Doublet Group distance statistics: 55411

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 5, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.016, 0.029, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.017
C2	A	0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C4	A	0, 0.017, 0.040, 0.062, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.040 std_dev=0.023
N7	A	0, 0.022, 0.046, 0.070, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.046 std_dev=0.024
N3	A	0, 0.017, 0.042, 0.066, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.024
C1'	A	0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.041 std_dev=0.025
N9	A	0, 0.021, 0.047, 0.073, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.047 std_dev=0.026
C8	A	0, 0.024, 0.052, 0.079, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.052 std_dev=0.028
O6	A	0, 0.030, 0.062, 0.095, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.062 std_dev=0.032
N2	A	0, 0.024, 0.057, 0.090, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.057 std_dev=0.033
O4'	A	0, 0.065, 0.178, 0.291, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.178 std_dev=0.113
C2'	A	0, 0.155, 0.309, 0.462, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.309 std_dev=0.154
C4	B	0, 0.188, 0.367, 0.546, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.367 std_dev=0.179
N9	B	0, 0.197, 0.378, 0.559, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.378 std_dev=0.181
C5	B	0, 0.208, 0.393, 0.579, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.393 std_dev=0.186
C8	B	0, 0.174, 0.385, 0.597, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.385 std_dev=0.211
C1'	B	0, 0.241, 0.454, 0.668, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.454 std_dev=0.213
N3	B	0, 0.189, 0.404, 0.620, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.404 std_dev=0.215
N7	B	0, 0.156, 0.380, 0.605, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.380 std_dev=0.224
C6	B	0, 0.265, 0.490, 0.714, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.490 std_dev=0.224
C4'	A	0, 0.099, 0.326, 0.552, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.326 std_dev=0.227
C3'	A	0, 0.203, 0.447, 0.692, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.447 std_dev=0.244
O6	B	0, 0.321, 0.576, 0.831, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.576 std_dev=0.255
C2	B	0, 0.210, 0.474, 0.739, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.474 std_dev=0.265
N1	B	0, 0.262, 0.527, 0.792, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.527 std_dev=0.265
O2'	A	0, 0.289, 0.591, 0.894, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.591 std_dev=0.302
N2	B	0, 0.229, 0.563, 0.897, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.563 std_dev=0.334
O4'	B	0, 0.402, 0.774, 1.146, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.774 std_dev=0.372
O3'	A	0, 0.218, 0.626, 1.033, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.626 std_dev=0.408
O5'	A	0, 0.377, 0.787, 1.197, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.787 std_dev=0.410
O3'	B	0, 0.397, 0.832, 1.267, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.832 std_dev=0.435
P	B	0, 0.548, 1.017, 1.487, 1.488 max_d=1.488 avg_d=1.017 std_dev=0.469
C5'	A	0, 0.155, 0.625, 1.095, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.625 std_dev=0.470
C2'	B	0, 0.211, 0.702, 1.192, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.702 std_dev=0.491
P	A	0, 0.467, 0.958, 1.450, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.958 std_dev=0.491
C4'	B	0, 0.458, 0.952, 1.445, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.952 std_dev=0.493
C3'	B	0, 0.353, 0.859, 1.364, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.859 std_dev=0.505
OP1	B	0, 0.476, 0.984, 1.492, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.984 std_dev=0.508
OP1	A	0, 0.548, 1.078, 1.608, 1.750 max_d=1.750 avg_d=1.078 std_dev=0.530
OP2	B	0, 0.593, 1.133, 1.674, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.133 std_dev=0.540
O5'	B	0, 0.428, 0.995, 1.563, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.995 std_dev=0.568
OP2	A	0, 0.502, 1.075, 1.649, 1.639 max_d=1.639 avg_d=1.075 std_dev=0.574
C5'	B	0, 0.547, 1.278, 2.010, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.278 std_dev=0.732
O2'	B	0, 0.005, 0.807, 1.608, 2.494 max_d=2.494 avg_d=0.807 std_dev=0.801

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.07	0.02	0.03	0.03	0.05	0.04	0.02	0.01	0.02	0.04	0.01	0.21	0.02	0.22	0.17	0.18
C2	0.04	0.00	0.16	0.06	0.01	0.05	0.01	0.27	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.35	0.15	0.10	0.19	0.02	0.21	0.38	0.24
C2'	0.01	0.16	0.00	0.01	0.09	0.02	0.05	0.03	0.08	0.08	0.12	0.19	0.15	0.05	0.02	0.01	0.03	0.01	0.14	0.07	0.12	0.15	0.07
C3'	0.02	0.06	0.01	0.00	0.07	0.01	0.14	0.02	0.12	0.25	0.07	0.10	0.07	0.24	0.12	0.01	0.01	0.01	0.05	0.16	0.07	0.28	0.08
C4	0.02	0.01	0.09	0.07	0.00	0.08	0.01	0.28	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.22	0.02	0.06	0.21	0.01	0.22	0.36	0.24
C4'	0.01	0.05	0.02	0.01	0.08	0.00	0.14	0.01	0.14	0.17	0.10	0.04	0.04	0.19	0.09	0.08	0.03	0.00	0.02	0.16	0.13	0.18	0.02
C5	0.01	0.01	0.05	0.14	0.01	0.14	0.00	0.38	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.19	0.09	0.06	0.22	0.01	0.27	0.44	0.29
C5'	0.07	0.27	0.03	0.02	0.28	0.01	0.38	0.00	0.40	0.35	0.35	0.23	0.22	0.41	0.24	0.08	0.05	0.03	0.01	0.45	0.24	0.22	0.01
C6	0.02	0.01	0.08	0.12	0.01	0.14	0.01	0.40	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.25	0.05	0.08	0.22	0.01	0.29	0.48	0.31
C8	0.03	0.02	0.08	0.25	0.01	0.17	0.01	0.35	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.00	0.07	0.24	0.03	0.24	0.02	0.25	0.36	0.26
N1	0.03	0.01	0.12	0.07	0.01	0.10	0.01	0.35	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.32	0.07	0.10	0.20	0.02	0.25	0.45	0.29
N2	0.05	0.00	0.19	0.10	0.01	0.04	0.01	0.23	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.41	0.24	0.11	0.18	0.02	0.20	0.37	0.23
N3	0.04	0.01	0.15	0.07	0.01	0.04	0.01	0.22	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.32	0.15	0.09	0.19	0.02	0.20	0.33	0.22
N7	0.02	0.02	0.05	0.24	0.01	0.19	0.00	0.41	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.10	0.22	0.03	0.24	0.02	0.30	0.46	0.31
N9	0.01	0.01	0.02	0.12	0.01	0.09	0.01	0.24	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.09	0.08	0.02	0.22	0.02	0.21	0.29	0.22
O2'	0.02	0.35	0.01	0.01	0.22	0.08	0.19	0.08	0.25	0.07	0.32	0.41	0.32	0.10	0.09	0.00	0.06	0.10	0.04	0.24	0.07	0.21	0.07
O3'	0.04	0.15	0.03	0.01	0.02	0.03	0.09	0.05	0.05	0.24	0.07	0.24	0.15	0.22	0.08	0.06	0.00	0.03	0.21	0.10	0.18	0.43	0.25
O4'	0.01	0.10	0.01	0.01	0.06	0.00	0.06	0.03	0.08	0.03	0.10	0.11	0.09	0.03	0.02	0.10	0.03	0.00	0.25	0.07	0.30	0.15	0.25
O5'	0.21	0.19	0.14	0.05	0.21	0.02	0.22	0.01	0.22	0.24	0.20	0.18	0.19	0.24	0.22	0.04	0.21	0.25	0.00	0.23	0.01	0.01	0.01
O6	0.02	0.02	0.07	0.16	0.01	0.16	0.01	0.45	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.24	0.10	0.07	0.23	0.00	0.34	0.52	0.34
OP1	0.22	0.21	0.12	0.07	0.22	0.13	0.27	0.24	0.29	0.25	0.25	0.20	0.20	0.30	0.21	0.07	0.18	0.30	0.01	0.34	0.00	0.03	0.02
OP2	0.17	0.38	0.15	0.28	0.36	0.18	0.44	0.22	0.48	0.36	0.45	0.37	0.33	0.46	0.29	0.21	0.43	0.15	0.01	0.52	0.03	0.00	0.01
P	0.18	0.24	0.07	0.08	0.24	0.02	0.29	0.01	0.31	0.26	0.29	0.23	0.22	0.31	0.22	0.07	0.25	0.25	0.01	0.34	0.02	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.17	0.10	0.38	0.19	0.03	0.16	0.07	0.13	0.16	0.13	0.15	0.12	0.05	0.05	0.10	0.72	0.20	0.20	0.55	0.24	0.54	0.50	0.48
C2	0.13	0.22	0.21	0.32	0.14	0.26	0.17	0.31	0.23	0.16	0.25	0.24	0.16	0.17	0.12	0.53	0.20	0.18	0.43	0.24	0.42	0.42	0.38
C2'	0.28	0.11	0.50	0.35	0.16	0.26	0.12	0.27	0.12	0.25	0.11	0.10	0.14	0.17	0.23	0.71	0.35	0.23	0.67	0.18	0.56	0.56	0.54
C3'	0.17	0.08	0.42	0.21	0.09	0.14	0.09	0.10	0.11	0.15	0.10	0.08	0.08	0.11	0.13	0.64	0.23	0.21	0.50	0.16	0.50	0.45	0.44
C4	0.14	0.17	0.26	0.21	0.09	0.25	0.12	0.31	0.20	0.07	0.21	0.19	0.13	0.09	0.06	0.72	0.12	0.24	0.43	0.23	0.44	0.40	0.37
C4'	0.16	0.06	0.42	0.14	0.04	0.13	0.05	0.09	0.10	0.13	0.09	0.08	0.03	0.09	0.10	0.73	0.17	0.22	0.48	0.16	0.53	0.45	0.45
C5	0.13	0.22	0.26	0.29	0.14	0.39	0.18	0.52	0.22	0.11	0.23	0.23	0.18	0.17	0.09	0.80	0.14	0.33	0.32	0.24	0.38	0.35	0.30
C5'	0.22	0.22	0.46	0.15	0.17	0.25	0.15	0.27	0.19	0.12	0.21	0.24	0.20	0.11	0.17	0.77	0.16	0.33	0.31	0.21	0.49	0.31	0.34
C6	0.13	0.25	0.27	0.45	0.14	0.46	0.17	0.60	0.21	0.12	0.25	0.28	0.20	0.15	0.09	0.70	0.24	0.32	0.29	0.22	0.33	0.37	0.28
C8	0.16	0.19	0.42	0.14	0.15	0.30	0.21	0.42	0.25	0.14	0.23	0.20	0.16	0.23	0.12	0.88	0.18	0.36	0.35	0.28	0.44	0.30	0.30
N1	0.09	0.25	0.27	0.42	0.12	0.36	0.15	0.45	0.22	0.10	0.27	0.29	0.18	0.12	0.05	0.56	0.26	0.21	0.33	0.22	0.35	0.38	0.31
N2	0.15	0.25	0.24	0.33	0.20	0.24	0.25	0.27	0.30	0.21	0.31	0.26	0.19	0.24	0.18	0.45	0.24	0.19	0.47	0.32	0.44	0.45	0.41
N3	0.15	0.16	0.21	0.23	0.11	0.22	0.13	0.24	0.18	0.17	0.20	0.18	0.12	0.16	0.13	0.60	0.15	0.19	0.49	0.21	0.47	0.45	0.42
N7	0.18	0.22	0.36	0.22	0.19	0.44	0.23	0.63	0.25	0.20	0.24	0.23	0.19	0.25	0.16	0.91	0.15	0.43	0.30	0.27	0.38	0.33	0.28
N9	0.15	0.16	0.36	0.15	0.09	0.21	0.14	0.25	0.21	0.05	0.20	0.17	0.11	0.11	0.07	0.78	0.15	0.25	0.46	0.26	0.48	0.41	0.39
O2'	0.49	0.36	0.62	0.52	0.43	0.47	0.40	0.51	0.31	0.49	0.31	0.34	0.41	0.45	0.47	0.76	0.52	0.43	0.81	0.25	0.58	0.60	0.61
O3'	0.24	0.21	0.44	0.29	0.21	0.21	0.20	0.22	0.21	0.22	0.21	0.21	0.21	0.21	0.22	0.60	0.30	0.23	0.52	0.21	0.47	0.42	0.41
O4'	0.17	0.14	0.42	0.19	0.05	0.17	0.08	0.16	0.18	0.12	0.19	0.17	0.08	0.05	0.09	0.79	0.21	0.22	0.58	0.25	0.64	0.56	0.55
O5'	0.33	0.14	0.54	0.39	0.21	0.35	0.19	0.33	0.16	0.29	0.13	0.13	0.19	0.24	0.27	0.83	0.45	0.41	0.61	0.17	0.77	0.60	0.62
O6	0.18	0.26	0.37	0.59	0.17	0.58	0.18	0.76	0.22	0.18	0.26	0.30	0.22	0.18	0.15	0.70	0.35	0.39	0.28	0.21	0.31	0.38	0.29
OP1	0.26	0.10	0.46	0.25	0.14	0.36	0.13	0.40	0.14	0.19	0.11	0.09	0.12	0.16	0.19	0.77	0.32	0.44	0.36	0.18	0.57	0.30	0.36
OP2	0.37	0.31	0.45	0.27	0.31	0.50	0.30	0.61	0.30	0.30	0.31	0.31	0.32	0.29	0.32	0.75	0.31	0.61	0.25	0.31	0.46	0.19	0.24
P	0.27	0.12	0.45	0.24	0.15	0.36	0.14	0.42	0.14	0.20	0.12	0.12	0.15	0.17	0.20	0.79	0.31	0.45	0.36	0.17	0.57	0.31	0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.08	0.02	0.01	0.04	0.05	0.04	0.01	0.00	0.02	0.20	0.00	0.25	0.02	0.19	0.35	0.18
C2	0.04	0.00	0.26	0.15	0.01	0.05	0.02	0.14	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.37	0.28	0.14	0.34	0.02	0.22	0.35	0.22
C2'	0.00	0.26	0.00	0.01	0.12	0.02	0.06	0.17	0.11	0.16	0.20	0.32	0.25	0.11	0.02	0.00	0.03	0.01	0.60	0.10	0.58	0.44	0.49
C3'	0.02	0.15	0.01	0.00	0.10	0.00	0.12	0.02	0.12	0.17	0.14	0.18	0.13	0.16	0.10	0.01	0.01	0.01	0.40	0.13	0.47	0.21	0.30
C4	0.02	0.01	0.12	0.10	0.00	0.04	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.19	0.16	0.07	0.37	0.01	0.22	0.35	0.22
C4'	0.01	0.05	0.02	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.06	0.08	0.05	0.06	0.04	0.08	0.04	0.16	0.03	0.01	0.02	0.07	0.16	0.37	0.10
C5	0.01	0.02	0.06	0.12	0.01	0.06	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.00	0.01	0.22	0.10	0.04	0.43	0.01	0.27	0.38	0.26
C5'	0.08	0.14	0.17	0.02	0.13	0.01	0.15	0.00	0.16	0.14	0.15	0.14	0.12	0.16	0.12	0.08	0.16	0.02	0.01	0.17	0.23	0.36	0.02
C6	0.02	0.02	0.11	0.12	0.01	0.06	0.01	0.16	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.25	0.13	0.07	0.43	0.00	0.29	0.40	0.28
C8	0.01	0.02	0.16	0.17	0.01	0.08	0.01	0.14	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02	0.01	0.01	0.29	0.11	0.10	0.43	0.02	0.25	0.36	0.23
N1	0.04	0.01	0.20	0.14	0.01	0.05	0.01	0.15	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.31	0.21	0.11	0.39	0.01	0.26	0.38	0.26
N2	0.05	0.01	0.32	0.18	0.02	0.06	0.03	0.14	0.03	0.03	0.02	0.00	0.02	0.03	0.03	0.47	0.35	0.17	0.31	0.03	0.20	0.35	0.21
N3	0.04	0.01	0.25	0.13	0.01	0.04	0.02	0.12	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.35	0.28	0.14	0.32	0.01	0.20	0.34	0.20
N7	0.01	0.02	0.11	0.16	0.01	0.08	0.00	0.16	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.00	0.01	0.29	0.09	0.05	0.46	0.02	0.30	0.39	0.28
N9	0.00	0.02	0.02	0.10	0.01	0.04	0.01	0.12	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.13	0.11	0.01	0.35	0.02	0.21	0.34	0.20
O2'	0.02	0.37	0.00	0.01	0.19	0.16	0.22	0.08	0.25	0.29	0.31	0.47	0.35	0.29	0.13	0.00	0.07	0.13	0.59	0.27	0.65	0.58	0.54
O3'	0.20	0.28	0.03	0.01	0.16	0.03	0.10	0.16	0.13	0.11	0.21	0.35	0.28	0.09	0.11	0.07	0.00	0.13	0.27	0.10	0.42	0.22	0.24
O4'	0.00	0.14	0.01	0.01	0.07	0.01	0.04	0.02	0.07	0.10	0.11	0.17	0.14	0.05	0.01	0.13	0.13	0.00	0.13	0.06	0.20	0.56	0.30
O5'	0.25	0.34	0.60	0.40	0.37	0.02	0.43	0.01	0.43	0.43	0.39	0.31	0.32	0.46	0.35	0.59	0.27	0.13	0.00	0.45	0.02	0.02	0.01
O6	0.02	0.02	0.10	0.13	0.01	0.07	0.01	0.17	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.27	0.10	0.06	0.45	0.00	0.33	0.43	0.31
OP1	0.19	0.22	0.58	0.47	0.22	0.16	0.27	0.23	0.29	0.25	0.26	0.20	0.20	0.30	0.21	0.65	0.42	0.20	0.02	0.33	0.00	0.01	0.00
OP2	0.35	0.35	0.44	0.21	0.35	0.37	0.38	0.36	0.40	0.36	0.38	0.35	0.34	0.39	0.34	0.58	0.22	0.56	0.02	0.43	0.01	0.00	0.01
P	0.18	0.22	0.49	0.30	0.22	0.10	0.26	0.02	0.28	0.23	0.26	0.21	0.20	0.28	0.20	0.54	0.24	0.30	0.01	0.31	0.00	0.01	0.00