ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55407

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 1, 1, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.020, 0.036, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.027, 0.053, 0.079, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.053 std_dev=0.026
O2' A 0, 0.050, 0.140, 0.230, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.140 std_dev=0.090
C2' A 0, -0.005, 0.131, 0.268, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.131 std_dev=0.137
O4' A 0, 0.017, 0.162, 0.307, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.162 std_dev=0.145
C4 B 0, 0.174, 0.388, 0.602, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.388 std_dev=0.214
C4' A 0, 0.059, 0.289, 0.519, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.289 std_dev=0.230
N9 B 0, 0.183, 0.413, 0.644, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.413 std_dev=0.231
C5 B 0, 0.161, 0.394, 0.628, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.394 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.199, 0.433, 0.667, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.433 std_dev=0.234
C8 B 0, 0.247, 0.495, 0.742, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.495 std_dev=0.248
C3' A 0, 0.023, 0.272, 0.521, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.272 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.141, 0.392, 0.642, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.392 std_dev=0.250
N7 B 0, 0.233, 0.488, 0.743, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.488 std_dev=0.255
N1 B 0, 0.166, 0.424, 0.682, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.424 std_dev=0.258
O5' A 0, 0.170, 0.449, 0.728, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.449 std_dev=0.279
N3 B 0, 0.122, 0.404, 0.687, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.404 std_dev=0.282
O6 B 0, 0.140, 0.432, 0.724, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.432 std_dev=0.292
C5' A 0, 0.146, 0.449, 0.752, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.449 std_dev=0.303
C2 B 0, 0.123, 0.433, 0.744, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.433 std_dev=0.311
P A 0, 0.170, 0.530, 0.890, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.530 std_dev=0.360
O4' B 0, 0.138, 0.514, 0.890, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.514 std_dev=0.376
OP1 A 0, 0.192, 0.593, 0.994, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.593 std_dev=0.401
OP2 A 0, 0.141, 0.561, 0.980, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.561 std_dev=0.419
OP2 B 0, 0.326, 0.756, 1.185, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.756 std_dev=0.429
N2 B 0, 0.063, 0.502, 0.941, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.502 std_dev=0.439
O3' A 0, -0.044, 0.400, 0.845, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.400 std_dev=0.445
P B 0, 0.294, 0.740, 1.185, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.740 std_dev=0.445
O3' B 0, 0.212, 0.661, 1.109, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.661 std_dev=0.448
C2' B 0, 0.130, 0.598, 1.066, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.598 std_dev=0.468
C4' B 0, 0.136, 0.623, 1.110, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.623 std_dev=0.487
C3' B 0, 0.150, 0.647, 1.144, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.647 std_dev=0.497
OP1 B 0, 0.274, 0.772, 1.270, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.772 std_dev=0.498
O5' B 0, 0.120, 0.739, 1.358, 2.613 max_d=2.613 avg_d=0.739 std_dev=0.619
O2' B 0, 0.020, 0.687, 1.354, 2.762 max_d=2.762 avg_d=0.687 std_dev=0.667
C5' B 0, 0.021, 0.767, 1.513, 3.111 max_d=3.111 avg_d=0.767 std_dev=0.746

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.01 0.12 0.20 0.11
C2 0.02 0.00 0.14 0.14 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.19 0.09 0.21 0.01 0.24 0.36 0.24
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.13 0.15 0.13 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.09 0.10 0.17 0.10
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.12 0.00 0.14 0.02 0.16 0.10 0.16 0.14 0.12 0.13 0.09 0.01 0.01 0.02 0.06 0.17 0.06 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.09 0.12 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.05 0.22 0.01 0.24 0.33 0.23
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.04 0.03 0.02 0.10 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.09 0.10 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.18 0.04 0.28 0.01 0.31 0.38 0.29
C5' 0.04 0.09 0.02 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.16 0.16 0.13 0.09 0.08 0.18 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.19 0.13 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.21 0.06 0.30 0.00 0.34 0.42 0.32
C8 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.06 0.27 0.02 0.27 0.28 0.24
N1 0.01 0.00 0.13 0.16 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.21 0.08 0.26 0.01 0.30 0.40 0.29
N2 0.03 0.00 0.15 0.14 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.19 0.11 0.19 0.01 0.23 0.36 0.23
N3 0.03 0.00 0.13 0.12 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.15 0.08 0.18 0.01 0.20 0.32 0.21
N7 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.04 0.31 0.02 0.33 0.37 0.30
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.20 0.01 0.20 0.27 0.18
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.05 0.06 0.02 0.09 0.12 0.09 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.07 0.14 0.05
O3' 0.02 0.19 0.05 0.01 0.15 0.03 0.18 0.04 0.21 0.11 0.21 0.19 0.15 0.16 0.09 0.05 0.00 0.02 0.14 0.23 0.10 0.12 0.11
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.08 0.11 0.08 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.09 0.06 0.11 0.14 0.06
O5' 0.12 0.21 0.08 0.06 0.22 0.02 0.28 0.01 0.30 0.27 0.26 0.19 0.18 0.31 0.20 0.04 0.14 0.09 0.00 0.33 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.09 0.17 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.23 0.06 0.33 0.00 0.40 0.46 0.37
OP1 0.12 0.24 0.10 0.06 0.24 0.10 0.31 0.13 0.34 0.27 0.30 0.23 0.20 0.33 0.20 0.07 0.10 0.11 0.01 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.36 0.17 0.07 0.33 0.07 0.38 0.04 0.42 0.28 0.40 0.36 0.32 0.37 0.27 0.14 0.12 0.14 0.02 0.46 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.24 0.10 0.06 0.23 0.02 0.29 0.02 0.32 0.24 0.29 0.23 0.21 0.30 0.18 0.05 0.11 0.06 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.19 0.36 0.28 0.17 0.14 0.17 0.13 0.16 0.19 0.17 0.24 0.19 0.19 0.18 0.42 0.21 0.16 0.14 0.17 0.16 0.42 0.27
C2 0.21 0.34 0.52 0.42 0.21 0.23 0.18 0.20 0.20 0.18 0.27 0.46 0.30 0.19 0.18 0.57 0.31 0.13 0.27 0.19 0.23 0.46 0.34
C2' 0.19 0.17 0.24 0.16 0.18 0.23 0.20 0.28 0.20 0.21 0.17 0.19 0.18 0.22 0.20 0.33 0.17 0.29 0.16 0.24 0.12 0.31 0.15
C3' 0.28 0.29 0.20 0.20 0.29 0.36 0.31 0.44 0.31 0.31 0.30 0.31 0.28 0.32 0.29 0.27 0.26 0.43 0.30 0.33 0.20 0.21 0.11
C4 0.19 0.27 0.42 0.35 0.16 0.17 0.14 0.13 0.14 0.16 0.22 0.35 0.23 0.16 0.16 0.43 0.25 0.12 0.21 0.15 0.20 0.46 0.32
C4' 0.19 0.15 0.25 0.18 0.19 0.20 0.24 0.26 0.25 0.26 0.18 0.16 0.15 0.28 0.21 0.33 0.15 0.28 0.14 0.31 0.12 0.29 0.14
C5 0.18 0.25 0.39 0.36 0.15 0.19 0.11 0.18 0.14 0.15 0.21 0.31 0.23 0.15 0.15 0.37 0.27 0.12 0.26 0.17 0.22 0.48 0.36
C5' 0.21 0.13 0.27 0.23 0.20 0.21 0.26 0.26 0.26 0.30 0.18 0.15 0.13 0.32 0.23 0.33 0.19 0.27 0.17 0.35 0.18 0.34 0.20
C6 0.17 0.29 0.43 0.41 0.17 0.24 0.17 0.25 0.20 0.17 0.24 0.34 0.27 0.20 0.14 0.37 0.29 0.12 0.33 0.23 0.24 0.50 0.38
C8 0.22 0.21 0.34 0.32 0.18 0.18 0.15 0.17 0.10 0.21 0.16 0.24 0.21 0.19 0.20 0.36 0.25 0.17 0.23 0.09 0.24 0.48 0.35
N1 0.20 0.33 0.52 0.44 0.21 0.26 0.20 0.25 0.21 0.20 0.26 0.42 0.31 0.22 0.18 0.49 0.32 0.13 0.33 0.22 0.24 0.48 0.37
N2 0.24 0.36 0.57 0.45 0.23 0.26 0.21 0.24 0.21 0.21 0.28 0.49 0.32 0.21 0.21 0.66 0.35 0.17 0.30 0.20 0.26 0.46 0.34
N3 0.19 0.31 0.47 0.37 0.18 0.18 0.16 0.13 0.17 0.17 0.25 0.42 0.26 0.17 0.17 0.53 0.26 0.12 0.21 0.17 0.20 0.45 0.31
N7 0.21 0.21 0.34 0.34 0.16 0.20 0.09 0.20 0.08 0.18 0.17 0.25 0.20 0.16 0.18 0.35 0.27 0.16 0.27 0.15 0.25 0.50 0.38
N9 0.20 0.22 0.37 0.31 0.17 0.15 0.15 0.13 0.12 0.19 0.18 0.27 0.20 0.18 0.18 0.40 0.23 0.15 0.18 0.13 0.19 0.45 0.31
O2' 0.17 0.17 0.30 0.18 0.18 0.19 0.20 0.25 0.22 0.20 0.20 0.18 0.17 0.21 0.18 0.42 0.14 0.26 0.14 0.27 0.13 0.34 0.18
O3' 0.40 0.46 0.25 0.32 0.41 0.55 0.40 0.66 0.41 0.39 0.44 0.50 0.44 0.39 0.40 0.26 0.40 0.61 0.50 0.39 0.36 0.18 0.26
O4' 0.18 0.14 0.35 0.29 0.15 0.13 0.17 0.13 0.15 0.21 0.10 0.20 0.15 0.22 0.17 0.40 0.22 0.17 0.12 0.21 0.15 0.38 0.24
O5' 0.24 0.10 0.29 0.26 0.20 0.23 0.26 0.26 0.23 0.32 0.14 0.13 0.11 0.34 0.25 0.34 0.24 0.26 0.18 0.31 0.22 0.36 0.23
O6 0.15 0.26 0.39 0.43 0.18 0.28 0.21 0.33 0.23 0.19 0.24 0.31 0.25 0.25 0.14 0.31 0.31 0.15 0.40 0.27 0.27 0.52 0.42
OP1 0.27 0.08 0.34 0.36 0.21 0.26 0.24 0.27 0.18 0.34 0.11 0.12 0.12 0.34 0.27 0.34 0.31 0.25 0.27 0.24 0.41 0.53 0.41
OP2 0.30 0.12 0.37 0.41 0.21 0.29 0.21 0.27 0.13 0.34 0.09 0.17 0.17 0.32 0.28 0.35 0.36 0.26 0.28 0.23 0.37 0.48 0.38
P 0.25 0.06 0.33 0.34 0.18 0.23 0.22 0.23 0.16 0.32 0.09 0.12 0.10 0.32 0.24 0.34 0.29 0.22 0.23 0.25 0.32 0.45 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.12 0.01 0.05 0.02 0.16 0.16 0.10
C2 0.06 0.00 0.26 0.12 0.01 0.20 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.13 0.27 0.19 0.01 0.16 0.15 0.10
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.11 0.01 0.03 0.09 0.07 0.19 0.18 0.34 0.25 0.13 0.03 0.00 0.03 0.02 0.19 0.04 0.53 0.29 0.29
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.09 0.16 0.11 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.47 0.18 0.21
C4 0.03 0.01 0.11 0.06 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.09 0.15 0.11 0.01 0.09 0.22 0.13
C4' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.12 0.09 0.18 0.24 0.18 0.06 0.02 0.10 0.03 0.01 0.02 0.12 0.18 0.07 0.03
C5 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 0.13 0.01 0.11 0.30 0.21
C5' 0.03 0.32 0.09 0.01 0.18 0.01 0.18 0.00 0.24 0.16 0.31 0.37 0.28 0.15 0.09 0.03 0.06 0.04 0.01 0.24 0.05 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.05 0.01 0.12 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.08 0.14 0.16 0.01 0.11 0.27 0.19
C8 0.02 0.01 0.19 0.05 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.34 0.11 0.14 0.22 0.01 0.21 0.41 0.35
N1 0.05 0.00 0.18 0.09 0.01 0.18 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.10 0.22 0.18 0.01 0.12 0.20 0.13
N2 0.08 0.01 0.34 0.16 0.02 0.24 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.60 0.17 0.32 0.23 0.01 0.22 0.13 0.12
N3 0.06 0.01 0.25 0.11 0.00 0.18 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.43 0.12 0.27 0.16 0.01 0.17 0.15 0.08
N7 0.01 0.01 0.13 0.04 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.10 0.07 0.19 0.02 0.22 0.42 0.34
N9 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01 0.10 0.01 0.09 0.26 0.19
O2' 0.01 0.45 0.00 0.02 0.15 0.10 0.08 0.03 0.12 0.34 0.30 0.60 0.43 0.27 0.08 0.00 0.07 0.06 0.18 0.10 0.60 0.38 0.32
O3' 0.12 0.13 0.03 0.01 0.09 0.03 0.08 0.06 0.08 0.11 0.10 0.17 0.12 0.10 0.10 0.07 0.00 0.11 0.04 0.08 0.45 0.18 0.18
O4' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.15 0.01 0.08 0.04 0.14 0.14 0.22 0.32 0.27 0.07 0.01 0.06 0.11 0.00 0.14 0.11 0.11 0.30 0.25
O5' 0.05 0.19 0.19 0.05 0.11 0.02 0.13 0.01 0.16 0.22 0.18 0.23 0.16 0.19 0.10 0.18 0.04 0.14 0.00 0.17 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.08 0.11 0.17 0.00 0.15 0.30 0.23
OP1 0.16 0.16 0.53 0.47 0.09 0.18 0.11 0.05 0.11 0.21 0.12 0.22 0.17 0.22 0.09 0.60 0.45 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.15 0.29 0.18 0.22 0.07 0.30 0.02 0.27 0.41 0.20 0.13 0.15 0.42 0.26 0.38 0.18 0.30 0.02 0.30 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.10 0.29 0.21 0.13 0.03 0.21 0.01 0.19 0.35 0.13 0.12 0.08 0.34 0.19 0.32 0.18 0.25 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00