.17 0.14 0.21 0.12 0.22 0.20 0.18 0.21 0.18 0.24 0.16 0.11 0.15 0.19 0.10 0.23 0.06 0.07 0.04
C3' 0.09 0.18 0.19 0.06 0.15 0.08 0.19 0.10 0.21 0.17 0.20 0.21 0.14 0.20 0.13 0.14 0.12 0.16 0.05 0.23 0.04 0.07 0.02
C4 0.26 0.16 0.17 0.19 0.17 0.19 0.19 0.13 0.16 0.27 0.11 0.22 0.18 0.27 0.22 0.25 0.14 0.20 0.13 0.20 0.07 0.12 0.06
C4' 0.12 0.16 0.16 0.07 0.16 0.10 0.21 0.10 0.24 0.19 0.20 0.18 0.14 0.23 0.14 0.09 0.14 0.17 0.05 0.27 0.07 0.09 0.04
C5 0.21 0.19 0.14 0.16 0.12 0.17 0.15 0.14 0.13 0.26 0.15 0.27 0.17 0.27 0.18 0.17 0.14 0.19 0.13 0.20 0.09 0.18 0.10
C5' 0.08 0.14 0.25 0.08 0.14 0.07 0.20 0.11 0.23 0.17 0.20 0.15 0.11 0.21 0.12 0.22 0.12 0.15 0.05 0.27 0.13 0.12 0.07
C6 0.23 0.20 0.19 0.19 0.11 0.18 0.11 0.14 0.15 0.27 0.20 0.26 0.16 0.26 0.19 0.25 0.19 0.18 0.13 0.23 0.09 0.17 0.09
C8 0.16 0.18 0.12 0.14 0.12 0.18 0.18 0.19 0.18 0.20 0.10 0.30 0.18 0.24 0.14 0.10 0.13 0.21 0.17 0.24 0.16 0.22 0.16
N1 0.30 0.16 0.29 0.25 0.13 0.22 0.13 0.15 0.16 0.30 0.17 0.21 0.15 0.26 0.23 0.42 0.25 0.18 0.14 0.24 0.09 0.13 0.08
N2 0.42 0.15 0.48 0.40 0.21 0.33 0.19 0.23 0.18 0.33 0.14 0.18 0.21 0.28 0.31 0.72 0.38 0.23 0.24 0.24 0.22 0.15 0.17
N3 0.35 0.16 0.29 0.27 0.20 0.25 0.20 0.16 0.16 0.30 0.12 0.19 0.21 0.28 0.27 0.44 0.22 0.22 0.17 0.20 0.13 0.12 0.11
N7 0.17 0.23 0.13 0.14 0.13 0.17 0.16 0.18 0.14 0.22 0.15 0.33 0.20 0.26 0.15 0.12 0.13 0.20 0.17 0.22 0.16 0.24 0.17
N9 0.20 0.15 0.09 0.15 0.15 0.17 0.20 0.14 0.19 0.22 0.11 0.22 0.17 0.26 0.17 0.13 0.12 0.21 0.13 0.23 0.07 0.14 0.08
O2' 0.23 0.19 0.13 0.16 0.21 0.18 0.24 0.12 0.23 0.26 0.19 0.21 0.20 0.28 0.21 0.25 0.22 0.21 0.13 0.24 0.13 0.08 0.09
O3' 0.10 0.14 0.26 0.10 0.13 0.07 0.16 0.10 0.17 0.16 0.17 0.19 0.10 0.18 0.13 0.21 0.14 0.13 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01
O4' 0.17 0.16 0.10 0.10 0.17 0.14 0.23 0.12 0.25 0.22 0.20 0.17 0.15 0.26 0.16 0.07 0.15 0.20 0.07 0.29 0.05 0.11 0.03
O5' 0.12 0.16 0.26 0.11 0.14 0.13 0.19 0.13 0.23 0.16 0.20 0.19 0.15 0.20 0.13 0.27 0.14 0.21 0.14 0.27 0.17 0.18 0.15
O6 0.20 0.24 0.17 0.17 0.11 0.17 0.09 0.15 0.18 0.26 0.26 0.30 0.17 0.24 0.17 0.21 0.21 0.17 0.14 0.27 0.12 0.22 0.13
OP1 0.14 0.19 0.33 0.18 0.16 0.17 0.20 0.16 0.24 0.16 0.24 0.21 0.16 0.19 0.15 0.41 0.21 0.23 0.16 0.28 0.17 0.17 0.15
OP2 0.19 0.21 0.33 0.18 0.19 0.19 0.20 0.15 0.23 0.19 0.21 0.26 0.21 0.21 0.18 0.42 0.19 0.26 0.19 0.27 0.24 0.24 0.20
P 0.14 0.16 0.30 0.13 0.15 0.14 0.18 0.13 0.22 0.16 0.20 0.20 0.16 0.19 0.14 0.36 0.15 0.22 0.14 0.26 0.18 0.17 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.10 0.03 0.09 0.16 0.10
C2 0.05 0.00 0.27 0.12 0.02 0.13 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.43 0.11 0.19 0.17 0.01 0.14 0.16 0.13
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.15 0.02 0.10 0.15 0.15 0.09 0.23 0.31 0.26 0.05 0.03 0.00 0.04 0.02 0.29 0.14 0.30 0.38 0.32
C3' 0.03 0.12 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.10 0.15 0.11 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.07 0.11 0.09 0.09
C4 0.03 0.02 0.15 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.13 0.10 0.13 0.01 0.12 0.17 0.12
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.10 0.17 0.11 0.02 0.01 0.11 0.03 0.01 0.01 0.05 0.06 0.06 0.02
C5 0.02 0.02 0.10 0.05 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.16 0.05 0.13 0.02 0.12 0.17 0.13
C5' 0.05 0.11 0.15 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.11 0.11 0.16 0.09 0.11 0.09 0.06 0.14 0.02 0.01 0.10 0.08 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.07 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.31 0.14 0.09 0.15 0.01 0.14 0.16 0.14
C8 0.02 0.03 0.09 0.04 0.01 0.04 0.02 0.11 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.22 0.08 0.12 0.04 0.12 0.18 0.13
N1 0.04 0.01 0.23 0.10 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.40 0.12 0.15 0.17 0.01 0.14 0.16 0.14
N2 0.06 0.01 0.31 0.15 0.02 0.17 0.02 0.16 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.47 0.13 0.24 0.20 0.02 0.17 0.17 0.17
N3 0.05 0.01 0.26 0.11 0.01 0.11 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.38 0.11 0.20 0.15 0.01 0.12 0.16 0.11
N7 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.20 0.04 0.13 0.04 0.12 0.17 0.13
N9 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.17 0.01 0.12 0.03 0.11 0.18 0.13
O2' 0.03 0.43 0.00 0.03 0.26 0.11 0.22 0.06 0.31 0.09 0.40 0.47 0.38 0.09 0.08 0.00 0.09 0.06 0.28 0.29 0.32 0.48 0.34
O3' 0.20 0.11 0.04 0.01 0.13 0.03 0.16 0.14 0.14 0.22 0.12 0.13 0.11 0.20 0.17 0.09 0.00 0.13 0.12 0.15 0.22 0.10 0.14
O4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.08 0.15 0.24 0.20 0.04 0.01 0.06 0.13 0.00 0.11 0.07 0.11 0.15 0.11
O5' 0.10 0.17 0.29 0.08 0.13 0.01 0.13 0.01 0.15 0.12 0.17 0.20 0.15 0.13 0.12 0.28 0.12 0.11 0.00 0.16 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.07 0.01 0.05 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.29 0.15 0.07 0.16 0.00 0.14 0.17 0.15
OP1 0.09 0.14 0.30 0.11 0.12 0.06 0.12 0.08 0.14 0.12 0.14 0.17 0.12 0.12 0.11 0.32 0.22 0.11 0.02 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.16 0.38 0.09 0.17 0.06 0.17 0.03 0.16 0.18 0.16 0.17 0.16 0.17 0.18 0.48 0.10 0.15 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.13 0.32 0.09 0.12 0.02 0.13 0.02 0.14 0.13 0.14 0.17 0.11 0.13 0.13 0.34 0.14 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00