ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55414

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.008, 0.032, 0.055, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.005, 0.030, 0.054, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.030 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.007, 0.031, 0.056, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.031 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.012, 0.038, 0.065, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.038 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.035 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.018, 0.047, 0.077, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.023, 0.053, 0.083, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.053 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.008, 0.044, 0.080, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.044 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.020, 0.057, 0.094, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.057 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.019, 0.058, 0.097, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.058 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.057, 0.115, 0.172, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.115 std_dev=0.057
N2 A 0, 0.020, 0.085, 0.150, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.085 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.054, 0.126, 0.199, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.126 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.071, 0.174, 0.277, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.174 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.119, 0.238, 0.356, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.238 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.050, 0.170, 0.289, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.170 std_dev=0.120
O3' A 0, 0.103, 0.267, 0.431, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.267 std_dev=0.164
C5' A 0, 0.082, 0.267, 0.452, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.267 std_dev=0.185
N2 B 0, 0.200, 0.387, 0.573, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.387 std_dev=0.187
N1 B 0, 0.102, 0.293, 0.483, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.293 std_dev=0.190
C2 B 0, 0.139, 0.334, 0.529, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.334 std_dev=0.195
O5' A 0, 0.205, 0.417, 0.629, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.417 std_dev=0.212
N3 B 0, 0.157, 0.371, 0.584, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.371 std_dev=0.213
C6 B 0, 0.065, 0.281, 0.498, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.281 std_dev=0.216
C4 B 0, 0.136, 0.364, 0.592, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.364 std_dev=0.228
P B 0, 0.179, 0.409, 0.639, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.409 std_dev=0.230
C5 B 0, 0.091, 0.321, 0.551, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.321 std_dev=0.230
N7 B 0, 0.145, 0.382, 0.619, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.382 std_dev=0.237
N9 B 0, 0.185, 0.424, 0.662, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.424 std_dev=0.239
C8 B 0, 0.195, 0.441, 0.686, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.441 std_dev=0.246
O6 B 0, 0.049, 0.300, 0.551, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.300 std_dev=0.251
P A 0, 0.260, 0.516, 0.771, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.516 std_dev=0.255
OP1 B 0, 0.198, 0.454, 0.710, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.454 std_dev=0.256
OP2 A 0, 0.250, 0.520, 0.790, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.520 std_dev=0.270
O5' B 0, 0.205, 0.476, 0.747, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.476 std_dev=0.271
C1' B 0, 0.235, 0.514, 0.794, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.514 std_dev=0.280
C5' B 0, 0.242, 0.523, 0.803, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.523 std_dev=0.281
OP2 B 0, 0.203, 0.484, 0.765, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.484 std_dev=0.281
O4' B 0, 0.170, 0.456, 0.742, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.456 std_dev=0.286
OP1 A 0, 0.313, 0.624, 0.935, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.624 std_dev=0.311
C4' B 0, 0.240, 0.575, 0.911, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.575 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.402, 0.771, 1.139, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.771 std_dev=0.368
C3' B 0, 0.187, 0.638, 1.090, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.638 std_dev=0.451
O3' B 0, 0.336, 0.883, 1.431, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.883 std_dev=0.547
O2' B 0, 0.505, 1.091, 1.677, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.091 std_dev=0.586

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.08 0.12 0.05
C2 0.05 0.00 0.09 0.09 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.12 0.03 0.11 0.04 0.14 0.23 0.13
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.13 0.10 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.11 0.10 0.05
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.09 0.08 0.12 0.09 0.10 0.05 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.13 0.09 0.07
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.12 0.02 0.13 0.20 0.12
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.05 0.07 0.06 0.11 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.12 0.07 0.03
C5 0.02 0.03 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.19 0.01 0.20 0.25 0.19
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.10 0.06 0.05 0.17 0.07 0.02 0.03 0.02 0.01 0.16 0.13 0.05 0.02
C6 0.04 0.02 0.05 0.08 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.09 0.03 0.20 0.01 0.22 0.28 0.21
C8 0.02 0.03 0.05 0.09 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.11 0.05 0.20 0.01 0.17 0.21 0.16
N1 0.05 0.01 0.07 0.08 0.02 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.10 0.10 0.03 0.17 0.03 0.19 0.27 0.19
N2 0.06 0.01 0.13 0.12 0.02 0.07 0.04 0.06 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.18 0.17 0.04 0.09 0.06 0.12 0.22 0.12
N3 0.06 0.01 0.10 0.09 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.11 0.04 0.07 0.03 0.10 0.19 0.10
N7 0.02 0.03 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.11 0.05 0.24 0.02 0.23 0.27 0.22
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.02 0.11 0.17 0.09
O2' 0.03 0.13 0.01 0.01 0.07 0.03 0.05 0.02 0.07 0.04 0.10 0.18 0.12 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.11 0.08 0.03
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.11 0.10 0.17 0.11 0.11 0.05 0.03 0.00 0.02 0.11 0.10 0.17 0.11 0.09
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.03 0.11 0.14 0.09
O5' 0.05 0.11 0.04 0.08 0.12 0.02 0.19 0.01 0.20 0.20 0.17 0.09 0.07 0.24 0.10 0.04 0.11 0.10 0.00 0.24 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.04 0.04 0.09 0.02 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.06 0.10 0.03 0.24 0.00 0.26 0.31 0.25
OP1 0.08 0.14 0.11 0.13 0.13 0.12 0.20 0.13 0.22 0.17 0.19 0.12 0.10 0.23 0.11 0.11 0.17 0.11 0.02 0.26 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.23 0.10 0.09 0.20 0.07 0.25 0.05 0.28 0.21 0.27 0.22 0.19 0.27 0.17 0.08 0.11 0.14 0.03 0.31 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.13 0.05 0.07 0.12 0.03 0.19 0.02 0.21 0.16 0.19 0.12 0.10 0.22 0.09 0.03 0.09 0.09 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.17 0.09 0.13 0.06 0.18 0.09 0.14 0.23 0.08 0.22 0.12 0.24 0.17 0.16 0.07 0.06 0.08 0.17 0.05 0.11 0.03
C2 0.23 0.26 0.18 0.24 0.21 0.26 0.11 0.24 0.09 0.17 0.18 0.30 0.28 0.14 0.19 0.18 0.23 0.26 0.23 0.15 0.19 0.28 0.20
C2' 0.12 0.12 0.19 0.10 0.16 0.06 0.19 0.09 0.15 0.24 0.09 0.20 0.13 0.25 0.19 0.17 0.10 0.05 0.08 0.17 0.06 0.13 0.05
C3' 0.12 0.09 0.24 0.11 0.14 0.08 0.17 0.09 0.14 0.21 0.09 0.16 0.08 0.21 0.17 0.25 0.20 0.06 0.08 0.16 0.03 0.06 0.01
C4 0.08 0.19 0.11 0.12 0.08 0.12 0.10 0.13 0.07 0.18 0.10 0.28 0.17 0.20 0.10 0.16 0.10 0.12 0.15 0.15 0.11 0.18 0.11
C4' 0.12 0.08 0.23 0.11 0.14 0.06 0.18 0.09 0.16 0.22 0.10 0.14 0.07 0.23 0.17 0.22 0.20 0.05 0.06 0.19 0.07 0.07 0.04
C5 0.10 0.15 0.18 0.13 0.08 0.12 0.11 0.12 0.08 0.17 0.08 0.23 0.12 0.19 0.11 0.27 0.13 0.13 0.17 0.16 0.10 0.12 0.10
C5' 0.13 0.12 0.29 0.13 0.15 0.09 0.20 0.11 0.21 0.22 0.17 0.13 0.09 0.23 0.18 0.31 0.25 0.07 0.11 0.25 0.12 0.15 0.10
C6 0.14 0.18 0.16 0.16 0.13 0.16 0.11 0.15 0.06 0.15 0.13 0.23 0.17 0.16 0.13 0.25 0.18 0.18 0.19 0.12 0.13 0.16 0.13
C8 0.12 0.08 0.27 0.14 0.13 0.12 0.19 0.13 0.17 0.22 0.09 0.19 0.06 0.24 0.17 0.35 0.12 0.11 0.17 0.20 0.10 0.04 0.10
N1 0.20 0.23 0.16 0.20 0.19 0.22 0.12 0.20 0.08 0.17 0.17 0.27 0.23 0.14 0.17 0.18 0.23 0.23 0.21 0.11 0.17 0.23 0.17
N2 0.35 0.29 0.32 0.35 0.28 0.37 0.17 0.33 0.13 0.23 0.21 0.32 0.33 0.15 0.28 0.35 0.33 0.35 0.30 0.16 0.26 0.34 0.26
N3 0.17 0.26 0.11 0.21 0.17 0.22 0.10 0.21 0.09 0.18 0.17 0.32 0.26 0.18 0.13 0.13 0.17 0.21 0.21 0.15 0.17 0.27 0.19
N7 0.12 0.10 0.27 0.15 0.11 0.13 0.17 0.13 0.16 0.19 0.09 0.19 0.07 0.22 0.15 0.38 0.14 0.12 0.19 0.20 0.11 0.05 0.11
N9 0.08 0.11 0.19 0.10 0.10 0.08 0.17 0.09 0.14 0.22 0.06 0.23 0.08 0.24 0.15 0.24 0.07 0.07 0.13 0.18 0.07 0.10 0.06
O2' 0.16 0.12 0.16 0.13 0.18 0.10 0.22 0.12 0.17 0.29 0.10 0.18 0.14 0.28 0.22 0.14 0.12 0.12 0.08 0.19 0.10 0.10 0.06
O3' 0.12 0.09 0.22 0.12 0.12 0.08 0.14 0.09 0.12 0.18 0.09 0.14 0.08 0.18 0.15 0.20 0.30 0.07 0.04 0.13 0.04 0.03 0.01
O4' 0.10 0.07 0.21 0.10 0.14 0.06 0.19 0.09 0.16 0.23 0.07 0.16 0.08 0.24 0.17 0.21 0.12 0.05 0.07 0.19 0.05 0.08 0.02
O5' 0.10 0.16 0.23 0.19 0.14 0.12 0.20 0.12 0.24 0.18 0.21 0.22 0.11 0.22 0.14 0.30 0.32 0.11 0.13 0.30 0.13 0.11 0.11
O6 0.16 0.17 0.21 0.18 0.15 0.17 0.15 0.15 0.13 0.17 0.14 0.20 0.16 0.17 0.16 0.32 0.21 0.19 0.20 0.14 0.13 0.13 0.13
OP1 0.27 0.32 0.45 0.27 0.28 0.24 0.30 0.21 0.34 0.29 0.34 0.34 0.27 0.31 0.28 0.54 0.35 0.24 0.29 0.39 0.16 0.35 0.23
OP2 0.28 0.33 0.46 0.32 0.30 0.27 0.34 0.22 0.39 0.30 0.38 0.34 0.28 0.33 0.29 0.59 0.36 0.27 0.28 0.45 0.10 0.23 0.17
P 0.20 0.27 0.37 0.23 0.23 0.18 0.27 0.15 0.32 0.24 0.31 0.29 0.21 0.27 0.22 0.46 0.32 0.18 0.22 0.38 0.08 0.22 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.29 0.01 0.10 0.06 0.11 0.14 0.09
C2 0.05 0.00 0.26 0.14 0.01 0.12 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.46 0.11 0.13 0.12 0.03 0.10 0.15 0.10
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.16 0.03 0.13 0.12 0.18 0.04 0.23 0.29 0.25 0.05 0.04 0.01 0.10 0.04 0.18 0.17 0.17 0.18 0.19
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.10 0.03 0.13 0.14 0.14 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.13 0.10 0.08 0.19 0.12
C4 0.03 0.01 0.16 0.09 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.15 0.06 0.10 0.04 0.09 0.17 0.09
C4' 0.01 0.12 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.07 0.05 0.10 0.12 0.11 0.05 0.02 0.10 0.04 0.01 0.03 0.08 0.08 0.09 0.04
C5 0.03 0.01 0.13 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.31 0.21 0.04 0.10 0.04 0.09 0.16 0.09
C5' 0.05 0.09 0.12 0.03 0.04 0.02 0.07 0.00 0.08 0.08 0.09 0.11 0.07 0.08 0.06 0.04 0.19 0.01 0.02 0.09 0.11 0.05 0.04
C6 0.05 0.01 0.18 0.10 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.40 0.16 0.06 0.11 0.01 0.08 0.14 0.08
C8 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.34 0.07 0.11 0.07 0.11 0.17 0.11
N1 0.05 0.01 0.23 0.13 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.46 0.10 0.11 0.12 0.03 0.09 0.14 0.08
N2 0.04 0.01 0.29 0.14 0.01 0.12 0.02 0.11 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.49 0.16 0.14 0.13 0.06 0.12 0.15 0.12
N3 0.05 0.01 0.25 0.14 0.01 0.11 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.40 0.11 0.13 0.11 0.02 0.09 0.16 0.08
N7 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.30 0.05 0.11 0.07 0.10 0.17 0.11
N9 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.25 0.02 0.11 0.06 0.10 0.17 0.10
O2' 0.02 0.46 0.01 0.02 0.32 0.10 0.31 0.04 0.40 0.09 0.46 0.49 0.40 0.19 0.14 0.00 0.15 0.03 0.16 0.40 0.15 0.25 0.20
O3' 0.29 0.11 0.10 0.01 0.15 0.04 0.21 0.19 0.16 0.34 0.10 0.16 0.11 0.30 0.25 0.15 0.00 0.18 0.34 0.20 0.46 0.41 0.39
O4' 0.01 0.13 0.04 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.07 0.11 0.14 0.13 0.05 0.02 0.03 0.18 0.00 0.07 0.07 0.09 0.12 0.05
O5' 0.10 0.12 0.18 0.13 0.10 0.03 0.10 0.02 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11 0.16 0.34 0.07 0.00 0.11 0.01 0.03 0.01
O6 0.06 0.03 0.17 0.10 0.04 0.08 0.04 0.09 0.01 0.07 0.03 0.06 0.02 0.07 0.06 0.40 0.20 0.07 0.11 0.00 0.08 0.13 0.09
OP1 0.11 0.10 0.17 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08 0.11 0.09 0.12 0.09 0.10 0.10 0.15 0.46 0.09 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.15 0.18 0.19 0.17 0.09 0.16 0.05 0.14 0.17 0.14 0.15 0.16 0.17 0.17 0.25 0.41 0.12 0.03 0.13 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.19 0.12 0.09 0.04 0.09 0.04 0.08 0.11 0.08 0.12 0.08 0.11 0.10 0.20 0.39 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00