ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55418

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.032, 0.065, 0.099, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.065 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.027, 0.061, 0.095, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.061 std_dev=0.034
O2' A 0, 0.031, 0.072, 0.113, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.072 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.051, 0.110, 0.169, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.110 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.051, 0.113, 0.175, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.113 std_dev=0.062
O3' A 0, 0.046, 0.126, 0.206, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.126 std_dev=0.080
N2 B 0, 0.070, 0.167, 0.264, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.167 std_dev=0.097
C2 B 0, 0.045, 0.155, 0.265, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.155 std_dev=0.110
C5' A 0, 0.096, 0.208, 0.319, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.208 std_dev=0.111
N1 B 0, 0.045, 0.162, 0.278, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.162 std_dev=0.116
O5' A 0, 0.061, 0.178, 0.296, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.178 std_dev=0.117
P A 0, 0.054, 0.182, 0.311, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.182 std_dev=0.128
N3 B 0, 0.034, 0.164, 0.293, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.164 std_dev=0.130
C6 B 0, 0.038, 0.173, 0.307, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.173 std_dev=0.135
O6 B 0, 0.071, 0.214, 0.357, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.214 std_dev=0.143
OP2 A 0, 0.076, 0.223, 0.369, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.223 std_dev=0.147
C4 B 0, 0.024, 0.172, 0.321, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.172 std_dev=0.149
OP1 A 0, 0.061, 0.211, 0.361, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.211 std_dev=0.150
C5 B 0, 0.019, 0.171, 0.323, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.171 std_dev=0.152
O5' B 0, 0.066, 0.232, 0.398, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.232 std_dev=0.166
N9 B 0, 0.035, 0.205, 0.375, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.205 std_dev=0.170
N7 B 0, 0.016, 0.193, 0.369, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.193 std_dev=0.177
OP2 B 0, 0.100, 0.278, 0.455, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.278 std_dev=0.178
C8 B 0, 0.035, 0.213, 0.390, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.213 std_dev=0.178
C2' B 0, 0.056, 0.249, 0.443, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.249 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.039, 0.235, 0.431, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.235 std_dev=0.196
O2' B 0, 0.078, 0.275, 0.473, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.275 std_dev=0.197
P B 0, 0.085, 0.288, 0.492, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.288 std_dev=0.204
C3' B 0, 0.038, 0.247, 0.456, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.247 std_dev=0.209
C5' B 0, 0.035, 0.250, 0.465, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.250 std_dev=0.215
O4' B 0, 0.015, 0.242, 0.469, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.242 std_dev=0.227
O3' B 0, 0.062, 0.290, 0.517, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.290 std_dev=0.227
OP1 B 0, 0.135, 0.363, 0.592, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.363 std_dev=0.228
C4' B 0, 0.005, 0.243, 0.480, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.243 std_dev=0.237

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.01 0.08 0.10 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.08 0.10 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.10 0.12 0.10
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.11 0.13 0.11
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.09 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.10 0.12 0.10
N2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.09 0.02 0.08 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.07 0.09 0.07
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.12 0.02 0.11 0.12 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.07 0.09 0.06
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.01 0.07 0.08 0.06
O5' 0.07 0.10 0.02 0.03 0.10 0.02 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.03 0.06 0.08 0.00 0.13 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.13
OP1 0.06 0.08 0.03 0.03 0.08 0.04 0.10 0.05 0.11 0.09 0.10 0.08 0.07 0.11 0.07 0.03 0.05 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.05 0.12 0.03 0.13 0.10 0.12 0.10 0.09 0.12 0.09 0.08 0.07 0.08 0.02 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.03 0.03 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.06 0.03 0.04 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.04 0.07 0.03 0.04 0.03 0.09 0.05 0.06 0.03
C2 0.06 0.07 0.09 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.08 0.05 0.06 0.09 0.07 0.09 0.03 0.12 0.07 0.05 0.03 0.11 0.04 0.06 0.04
C2' 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.03 0.08 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.08 0.07 0.05 0.04
C3' 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.04 0.05 0.09 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.11 0.07 0.05 0.05
C4 0.06 0.04 0.07 0.06 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.02 0.07 0.05 0.08 0.04 0.10 0.06 0.05 0.04 0.10 0.05 0.06 0.04
C4' 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.04 0.04 0.09 0.06 0.05 0.03 0.05 0.05 0.11 0.05 0.05 0.04
C5 0.08 0.04 0.10 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.02 0.06 0.06 0.09 0.07 0.11 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07
C5' 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.08 0.05 0.06 0.09 0.07 0.06 0.03 0.06 0.06 0.12 0.04 0.04 0.03
C6 0.10 0.04 0.12 0.12 0.05 0.10 0.04 0.10 0.05 0.08 0.04 0.06 0.06 0.08 0.08 0.13 0.12 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09
C8 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.06 0.06 0.06 0.10 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.12 0.08 0.08 0.07
N1 0.08 0.06 0.11 0.10 0.03 0.08 0.05 0.07 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.08 0.04 0.13 0.11 0.07 0.06 0.12 0.06 0.07 0.05
N2 0.08 0.08 0.10 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.07 0.13 0.07 0.08 0.08 0.12 0.05 0.10 0.07
N3 0.04 0.06 0.06 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.04 0.09 0.06 0.08 0.02 0.10 0.04 0.04 0.02 0.10 0.04 0.05 0.03
N7 0.09 0.05 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.05 0.05 0.07 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09
N9 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.07 0.03 0.06 0.04 0.08 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.10 0.06 0.07 0.05
O2' 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.04 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.06 0.05 0.03
O3' 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.05 0.07 0.10 0.08 0.05 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.05 0.06
O4' 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04 0.07 0.03 0.04 0.04 0.10 0.04 0.07 0.04
O5' 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.07 0.06 0.11 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.13 0.08 0.04 0.06
O6 0.12 0.03 0.14 0.14 0.07 0.13 0.06 0.13 0.04 0.11 0.03 0.04 0.06 0.10 0.11 0.14 0.15 0.12 0.14 0.11 0.12 0.13 0.13
OP1 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.10 0.05 0.01 0.04
OP2 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.03 0.04
P 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.10 0.05 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02
C4 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.08 0.05
C8 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.07 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05
N2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.04
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04
N7 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.08 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.07 0.08 0.06
OP1 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00