ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55422

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.006, 0.026, 0.045, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N2 A 0, -0.005, 0.021, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.054, 0.204, 0.354, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.204 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.053, 0.216, 0.380, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.216 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.070, 0.252, 0.435, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.252 std_dev=0.182
C4' A 0, 0.079, 0.322, 0.566, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.322 std_dev=0.244
C3' A 0, 0.086, 0.334, 0.582, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.334 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.076, 0.380, 0.684, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.380 std_dev=0.304
O5' A 0, 0.125, 0.430, 0.734, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.430 std_dev=0.305
C4 B 0, 0.114, 0.444, 0.774, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.444 std_dev=0.330
C2 B 0, 0.148, 0.518, 0.887, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.518 std_dev=0.370
C5' A 0, 0.137, 0.509, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.509 std_dev=0.373
O3' A 0, 0.128, 0.525, 0.922, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.525 std_dev=0.397
N9 B 0, 0.096, 0.550, 1.005, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.550 std_dev=0.454
P A 0, 0.129, 0.597, 1.066, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.597 std_dev=0.469
N2 B 0, 0.191, 0.681, 1.171, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.681 std_dev=0.490
OP2 A 0, 0.165, 0.659, 1.153, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.659 std_dev=0.494
C1' B 0, 0.180, 0.703, 1.227, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.703 std_dev=0.523
N1 B 0, 0.089, 0.633, 1.177, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.633 std_dev=0.544
C5 B 0, 0.001, 0.555, 1.109, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.555 std_dev=0.554
C2' B 0, 0.199, 0.789, 1.378, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.789 std_dev=0.590
OP2 B 0, 0.239, 0.832, 1.425, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.832 std_dev=0.593
O4' B 0, 0.231, 0.825, 1.418, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.825 std_dev=0.593
C6 B 0, 0.017, 0.672, 1.327, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.672 std_dev=0.655
P B 0, 0.258, 0.922, 1.585, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.922 std_dev=0.663
OP1 A 0, 0.059, 0.722, 1.385, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.722 std_dev=0.663
C8 B 0, -0.049, 0.654, 1.357, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.654 std_dev=0.703
C3' B 0, 0.272, 0.996, 1.720, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.996 std_dev=0.724
O5' B 0, 0.287, 1.024, 1.761, 1.705 max_d=1.705 avg_d=1.024 std_dev=0.737
N7 B 0, -0.087, 0.673, 1.434, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.673 std_dev=0.760
C4' B 0, 0.335, 1.215, 2.094, 2.052 max_d=2.052 avg_d=1.215 std_dev=0.879
O6 B 0, 0.004, 0.888, 1.773, 2.095 max_d=2.095 avg_d=0.888 std_dev=0.884
O2' B 0, 0.271, 1.168, 2.064, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.168 std_dev=0.897
O3' B 0, 0.382, 1.336, 2.289, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.336 std_dev=0.954
OP1 B 0, 0.424, 1.454, 2.485, 2.268 max_d=2.268 avg_d=1.454 std_dev=1.031
C5' B 0, 0.394, 1.502, 2.610, 2.639 max_d=2.639 avg_d=1.502 std_dev=1.108

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.02 0.17 0.12 0.07
C2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.16 0.01 0.19 0.01 0.30 0.35 0.24
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.08 0.12 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.06 0.29 0.25 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04 0.08 0.13 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.05 0.32 0.25 0.19
C4 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.18 0.01 0.26 0.28 0.20
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.04 0.15 0.06 0.03
C5 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.22 0.01 0.29 0.32 0.26
C5' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.16 0.11 0.06 0.06 0.17 0.09 0.04 0.02 0.02 0.00 0.15 0.08 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03 0.23 0.00 0.32 0.38 0.30
C8 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.22 0.01 0.22 0.17 0.19
N1 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.14 0.02 0.22 0.00 0.33 0.40 0.29
N2 0.03 0.00 0.12 0.13 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.19 0.02 0.17 0.00 0.30 0.36 0.23
N3 0.02 0.00 0.10 0.10 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.01 0.16 0.01 0.27 0.30 0.19
N7 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.24 0.01 0.27 0.27 0.26
N9 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.16 0.01 0.21 0.19 0.15
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.21 0.18 0.08
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.09 0.03 0.07 0.02 0.10 0.04 0.14 0.19 0.14 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.10 0.37 0.27 0.20
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.06 0.07
O5' 0.10 0.19 0.11 0.09 0.18 0.03 0.22 0.00 0.23 0.22 0.22 0.17 0.16 0.24 0.16 0.05 0.05 0.04 0.00 0.25 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.04 0.25 0.00 0.34 0.41 0.33
OP1 0.17 0.30 0.29 0.32 0.26 0.15 0.29 0.08 0.32 0.22 0.33 0.30 0.27 0.27 0.21 0.21 0.37 0.05 0.02 0.34 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.35 0.25 0.25 0.28 0.06 0.32 0.02 0.38 0.17 0.40 0.36 0.30 0.27 0.19 0.18 0.27 0.06 0.02 0.41 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.24 0.17 0.19 0.20 0.03 0.26 0.01 0.30 0.19 0.29 0.23 0.19 0.26 0.15 0.08 0.20 0.07 0.01 0.33 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.16 0.09 0.18 0.05 0.19 0.09 0.30 0.14 0.08 0.17 0.23 0.10 0.09 0.04 0.15 0.21 0.10 0.11 0.17 0.03 0.11 0.03
C2 0.29 0.22 0.26 0.15 0.12 0.12 0.13 0.06 0.04 0.34 0.18 0.33 0.12 0.26 0.28 0.32 0.15 0.17 0.36 0.02 0.29 0.25 0.25
C2' 0.06 0.20 0.11 0.22 0.08 0.21 0.10 0.34 0.15 0.02 0.19 0.26 0.14 0.06 0.01 0.15 0.24 0.09 0.12 0.16 0.06 0.07 0.04
C3' 0.03 0.29 0.09 0.20 0.15 0.16 0.19 0.26 0.26 0.08 0.30 0.36 0.20 0.14 0.07 0.13 0.24 0.06 0.06 0.27 0.03 0.04 0.01
C4 0.18 0.12 0.12 0.02 0.17 0.05 0.22 0.13 0.20 0.27 0.15 0.19 0.09 0.27 0.22 0.19 0.02 0.10 0.23 0.22 0.16 0.21 0.16
C4' 0.04 0.27 0.10 0.21 0.13 0.17 0.17 0.27 0.24 0.06 0.29 0.34 0.17 0.12 0.05 0.14 0.26 0.06 0.05 0.27 0.05 0.04 0.02
C5 0.26 0.14 0.20 0.11 0.29 0.13 0.38 0.16 0.37 0.40 0.26 0.12 0.15 0.43 0.33 0.25 0.10 0.18 0.21 0.41 0.16 0.23 0.15
C5' 0.04 0.27 0.12 0.22 0.13 0.17 0.18 0.24 0.26 0.07 0.31 0.35 0.17 0.13 0.05 0.14 0.26 0.08 0.04 0.30 0.13 0.07 0.05
C6 0.35 0.07 0.30 0.20 0.36 0.17 0.47 0.15 0.42 0.53 0.21 0.21 0.15 0.55 0.42 0.33 0.19 0.23 0.27 0.45 0.21 0.25 0.20
C8 0.16 0.22 0.10 0.09 0.23 0.16 0.31 0.23 0.36 0.28 0.33 0.18 0.15 0.33 0.22 0.17 0.13 0.14 0.08 0.42 0.12 0.21 0.09
N1 0.36 0.13 0.33 0.21 0.27 0.16 0.35 0.06 0.19 0.51 0.06 0.33 0.07 0.49 0.41 0.37 0.20 0.22 0.33 0.20 0.26 0.25 0.24
N2 0.31 0.32 0.30 0.21 0.09 0.20 0.08 0.14 0.25 0.27 0.35 0.38 0.20 0.11 0.22 0.38 0.22 0.22 0.41 0.27 0.35 0.27 0.30
N3 0.17 0.17 0.13 0.07 0.08 0.05 0.09 0.14 0.05 0.20 0.12 0.26 0.12 0.16 0.16 0.20 0.06 0.08 0.31 0.04 0.24 0.22 0.22
N7 0.23 0.24 0.16 0.11 0.31 0.17 0.41 0.23 0.45 0.39 0.38 0.11 0.19 0.44 0.31 0.21 0.12 0.18 0.13 0.52 0.14 0.22 0.11
N9 0.12 0.16 0.06 0.08 0.14 0.12 0.20 0.21 0.23 0.19 0.21 0.19 0.09 0.21 0.14 0.14 0.12 0.09 0.14 0.26 0.08 0.17 0.08
O2' 0.18 0.18 0.23 0.33 0.13 0.34 0.10 0.49 0.11 0.13 0.15 0.23 0.16 0.11 0.14 0.22 0.35 0.20 0.13 0.10 0.12 0.01 0.07
O3' 0.02 0.34 0.09 0.20 0.19 0.11 0.22 0.19 0.29 0.10 0.34 0.41 0.25 0.16 0.10 0.12 0.24 0.05 0.02 0.30 0.01 0.01 0.00
O4' 0.07 0.22 0.09 0.19 0.10 0.19 0.15 0.28 0.22 0.08 0.26 0.30 0.13 0.12 0.05 0.15 0.23 0.09 0.08 0.25 0.03 0.09 0.02
O5' 0.11 0.22 0.19 0.27 0.11 0.26 0.15 0.32 0.24 0.06 0.27 0.29 0.13 0.11 0.06 0.18 0.32 0.15 0.10 0.28 0.18 0.12 0.09
O6 0.39 0.12 0.36 0.26 0.42 0.22 0.57 0.21 0.56 0.61 0.31 0.18 0.20 0.67 0.48 0.38 0.25 0.26 0.27 0.64 0.21 0.25 0.20
OP1 0.38 0.28 0.53 0.63 0.29 0.54 0.27 0.60 0.28 0.29 0.30 0.31 0.30 0.27 0.32 0.49 0.72 0.39 0.50 0.30 0.43 0.59 0.49
OP2 0.37 0.29 0.51 0.62 0.29 0.55 0.23 0.64 0.23 0.26 0.25 0.33 0.34 0.23 0.31 0.46 0.69 0.40 0.46 0.24 0.33 0.48 0.39
P 0.24 0.21 0.36 0.47 0.17 0.41 0.16 0.50 0.21 0.15 0.23 0.26 0.21 0.14 0.18 0.33 0.54 0.27 0.33 0.25 0.27 0.39 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.01 0.24 0.18 0.14
C2 0.04 0.00 0.05 0.14 0.01 0.20 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.17 0.10 0.40 0.01 0.47 0.53 0.44
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.02 0.32 0.10 0.16
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.13 0.06 0.15 0.14 0.11 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.23 0.13 0.38 0.08 0.22
C4 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.33 0.01 0.35 0.37 0.31
C4' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.12 0.00 0.11 0.00 0.15 0.03 0.19 0.23 0.17 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.16 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.05 0.34 0.01 0.38 0.42 0.34
C5' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.17 0.00 0.18 0.00 0.24 0.08 0.29 0.33 0.23 0.13 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.19 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.15 0.01 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.06 0.37 0.01 0.43 0.50 0.40
C8 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.01 0.26 0.02 0.31 0.29 0.23
N1 0.03 0.00 0.04 0.15 0.01 0.19 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.17 0.09 0.39 0.01 0.48 0.55 0.45
N2 0.06 0.00 0.06 0.14 0.01 0.23 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.18 0.12 0.41 0.02 0.55 0.60 0.51
N3 0.04 0.01 0.04 0.11 0.00 0.17 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.13 0.09 0.37 0.01 0.39 0.41 0.36
N7 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.30 0.02 0.34 0.36 0.29
N9 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.27 0.01 0.30 0.28 0.23
O2' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.10 0.06 0.07 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.19 0.07 0.02
O3' 0.01 0.17 0.02 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.14 0.05 0.17 0.18 0.13 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.23 0.14 0.40 0.15 0.24
O4' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.12 0.09 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.15 0.05 0.18 0.22 0.12
O5' 0.18 0.40 0.17 0.23 0.33 0.01 0.34 0.00 0.37 0.26 0.39 0.41 0.37 0.30 0.27 0.03 0.23 0.15 0.00 0.37 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.14 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.14 0.05 0.37 0.00 0.44 0.52 0.41
OP1 0.24 0.47 0.32 0.38 0.35 0.16 0.38 0.19 0.43 0.31 0.48 0.55 0.39 0.34 0.30 0.19 0.40 0.18 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.53 0.10 0.08 0.37 0.16 0.42 0.25 0.50 0.29 0.55 0.60 0.41 0.36 0.28 0.07 0.15 0.22 0.01 0.52 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.44 0.16 0.22 0.31 0.01 0.34 0.01 0.40 0.23 0.45 0.51 0.36 0.29 0.23 0.02 0.24 0.12 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00