ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55421

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.002, 0.029, 0.056, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.006, 0.035, 0.064, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.035 std_dev=0.029
C2 A 0, -0.003, 0.029, 0.062, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.033
N3 A 0, 0.002, 0.035, 0.068, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.035 std_dev=0.033
N1 A 0, -0.001, 0.032, 0.066, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.032 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.006, 0.046, 0.087, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.046 std_dev=0.041
N9 A 0, 0.000, 0.047, 0.095, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C1' A 0, -0.006, 0.044, 0.094, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.044 std_dev=0.050
N1 B 0, 0.118, 0.428, 0.738, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.428 std_dev=0.310
C2 B 0, 0.161, 0.527, 0.894, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.527 std_dev=0.366
C5 B 0, 0.099, 0.466, 0.834, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.466 std_dev=0.367
C6 B 0, 0.093, 0.461, 0.829, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.461 std_dev=0.368
N2 B 0, 0.183, 0.598, 1.014, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.598 std_dev=0.415
C4 B 0, 0.161, 0.579, 0.996, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.579 std_dev=0.418
N7 B 0, 0.055, 0.525, 0.995, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.525 std_dev=0.470
N3 B 0, 0.197, 0.667, 1.138, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.667 std_dev=0.470
N9 B 0, 0.177, 0.679, 1.180, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.679 std_dev=0.501
O6 B 0, 0.128, 0.630, 1.132, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.630 std_dev=0.502
O4' B 0, 0.311, 0.824, 1.336, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.824 std_dev=0.512
C8 B 0, 0.100, 0.613, 1.126, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.613 std_dev=0.513
O4' A 0, 0.082, 0.610, 1.138, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.610 std_dev=0.528
C2' A 0, 0.107, 0.666, 1.226, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.666 std_dev=0.560
C1' B 0, 0.258, 0.904, 1.550, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.904 std_dev=0.646
C4' A 0, 0.122, 0.882, 1.643, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.882 std_dev=0.760
C4' B 0, 0.320, 1.085, 1.849, 1.912 max_d=1.912 avg_d=1.085 std_dev=0.764
O2' A 0, 0.118, 0.886, 1.654, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.886 std_dev=0.768
C3' A 0, 0.159, 1.061, 1.962, 2.088 max_d=2.088 avg_d=1.061 std_dev=0.902
O3' A 0, 0.210, 1.486, 2.763, 3.053 max_d=3.053 avg_d=1.486 std_dev=1.277
C5' A 0, 0.208, 1.629, 3.051, 3.100 max_d=3.100 avg_d=1.629 std_dev=1.422
C2' B 0, 0.404, 2.219, 4.035, 4.142 max_d=4.142 avg_d=2.219 std_dev=1.816
C3' B 0, 0.177, 2.029, 3.880, 3.897 max_d=3.897 avg_d=2.029 std_dev=1.852
C5' B 0, 0.644, 2.551, 4.458, 4.574 max_d=4.574 avg_d=2.551 std_dev=1.907
O5' A 0, 0.281, 2.533, 4.785, 4.965 max_d=4.965 avg_d=2.533 std_dev=2.252
O3' B 0, 0.124, 2.541, 4.959, 5.044 max_d=5.044 avg_d=2.541 std_dev=2.418
O2' B 0, 0.725, 3.285, 5.846, 6.065 max_d=6.065 avg_d=3.285 std_dev=2.560
OP2 A 0, 0.348, 3.241, 6.135, 6.518 max_d=6.518 avg_d=3.241 std_dev=2.894
O5' B 0, 0.348, 3.337, 6.327, 6.363 max_d=6.363 avg_d=3.337 std_dev=2.990
P A 0, 0.289, 3.336, 6.384, 6.590 max_d=6.590 avg_d=3.336 std_dev=3.048
OP1 A 0, 0.203, 4.216, 8.228, 8.316 max_d=8.316 avg_d=4.216 std_dev=4.012
P B 0, 0.275, 4.668, 9.062, 9.252 max_d=9.252 avg_d=4.668 std_dev=4.394
OP2 B 0, 0.550, 5.268, 9.986, 10.571 max_d=10.571 avg_d=5.268 std_dev=4.718
OP1 B 0, 0.824, 5.770, 10.716, 10.795 max_d=10.795 avg_d=5.770 std_dev=4.946

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.14 0.06 0.02 0.08 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.26 0.05 0.21 0.15 0.16
C2 0.07 0.00 0.22 0.08 0.01 0.08 0.01 0.29 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.39 0.17 0.21 0.30 0.02 0.33 0.22 0.26
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.10 0.03 0.05 0.08 0.07 0.19 0.15 0.28 0.22 0.14 0.03 0.00 0.01 0.02 0.30 0.06 0.30 0.17 0.21
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.15 0.03 0.12 0.32 0.04 0.15 0.08 0.28 0.14 0.02 0.00 0.01 0.30 0.16 0.41 0.12 0.21
C4 0.05 0.01 0.10 0.07 0.00 0.10 0.00 0.33 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.31 0.01 0.15 0.35 0.14
C4' 0.02 0.08 0.03 0.00 0.10 0.00 0.15 0.02 0.14 0.19 0.10 0.08 0.07 0.20 0.12 0.12 0.02 0.01 0.03 0.17 0.11 0.28 0.05
C5 0.05 0.01 0.05 0.15 0.00 0.15 0.00 0.43 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.15 0.15 0.05 0.40 0.01 0.27 0.57 0.28
C5' 0.14 0.29 0.08 0.03 0.33 0.02 0.43 0.00 0.43 0.47 0.36 0.25 0.24 0.51 0.32 0.11 0.06 0.03 0.02 0.48 0.26 0.46 0.05
C6 0.06 0.02 0.07 0.12 0.01 0.14 0.01 0.43 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.21 0.10 0.09 0.36 0.00 0.18 0.55 0.21
C8 0.02 0.02 0.19 0.32 0.03 0.19 0.02 0.47 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.13 0.37 0.11 0.59 0.01 0.56 0.69 0.55
N1 0.08 0.00 0.15 0.04 0.03 0.10 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.32 0.06 0.17 0.30 0.01 0.16 0.37 0.14
N2 0.06 0.00 0.28 0.15 0.00 0.08 0.01 0.25 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.47 0.29 0.24 0.34 0.01 0.51 0.13 0.39
N3 0.07 0.00 0.22 0.08 0.01 0.07 0.02 0.24 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.17 0.21 0.30 0.02 0.33 0.17 0.26
N7 0.04 0.01 0.14 0.28 0.00 0.20 0.00 0.51 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.34 0.06 0.58 0.00 0.58 0.81 0.57
N9 0.02 0.02 0.03 0.14 0.01 0.12 0.02 0.32 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.12 0.01 0.36 0.03 0.24 0.37 0.22
O2' 0.02 0.39 0.00 0.02 0.20 0.12 0.15 0.11 0.21 0.13 0.32 0.47 0.36 0.11 0.05 0.00 0.05 0.13 0.11 0.18 0.13 0.11 0.11
O3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.06 0.10 0.37 0.06 0.29 0.17 0.34 0.12 0.05 0.00 0.03 0.15 0.17 0.40 0.21 0.15
O4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.11 0.01 0.05 0.03 0.09 0.11 0.17 0.24 0.21 0.06 0.01 0.13 0.03 0.00 0.18 0.06 0.25 0.09 0.19
O5' 0.26 0.30 0.30 0.30 0.31 0.03 0.40 0.02 0.36 0.59 0.30 0.34 0.30 0.58 0.36 0.11 0.15 0.18 0.00 0.42 0.02 0.02 0.01
O6 0.05 0.02 0.06 0.16 0.01 0.17 0.01 0.48 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.18 0.17 0.06 0.42 0.00 0.31 0.68 0.32
OP1 0.21 0.33 0.30 0.41 0.15 0.11 0.27 0.26 0.18 0.56 0.16 0.51 0.33 0.58 0.24 0.13 0.40 0.25 0.02 0.31 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.22 0.17 0.12 0.35 0.28 0.57 0.46 0.55 0.69 0.37 0.13 0.17 0.81 0.37 0.11 0.21 0.09 0.02 0.68 0.00 0.00 0.01
P 0.16 0.26 0.21 0.21 0.14 0.05 0.28 0.05 0.21 0.55 0.14 0.39 0.26 0.57 0.22 0.11 0.15 0.19 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.35 0.89 0.64 0.28 0.34 0.18 0.91 0.17 0.17 0.25 0.40 0.39 0.14 0.24 1.23 0.93 0.65 1.12 0.13 1.48 1.16 1.56
C2 0.18 0.29 0.57 0.75 0.20 0.17 0.16 0.32 0.23 0.13 0.29 0.32 0.26 0.05 0.16 0.40 0.66 0.35 0.60 0.23 0.81 1.10 0.59
C2' 0.19 0.41 0.57 0.17 0.15 0.83 0.14 1.52 0.13 0.29 0.27 0.59 0.35 0.25 0.18 1.09 0.42 1.05 1.70 0.13 2.09 1.79 2.18
C3' 0.48 0.23 0.30 0.52 0.26 1.33 0.26 2.17 0.20 0.44 0.24 0.39 0.16 0.36 0.42 0.68 0.14 1.41 2.58 0.21 3.25 2.90 3.30
C4 0.14 0.29 0.52 0.53 0.15 0.26 0.06 0.46 0.12 0.10 0.23 0.34 0.26 0.08 0.11 0.55 0.61 0.58 0.62 0.11 0.49 0.32 0.60
C4' 0.24 0.27 0.48 0.22 0.16 0.89 0.21 1.73 0.28 0.20 0.32 0.33 0.16 0.20 0.19 1.01 0.60 1.08 2.20 0.32 3.04 2.60 2.99
C5 0.15 0.19 0.28 0.34 0.09 0.32 0.12 0.52 0.05 0.23 0.13 0.28 0.15 0.24 0.16 0.29 0.40 0.58 0.71 0.13 0.56 0.41 0.66
C5' 0.46 0.73 0.25 0.36 0.57 1.14 0.63 1.96 0.74 0.48 0.80 0.77 0.61 0.55 0.50 0.60 0.32 1.31 2.56 0.78 3.54 3.13 3.40
C6 0.20 0.17 0.24 0.37 0.11 0.24 0.15 0.32 0.03 0.30 0.15 0.25 0.12 0.31 0.20 0.20 0.35 0.48 0.56 0.12 0.17 0.33 0.19
C8 0.11 0.17 0.34 0.22 0.06 0.50 0.12 0.97 0.12 0.16 0.08 0.29 0.15 0.19 0.10 0.57 0.43 0.72 1.26 0.19 1.59 1.41 1.63
N1 0.19 0.23 0.37 0.56 0.12 0.15 0.06 0.29 0.13 0.24 0.23 0.28 0.17 0.20 0.17 0.25 0.47 0.37 0.59 0.17 0.68 0.93 0.50
N2 0.21 0.30 0.65 0.91 0.24 0.31 0.23 0.64 0.29 0.15 0.32 0.32 0.28 0.14 0.20 0.43 0.76 0.21 0.98 0.32 1.51 1.80 1.24
N3 0.18 0.33 0.69 0.78 0.25 0.12 0.18 0.19 0.22 0.08 0.29 0.35 0.32 0.06 0.17 0.63 0.78 0.45 0.38 0.19 0.28 0.58 0.08
N7 0.14 0.12 0.19 0.18 0.11 0.46 0.20 0.80 0.18 0.24 0.02 0.24 0.10 0.28 0.16 0.31 0.30 0.66 1.07 0.26 1.21 1.06 1.27
N9 0.14 0.28 0.56 0.44 0.14 0.41 0.04 0.82 0.08 0.05 0.19 0.35 0.27 0.05 0.09 0.76 0.63 0.69 1.03 0.09 1.22 0.99 1.31
O2' 0.43 0.54 1.11 0.59 0.40 0.55 0.34 1.32 0.30 0.44 0.38 0.69 0.57 0.42 0.39 1.75 0.92 0.81 1.39 0.28 1.80 1.40 1.86
O3' 0.61 0.34 0.42 0.91 0.27 1.68 0.26 2.73 0.18 0.55 0.30 0.59 0.19 0.42 0.49 0.66 0.42 1.58 3.19 0.18 4.04 3.41 4.02
O4' 0.24 0.06 0.80 0.56 0.11 0.45 0.05 1.13 0.06 0.13 0.06 0.07 0.12 0.08 0.16 1.22 0.99 0.76 1.47 0.10 2.07 1.68 2.08
O5' 0.81 1.15 0.74 0.60 0.93 1.12 0.88 1.83 0.96 0.74 1.09 1.28 1.06 0.76 0.83 0.95 0.65 1.40 2.47 0.92 3.46 3.22 3.37
O6 0.23 0.12 0.16 0.28 0.16 0.26 0.23 0.34 0.14 0.36 0.10 0.20 0.09 0.39 0.25 0.27 0.25 0.47 0.61 0.22 0.17 0.32 0.22
OP1 0.93 1.54 0.84 0.76 1.09 1.26 1.00 1.95 1.17 0.74 1.44 1.86 1.36 0.77 0.92 0.91 0.66 1.49 2.74 1.13 3.88 3.57 3.66
OP2 1.01 1.67 0.79 0.74 1.30 1.36 1.31 1.99 1.49 1.04 1.67 1.88 1.46 1.15 1.12 0.77 0.34 1.61 2.67 1.49 3.51 3.44 3.45
P 0.79 1.35 0.69 0.58 0.97 1.12 0.91 1.78 1.06 0.67 1.28 1.60 1.18 0.72 0.81 0.83 0.57 1.38 2.48 1.03 3.46 3.23 3.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.00 0.00 0.02 0.27 0.01 0.17 0.01 0.10 0.68 0.25
C2 0.05 0.00 0.24 0.29 0.01 0.43 0.01 0.81 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.25 0.33 1.19 0.02 1.26 1.34 1.28
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.14 0.01 0.11 0.12 0.15 0.10 0.21 0.27 0.23 0.08 0.04 0.00 0.07 0.04 0.46 0.14 0.48 0.96 0.64
C3' 0.03 0.29 0.01 0.00 0.10 0.01 0.16 0.02 0.13 0.40 0.19 0.40 0.28 0.35 0.16 0.02 0.02 0.01 0.36 0.16 0.20 0.72 0.42
C4 0.02 0.01 0.14 0.10 0.00 0.16 0.00 0.32 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.31 0.18 0.16 0.58 0.01 0.23 0.37 0.27
C4' 0.03 0.43 0.01 0.01 0.16 0.00 0.11 0.01 0.13 0.40 0.30 0.57 0.42 0.32 0.10 0.23 0.03 0.00 0.02 0.12 0.12 0.51 0.16
C5 0.01 0.01 0.11 0.16 0.00 0.11 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.41 0.12 0.06 0.63 0.01 0.41 0.58 0.37
C5' 0.03 0.81 0.12 0.02 0.32 0.01 0.31 0.00 0.33 0.76 0.57 1.09 0.76 0.67 0.25 0.10 0.16 0.01 0.01 0.35 0.29 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.13 0.01 0.13 0.01 0.33 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.43 0.15 0.12 0.67 0.00 0.22 0.32 0.27
C8 0.02 0.02 0.10 0.40 0.01 0.40 0.02 0.76 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.35 0.03 0.25 1.09 0.04 1.29 1.57 1.25
N1 0.04 0.01 0.21 0.19 0.02 0.30 0.01 0.57 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.37 0.21 0.24 0.90 0.01 0.74 0.77 0.77
N2 0.07 0.00 0.27 0.40 0.01 0.57 0.01 1.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.27 0.28 0.40 1.57 0.03 1.92 2.06 1.88
N3 0.05 0.01 0.23 0.28 0.00 0.42 0.00 0.76 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.26 0.34 1.11 0.01 1.11 1.19 1.14
N7 0.00 0.01 0.08 0.35 0.01 0.32 0.01 0.67 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.04 0.18 1.03 0.04 1.25 1.51 1.20
N9 0.00 0.02 0.04 0.16 0.00 0.10 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.13 0.04 0.47 0.02 0.35 0.65 0.32
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.31 0.23 0.41 0.10 0.43 0.35 0.37 0.27 0.25 0.42 0.24 0.00 0.11 0.18 0.29 0.48 0.46 1.04 0.59
O3' 0.27 0.25 0.07 0.02 0.18 0.03 0.12 0.16 0.15 0.03 0.21 0.28 0.26 0.04 0.13 0.11 0.00 0.15 0.25 0.13 0.09 0.70 0.32
O4' 0.01 0.33 0.04 0.01 0.16 0.00 0.06 0.01 0.12 0.25 0.24 0.40 0.34 0.18 0.04 0.18 0.15 0.00 0.27 0.07 0.17 0.62 0.25
O5' 0.17 1.19 0.46 0.36 0.58 0.02 0.63 0.01 0.67 1.09 0.90 1.57 1.11 1.03 0.47 0.29 0.25 0.27 0.00 0.71 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.14 0.16 0.01 0.12 0.01 0.35 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.48 0.13 0.07 0.71 0.00 0.46 0.58 0.46
OP1 0.10 1.26 0.48 0.20 0.23 0.12 0.41 0.29 0.22 1.29 0.74 1.92 1.11 1.25 0.35 0.46 0.09 0.17 0.02 0.46 0.00 0.00 0.00
OP2 0.68 1.34 0.96 0.72 0.37 0.51 0.58 0.25 0.32 1.57 0.77 2.06 1.19 1.51 0.65 1.04 0.70 0.62 0.01 0.58 0.00 0.00 0.00
P 0.25 1.28 0.64 0.42 0.27 0.16 0.37 0.02 0.27 1.25 0.77 1.88 1.14 1.20 0.32 0.59 0.32 0.25 0.01 0.46 0.00 0.00 0.00