ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55412

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.004, 0.010, 0.024, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.010 std_dev=0.014
N3 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C1' A 0, -0.005, 0.014, 0.033, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.014 std_dev=0.019
N9 A 0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.018 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.004, 0.023, 0.043, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.023 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N2 A 0, -0.006, 0.020, 0.045, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.020 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.048, 0.089, 0.130, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.089 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.024, 0.111, 0.197, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.111 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.018, 0.124, 0.230, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.124 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.051, 0.170, 0.289, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.170 std_dev=0.119
O6 B 0, 0.145, 0.291, 0.436, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.291 std_dev=0.146
N7 B 0, 0.212, 0.375, 0.538, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.375 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.167, 0.339, 0.511, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.339 std_dev=0.172
C6 B 0, 0.123, 0.299, 0.475, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.299 std_dev=0.176
O3' A 0, -0.028, 0.153, 0.334, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.153 std_dev=0.181
C4' A 0, -0.026, 0.168, 0.362, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.168 std_dev=0.194
C8 B 0, 0.233, 0.439, 0.644, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.439 std_dev=0.205
C4 B 0, 0.161, 0.391, 0.622, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.391 std_dev=0.230
N9 B 0, 0.217, 0.452, 0.686, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.452 std_dev=0.234
N1 B 0, 0.050, 0.318, 0.587, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.318 std_dev=0.269
OP2 B 0, 0.278, 0.549, 0.820, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.549 std_dev=0.271
C1' B 0, 0.245, 0.532, 0.819, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.532 std_dev=0.287
OP1 B 0, 0.296, 0.585, 0.873, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.585 std_dev=0.288
P B 0, 0.292, 0.589, 0.886, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.589 std_dev=0.297
C2' B 0, 0.225, 0.526, 0.828, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.526 std_dev=0.301
C5' A 0, -0.016, 0.292, 0.601, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.292 std_dev=0.308
C3' B 0, 0.214, 0.523, 0.832, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.523 std_dev=0.309
O5' B 0, 0.237, 0.546, 0.855, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.546 std_dev=0.309
N3 B 0, 0.099, 0.408, 0.718, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.408 std_dev=0.309
O4' B 0, 0.271, 0.585, 0.900, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.585 std_dev=0.314
C5' B 0, 0.283, 0.602, 0.920, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.602 std_dev=0.318
C4' B 0, 0.266, 0.592, 0.918, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.592 std_dev=0.326
C2 B 0, 0.032, 0.363, 0.694, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.363 std_dev=0.331
O3' B 0, 0.201, 0.543, 0.885, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.543 std_dev=0.342
O2' B 0, 0.250, 0.593, 0.937, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.593 std_dev=0.344
O5' A 0, -0.059, 0.326, 0.710, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.326 std_dev=0.384
N2 B 0, -0.029, 0.401, 0.831, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.401 std_dev=0.430
P A 0, -0.054, 0.388, 0.829, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.388 std_dev=0.441
OP1 A 0, -0.045, 0.402, 0.849, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.402 std_dev=0.447
OP2 A 0, 0.000, 0.489, 0.979, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.489 std_dev=0.490

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.06 0.04 0.05
C2 0.04 0.00 0.04 0.07 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.08 0.07 0.01 0.10 0.11 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.09 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04
C4 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.03
C4' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.05 0.13 0.09 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.02 0.10 0.00 0.08 0.13 0.10
C5' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.08 0.16 0.03 0.09 0.05 0.16 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.03 0.02 0.00
C6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.10 0.03 0.08 0.00 0.06 0.12 0.08
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.07 0.18 0.00 0.17 0.20 0.19
N1 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.14 0.05 0.05 0.00 0.04 0.09 0.04
N2 0.04 0.00 0.04 0.09 0.00 0.13 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.18 0.10 0.13 0.01 0.16 0.16 0.15
N3 0.04 0.00 0.03 0.07 0.00 0.09 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.14 0.08 0.08 0.00 0.10 0.09 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.05 0.19 0.00 0.17 0.22 0.20
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.06 0.03 0.04
O3' 0.04 0.15 0.01 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.14 0.18 0.14 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.07 0.04 0.05
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.05 0.10 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.05
O5' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.08 0.18 0.05 0.13 0.08 0.19 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.03 0.13 0.00 0.10 0.17 0.13
OP1 0.06 0.10 0.05 0.06 0.04 0.05 0.08 0.03 0.06 0.17 0.04 0.16 0.10 0.17 0.07 0.06 0.07 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.11 0.03 0.02 0.06 0.03 0.13 0.02 0.12 0.20 0.09 0.16 0.09 0.22 0.08 0.03 0.04 0.05 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.04 0.04 0.03 0.04 0.10 0.00 0.08 0.19 0.04 0.15 0.08 0.20 0.08 0.04 0.05 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.23 0.09 0.09 0.14 0.10 0.13 0.12 0.18 0.09 0.23 0.28 0.19 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.13 0.19 0.14 0.15 0.15
C2 0.12 0.09 0.13 0.08 0.11 0.10 0.10 0.15 0.08 0.11 0.08 0.08 0.11 0.10 0.12 0.15 0.06 0.10 0.21 0.07 0.22 0.27 0.25
C2' 0.14 0.25 0.13 0.13 0.18 0.14 0.17 0.16 0.20 0.13 0.25 0.29 0.22 0.14 0.15 0.12 0.13 0.15 0.15 0.20 0.17 0.18 0.17
C3' 0.08 0.18 0.06 0.07 0.12 0.08 0.12 0.10 0.15 0.09 0.18 0.22 0.15 0.11 0.09 0.05 0.07 0.09 0.11 0.17 0.13 0.14 0.13
C4 0.08 0.15 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.10 0.12 0.07 0.15 0.18 0.13 0.07 0.08 0.11 0.08 0.07 0.12 0.13 0.15 0.17 0.16
C4' 0.05 0.17 0.04 0.04 0.10 0.05 0.11 0.08 0.16 0.07 0.19 0.22 0.13 0.10 0.07 0.06 0.05 0.05 0.10 0.19 0.12 0.14 0.13
C5 0.10 0.12 0.12 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.11 0.12 0.14 0.09 0.11 0.09 0.14 0.09 0.08 0.08 0.10 0.11 0.12 0.11
C5' 0.08 0.19 0.06 0.07 0.12 0.08 0.14 0.12 0.18 0.10 0.21 0.22 0.15 0.12 0.10 0.06 0.07 0.09 0.15 0.21 0.17 0.20 0.19
C6 0.17 0.08 0.19 0.16 0.12 0.13 0.11 0.10 0.08 0.17 0.08 0.09 0.09 0.15 0.15 0.20 0.14 0.14 0.09 0.07 0.12 0.14 0.12
C8 0.07 0.18 0.08 0.07 0.10 0.06 0.10 0.07 0.14 0.09 0.18 0.23 0.14 0.11 0.07 0.10 0.08 0.06 0.07 0.16 0.10 0.10 0.09
N1 0.17 0.09 0.20 0.14 0.13 0.12 0.12 0.10 0.08 0.16 0.08 0.08 0.11 0.14 0.16 0.21 0.12 0.13 0.13 0.07 0.17 0.22 0.19
N2 0.17 0.10 0.14 0.12 0.15 0.16 0.14 0.24 0.09 0.18 0.08 0.09 0.13 0.16 0.18 0.16 0.08 0.17 0.31 0.08 0.30 0.35 0.34
N3 0.11 0.15 0.10 0.10 0.13 0.12 0.12 0.16 0.12 0.10 0.14 0.14 0.15 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.20 0.11 0.21 0.24 0.23
N7 0.09 0.14 0.11 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.11 0.12 0.14 0.18 0.10 0.12 0.09 0.13 0.10 0.09 0.07 0.13 0.09 0.09 0.09
N9 0.08 0.20 0.09 0.08 0.12 0.08 0.12 0.10 0.16 0.07 0.21 0.24 0.16 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.18 0.13 0.14 0.14
O2' 0.18 0.27 0.17 0.16 0.20 0.17 0.18 0.18 0.20 0.15 0.27 0.30 0.24 0.15 0.18 0.16 0.16 0.18 0.15 0.16 0.16 0.17 0.17
O3' 0.04 0.11 0.03 0.04 0.07 0.04 0.10 0.05 0.13 0.09 0.12 0.16 0.08 0.11 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.17 0.07 0.08 0.06
O4' 0.08 0.22 0.08 0.07 0.12 0.07 0.12 0.10 0.17 0.07 0.22 0.27 0.17 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.11 0.19 0.13 0.15 0.14
O5' 0.05 0.18 0.06 0.05 0.10 0.05 0.12 0.09 0.17 0.07 0.20 0.22 0.13 0.10 0.06 0.09 0.07 0.05 0.13 0.20 0.16 0.19 0.17
O6 0.22 0.09 0.24 0.22 0.15 0.20 0.15 0.16 0.10 0.24 0.08 0.08 0.11 0.21 0.20 0.25 0.20 0.20 0.14 0.09 0.13 0.15 0.14
OP1 0.07 0.15 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.14 0.06 0.16 0.19 0.11 0.08 0.06 0.12 0.08 0.06 0.12 0.17 0.16 0.19 0.16
OP2 0.07 0.20 0.05 0.05 0.13 0.06 0.15 0.10 0.19 0.10 0.22 0.24 0.15 0.13 0.09 0.09 0.05 0.07 0.15 0.22 0.18 0.20 0.18
P 0.05 0.18 0.05 0.04 0.11 0.04 0.13 0.09 0.18 0.08 0.21 0.22 0.13 0.11 0.07 0.09 0.05 0.05 0.13 0.21 0.16 0.19 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.03 0.08 0.00 0.09 0.14 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.08 0.09 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.09 0.10 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.11 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.00 0.11 0.13 0.12
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.00 0.12 0.15 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.01 0.10 0.08 0.09
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.09 0.00 0.11 0.15 0.12
N2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.12 0.03 0.08 0.00 0.09 0.15 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.03 0.07 0.01 0.07 0.11 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.10 0.01 0.11 0.11 0.12
N9 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.09 0.05
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.08 0.12 0.09 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.11 0.13 0.09
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01
O5' 0.04 0.08 0.04 0.06 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.10 0.07 0.04 0.08 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.10 0.00 0.13 0.16 0.14
OP1 0.06 0.09 0.08 0.09 0.08 0.06 0.11 0.06 0.12 0.10 0.11 0.09 0.07 0.11 0.08 0.07 0.11 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.14 0.09 0.10 0.11 0.04 0.13 0.02 0.15 0.08 0.15 0.15 0.11 0.11 0.08 0.09 0.13 0.02 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.06 0.07 0.09 0.02 0.12 0.01 0.13 0.09 0.12 0.11 0.09 0.12 0.07 0.05 0.09 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00