ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55424

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
O4' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2' A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C3' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O3' A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4' A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C6 B 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5 B 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O6 B 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 B 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N1 B 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 B 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2' B 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O3' B 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N9 B 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C3' B 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C1' B 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4' B 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 B 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4' B 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2 B 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O2' B 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N3 B 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2' A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C5' B 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N2 B 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
OP2 B 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C5' A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
OP1 B 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
P B 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O5' B 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
OP1 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
OP2 A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
P A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O5' A 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02
C8 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03
N2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
N7 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
O5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C8 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N7 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
O2' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
O6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
OP1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
OP2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02
P 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
C8 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
N2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00