ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55408

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 0, 1, 2, 2, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.018, 0.032, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.020, 0.036, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.018, 0.037, 0.057, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.037 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.020, 0.043, 0.065, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.043 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.030, 0.056, 0.082, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.056 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.021, 0.052, 0.082, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.052 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.024, 0.056, 0.089, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.056 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.043, 0.080, 0.118, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.080 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.034, 0.073, 0.113, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.073 std_dev=0.040
C6 B 0, 0.170, 0.405, 0.640, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.405 std_dev=0.235
N1 B 0, 0.070, 0.309, 0.548, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.309 std_dev=0.239
C5 B 0, 0.214, 0.464, 0.714, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.464 std_dev=0.250
C4 B 0, 0.204, 0.463, 0.721, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.463 std_dev=0.258
N9 B 0, 0.310, 0.644, 0.979, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.644 std_dev=0.334
O6 B 0, 0.291, 0.632, 0.974, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.632 std_dev=0.341
C2 B 0, 0.138, 0.501, 0.864, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.501 std_dev=0.363
O4' A 0, 0.198, 0.571, 0.944, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.571 std_dev=0.373
N7 B 0, 0.364, 0.750, 1.136, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.750 std_dev=0.386
C2' A 0, 0.180, 0.575, 0.970, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.575 std_dev=0.395
C8 B 0, 0.345, 0.745, 1.145, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.745 std_dev=0.400
N3 B 0, 0.160, 0.562, 0.964, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.562 std_dev=0.402
C2' B 0, 0.369, 0.856, 1.343, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.856 std_dev=0.487
C1' B 0, 0.385, 0.878, 1.371, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.878 std_dev=0.493
N2 B 0, 0.262, 0.809, 1.355, 2.148 max_d=2.148 avg_d=0.809 std_dev=0.546
C4' A 0, 0.427, 1.016, 1.604, 1.878 max_d=1.878 avg_d=1.016 std_dev=0.588
O2' B 0, 0.521, 1.168, 1.816, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.168 std_dev=0.647
C3' A 0, 0.446, 1.131, 1.816, 1.981 max_d=1.981 avg_d=1.131 std_dev=0.685
O2' A 0, 0.525, 1.258, 1.992, 1.938 max_d=1.938 avg_d=1.258 std_dev=0.734
OP2 B 0, 0.569, 1.325, 2.081, 2.764 max_d=2.764 avg_d=1.325 std_dev=0.756
O4' B 0, 0.352, 1.116, 1.880, 3.098 max_d=3.098 avg_d=1.116 std_dev=0.764
C5' A 0, 0.457, 1.234, 2.010, 3.098 max_d=3.098 avg_d=1.234 std_dev=0.777
C3' B 0, 0.187, 0.992, 1.797, 3.329 max_d=3.329 avg_d=0.992 std_dev=0.805
O5' B 0, 0.672, 1.509, 2.346, 3.430 max_d=3.430 avg_d=1.509 std_dev=0.837
P B 0, 0.603, 1.492, 2.380, 3.685 max_d=3.685 avg_d=1.492 std_dev=0.888
C4' B 0, 0.260, 1.174, 2.087, 3.809 max_d=3.809 avg_d=1.174 std_dev=0.913
O5' A 0, 0.459, 1.466, 2.474, 4.186 max_d=4.186 avg_d=1.466 std_dev=1.008
O3' B 0, 0.111, 1.127, 2.143, 4.219 max_d=4.219 avg_d=1.127 std_dev=1.016
C5' B 0, 0.148, 1.275, 2.401, 4.712 max_d=4.712 avg_d=1.275 std_dev=1.126
OP1 B 0, 0.553, 1.728, 2.904, 4.860 max_d=4.860 avg_d=1.728 std_dev=1.175
O3' A 0, 0.768, 2.008, 3.248, 3.059 max_d=3.059 avg_d=2.008 std_dev=1.240
P A 0, 0.061, 1.644, 3.228, 6.482 max_d=6.482 avg_d=1.644 std_dev=1.583
OP2 A 0, 0.159, 1.971, 3.782, 7.709 max_d=7.709 avg_d=1.971 std_dev=1.812
OP1 A 0, 0.357, 2.247, 4.136, 7.901 max_d=7.901 avg_d=2.247 std_dev=1.890

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.36 0.00 0.28 0.02 0.23 0.86 0.23
C2 0.03 0.00 0.29 0.16 0.02 0.23 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.32 0.55 0.33 0.35 0.01 0.85 1.29 0.70
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.17 0.02 0.12 0.22 0.18 0.10 0.25 0.35 0.28 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.14 0.16 0.22 0.76 0.18
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.16 0.01 0.25 0.02 0.25 0.34 0.19 0.21 0.15 0.34 0.18 0.02 0.01 0.03 0.20 0.29 0.35 0.69 0.19
C4 0.02 0.02 0.17 0.16 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.13 0.32 0.17 0.35 0.01 0.49 0.96 0.38
C4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.19 0.16 0.31 0.22 0.14 0.05 0.30 0.03 0.00 0.02 0.06 0.16 0.79 0.22
C5 0.01 0.01 0.12 0.25 0.01 0.05 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.21 0.17 0.09 0.43 0.01 0.48 0.80 0.34
C5' 0.08 0.34 0.22 0.02 0.20 0.01 0.17 0.00 0.21 0.13 0.30 0.40 0.31 0.13 0.10 0.11 0.23 0.01 0.01 0.20 0.30 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.25 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.25 0.15 0.41 0.00 0.63 0.88 0.42
C8 0.01 0.01 0.10 0.34 0.02 0.19 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.43 0.14 0.14 0.60 0.02 0.41 0.69 0.44
N1 0.02 0.00 0.25 0.19 0.01 0.16 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.42 0.26 0.36 0.01 0.80 1.11 0.59
N2 0.03 0.00 0.35 0.21 0.01 0.31 0.01 0.40 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.47 0.69 0.38 0.41 0.02 1.02 1.48 0.88
N3 0.03 0.00 0.28 0.15 0.00 0.22 0.02 0.31 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.31 0.55 0.31 0.32 0.02 0.69 1.25 0.62
N7 0.01 0.01 0.03 0.34 0.02 0.14 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.39 0.13 0.06 0.57 0.02 0.41 0.70 0.41
N9 0.00 0.01 0.02 0.18 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.17 0.01 0.41 0.01 0.32 0.79 0.27
O2' 0.03 0.32 0.00 0.02 0.13 0.30 0.21 0.11 0.18 0.43 0.22 0.47 0.31 0.39 0.17 0.00 0.04 0.20 0.28 0.22 0.36 0.72 0.26
O3' 0.36 0.55 0.05 0.01 0.32 0.03 0.17 0.23 0.25 0.14 0.42 0.69 0.55 0.13 0.17 0.04 0.00 0.25 0.25 0.20 0.47 0.81 0.22
O4' 0.00 0.33 0.02 0.03 0.17 0.00 0.09 0.01 0.15 0.14 0.26 0.38 0.31 0.06 0.01 0.20 0.25 0.00 0.36 0.12 0.29 0.90 0.29
O5' 0.28 0.35 0.14 0.20 0.35 0.02 0.43 0.01 0.41 0.60 0.36 0.41 0.32 0.57 0.41 0.28 0.25 0.36 0.00 0.45 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.16 0.29 0.01 0.06 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.22 0.20 0.12 0.45 0.00 0.63 0.79 0.40
OP1 0.23 0.85 0.22 0.35 0.49 0.16 0.48 0.30 0.63 0.41 0.80 1.02 0.69 0.41 0.32 0.36 0.47 0.29 0.02 0.63 0.00 0.01 0.00
OP2 0.86 1.29 0.76 0.69 0.96 0.79 0.80 0.42 0.88 0.69 1.11 1.48 1.25 0.70 0.79 0.72 0.81 0.90 0.02 0.79 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.70 0.18 0.19 0.38 0.22 0.34 0.02 0.42 0.44 0.59 0.88 0.62 0.41 0.27 0.26 0.22 0.29 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.24 0.20 0.53 0.19 0.44 0.22 0.51 0.19 0.28 0.20 0.34 0.23 0.30 0.23 0.11 0.55 0.31 0.50 0.22 0.63 0.50 0.44
C2 0.17 0.34 0.26 0.54 0.21 0.41 0.16 0.48 0.14 0.16 0.21 0.44 0.34 0.17 0.19 0.28 0.56 0.23 0.49 0.18 0.47 0.49 0.33
C2' 0.17 0.28 0.12 0.29 0.17 0.23 0.16 0.35 0.21 0.22 0.30 0.35 0.20 0.23 0.15 0.36 0.28 0.17 0.49 0.22 0.63 0.46 0.43
C3' 0.33 0.29 0.25 0.15 0.33 0.11 0.34 0.10 0.34 0.30 0.31 0.24 0.29 0.33 0.30 0.47 0.14 0.24 0.61 0.36 0.37 0.31 0.32
C4 0.19 0.29 0.23 0.57 0.21 0.48 0.19 0.55 0.14 0.23 0.21 0.37 0.29 0.24 0.22 0.13 0.60 0.33 0.51 0.15 0.57 0.52 0.42
C4' 0.08 0.09 0.12 0.44 0.07 0.29 0.13 0.36 0.12 0.14 0.07 0.18 0.07 0.19 0.08 0.19 0.51 0.11 0.47 0.20 0.48 0.30 0.27
C5 0.24 0.26 0.25 0.62 0.22 0.55 0.17 0.62 0.12 0.24 0.19 0.31 0.28 0.22 0.25 0.10 0.65 0.42 0.54 0.13 0.60 0.57 0.46
C5' 0.14 0.13 0.23 0.57 0.11 0.43 0.14 0.52 0.13 0.17 0.09 0.21 0.13 0.20 0.13 0.17 0.67 0.24 0.42 0.21 0.57 0.31 0.30
C6 0.25 0.25 0.28 0.64 0.23 0.56 0.13 0.62 0.07 0.18 0.14 0.29 0.30 0.16 0.24 0.15 0.67 0.41 0.54 0.14 0.53 0.56 0.42
C8 0.27 0.25 0.24 0.59 0.22 0.56 0.21 0.62 0.18 0.30 0.22 0.30 0.25 0.29 0.27 0.08 0.62 0.46 0.55 0.18 0.71 0.56 0.54
N1 0.21 0.31 0.29 0.58 0.23 0.47 0.13 0.53 0.08 0.15 0.15 0.37 0.34 0.14 0.21 0.26 0.62 0.30 0.51 0.14 0.47 0.51 0.35
N2 0.19 0.37 0.29 0.52 0.22 0.37 0.16 0.45 0.17 0.14 0.23 0.50 0.36 0.16 0.19 0.35 0.54 0.19 0.48 0.22 0.44 0.48 0.30
N3 0.14 0.32 0.23 0.53 0.19 0.40 0.18 0.48 0.16 0.19 0.21 0.43 0.30 0.22 0.18 0.22 0.55 0.23 0.49 0.20 0.51 0.48 0.35
N7 0.30 0.24 0.26 0.62 0.24 0.61 0.20 0.68 0.18 0.30 0.21 0.28 0.26 0.27 0.29 0.09 0.66 0.52 0.57 0.18 0.70 0.61 0.56
N9 0.22 0.28 0.23 0.57 0.22 0.50 0.22 0.57 0.18 0.28 0.23 0.36 0.27 0.29 0.25 0.08 0.60 0.38 0.52 0.18 0.64 0.53 0.47
O2' 0.50 0.15 0.39 0.63 0.41 0.66 0.52 0.78 0.37 0.72 0.15 0.20 0.25 0.75 0.55 0.33 0.57 0.63 0.75 0.45 1.07 0.96 0.92
O3' 0.39 0.43 0.31 0.27 0.40 0.24 0.39 0.19 0.42 0.33 0.44 0.43 0.40 0.35 0.36 0.47 0.33 0.33 0.57 0.42 0.37 0.30 0.34
O4' 0.21 0.29 0.28 0.62 0.21 0.49 0.20 0.55 0.19 0.23 0.23 0.40 0.28 0.25 0.22 0.11 0.70 0.33 0.51 0.20 0.60 0.43 0.40
O5' 0.49 0.40 0.44 0.38 0.50 0.29 0.56 0.21 0.51 0.60 0.41 0.37 0.43 0.66 0.52 0.56 0.44 0.38 0.89 0.57 0.51 0.54 0.57
O6 0.31 0.20 0.30 0.69 0.24 0.65 0.14 0.70 0.10 0.19 0.12 0.21 0.28 0.16 0.27 0.15 0.74 0.51 0.57 0.17 0.53 0.59 0.45
OP1 0.46 0.44 0.49 0.68 0.47 0.55 0.51 0.58 0.49 0.53 0.43 0.48 0.45 0.60 0.47 0.51 0.87 0.44 0.51 0.56 0.62 0.42 0.47
OP2 0.81 0.97 0.77 0.80 0.89 0.75 0.92 0.75 0.94 0.91 0.97 1.06 0.92 0.97 0.85 0.78 0.88 0.78 0.59 0.97 0.74 0.84 0.77
P 0.38 0.38 0.32 0.43 0.41 0.34 0.48 0.36 0.43 0.55 0.37 0.45 0.36 0.62 0.43 0.39 0.58 0.34 0.58 0.50 0.53 0.50 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.10 0.01 0.05 0.08 0.13 0.09 0.23 0.42 0.28 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.24 0.12 0.18 0.42 0.19
C2 0.30 0.00 0.08 0.10 0.08 0.26 0.01 0.30 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.13 0.28 0.15 0.40 0.56 0.03 0.40 0.44 0.41
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.05 0.04 0.07 0.16 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.36 0.06 0.27 0.37 0.22
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.12 0.00 0.16 0.03 0.15 0.14 0.12 0.19 0.09 0.19 0.09 0.01 0.01 0.01 0.32 0.15 0.22 0.36 0.12
C4 0.10 0.08 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.16 0.04 0.02 0.07 0.11 0.02 0.03 0.03 0.11 0.09 0.13 0.46 0.05 0.32 0.43 0.32
C4' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.08 0.12 0.17 0.42 0.25 0.14 0.04 0.12 0.03 0.01 0.02 0.07 0.10 0.42 0.06
C5 0.05 0.01 0.03 0.16 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.14 0.13 0.03 0.44 0.05 0.31 0.42 0.30
C5' 0.08 0.30 0.08 0.03 0.16 0.01 0.11 0.00 0.13 0.08 0.21 0.43 0.30 0.10 0.13 0.06 0.09 0.01 0.01 0.13 0.13 0.37 0.01
C6 0.13 0.02 0.05 0.15 0.04 0.08 0.02 0.13 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.22 0.13 0.12 0.46 0.01 0.33 0.40 0.31
C8 0.09 0.08 0.04 0.14 0.02 0.12 0.03 0.08 0.05 0.00 0.07 0.12 0.05 0.01 0.03 0.06 0.12 0.21 0.37 0.07 0.29 0.45 0.28
N1 0.23 0.01 0.07 0.12 0.07 0.17 0.02 0.21 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.02 0.10 0.27 0.12 0.28 0.51 0.02 0.35 0.42 0.35
N2 0.42 0.00 0.16 0.19 0.11 0.42 0.01 0.43 0.04 0.12 0.05 0.00 0.09 0.03 0.19 0.39 0.29 0.57 0.64 0.07 0.48 0.46 0.48
N3 0.28 0.03 0.06 0.09 0.02 0.25 0.03 0.30 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.10 0.19 0.14 0.38 0.54 0.01 0.40 0.45 0.40
N7 0.07 0.01 0.03 0.19 0.03 0.14 0.00 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.08 0.18 0.17 0.37 0.06 0.31 0.41 0.26
N9 0.01 0.13 0.02 0.09 0.03 0.04 0.01 0.13 0.05 0.03 0.10 0.19 0.10 0.05 0.00 0.04 0.05 0.01 0.42 0.06 0.30 0.44 0.30
O2' 0.01 0.28 0.01 0.01 0.11 0.12 0.14 0.06 0.22 0.06 0.27 0.39 0.19 0.08 0.04 0.00 0.07 0.07 0.16 0.25 0.15 0.39 0.14
O3' 0.08 0.15 0.02 0.01 0.09 0.03 0.13 0.09 0.13 0.12 0.12 0.29 0.14 0.18 0.05 0.07 0.00 0.10 0.25 0.15 0.22 0.37 0.11
O4' 0.01 0.40 0.01 0.01 0.13 0.01 0.03 0.01 0.12 0.21 0.28 0.57 0.38 0.17 0.01 0.07 0.10 0.00 0.06 0.09 0.08 0.48 0.17
O5' 0.24 0.56 0.36 0.32 0.46 0.02 0.44 0.01 0.46 0.37 0.51 0.64 0.54 0.37 0.42 0.16 0.25 0.06 0.00 0.45 0.02 0.02 0.01
O6 0.12 0.03 0.06 0.15 0.05 0.07 0.05 0.13 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.06 0.25 0.15 0.09 0.45 0.00 0.35 0.38 0.31
OP1 0.18 0.40 0.27 0.22 0.32 0.10 0.31 0.13 0.33 0.29 0.35 0.48 0.40 0.31 0.30 0.15 0.22 0.08 0.02 0.35 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.44 0.37 0.36 0.43 0.42 0.42 0.37 0.40 0.45 0.42 0.46 0.45 0.41 0.44 0.39 0.37 0.48 0.02 0.38 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.41 0.22 0.12 0.32 0.06 0.30 0.01 0.31 0.28 0.35 0.48 0.40 0.26 0.30 0.14 0.11 0.17 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00