ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55413

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 6, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.005, 0.031, 0.057, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.031 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.001, 0.030, 0.058, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.030 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N1 B 0, 0.152, 0.282, 0.412, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.282 std_dev=0.130
C2 B 0, 0.139, 0.272, 0.405, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.272 std_dev=0.133
C5 B 0, 0.110, 0.254, 0.399, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.254 std_dev=0.144
N2 B 0, 0.155, 0.300, 0.445, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.300 std_dev=0.145
C6 B 0, 0.135, 0.282, 0.428, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.282 std_dev=0.147
C4 B 0, 0.094, 0.246, 0.397, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.246 std_dev=0.151
OP2 B 0, 0.096, 0.251, 0.406, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.251 std_dev=0.155
N3 B 0, 0.103, 0.262, 0.422, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.262 std_dev=0.160
N7 B 0, 0.096, 0.262, 0.428, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.262 std_dev=0.166
C3' B 0, 0.117, 0.286, 0.455, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.286 std_dev=0.169
C8 B 0, 0.077, 0.250, 0.422, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.250 std_dev=0.173
N9 B 0, 0.074, 0.252, 0.429, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.252 std_dev=0.177
O6 B 0, 0.135, 0.323, 0.511, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.323 std_dev=0.188
O3' B 0, 0.154, 0.344, 0.533, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.344 std_dev=0.190
C2' B 0, 0.111, 0.307, 0.503, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.307 std_dev=0.196
C4' B 0, 0.085, 0.289, 0.494, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.289 std_dev=0.204
O4' B 0, 0.082, 0.291, 0.499, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.291 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.081, 0.289, 0.498, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.289 std_dev=0.209
C5' B 0, 0.078, 0.301, 0.523, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.301 std_dev=0.223
O4' A 0, -0.098, 0.139, 0.375, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.139 std_dev=0.236
O2' B 0, 0.126, 0.390, 0.655, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.390 std_dev=0.264
P A 0, 0.131, 0.400, 0.669, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.400 std_dev=0.269
P B 0, 0.067, 0.340, 0.612, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.340 std_dev=0.272
C2' A 0, -0.081, 0.221, 0.522, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.221 std_dev=0.302
C4' A 0, -0.074, 0.243, 0.559, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.243 std_dev=0.316
C3' A 0, -0.034, 0.285, 0.604, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.285 std_dev=0.319
C5' A 0, 0.048, 0.376, 0.704, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.376 std_dev=0.328
O5' B 0, 0.001, 0.360, 0.719, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.360 std_dev=0.359
OP1 B 0, 0.067, 0.434, 0.801, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.434 std_dev=0.367
O5' A 0, 0.636, 1.020, 1.404, 1.359 max_d=1.359 avg_d=1.020 std_dev=0.384
OP2 A 0, 0.711, 1.183, 1.654, 1.593 max_d=1.593 avg_d=1.183 std_dev=0.472
O3' A 0, -0.088, 0.489, 1.065, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.489 std_dev=0.577
OP1 A 0, 0.558, 1.138, 1.717, 1.970 max_d=1.970 avg_d=1.138 std_dev=0.580
O2' A 0, -0.250, 0.442, 1.135, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.442 std_dev=0.692

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.01 0.15 0.01 0.15 0.80 0.25
C2 0.01 0.00 0.12 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.41 0.13 0.38 0.01 0.31 0.62 0.19
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.18 0.03 0.11 0.08 0.15 0.12 0.08 0.02 0.00 0.04 0.02 0.18 0.02 0.22 0.62 0.13
C3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.11 0.20 0.05 0.06 0.02 0.19 0.10 0.02 0.01 0.00 0.03 0.15 0.20 0.55 0.10
C4 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.27 0.06 0.32 0.01 0.26 0.67 0.20
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.13 0.06 0.15 0.10 0.11 0.04 0.19 0.02 0.01 0.02 0.05 0.08 0.56 0.14
C5 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.16 0.02 0.32 0.01 0.30 0.61 0.21
C5' 0.05 0.11 0.18 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.12 0.08 0.15 0.12 0.12 0.05 0.01 0.14 0.02 0.01 0.09 0.21 0.28 0.03
C6 0.01 0.00 0.03 0.11 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.21 0.04 0.35 0.00 0.35 0.57 0.21
C8 0.00 0.01 0.11 0.20 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.04 0.09 0.21 0.02 0.22 0.63 0.21
N1 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.33 0.09 0.38 0.00 0.35 0.58 0.20
N2 0.02 0.00 0.15 0.06 0.00 0.15 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.49 0.16 0.40 0.01 0.32 0.60 0.18
N3 0.01 0.00 0.12 0.02 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.41 0.13 0.35 0.01 0.26 0.67 0.19
N7 0.01 0.01 0.08 0.19 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.35 0.05 0.06 0.26 0.02 0.27 0.58 0.20
N9 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.17 0.01 0.24 0.01 0.20 0.71 0.22
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.07 0.19 0.20 0.01 0.16 0.35 0.06 0.22 0.13 0.35 0.15 0.00 0.05 0.15 0.11 0.22 0.11 0.93 0.39
O3' 0.27 0.41 0.04 0.01 0.27 0.02 0.16 0.14 0.21 0.04 0.33 0.49 0.41 0.05 0.17 0.05 0.00 0.19 0.21 0.16 0.10 0.55 0.17
O4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.04 0.09 0.09 0.16 0.13 0.06 0.01 0.15 0.19 0.00 0.13 0.03 0.20 0.77 0.27
O5' 0.15 0.38 0.18 0.03 0.32 0.02 0.32 0.01 0.35 0.21 0.38 0.40 0.35 0.26 0.24 0.11 0.21 0.13 0.00 0.35 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.16 0.03 0.35 0.00 0.38 0.53 0.21
OP1 0.15 0.31 0.22 0.20 0.26 0.08 0.30 0.21 0.35 0.22 0.35 0.32 0.26 0.27 0.20 0.11 0.10 0.20 0.02 0.38 0.00 0.01 0.01
OP2 0.80 0.62 0.62 0.55 0.67 0.56 0.61 0.28 0.57 0.63 0.58 0.60 0.67 0.58 0.71 0.93 0.55 0.77 0.02 0.53 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.19 0.13 0.10 0.20 0.14 0.21 0.03 0.21 0.21 0.20 0.18 0.19 0.20 0.22 0.39 0.17 0.27 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.13 0.07 0.06 0.12 0.08 0.15 0.09 0.19 0.12 0.16 0.13 0.12 0.15 0.11 0.07 0.06 0.09 0.11 0.26 0.08 0.16 0.10
C2 0.08 0.14 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.14 0.05 0.17 0.15 0.11 0.04 0.06 0.09 0.06 0.07 0.23 0.17 0.12 0.12 0.08
C2' 0.07 0.15 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.13 0.09 0.10 0.13 0.20 0.12 0.12 0.08 0.09 0.06 0.08 0.06 0.11 0.21 0.25 0.20
C3' 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.12 0.09 0.12 0.07 0.13 0.08 0.10 0.09 0.12 0.11 0.11 0.08 0.14 0.29 0.07 0.16 0.13 0.15
C4 0.07 0.14 0.06 0.05 0.11 0.06 0.13 0.06 0.19 0.07 0.17 0.13 0.12 0.10 0.08 0.07 0.05 0.07 0.18 0.23 0.05 0.13 0.05
C4' 0.06 0.14 0.06 0.04 0.09 0.04 0.08 0.03 0.13 0.05 0.15 0.16 0.11 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.23 0.15 0.10 0.06 0.09
C5 0.08 0.14 0.07 0.06 0.12 0.07 0.15 0.07 0.19 0.08 0.17 0.13 0.13 0.12 0.09 0.07 0.07 0.07 0.19 0.20 0.06 0.13 0.05
C5' 0.05 0.13 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.13 0.05 0.15 0.15 0.10 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.24 0.16 0.14 0.10 0.12
C6 0.08 0.16 0.07 0.05 0.13 0.06 0.14 0.05 0.17 0.07 0.17 0.15 0.14 0.09 0.09 0.07 0.06 0.07 0.24 0.16 0.11 0.11 0.08
C8 0.10 0.12 0.08 0.09 0.13 0.10 0.16 0.11 0.17 0.12 0.14 0.11 0.12 0.15 0.12 0.08 0.10 0.10 0.12 0.21 0.09 0.15 0.09
N1 0.08 0.15 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.15 0.06 0.18 0.16 0.12 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.26 0.16 0.14 0.11 0.10
N2 0.10 0.11 0.10 0.09 0.07 0.09 0.05 0.08 0.10 0.06 0.14 0.14 0.10 0.04 0.08 0.13 0.10 0.09 0.25 0.14 0.14 0.12 0.09
N3 0.07 0.13 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.05 0.16 0.05 0.17 0.14 0.11 0.07 0.07 0.08 0.04 0.06 0.20 0.20 0.07 0.13 0.05
N7 0.10 0.13 0.09 0.09 0.13 0.10 0.16 0.11 0.17 0.12 0.15 0.12 0.13 0.15 0.12 0.08 0.10 0.09 0.15 0.19 0.06 0.13 0.07
N9 0.09 0.13 0.07 0.06 0.12 0.08 0.15 0.09 0.19 0.10 0.16 0.12 0.12 0.13 0.10 0.07 0.07 0.08 0.13 0.25 0.06 0.15 0.08
O2' 0.36 0.16 0.27 0.32 0.33 0.41 0.41 0.50 0.35 0.49 0.19 0.15 0.21 0.52 0.39 0.21 0.29 0.43 0.42 0.45 0.62 0.68 0.64
O3' 0.22 0.38 0.25 0.20 0.27 0.17 0.23 0.12 0.30 0.14 0.38 0.43 0.33 0.14 0.21 0.26 0.23 0.16 0.08 0.29 0.05 0.06 0.06
O4' 0.10 0.20 0.09 0.07 0.14 0.07 0.16 0.06 0.21 0.09 0.22 0.20 0.16 0.12 0.11 0.09 0.08 0.08 0.19 0.25 0.07 0.07 0.05
O5' 0.35 0.36 0.37 0.39 0.35 0.37 0.35 0.37 0.36 0.33 0.37 0.36 0.36 0.33 0.34 0.36 0.43 0.33 0.15 0.36 0.28 0.30 0.27
O6 0.10 0.16 0.10 0.08 0.14 0.08 0.14 0.07 0.15 0.09 0.16 0.16 0.15 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.28 0.14 0.15 0.10 0.12
OP1 0.29 0.21 0.34 0.35 0.22 0.32 0.18 0.30 0.17 0.22 0.17 0.23 0.24 0.18 0.25 0.37 0.35 0.30 0.48 0.19 0.33 0.25 0.29
OP2 0.55 0.61 0.53 0.46 0.57 0.46 0.54 0.40 0.55 0.51 0.58 0.63 0.60 0.50 0.55 0.55 0.39 0.52 0.67 0.51 0.41 0.36 0.44
P 0.17 0.15 0.18 0.16 0.14 0.16 0.11 0.13 0.10 0.13 0.12 0.17 0.16 0.11 0.15 0.21 0.13 0.17 0.35 0.10 0.17 0.10 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.21 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.04 0.01 0.08 0.23 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.05 0.18 0.02
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.14 0.06 0.09 0.17 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.24 0.12
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.17 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.12 0.24 0.14
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.15 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.12 0.22 0.13
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.14 0.25 0.15
N1 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.06 0.01 0.10 0.23 0.12
N2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.04 0.02 0.08 0.23 0.11
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.08 0.24 0.11
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.15 0.24 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.09 0.24 0.12
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.19 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.09 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.16 0.08 0.14 0.17 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.10 0.02 0.06 0.19 0.09
O5' 0.04 0.04 0.08 0.14 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.04 0.04 0.08 0.05 0.02 0.16 0.10 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.08 0.00 0.13 0.20 0.13
OP1 0.05 0.08 0.05 0.09 0.10 0.02 0.12 0.02 0.12 0.14 0.10 0.08 0.08 0.15 0.09 0.04 0.14 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.23 0.18 0.17 0.24 0.17 0.24 0.15 0.22 0.25 0.23 0.23 0.24 0.24 0.24 0.19 0.17 0.19 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.02 0.04 0.12 0.03 0.14 0.01 0.13 0.15 0.12 0.11 0.11 0.15 0.12 0.04 0.07 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00