ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55417

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O6 A 0, -0.005, 0.013, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.013 std_dev=0.018
C5 A 0, -0.003, 0.020, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.023
C4 A 0, -0.003, 0.024, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.024 std_dev=0.027
N1 A 0, -0.003, 0.029, 0.060, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.029 std_dev=0.031
N7 A 0, -0.003, 0.030, 0.064, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.030 std_dev=0.034
C8 A 0, -0.003, 0.033, 0.069, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.033 std_dev=0.036
N9 A 0, -0.005, 0.036, 0.076, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.036 std_dev=0.040
C2 A 0, -0.004, 0.037, 0.079, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.037 std_dev=0.041
N3 A 0, -0.005, 0.037, 0.079, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.037 std_dev=0.042
C1' A 0, -0.004, 0.045, 0.094, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.045 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.021, 0.081, 0.141, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.081 std_dev=0.060
N2 A 0, -0.012, 0.070, 0.152, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.070 std_dev=0.082
C5' A 0, 0.051, 0.150, 0.249, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.150 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.014, 0.121, 0.227, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.121 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.030, 0.140, 0.249, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.140 std_dev=0.109
C2' B 0, 0.077, 0.194, 0.311, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.194 std_dev=0.117
C3' B 0, 0.093, 0.214, 0.335, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.214 std_dev=0.121
O5' A 0, 0.080, 0.224, 0.368, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.224 std_dev=0.144
O2' A 0, 0.011, 0.159, 0.306, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.159 std_dev=0.147
C1' B 0, 0.081, 0.252, 0.423, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.252 std_dev=0.171
C3' A 0, 0.021, 0.228, 0.435, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.228 std_dev=0.207
O2' B 0, 0.043, 0.250, 0.458, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.250 std_dev=0.208
P A 0, 0.168, 0.385, 0.603, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.385 std_dev=0.217
OP2 A 0, 0.214, 0.464, 0.715, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.464 std_dev=0.251
O4' B 0, 0.071, 0.340, 0.610, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.340 std_dev=0.269
O3' B 0, 0.101, 0.380, 0.659, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.380 std_dev=0.279
OP1 A 0, 0.260, 0.558, 0.856, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.558 std_dev=0.298
C4' B 0, 0.062, 0.373, 0.685, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.373 std_dev=0.312
O3' A 0, 0.024, 0.380, 0.737, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.380 std_dev=0.357
N9 B 0, 0.089, 0.447, 0.805, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.447 std_dev=0.358
C8 B 0, 0.169, 0.601, 1.032, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.601 std_dev=0.431
N3 B 0, 0.153, 0.617, 1.081, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.617 std_dev=0.464
C4 B 0, 0.057, 0.539, 1.022, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.539 std_dev=0.482
N7 B 0, 0.167, 0.723, 1.280, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.723 std_dev=0.557
P B 0, 0.009, 0.597, 1.185, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.597 std_dev=0.588
C2 B 0, 0.199, 0.793, 1.386, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.793 std_dev=0.593
C5' B 0, -0.009, 0.586, 1.182, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.586 std_dev=0.596
C5 B 0, 0.068, 0.674, 1.279, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.674 std_dev=0.606
N2 B 0, 0.307, 0.956, 1.606, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.956 std_dev=0.650
O5' B 0, -0.013, 0.648, 1.309, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.648 std_dev=0.661
OP2 B 0, -0.008, 0.703, 1.414, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.703 std_dev=0.711
N1 B 0, 0.136, 0.860, 1.584, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.860 std_dev=0.724
C6 B 0, 0.040, 0.799, 1.559, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.799 std_dev=0.759
OP1 B 0, -0.019, 0.850, 1.718, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.850 std_dev=0.868
O6 B 0, 0.049, 0.922, 1.796, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.922 std_dev=0.873

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.08 0.11 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.05 0.24 0.14
C2 0.09 0.00 0.11 0.15 0.01 0.10 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.17 0.06 0.04 0.02 0.05 0.30 0.15
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.10 0.04 0.12 0.12 0.10 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.10 0.13 0.11 0.06
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.13 0.01 0.15 0.03 0.17 0.13 0.17 0.14 0.13 0.16 0.10 0.02 0.01 0.01 0.04 0.17 0.20 0.06 0.05
C4 0.04 0.01 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.02 0.04 0.01 0.05 0.30 0.16
C4' 0.00 0.10 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.09 0.11 0.09 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.17 0.07 0.02
C5 0.03 0.01 0.08 0.15 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.18 0.02 0.05 0.01 0.12 0.34 0.20
C5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.13 0.04 0.01
C6 0.04 0.02 0.10 0.17 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.21 0.01 0.05 0.00 0.14 0.36 0.21
C8 0.02 0.00 0.04 0.13 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.05 0.04 0.02 0.09 0.31 0.18
N1 0.08 0.01 0.12 0.17 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.09 0.20 0.04 0.04 0.01 0.09 0.34 0.18
N2 0.11 0.01 0.12 0.14 0.01 0.11 0.02 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.16 0.09 0.04 0.04 0.06 0.29 0.14
N3 0.09 0.00 0.10 0.13 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.14 0.07 0.03 0.01 0.06 0.27 0.13
N7 0.01 0.02 0.06 0.16 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.19 0.05 0.05 0.02 0.16 0.36 0.22
N9 0.01 0.03 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.03 0.27 0.15
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.09 0.10 0.07 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.07 0.23 0.07 0.02
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.14 0.02 0.18 0.01 0.21 0.15 0.20 0.16 0.14 0.19 0.09 0.05 0.00 0.03 0.04 0.23 0.37 0.23 0.18
O4' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.09 0.07 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.05 0.25 0.15
O5' 0.07 0.04 0.08 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.17 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.23 0.02 0.05 0.00 0.19 0.38 0.23
OP1 0.05 0.05 0.13 0.20 0.05 0.17 0.12 0.13 0.14 0.09 0.09 0.06 0.06 0.16 0.03 0.23 0.37 0.05 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.30 0.11 0.06 0.30 0.07 0.34 0.04 0.36 0.31 0.34 0.29 0.27 0.36 0.27 0.07 0.23 0.25 0.00 0.38 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.15 0.06 0.05 0.16 0.02 0.20 0.01 0.21 0.18 0.18 0.14 0.13 0.22 0.15 0.02 0.18 0.15 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.51 0.08 0.20 0.31 0.32 0.32 0.44 0.41 0.15 0.49 0.60 0.41 0.22 0.18 0.12 0.31 0.11 0.27 0.41 0.12 0.21 0.05
C2 0.09 0.08 0.09 0.17 0.02 0.32 0.03 0.50 0.05 0.10 0.07 0.11 0.06 0.08 0.06 0.10 0.17 0.29 0.12 0.06 0.07 0.34 0.09
C2' 0.03 0.43 0.13 0.24 0.26 0.33 0.26 0.40 0.33 0.11 0.40 0.52 0.36 0.17 0.14 0.16 0.36 0.08 0.32 0.32 0.19 0.11 0.11
C3' 0.04 0.44 0.14 0.25 0.25 0.30 0.26 0.38 0.34 0.13 0.41 0.56 0.35 0.18 0.15 0.17 0.39 0.05 0.16 0.34 0.02 0.15 0.02
C4 0.09 0.30 0.07 0.16 0.25 0.33 0.29 0.54 0.32 0.21 0.32 0.29 0.25 0.25 0.19 0.07 0.21 0.19 0.13 0.32 0.05 0.38 0.11
C4' 0.04 0.57 0.13 0.24 0.33 0.31 0.36 0.38 0.48 0.17 0.57 0.71 0.44 0.25 0.19 0.19 0.40 0.06 0.15 0.49 0.05 0.20 0.05
C5 0.10 0.23 0.09 0.16 0.23 0.34 0.33 0.59 0.36 0.26 0.30 0.20 0.19 0.32 0.20 0.09 0.20 0.20 0.10 0.39 0.17 0.50 0.22
C5' 0.13 0.70 0.05 0.15 0.44 0.23 0.49 0.30 0.62 0.28 0.72 0.85 0.53 0.38 0.29 0.12 0.32 0.06 0.09 0.64 0.22 0.26 0.13
C6 0.10 0.08 0.10 0.17 0.09 0.34 0.17 0.59 0.15 0.21 0.08 0.13 0.06 0.25 0.13 0.12 0.17 0.25 0.10 0.21 0.18 0.50 0.24
C8 0.12 0.52 0.05 0.16 0.38 0.32 0.45 0.56 0.55 0.29 0.58 0.53 0.40 0.38 0.27 0.05 0.24 0.10 0.13 0.56 0.21 0.51 0.23
N1 0.11 0.12 0.10 0.18 0.06 0.34 0.03 0.55 0.05 0.12 0.11 0.15 0.10 0.11 0.08 0.12 0.16 0.29 0.06 0.05 0.09 0.43 0.17
N2 0.13 0.11 0.09 0.16 0.11 0.29 0.11 0.44 0.11 0.16 0.11 0.11 0.10 0.14 0.12 0.11 0.15 0.31 0.16 0.10 0.14 0.28 0.04
N3 0.07 0.19 0.07 0.16 0.15 0.32 0.16 0.49 0.18 0.13 0.19 0.21 0.17 0.14 0.12 0.08 0.19 0.23 0.19 0.19 0.10 0.30 0.05
N7 0.12 0.38 0.07 0.16 0.32 0.33 0.43 0.60 0.52 0.31 0.50 0.33 0.29 0.39 0.25 0.07 0.22 0.15 0.16 0.56 0.27 0.57 0.29
N9 0.11 0.48 0.04 0.15 0.35 0.30 0.38 0.51 0.45 0.24 0.49 0.51 0.40 0.31 0.25 0.04 0.23 0.10 0.17 0.45 0.05 0.36 0.09
O2' 0.08 0.37 0.22 0.31 0.21 0.35 0.20 0.33 0.27 0.07 0.34 0.47 0.30 0.11 0.10 0.26 0.46 0.14 0.39 0.27 0.35 0.08 0.22
O3' 0.07 0.30 0.26 0.37 0.15 0.34 0.16 0.33 0.23 0.08 0.29 0.41 0.22 0.11 0.08 0.28 0.55 0.06 0.03 0.23 0.01 0.02 0.00
O4' 0.07 0.63 0.06 0.18 0.38 0.30 0.42 0.41 0.54 0.21 0.63 0.75 0.49 0.30 0.23 0.12 0.32 0.07 0.22 0.55 0.02 0.24 0.03
O5' 0.25 0.78 0.13 0.06 0.54 0.13 0.59 0.24 0.71 0.41 0.80 0.93 0.62 0.50 0.41 0.09 0.17 0.17 0.12 0.73 0.29 0.34 0.17
O6 0.11 0.14 0.12 0.17 0.08 0.34 0.14 0.59 0.09 0.21 0.08 0.21 0.10 0.26 0.12 0.13 0.16 0.24 0.16 0.18 0.25 0.56 0.30
OP1 0.17 0.77 0.14 0.21 0.51 0.29 0.64 0.34 0.82 0.41 0.90 0.90 0.55 0.55 0.36 0.22 0.39 0.13 0.41 0.91 0.91 0.58 0.61
OP2 0.35 0.81 0.22 0.17 0.66 0.21 0.80 0.39 0.95 0.63 0.98 0.83 0.63 0.75 0.55 0.18 0.27 0.24 0.33 1.04 0.75 0.79 0.56
P 0.27 0.82 0.14 0.12 0.60 0.19 0.71 0.31 0.86 0.51 0.93 0.93 0.63 0.63 0.47 0.12 0.26 0.18 0.23 0.92 0.64 0.58 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.01 0.25 0.25 0.16
C2 0.04 0.00 0.17 0.23 0.00 0.16 0.03 0.25 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.14 0.25 0.06 0.20 0.03 0.20 0.35 0.22
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.14 0.11 0.21 0.18 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.10 0.16 0.02
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.04 0.13 0.14 0.29 0.23 0.10 0.03 0.03 0.01 0.02 0.25 0.02 0.13 0.13 0.15
C4 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.17 0.01 0.18 0.32 0.20
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.13 0.19 0.15 0.03 0.02 0.09 0.02 0.00 0.02 0.07 0.13 0.13 0.01
C5 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.17 0.01 0.18 0.33 0.19
C5' 0.02 0.25 0.02 0.02 0.15 0.01 0.15 0.00 0.19 0.08 0.23 0.26 0.21 0.12 0.08 0.10 0.06 0.01 0.01 0.19 0.16 0.12 0.03
C6 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.17 0.01 0.18 0.35 0.21
C8 0.03 0.03 0.14 0.13 0.02 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.17 0.04 0.21 0.03 0.22 0.30 0.18
N1 0.03 0.01 0.11 0.14 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.15 0.04 0.19 0.02 0.21 0.35 0.22
N2 0.05 0.00 0.21 0.29 0.01 0.19 0.03 0.26 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.18 0.36 0.11 0.26 0.04 0.25 0.37 0.26
N3 0.04 0.01 0.18 0.23 0.01 0.15 0.03 0.21 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.14 0.24 0.06 0.17 0.03 0.17 0.34 0.21
N7 0.02 0.04 0.11 0.10 0.02 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.09 0.15 0.04 0.19 0.03 0.19 0.32 0.18
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.21 0.02 0.22 0.30 0.19
O2' 0.01 0.14 0.00 0.03 0.05 0.09 0.02 0.10 0.03 0.11 0.09 0.18 0.14 0.09 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.21 0.16 0.06
O3' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.04 0.17 0.15 0.36 0.24 0.15 0.05 0.01 0.00 0.02 0.49 0.05 0.34 0.07 0.32
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.11 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.36 0.02 0.34 0.26 0.24
O5' 0.22 0.20 0.05 0.25 0.17 0.02 0.17 0.01 0.17 0.21 0.19 0.26 0.17 0.19 0.21 0.04 0.49 0.36 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.17 0.00 0.19 0.35 0.21
OP1 0.25 0.20 0.10 0.13 0.18 0.13 0.18 0.16 0.18 0.22 0.21 0.25 0.17 0.19 0.22 0.21 0.34 0.34 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.35 0.16 0.13 0.32 0.13 0.33 0.12 0.35 0.30 0.35 0.37 0.34 0.32 0.30 0.16 0.07 0.26 0.02 0.35 0.02 0.00 0.02
P 0.16 0.22 0.02 0.15 0.20 0.01 0.19 0.03 0.21 0.18 0.22 0.26 0.21 0.18 0.19 0.06 0.32 0.24 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00