ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55420

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.037 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.011, 0.035, 0.060, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.035 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.023, 0.067, 0.111, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.067 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.008, 0.055, 0.102, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.055 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.036, 0.109, 0.182, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.109 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.013, 0.088, 0.163, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.088 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.025, 0.101, 0.176, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.101 std_dev=0.075
O3' A 0, 0.056, 0.169, 0.282, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.169 std_dev=0.113
C5' A 0, 0.009, 0.146, 0.283, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.146 std_dev=0.137
OP2 A 0, 0.107, 0.256, 0.405, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.256 std_dev=0.149
O5' A 0, 0.046, 0.198, 0.349, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.198 std_dev=0.152
P A 0, 0.104, 0.267, 0.429, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.267 std_dev=0.163
OP1 A 0, 0.120, 0.305, 0.489, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.305 std_dev=0.184
O6 B 0, 0.152, 0.438, 0.723, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.438 std_dev=0.286
N1 B 0, 0.159, 0.447, 0.735, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.447 std_dev=0.288
N2 B 0, 0.167, 0.472, 0.776, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.472 std_dev=0.305
C6 B 0, 0.167, 0.475, 0.783, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.475 std_dev=0.308
C2 B 0, 0.176, 0.494, 0.811, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.494 std_dev=0.318
C5 B 0, 0.195, 0.553, 0.912, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.553 std_dev=0.359
N3 B 0, 0.201, 0.564, 0.927, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.564 std_dev=0.363
C4 B 0, 0.210, 0.590, 0.971, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.590 std_dev=0.380
N7 B 0, 0.211, 0.605, 0.998, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.605 std_dev=0.393
N9 B 0, 0.244, 0.677, 1.110, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.677 std_dev=0.433
C8 B 0, 0.238, 0.672, 1.105, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.672 std_dev=0.434
OP2 B 0, 0.221, 0.709, 1.196, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.709 std_dev=0.488
C1' B 0, 0.287, 0.777, 1.266, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.777 std_dev=0.489
C2' B 0, 0.301, 0.809, 1.316, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.809 std_dev=0.508
O4' B 0, 0.323, 0.858, 1.393, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.858 std_dev=0.535
C3' B 0, 0.324, 0.865, 1.405, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.865 std_dev=0.540
O2' B 0, 0.336, 0.888, 1.440, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.888 std_dev=0.552
O5' B 0, 0.323, 0.878, 1.432, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.878 std_dev=0.555
P B 0, 0.286, 0.841, 1.396, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.841 std_dev=0.555
C4' B 0, 0.350, 0.928, 1.505, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.928 std_dev=0.577
OP1 B 0, 0.314, 0.900, 1.487, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.900 std_dev=0.586
O3' B 0, 0.365, 0.960, 1.555, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.960 std_dev=0.595
C5' B 0, 0.359, 0.955, 1.552, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.955 std_dev=0.597

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.06 0.05
C2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.03 0.11 0.00 0.09 0.05 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.10 0.04 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.10 0.00 0.09 0.04 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.08
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.05 0.04 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.13 0.00 0.11 0.08 0.10
C8 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.12 0.00 0.10 0.07 0.08
N2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.04 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.12 0.07 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.04
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.09 0.03 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.03 0.06 0.04 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.16 0.08 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.10 0.08
O5' 0.04 0.11 0.03 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.12 0.12 0.10 0.09 0.13 0.09 0.02 0.01 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.14 0.00 0.13 0.10 0.11
OP1 0.06 0.09 0.10 0.12 0.09 0.06 0.11 0.05 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.08 0.09 0.16 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.04 0.03 0.08 0.10 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.08 0.01 0.10 0.07 0.08 0.06 0.05 0.09 0.04 0.02 0.06 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.02 0.09 0.10 0.08 0.11 0.12 0.11 0.11 0.14 0.05 0.04 0.04 0.16 0.10 0.08 0.10 0.11 0.12 0.14 0.12 0.14 0.13
C2 0.10 0.11 0.14 0.14 0.08 0.12 0.06 0.12 0.05 0.09 0.07 0.13 0.11 0.10 0.08 0.15 0.16 0.10 0.11 0.05 0.11 0.16 0.13
C2' 0.07 0.04 0.07 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.12 0.12 0.06 0.06 0.05 0.14 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.15 0.10 0.12 0.11
C3' 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.06 0.11 0.07 0.11 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.13 0.10 0.12 0.10
C4 0.05 0.06 0.08 0.09 0.03 0.08 0.05 0.09 0.04 0.08 0.04 0.09 0.06 0.10 0.04 0.09 0.11 0.06 0.09 0.07 0.10 0.12 0.10
C4' 0.08 0.06 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.06 0.09 0.06 0.13 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12
C5 0.08 0.09 0.11 0.12 0.07 0.10 0.05 0.11 0.04 0.05 0.07 0.11 0.09 0.05 0.07 0.12 0.14 0.07 0.10 0.03 0.13 0.12 0.11
C5' 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.06 0.12 0.06 0.12 0.08 0.08 0.11 0.08 0.11 0.10 0.12 0.14 0.12
C6 0.13 0.13 0.16 0.17 0.12 0.15 0.10 0.15 0.09 0.10 0.11 0.14 0.13 0.08 0.12 0.16 0.19 0.12 0.14 0.05 0.16 0.14 0.14
C8 0.03 0.04 0.06 0.08 0.01 0.06 0.03 0.08 0.02 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.09 0.04 0.08 0.06 0.11 0.11 0.09
N1 0.13 0.13 0.17 0.18 0.12 0.15 0.09 0.15 0.07 0.09 0.10 0.14 0.14 0.07 0.12 0.18 0.20 0.12 0.14 0.04 0.13 0.12 0.12
N2 0.12 0.11 0.17 0.17 0.09 0.15 0.07 0.14 0.06 0.11 0.08 0.13 0.12 0.11 0.10 0.18 0.19 0.13 0.15 0.06 0.14 0.23 0.18
N3 0.07 0.07 0.09 0.10 0.05 0.10 0.07 0.11 0.06 0.12 0.04 0.10 0.06 0.14 0.07 0.10 0.11 0.09 0.12 0.09 0.12 0.16 0.13
N7 0.06 0.07 0.09 0.11 0.05 0.09 0.04 0.10 0.03 0.04 0.06 0.09 0.07 0.04 0.05 0.09 0.12 0.06 0.10 0.02 0.13 0.13 0.11
N9 0.05 0.03 0.06 0.08 0.03 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.00 0.06 0.01 0.11 0.05 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10
O2' 0.11 0.07 0.10 0.11 0.12 0.11 0.15 0.12 0.15 0.15 0.11 0.03 0.08 0.16 0.13 0.09 0.11 0.11 0.12 0.17 0.12 0.13 0.12
O3' 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.08 0.13 0.10 0.11 0.09 0.12 0.12 0.09 0.11 0.14 0.11 0.13 0.11
O4' 0.10 0.03 0.10 0.12 0.08 0.12 0.11 0.13 0.09 0.14 0.04 0.06 0.04 0.14 0.10 0.10 0.12 0.11 0.13 0.10 0.14 0.15 0.14
O5' 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.06 0.11 0.06 0.13 0.06 0.12 0.07 0.05 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.13 0.11
O6 0.16 0.15 0.19 0.20 0.15 0.18 0.13 0.19 0.12 0.14 0.13 0.15 0.16 0.13 0.15 0.18 0.21 0.15 0.19 0.09 0.22 0.20 0.19
OP1 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.12 0.13 0.11 0.12 0.10 0.14 0.11 0.08 0.08 0.11 0.09 0.14 0.09 0.10 0.09
OP2 0.03 0.10 0.01 0.04 0.06 0.02 0.06 0.04 0.08 0.06 0.09 0.12 0.08 0.07 0.04 0.02 0.06 0.03 0.05 0.09 0.09 0.09 0.07
P 0.04 0.08 0.03 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.12 0.07 0.09 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.08 0.07 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.10 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.09 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.11 0.08
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.12 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.11 0.08
N2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02
O5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.13 0.09
OP1 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.06 0.06 0.04 0.04 0.08 0.04 0.03 0.05 0.00 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.10 0.02 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.12 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.07 0.01 0.03 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00