Doublet Group distance statistics: 55409

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 3, 2, 2, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.009
O6	A	0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N7	A	0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C8	A	0, 0.011, 0.028, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N3	A	0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C2	A	0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C1'	A	0, 0.011, 0.031, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N2	A	0, 0.015, 0.055, 0.094, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.055 std_dev=0.039
C4	B	0, 0.128, 0.266, 0.404, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.266 std_dev=0.138
N3	B	0, 0.093, 0.285, 0.476, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.285 std_dev=0.192
C5	B	0, 0.156, 0.361, 0.565, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.361 std_dev=0.205
N9	B	0, 0.172, 0.408, 0.644, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.408 std_dev=0.236
C2	B	0, 0.109, 0.345, 0.581, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.345 std_dev=0.236
C6	B	0, 0.082, 0.360, 0.639, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.360 std_dev=0.278
N1	B	0, 0.031, 0.317, 0.604, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.317 std_dev=0.287
O4'	A	0, -0.023, 0.265, 0.553, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.265 std_dev=0.288
N7	B	0, 0.253, 0.569, 0.885, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.569 std_dev=0.316
C8	B	0, 0.257, 0.575, 0.893, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.575 std_dev=0.318
OP2	A	0, 0.202, 0.525, 0.849, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.525 std_dev=0.323
C2'	A	0, -0.024, 0.319, 0.662, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.319 std_dev=0.343
C1'	B	0, 0.118, 0.467, 0.816, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.467 std_dev=0.349
N2	B	0, 0.190, 0.549, 0.908, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.549 std_dev=0.359
P	A	0, 0.186, 0.550, 0.914, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.550 std_dev=0.364
O4'	B	0, 0.419, 0.823, 1.228, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.823 std_dev=0.404
O6	B	0, 0.098, 0.504, 0.910, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.504 std_dev=0.406
C3'	B	0, 0.241, 0.652, 1.064, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.652 std_dev=0.411
C4'	A	0, -0.077, 0.367, 0.811, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.367 std_dev=0.444
O5'	A	0, 0.123, 0.579, 1.035, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.579 std_dev=0.456
C2'	B	0, 0.177, 0.634, 1.091, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.634 std_dev=0.457
C3'	A	0, -0.066, 0.391, 0.847, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.391 std_dev=0.457
OP1	A	0, 0.207, 0.674, 1.141, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.674 std_dev=0.467
C4'	B	0, 0.451, 0.921, 1.392, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.921 std_dev=0.470
O3'	B	0, 0.055, 0.544, 1.034, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.544 std_dev=0.490
O5'	B	0, 0.404, 0.908, 1.411, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.908 std_dev=0.503
C5'	A	0, -0.026, 0.519, 1.064, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.519 std_dev=0.545
O2'	A	0, -0.007, 0.554, 1.115, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.554 std_dev=0.561
O2'	B	0, 0.232, 0.807, 1.382, 2.279 max_d=2.279 avg_d=0.807 std_dev=0.575
OP2	B	0, 0.441, 1.075, 1.710, 1.877 max_d=1.877 avg_d=1.075 std_dev=0.634
O3'	A	0, -0.173, 0.464, 1.101, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.464 std_dev=0.637
P	B	0, 0.381, 1.021, 1.661, 2.035 max_d=2.035 avg_d=1.021 std_dev=0.640
C5'	B	0, 0.750, 1.437, 2.124, 2.028 max_d=2.028 avg_d=1.437 std_dev=0.687
OP1	B	0, 0.487, 1.235, 1.983, 2.354 max_d=2.354 avg_d=1.235 std_dev=0.748

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.08	0.02	0.01	0.04	0.06	0.05	0.01	0.01	0.02	0.20	0.00	0.18	0.02	0.13	0.17	0.15
C2	0.05	0.00	0.17	0.06	0.01	0.17	0.01	0.30	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.25	0.22	0.21	0.36	0.02	0.25	0.21	0.25
C2'	0.01	0.17	0.00	0.00	0.08	0.02	0.03	0.19	0.06	0.11	0.12	0.21	0.17	0.07	0.02	0.00	0.02	0.01	0.36	0.04	0.39	0.44	0.35
C3'	0.02	0.06	0.00	0.00	0.08	0.00	0.13	0.02	0.12	0.19	0.08	0.07	0.05	0.18	0.10	0.02	0.01	0.01	0.09	0.14	0.19	0.08	0.06
C4	0.03	0.01	0.08	0.08	0.00	0.07	0.01	0.20	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.05	0.14	0.11	0.28	0.01	0.15	0.15	0.17
C4'	0.01	0.17	0.02	0.00	0.07	0.00	0.03	0.01	0.06	0.13	0.13	0.21	0.15	0.09	0.02	0.16	0.02	0.00	0.01	0.05	0.08	0.06	0.07
C5	0.01	0.01	0.03	0.13	0.01	0.03	0.00	0.17	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.11	0.06	0.04	0.26	0.01	0.13	0.13	0.14
C5'	0.08	0.30	0.19	0.02	0.20	0.01	0.17	0.00	0.21	0.10	0.28	0.34	0.27	0.11	0.10	0.07	0.11	0.01	0.00	0.20	0.06	0.02	0.01
C6	0.02	0.02	0.06	0.12	0.01	0.06	0.01	0.21	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.06	0.08	0.08	0.30	0.00	0.17	0.16	0.18
C8	0.01	0.01	0.11	0.19	0.00	0.13	0.01	0.10	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.35	0.06	0.12	0.14	0.02	0.08	0.07	0.10
N1	0.04	0.01	0.12	0.08	0.02	0.13	0.01	0.28	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.12	0.16	0.16	0.35	0.02	0.23	0.20	0.23
N2	0.06	0.00	0.21	0.07	0.01	0.21	0.01	0.34	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.37	0.27	0.24	0.39	0.03	0.29	0.23	0.28
N3	0.05	0.01	0.17	0.05	0.00	0.15	0.01	0.27	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.26	0.23	0.20	0.33	0.02	0.21	0.19	0.22
N7	0.01	0.01	0.07	0.18	0.01	0.09	0.00	0.11	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.30	0.06	0.07	0.18	0.02	0.07	0.07	0.08
N9	0.01	0.01	0.02	0.10	0.00	0.02	0.01	0.10	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.11	0.09	0.01	0.20	0.01	0.10	0.13	0.13
O2'	0.02	0.25	0.00	0.02	0.05	0.16	0.11	0.07	0.06	0.35	0.12	0.37	0.26	0.30	0.11	0.00	0.10	0.11	0.33	0.12	0.38	0.59	0.39
O3'	0.20	0.22	0.02	0.01	0.14	0.02	0.06	0.11	0.08	0.06	0.16	0.27	0.23	0.06	0.09	0.10	0.00	0.17	0.14	0.05	0.21	0.12	0.11
O4'	0.00	0.21	0.01	0.01	0.11	0.00	0.04	0.01	0.08	0.12	0.16	0.24	0.20	0.07	0.01	0.11	0.17	0.00	0.07	0.06	0.18	0.14	0.19
O5'	0.18	0.36	0.36	0.09	0.28	0.01	0.26	0.00	0.30	0.14	0.35	0.39	0.33	0.18	0.20	0.33	0.14	0.07	0.00	0.29	0.01	0.02	0.01
O6	0.02	0.02	0.04	0.14	0.01	0.05	0.01	0.20	0.00	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01	0.12	0.05	0.06	0.29	0.00	0.16	0.16	0.16
OP1	0.13	0.25	0.39	0.19	0.15	0.08	0.13	0.06	0.17	0.08	0.23	0.29	0.21	0.07	0.10	0.38	0.21	0.18	0.01	0.16	0.00	0.01	0.01
OP2	0.17	0.21	0.44	0.08	0.15	0.06	0.13	0.02	0.16	0.07	0.20	0.23	0.19	0.07	0.13	0.59	0.12	0.14	0.02	0.16	0.01	0.00	0.01
P	0.15	0.25	0.35	0.06	0.17	0.07	0.14	0.01	0.18	0.10	0.23	0.28	0.22	0.08	0.13	0.39	0.11	0.19	0.01	0.16	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.24	0.16	0.25	0.22	0.14	0.41	0.15	0.70	0.08	0.34	0.16	0.24	0.13	0.33	0.24	0.47	0.11	0.39	0.46	0.16	0.50	0.55	0.44
C2	0.16	0.07	0.20	0.20	0.12	0.19	0.22	0.38	0.28	0.21	0.19	0.17	0.10	0.26	0.15	0.27	0.18	0.16	0.19	0.37	0.23	0.47	0.23
C2'	0.23	0.38	0.30	0.26	0.16	0.48	0.24	0.79	0.48	0.26	0.50	0.43	0.23	0.20	0.17	0.49	0.16	0.41	0.56	0.64	0.63	0.59	0.52
C3'	0.16	0.33	0.17	0.19	0.24	0.28	0.29	0.56	0.38	0.21	0.37	0.35	0.27	0.27	0.18	0.46	0.24	0.24	0.27	0.45	0.38	0.48	0.31
C4	0.15	0.11	0.17	0.18	0.09	0.24	0.16	0.50	0.15	0.22	0.09	0.19	0.11	0.25	0.15	0.38	0.12	0.20	0.24	0.22	0.30	0.48	0.26
C4'	0.16	0.16	0.18	0.13	0.12	0.31	0.14	0.62	0.17	0.20	0.16	0.20	0.14	0.21	0.14	0.51	0.19	0.27	0.26	0.25	0.35	0.47	0.28
C5	0.16	0.15	0.17	0.18	0.07	0.21	0.11	0.44	0.14	0.17	0.14	0.21	0.13	0.17	0.13	0.38	0.15	0.17	0.20	0.18	0.26	0.49	0.25
C5'	0.22	0.13	0.28	0.13	0.13	0.36	0.12	0.69	0.11	0.22	0.07	0.19	0.16	0.22	0.18	0.62	0.17	0.32	0.25	0.21	0.32	0.43	0.25
C6	0.21	0.16	0.21	0.22	0.07	0.21	0.12	0.35	0.18	0.17	0.20	0.25	0.10	0.16	0.14	0.28	0.23	0.20	0.21	0.22	0.23	0.50	0.25
C8	0.23	0.16	0.25	0.19	0.13	0.36	0.09	0.64	0.12	0.21	0.14	0.20	0.17	0.17	0.19	0.52	0.11	0.33	0.32	0.18	0.39	0.51	0.34
N1	0.20	0.11	0.23	0.22	0.11	0.21	0.17	0.34	0.24	0.18	0.22	0.19	0.09	0.20	0.15	0.25	0.23	0.20	0.20	0.31	0.22	0.49	0.24
N2	0.17	0.11	0.22	0.21	0.15	0.19	0.24	0.36	0.32	0.22	0.23	0.18	0.13	0.28	0.16	0.25	0.19	0.17	0.19	0.43	0.22	0.46	0.22
N3	0.13	0.08	0.17	0.18	0.12	0.22	0.22	0.46	0.24	0.24	0.11	0.20	0.09	0.29	0.16	0.33	0.13	0.17	0.23	0.34	0.28	0.47	0.25
N7	0.20	0.17	0.21	0.18	0.11	0.27	0.10	0.53	0.12	0.17	0.14	0.22	0.18	0.16	0.15	0.51	0.13	0.23	0.23	0.16	0.30	0.50	0.28
N9	0.20	0.14	0.22	0.19	0.12	0.33	0.12	0.61	0.09	0.27	0.11	0.20	0.14	0.25	0.20	0.46	0.10	0.30	0.33	0.16	0.39	0.51	0.34
O2'	0.66	0.27	0.70	0.73	0.27	0.97	0.20	1.23	0.35	0.77	0.45	0.38	0.13	0.58	0.58	0.71	0.64	0.91	1.15	0.64	1.17	1.09	1.10
O3'	0.13	0.12	0.14	0.20	0.10	0.30	0.13	0.52	0.16	0.19	0.15	0.15	0.09	0.19	0.13	0.40	0.21	0.29	0.30	0.23	0.41	0.53	0.35
O4'	0.17	0.13	0.16	0.15	0.13	0.31	0.15	0.61	0.11	0.24	0.07	0.18	0.14	0.26	0.17	0.48	0.16	0.28	0.29	0.18	0.37	0.50	0.31
O5'	0.27	0.18	0.33	0.14	0.18	0.39	0.14	0.71	0.11	0.23	0.10	0.23	0.22	0.23	0.21	0.68	0.17	0.35	0.25	0.19	0.31	0.43	0.24
O6	0.28	0.21	0.26	0.26	0.09	0.27	0.11	0.32	0.16	0.19	0.22	0.32	0.12	0.15	0.18	0.23	0.31	0.28	0.28	0.20	0.25	0.53	0.30
OP1	0.28	0.13	0.30	0.18	0.17	0.46	0.21	0.83	0.19	0.33	0.13	0.18	0.15	0.33	0.25	0.60	0.29	0.42	0.39	0.27	0.40	0.37	0.33
OP2	0.26	0.15	0.31	0.17	0.15	0.44	0.17	0.80	0.16	0.26	0.12	0.21	0.18	0.27	0.20	0.64	0.27	0.38	0.26	0.24	0.28	0.30	0.19
P	0.20	0.13	0.24	0.17	0.11	0.41	0.17	0.77	0.19	0.25	0.14	0.19	0.13	0.28	0.16	0.58	0.28	0.35	0.27	0.28	0.29	0.33	0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.02	0.01	0.03	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.16	0.00	0.11	0.02	0.09	0.28	0.10
C2	0.03	0.00	0.17	0.10	0.01	0.03	0.01	0.08	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.34	0.22	0.09	0.10	0.02	0.10	0.45	0.20
C2'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.08	0.01	0.04	0.13	0.07	0.08	0.13	0.20	0.16	0.05	0.01	0.00	0.02	0.01	0.33	0.05	0.28	0.51	0.32
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.10	0.00	0.16	0.02	0.15	0.22	0.12	0.13	0.10	0.22	0.12	0.01	0.01	0.01	0.28	0.18	0.11	0.36	0.20
C4	0.02	0.01	0.08	0.10	0.00	0.03	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.21	0.10	0.05	0.11	0.01	0.12	0.44	0.20
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.06	0.10	0.03	0.05	0.04	0.10	0.05	0.14	0.02	0.00	0.01	0.08	0.24	0.03	0.12
C5	0.01	0.01	0.04	0.16	0.00	0.06	0.00	0.16	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.18	0.03	0.02	0.13	0.01	0.19	0.50	0.26
C5'	0.05	0.08	0.13	0.02	0.11	0.01	0.16	0.00	0.16	0.17	0.12	0.06	0.06	0.19	0.10	0.06	0.10	0.02	0.01	0.20	0.11	0.04	0.02
C6	0.02	0.01	0.07	0.15	0.01	0.06	0.01	0.16	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.23	0.05	0.04	0.13	0.00	0.21	0.53	0.28
C8	0.01	0.02	0.08	0.22	0.01	0.10	0.01	0.17	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.14	0.13	0.07	0.13	0.02	0.19	0.47	0.25
N1	0.03	0.00	0.13	0.12	0.01	0.03	0.01	0.12	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.29	0.13	0.07	0.11	0.01	0.16	0.50	0.24
N2	0.04	0.00	0.20	0.13	0.01	0.05	0.02	0.06	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.39	0.30	0.11	0.10	0.02	0.08	0.44	0.18
N3	0.03	0.01	0.16	0.10	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.31	0.23	0.09	0.11	0.01	0.08	0.42	0.18
N7	0.01	0.02	0.05	0.22	0.01	0.10	0.01	0.19	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.15	0.13	0.05	0.15	0.03	0.25	0.53	0.29
N9	0.00	0.01	0.01	0.12	0.00	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.11	0.04	0.00	0.11	0.01	0.10	0.40	0.18
O2'	0.01	0.34	0.00	0.01	0.21	0.14	0.18	0.06	0.23	0.14	0.29	0.39	0.31	0.15	0.11	0.00	0.05	0.09	0.34	0.22	0.29	0.58	0.35
O3'	0.16	0.22	0.02	0.01	0.10	0.02	0.03	0.10	0.05	0.13	0.13	0.30	0.23	0.13	0.04	0.05	0.00	0.13	0.24	0.05	0.23	0.30	0.19
O4'	0.00	0.09	0.01	0.01	0.05	0.00	0.02	0.02	0.04	0.07	0.07	0.11	0.09	0.05	0.00	0.09	0.13	0.00	0.11	0.04	0.22	0.10	0.15
O5'	0.11	0.10	0.33	0.28	0.11	0.01	0.13	0.01	0.13	0.13	0.11	0.10	0.11	0.15	0.11	0.34	0.24	0.11	0.00	0.16	0.01	0.02	0.01
O6	0.02	0.02	0.05	0.18	0.01	0.08	0.01	0.20	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.22	0.05	0.04	0.16	0.00	0.27	0.56	0.32
OP1	0.09	0.10	0.28	0.11	0.12	0.24	0.19	0.11	0.21	0.19	0.16	0.08	0.08	0.25	0.10	0.29	0.23	0.22	0.01	0.27	0.00	0.02	0.01
OP2	0.28	0.45	0.51	0.36	0.44	0.03	0.50	0.04	0.53	0.47	0.50	0.44	0.42	0.53	0.40	0.58	0.30	0.10	0.02	0.56	0.02	0.00	0.01
P	0.10	0.20	0.32	0.20	0.20	0.12	0.26	0.02	0.28	0.25	0.24	0.18	0.18	0.29	0.18	0.35	0.19	0.15	0.01	0.32	0.01	0.01	0.00