ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55406

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.015, 0.028, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.015, 0.031, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.018, 0.037, 0.056, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.037 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.024, 0.049, 0.074, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.049 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.020, 0.046, 0.072, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.046 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.015, 0.043, 0.071, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.043 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.029, 0.059, 0.089, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.059 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.016, 0.085, 0.155, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.085 std_dev=0.070
O4' A 0, -0.008, 0.081, 0.169, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.081 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.062, 0.156, 0.250, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.156 std_dev=0.094
C3' A 0, 0.016, 0.163, 0.311, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.163 std_dev=0.148
C4' A 0, 0.023, 0.172, 0.321, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.172 std_dev=0.149
O5' A 0, 0.168, 0.362, 0.555, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.362 std_dev=0.193
C5' A 0, 0.099, 0.300, 0.502, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.300 std_dev=0.202
O3' A 0, 0.013, 0.249, 0.485, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.249 std_dev=0.236
C4' B 0, 0.223, 0.474, 0.725, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.474 std_dev=0.251
O4' B 0, 0.272, 0.527, 0.781, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.527 std_dev=0.254
C1' B 0, 0.277, 0.533, 0.790, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.533 std_dev=0.257
N9 B 0, 0.299, 0.566, 0.832, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.566 std_dev=0.267
P A 0, 0.314, 0.596, 0.877, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.596 std_dev=0.281
C4 B 0, 0.341, 0.630, 0.920, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.630 std_dev=0.290
C3' B 0, 0.222, 0.512, 0.803, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.512 std_dev=0.291
O5' B 0, 0.225, 0.516, 0.806, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.516 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.239, 0.534, 0.828, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.534 std_dev=0.294
C8 B 0, 0.306, 0.606, 0.906, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.606 std_dev=0.300
P B 0, 0.004, 0.329, 0.654, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.329 std_dev=0.325
C5 B 0, 0.316, 0.642, 0.969, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.642 std_dev=0.326
N3 B 0, 0.380, 0.718, 1.055, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.718 std_dev=0.337
OP1 A 0, 0.380, 0.719, 1.057, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.719 std_dev=0.338
N7 B 0, 0.322, 0.660, 0.999, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.660 std_dev=0.338
OP2 A 0, 0.361, 0.711, 1.061, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.711 std_dev=0.350
C6 B 0, 0.309, 0.694, 1.080, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.694 std_dev=0.386
C2 B 0, 0.379, 0.773, 1.168, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.773 std_dev=0.394
N1 B 0, 0.336, 0.738, 1.139, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.738 std_dev=0.402
C5' B 0, 0.114, 0.528, 0.941, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.528 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.288, 0.712, 1.135, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.712 std_dev=0.424
O6 B 0, 0.296, 0.746, 1.197, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.746 std_dev=0.450
N2 B 0, 0.414, 0.904, 1.394, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.904 std_dev=0.490
OP2 B 0, 0.069, 0.562, 1.056, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.562 std_dev=0.494
O3' B 0, 0.023, 0.621, 1.218, 2.561 max_d=2.561 avg_d=0.621 std_dev=0.597
OP1 B 0, -0.115, 0.483, 1.080, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.483 std_dev=0.598

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04
C2 0.05 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.07 0.07 0.09 0.02 0.11 0.17 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.10 0.09 0.10 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.09 0.02 0.10 0.14 0.11
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.12 0.01 0.15 0.19 0.16
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.10 0.08 0.07 0.06 0.11 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.10 0.04 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.10 0.03 0.13 0.01 0.17 0.22 0.18
C8 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.06 0.02 0.10 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.12 0.04 0.13 0.13 0.13
N1 0.04 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.09 0.05 0.11 0.02 0.14 0.20 0.16
N2 0.06 0.01 0.06 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.07 0.08 0.09 0.03 0.10 0.17 0.12
N3 0.05 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.06 0.06 0.08 0.02 0.09 0.14 0.11
N7 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.04 0.14 0.04 0.17 0.20 0.18
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.10 0.09
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.06 0.04 0.02 0.06 0.08 0.07 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.10 0.06 0.05
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.04 0.10 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.05 0.03 0.00 0.02 0.06 0.12 0.15 0.16 0.11
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06
O5' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.09 0.02 0.12 0.01 0.13 0.12 0.11 0.09 0.08 0.14 0.07 0.04 0.06 0.05 0.00 0.15 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.10 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.12 0.04 0.15 0.00 0.20 0.26 0.20
OP1 0.03 0.11 0.07 0.09 0.10 0.05 0.15 0.04 0.17 0.13 0.14 0.10 0.09 0.17 0.08 0.10 0.15 0.04 0.02 0.20 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.17 0.05 0.10 0.14 0.04 0.19 0.03 0.22 0.13 0.20 0.17 0.14 0.20 0.10 0.06 0.16 0.06 0.02 0.26 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.13 0.03 0.06 0.11 0.03 0.16 0.02 0.18 0.13 0.16 0.12 0.11 0.18 0.09 0.05 0.11 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.18 0.18 0.20 0.15 0.16 0.23 0.33 0.24 0.25 0.20 0.20 0.15 0.32 0.13 0.41 0.31 0.18 0.30 0.29 0.18 0.12 0.05
C2 0.06 0.14 0.10 0.11 0.08 0.14 0.13 0.28 0.19 0.11 0.18 0.16 0.09 0.15 0.07 0.33 0.12 0.16 0.38 0.24 0.37 0.27 0.14
C2' 0.08 0.16 0.20 0.21 0.14 0.14 0.22 0.25 0.23 0.23 0.18 0.16 0.14 0.30 0.12 0.36 0.28 0.21 0.29 0.27 0.14 0.17 0.06
C3' 0.07 0.12 0.23 0.18 0.09 0.17 0.16 0.33 0.16 0.23 0.12 0.16 0.11 0.27 0.09 0.38 0.30 0.22 0.19 0.20 0.16 0.03 0.02
C4 0.03 0.15 0.09 0.14 0.10 0.15 0.17 0.31 0.20 0.17 0.18 0.18 0.12 0.23 0.08 0.35 0.18 0.15 0.37 0.23 0.36 0.18 0.11
C4' 0.07 0.12 0.23 0.15 0.09 0.21 0.18 0.43 0.18 0.26 0.13 0.17 0.11 0.29 0.11 0.43 0.36 0.21 0.11 0.23 0.12 0.05 0.02
C5 0.07 0.14 0.08 0.13 0.08 0.15 0.12 0.31 0.13 0.17 0.14 0.18 0.10 0.19 0.10 0.34 0.15 0.13 0.38 0.14 0.44 0.15 0.13
C5' 0.12 0.11 0.23 0.15 0.09 0.26 0.17 0.50 0.14 0.28 0.09 0.19 0.10 0.29 0.14 0.44 0.41 0.22 0.12 0.18 0.16 0.16 0.05
C6 0.10 0.09 0.11 0.12 0.08 0.15 0.10 0.30 0.06 0.16 0.09 0.14 0.07 0.16 0.11 0.33 0.12 0.14 0.39 0.07 0.47 0.19 0.16
C8 0.10 0.20 0.10 0.20 0.16 0.18 0.20 0.36 0.18 0.27 0.18 0.24 0.18 0.28 0.16 0.39 0.28 0.15 0.35 0.19 0.37 0.10 0.10
N1 0.09 0.11 0.11 0.11 0.08 0.15 0.10 0.28 0.11 0.14 0.13 0.14 0.08 0.15 0.10 0.33 0.11 0.15 0.39 0.14 0.43 0.24 0.16
N2 0.08 0.16 0.11 0.11 0.09 0.14 0.13 0.26 0.20 0.11 0.20 0.18 0.11 0.13 0.08 0.33 0.11 0.16 0.37 0.27 0.34 0.32 0.15
N3 0.04 0.16 0.10 0.14 0.10 0.14 0.17 0.28 0.23 0.13 0.20 0.17 0.11 0.20 0.06 0.34 0.17 0.16 0.37 0.28 0.32 0.25 0.11
N7 0.10 0.20 0.08 0.16 0.13 0.17 0.15 0.34 0.14 0.23 0.17 0.25 0.16 0.22 0.15 0.35 0.19 0.14 0.36 0.13 0.45 0.11 0.12
N9 0.06 0.18 0.13 0.18 0.14 0.15 0.21 0.33 0.22 0.24 0.19 0.20 0.15 0.29 0.13 0.38 0.26 0.15 0.35 0.25 0.31 0.11 0.07
O2' 0.10 0.17 0.20 0.20 0.15 0.15 0.23 0.22 0.26 0.20 0.21 0.18 0.15 0.29 0.12 0.36 0.28 0.24 0.21 0.31 0.15 0.28 0.09
O3' 0.12 0.11 0.28 0.18 0.09 0.16 0.15 0.24 0.15 0.18 0.11 0.15 0.11 0.23 0.09 0.37 0.27 0.24 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01
O4' 0.10 0.16 0.23 0.19 0.14 0.20 0.22 0.42 0.22 0.28 0.17 0.20 0.14 0.32 0.15 0.48 0.37 0.18 0.21 0.26 0.16 0.06 0.03
O5' 0.14 0.13 0.22 0.17 0.10 0.26 0.15 0.50 0.12 0.29 0.09 0.21 0.13 0.27 0.16 0.44 0.42 0.21 0.15 0.15 0.26 0.22 0.05
O6 0.14 0.11 0.15 0.13 0.14 0.17 0.15 0.30 0.12 0.19 0.12 0.15 0.11 0.18 0.16 0.34 0.15 0.16 0.39 0.13 0.52 0.19 0.18
OP1 0.15 0.18 0.21 0.18 0.13 0.23 0.15 0.40 0.13 0.24 0.14 0.26 0.18 0.23 0.16 0.36 0.49 0.18 0.14 0.14 0.21 0.42 0.14
OP2 0.13 0.23 0.15 0.10 0.14 0.19 0.13 0.39 0.13 0.18 0.18 0.31 0.22 0.18 0.12 0.37 0.34 0.15 0.16 0.13 0.40 0.31 0.14
P 0.14 0.19 0.20 0.13 0.12 0.23 0.14 0.44 0.11 0.25 0.13 0.27 0.18 0.23 0.15 0.40 0.43 0.17 0.12 0.12 0.28 0.32 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.03 0.22 0.00 0.32 0.04 0.54 0.15 0.14
C2 0.06 0.00 0.15 0.11 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.27 0.10 0.46 0.02 0.45 0.13 0.11
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.13 0.06 0.08 0.11 0.18 0.15 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.42 0.05 0.44 0.36 0.24
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.10 0.18 0.09 0.16 0.10 0.17 0.08 0.01 0.03 0.02 0.27 0.12 0.32 0.42 0.18
C4 0.03 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.19 0.18 0.05 0.47 0.03 0.46 0.12 0.11
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.05 0.11 0.07 0.09 0.04 0.15 0.04 0.01 0.02 0.06 0.44 0.21 0.11
C5 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.12 0.04 0.50 0.02 0.41 0.15 0.13
C5' 0.07 0.07 0.13 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.14 0.23 0.09 0.08 0.07 0.23 0.13 0.07 0.09 0.02 0.01 0.16 0.23 0.38 0.01
C6 0.04 0.02 0.06 0.10 0.02 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.22 0.15 0.05 0.51 0.01 0.38 0.16 0.13
C8 0.02 0.02 0.08 0.18 0.01 0.10 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.11 0.05 0.51 0.03 0.44 0.13 0.13
N1 0.05 0.01 0.11 0.09 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.26 0.21 0.08 0.49 0.02 0.41 0.13 0.11
N2 0.08 0.01 0.18 0.16 0.02 0.11 0.02 0.08 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.34 0.34 0.12 0.46 0.03 0.46 0.15 0.13
N3 0.06 0.01 0.15 0.10 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.28 0.27 0.09 0.44 0.02 0.47 0.14 0.11
N7 0.01 0.02 0.06 0.17 0.02 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.14 0.11 0.03 0.52 0.03 0.38 0.18 0.17
N9 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.14 0.02 0.45 0.03 0.48 0.12 0.10
O2' 0.03 0.30 0.01 0.01 0.19 0.15 0.18 0.07 0.22 0.11 0.26 0.34 0.28 0.14 0.09 0.00 0.05 0.11 0.44 0.22 0.43 0.41 0.27
O3' 0.22 0.27 0.06 0.03 0.18 0.04 0.12 0.09 0.15 0.11 0.21 0.34 0.27 0.11 0.14 0.05 0.00 0.18 0.19 0.12 0.36 0.45 0.20
O4' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.08 0.12 0.09 0.03 0.02 0.11 0.18 0.00 0.12 0.05 0.62 0.11 0.23
O5' 0.32 0.46 0.42 0.27 0.47 0.02 0.50 0.01 0.51 0.51 0.49 0.46 0.44 0.52 0.45 0.44 0.19 0.12 0.00 0.52 0.02 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.05 0.12 0.03 0.06 0.02 0.16 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.22 0.12 0.05 0.52 0.00 0.33 0.19 0.15
OP1 0.54 0.45 0.44 0.32 0.46 0.44 0.41 0.23 0.38 0.44 0.41 0.46 0.47 0.38 0.48 0.43 0.36 0.62 0.02 0.33 0.00 0.03 0.01
OP2 0.15 0.13 0.36 0.42 0.12 0.21 0.15 0.38 0.16 0.13 0.13 0.15 0.14 0.18 0.12 0.41 0.45 0.11 0.01 0.19 0.03 0.00 0.01
P 0.14 0.11 0.24 0.18 0.11 0.11 0.13 0.01 0.13 0.13 0.11 0.13 0.11 0.17 0.10 0.27 0.20 0.23 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00