ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55425

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C3' A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O3' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C5' A 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C2 B 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
O2' A 0, 0.000, 0.140, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.140 std_dev=0.140
O5' A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
P B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
OP1 B 0, 0.000, 0.206, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.206 std_dev=0.206
N1 B 0, 0.000, 0.229, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.229 std_dev=0.229
O5' B 0, 0.000, 0.236, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.236
N3 B 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
OP2 B 0, 0.000, 0.267, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.000, 0.326, 0.652, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.326 std_dev=0.326
C4 B 0, 0.000, 0.348, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C5 B 0, 0.000, 0.366, 0.731, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.366 std_dev=0.366
N2 B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
O4' B 0, 0.000, 0.458, 0.916, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.458
O6 B 0, 0.000, 0.577, 1.154, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.577 std_dev=0.577
P A 0, 0.000, 0.585, 1.169, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.585 std_dev=0.585
N7 B 0, 0.000, 0.611, 1.223, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.611 std_dev=0.611
N9 B 0, 0.000, 0.625, 1.250, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.625 std_dev=0.625
C4' B 0, 0.000, 0.677, 1.354, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.677 std_dev=0.677
C8 B 0, 0.000, 0.731, 1.461, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.731 std_dev=0.731
OP1 A 0, 0.000, 0.783, 1.565, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.783 std_dev=0.783
C1' B 0, 0.000, 0.819, 1.637, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.819 std_dev=0.819
OP2 A 0, 0.000, 0.835, 1.670, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.835 std_dev=0.835
C5' B 0, 0.000, 0.955, 1.909, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.955 std_dev=0.955
O3' B 0, 0.000, 0.964, 1.927, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.964 std_dev=0.964
C3' B 0, 0.000, 1.089, 2.178, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.089 std_dev=1.089
C2' B 0, 0.000, 1.246, 2.492, 2.492 max_d=2.492 avg_d=1.246 std_dev=1.246
O2' B 0, 0.000, 1.694, 3.389, 3.389 max_d=3.389 avg_d=1.694 std_dev=1.694

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.09 0.06
C2 0.03 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.16 0.04 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.20 0.12 0.09
C4 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.15 0.10
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.19 0.13
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.20 0.14
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.18 0.13
N1 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.17 0.11
N2 0.04 0.00 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.03 0.01 0.02 0.04 0.13 0.07
N3 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.13 0.08
N7 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.12 0.21 0.15
N9 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.14 0.10
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.11 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.17 0.03 0.02
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.30 0.20 0.16
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.09
O5' 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.12 0.22 0.15
OP1 0.05 0.01 0.16 0.20 0.02 0.11 0.08 0.06 0.09 0.08 0.04 0.04 0.03 0.12 0.01 0.17 0.30 0.01 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.15 0.04 0.12 0.15 0.00 0.19 0.00 0.20 0.18 0.17 0.13 0.13 0.21 0.14 0.03 0.20 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.04 0.09 0.10 0.01 0.13 0.00 0.14 0.13 0.11 0.07 0.08 0.15 0.10 0.02 0.16 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.01 0.05 0.03 0.08 0.06 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.02 0.07 0.09 0.12 0.18 0.07 0.17 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C2 0.45 0.03 0.34 0.47 0.23 0.32 0.15 0.23 0.08 0.41 0.14 0.08 0.14 0.28 0.38 0.32 0.38 0.32 0.04 0.20 0.05 0.09 0.05
C2' 0.10 0.06 0.12 0.04 0.05 0.02 0.02 0.14 0.01 0.02 0.03 0.07 0.07 0.02 0.04 0.13 0.03 0.13 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.29 0.17 0.00 0.03 0.01 0.15 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00
C4 0.28 0.04 0.08 0.27 0.15 0.23 0.13 0.15 0.01 0.25 0.08 0.11 0.08 0.20 0.23 0.13 0.25 0.26 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01
C4' 0.05 0.03 0.23 0.17 0.03 0.05 0.03 0.22 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.09 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01
C5 0.25 0.06 0.03 0.30 0.16 0.27 0.18 0.23 0.07 0.28 0.07 0.18 0.06 0.26 0.23 0.00 0.31 0.27 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00
C5' 0.00 0.00 0.32 0.21 0.00 0.06 0.03 0.19 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.02 0.08 0.03 0.08 0.03
C6 0.31 0.07 0.13 0.42 0.20 0.33 0.23 0.31 0.08 0.36 0.10 0.18 0.08 0.35 0.29 0.02 0.39 0.30 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01
C8 0.14 0.05 0.15 0.10 0.08 0.15 0.11 0.10 0.07 0.16 0.02 0.16 0.00 0.17 0.12 0.08 0.16 0.19 0.06 0.10 0.03 0.04 0.04
N1 0.40 0.04 0.28 0.50 0.24 0.36 0.23 0.31 0.01 0.43 0.13 0.13 0.12 0.37 0.37 0.18 0.43 0.33 0.02 0.11 0.04 0.07 0.04
N2 0.53 0.01 0.51 0.55 0.24 0.35 0.10 0.23 0.15 0.46 0.16 0.05 0.16 0.25 0.43 0.49 0.42 0.34 0.07 0.31 0.07 0.11 0.08
N3 0.38 0.02 0.24 0.35 0.18 0.25 0.10 0.13 0.07 0.29 0.11 0.07 0.12 0.18 0.30 0.30 0.28 0.29 0.03 0.15 0.04 0.08 0.05
N7 0.17 0.07 0.10 0.20 0.11 0.22 0.16 0.21 0.11 0.22 0.03 0.20 0.01 0.23 0.16 0.12 0.25 0.23 0.06 0.15 0.03 0.03 0.03
N9 0.19 0.03 0.05 0.13 0.10 0.14 0.09 0.05 0.02 0.16 0.04 0.10 0.04 0.14 0.14 0.07 0.15 0.20 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
O2' 0.18 0.10 0.01 0.04 0.09 0.03 0.03 0.29 0.02 0.04 0.05 0.13 0.14 0.02 0.09 0.37 0.01 0.13 0.10 0.02 0.03 0.08 0.06
O3' 0.11 0.05 0.39 0.31 0.05 0.11 0.04 0.25 0.02 0.11 0.06 0.11 0.01 0.06 0.11 0.09 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
O4' 0.14 0.01 0.13 0.05 0.07 0.01 0.07 0.16 0.04 0.10 0.01 0.03 0.05 0.09 0.09 0.12 0.01 0.14 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00
O5' 0.01 0.01 0.33 0.12 0.02 0.05 0.06 0.00 0.09 0.04 0.06 0.03 0.00 0.07 0.01 0.15 0.04 0.13 0.00 0.12 0.03 0.04 0.02
O6 0.29 0.08 0.11 0.44 0.19 0.36 0.25 0.37 0.13 0.37 0.09 0.22 0.06 0.37 0.28 0.07 0.43 0.30 0.03 0.17 0.00 0.02 0.00
OP1 0.14 0.14 0.21 0.04 0.13 0.27 0.15 0.26 0.17 0.14 0.16 0.12 0.13 0.16 0.12 0.04 0.26 0.31 0.26 0.20 0.36 0.18 0.29
OP2 0.10 0.12 0.22 0.13 0.11 0.29 0.13 0.33 0.16 0.10 0.15 0.09 0.10 0.13 0.09 0.14 0.33 0.26 0.17 0.19 0.31 0.21 0.24
P 0.06 0.07 0.28 0.01 0.06 0.17 0.09 0.16 0.12 0.07 0.10 0.05 0.05 0.10 0.05 0.13 0.18 0.20 0.12 0.15 0.22 0.11 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.15 0.00 0.21 0.00 0.26 0.09 0.18
C2 0.02 0.00 0.18 0.41 0.01 0.46 0.01 0.64 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.48 0.26 0.01 0.02 0.08 0.13 0.07
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.08 0.04 0.12 0.12 0.23 0.19 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00 0.45 0.03 0.56 0.44 0.49
C3' 0.02 0.41 0.00 0.00 0.35 0.01 0.38 0.00 0.43 0.23 0.45 0.39 0.37 0.33 0.22 0.01 0.01 0.03 0.30 0.43 0.47 0.11 0.32
C4 0.02 0.01 0.07 0.35 0.00 0.28 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.29 0.27 0.15 0.14 0.00 0.10 0.01 0.07
C4' 0.01 0.46 0.03 0.01 0.28 0.00 0.24 0.01 0.32 0.04 0.41 0.52 0.42 0.13 0.10 0.24 0.02 0.00 0.01 0.29 0.13 0.18 0.02
C5 0.02 0.01 0.00 0.38 0.01 0.24 0.00 0.32 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.30 0.28 0.09 0.13 0.02 0.06 0.06 0.04
C5' 0.03 0.64 0.08 0.00 0.34 0.01 0.32 0.00 0.45 0.06 0.57 0.75 0.54 0.18 0.11 0.13 0.15 0.02 0.00 0.42 0.14 0.32 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.43 0.01 0.32 0.01 0.45 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.36 0.40 0.13 0.07 0.00 0.03 0.13 0.03
C8 0.01 0.02 0.12 0.23 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.03 0.07 0.21 0.05 0.20 0.03 0.14
N1 0.02 0.01 0.12 0.45 0.01 0.41 0.01 0.57 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.39 0.48 0.21 0.01 0.01 0.10 0.17 0.08
N2 0.02 0.00 0.23 0.39 0.01 0.52 0.00 0.75 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.39 0.55 0.31 0.10 0.03 0.19 0.19 0.15
N3 0.02 0.00 0.19 0.37 0.00 0.42 0.01 0.54 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.38 0.27 0.06 0.01 0.03 0.03 0.02
N7 0.03 0.01 0.10 0.33 0.02 0.13 0.00 0.18 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.20 0.16 0.00 0.16 0.05 0.12 0.03 0.08
N9 0.01 0.01 0.02 0.22 0.00 0.10 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.15 0.06 0.01 0.21 0.02 0.20 0.06 0.15
O2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.29 0.24 0.30 0.13 0.36 0.11 0.39 0.39 0.34 0.20 0.15 0.00 0.06 0.17 0.15 0.37 0.29 0.32 0.24
O3' 0.15 0.48 0.01 0.01 0.27 0.02 0.28 0.15 0.40 0.03 0.48 0.55 0.38 0.16 0.06 0.06 0.00 0.06 0.06 0.39 0.20 0.13 0.07
O4' 0.00 0.26 0.00 0.03 0.15 0.00 0.09 0.02 0.13 0.07 0.21 0.31 0.27 0.00 0.01 0.17 0.06 0.00 0.01 0.09 0.07 0.15 0.02
O5' 0.21 0.01 0.45 0.30 0.14 0.01 0.13 0.00 0.07 0.21 0.01 0.10 0.06 0.16 0.21 0.15 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.02 0.03 0.43 0.00 0.29 0.02 0.42 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.37 0.39 0.09 0.07 0.00 0.05 0.16 0.04
OP1 0.26 0.08 0.56 0.47 0.10 0.13 0.06 0.14 0.03 0.20 0.10 0.19 0.03 0.12 0.20 0.29 0.20 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.13 0.44 0.11 0.01 0.18 0.06 0.32 0.13 0.03 0.17 0.19 0.03 0.03 0.06 0.32 0.13 0.15 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.07 0.49 0.32 0.07 0.02 0.04 0.01 0.03 0.14 0.08 0.15 0.02 0.08 0.15 0.24 0.07 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00