ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55427

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N1 A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C4 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N9 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C2 A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
N3 A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C1' A 0, 0.000, 0.063, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
N2 A 0, 0.000, 0.110, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.110 std_dev=0.110
O5' B 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C3' B 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C4' B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O4' B 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C5' B 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
O4' A 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C3' A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O3' B 0, 0.000, 0.246, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C2' B 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C1' B 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
P B 0, 0.000, 0.255, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.255 std_dev=0.255
OP2 B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C4' A 0, 0.000, 0.282, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.282 std_dev=0.282
N3 B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
N9 B 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
C4 B 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316
OP1 B 0, 0.000, 0.339, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.339 std_dev=0.339
O2' B 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C2 B 0, 0.000, 0.344, 0.688, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.344
N2 B 0, 0.000, 0.352, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.352
O5' A 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C8 B 0, 0.000, 0.367, 0.734, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.367 std_dev=0.367
C5' A 0, 0.000, 0.374, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.374 std_dev=0.374
O2' A 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C5 B 0, 0.000, 0.391, 0.783, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.391 std_dev=0.391
N7 B 0, 0.000, 0.415, 0.830, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.415 std_dev=0.415
N1 B 0, 0.000, 0.417, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.417 std_dev=0.417
O3' A 0, 0.000, 0.433, 0.866, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.433 std_dev=0.433
C6 B 0, 0.000, 0.445, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.445 std_dev=0.445
OP1 A 0, 0.000, 0.504, 1.008, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.504 std_dev=0.504
P A 0, 0.000, 0.521, 1.041, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.521 std_dev=0.521
O6 B 0, 0.000, 0.538, 1.075, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.538 std_dev=0.538
OP2 A 0, 0.000, 0.715, 1.431, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.715 std_dev=0.715

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.11 0.08 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06
C2 0.08 0.00 0.04 0.10 0.01 0.09 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.25 0.08 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.17 0.15 0.17
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.15 0.09 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.10 0.09
C4 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.15 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.04 0.14 0.09 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03
C5 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.12 0.01 0.10 0.00 0.13 0.15 0.11
C5' 0.01 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.00 0.10 0.06 0.10 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
C6 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.17 0.16 0.00 0.10 0.00 0.17 0.17 0.12
C8 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.12 0.03 0.06 0.09 0.01 0.07 0.13 0.09
N1 0.06 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.21 0.04 0.06 0.00 0.12 0.11 0.07
N2 0.11 0.00 0.06 0.15 0.02 0.14 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.12 0.32 0.12 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04
N3 0.08 0.01 0.03 0.09 0.01 0.09 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.09 0.23 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04
N7 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.16 0.06 0.05 0.13 0.01 0.16 0.21 0.15
N9 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01
O2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.10 0.02 0.15 0.03 0.17 0.12 0.16 0.12 0.09 0.16 0.06 0.00 0.02 0.01 0.11 0.18 0.24 0.19 0.22
O3' 0.09 0.25 0.01 0.01 0.15 0.01 0.12 0.03 0.16 0.03 0.21 0.32 0.23 0.06 0.08 0.02 0.00 0.05 0.01 0.14 0.05 0.06 0.06
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.12 0.08 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00
O5' 0.02 0.01 0.10 0.03 0.03 0.00 0.10 0.00 0.10 0.09 0.06 0.04 0.02 0.13 0.03 0.11 0.01 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
O6 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.14 0.02 0.14 0.00 0.22 0.24 0.18
OP1 0.05 0.06 0.17 0.07 0.05 0.02 0.13 0.00 0.17 0.07 0.12 0.03 0.01 0.16 0.02 0.24 0.05 0.00 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.03 0.15 0.10 0.06 0.03 0.15 0.01 0.17 0.13 0.11 0.02 0.01 0.21 0.04 0.19 0.06 0.02 0.00 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.00 0.17 0.09 0.02 0.03 0.11 0.00 0.12 0.09 0.07 0.04 0.04 0.15 0.01 0.22 0.06 0.00 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.16 0.15 0.12 0.17 0.13 0.19 0.13 0.19 0.18 0.17 0.12 0.15 0.19 0.16 0.16 0.14 0.12 0.09 0.21 0.01 0.02 0.02
C2 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.11 0.03 0.02 0.03 0.10 0.12 0.06
C2' 0.14 0.23 0.16 0.09 0.21 0.10 0.23 0.10 0.25 0.19 0.25 0.23 0.20 0.23 0.18 0.18 0.10 0.09 0.07 0.27 0.06 0.03 0.04
C3' 0.12 0.14 0.14 0.11 0.14 0.13 0.16 0.13 0.16 0.15 0.15 0.13 0.14 0.16 0.14 0.15 0.11 0.10 0.10 0.18 0.03 0.05 0.05
C4 0.08 0.04 0.09 0.07 0.09 0.08 0.11 0.07 0.10 0.12 0.06 0.01 0.05 0.13 0.10 0.09 0.12 0.07 0.02 0.11 0.10 0.14 0.08
C4' 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12 0.11 0.07 0.10 0.14 0.11 0.12 0.11 0.09 0.08 0.15 0.02 0.00 0.01
C5 0.10 0.03 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.06 0.13 0.01 0.09 0.01 0.13 0.10 0.09 0.14 0.09 0.00 0.07 0.14 0.16 0.11
C5' 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.03 0.05 0.09 0.07 0.08 0.07 0.04 0.04 0.12 0.06 0.02 0.03
C6 0.08 0.11 0.06 0.08 0.00 0.09 0.00 0.07 0.06 0.08 0.11 0.14 0.06 0.06 0.06 0.06 0.16 0.08 0.00 0.05 0.16 0.17 0.12
C8 0.12 0.10 0.12 0.08 0.15 0.09 0.19 0.09 0.19 0.17 0.14 0.01 0.10 0.20 0.15 0.13 0.13 0.09 0.02 0.21 0.09 0.12 0.08
N1 0.03 0.10 0.04 0.08 0.04 0.08 0.05 0.06 0.08 0.01 0.10 0.11 0.07 0.01 0.01 0.03 0.15 0.06 0.01 0.08 0.14 0.14 0.09
N2 0.06 0.05 0.02 0.03 0.07 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.04 0.05 0.07 0.08 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.08 0.08 0.04
N3 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.00 0.03 0.07 0.04 0.06 0.09 0.04 0.03 0.06 0.08 0.10 0.05
N7 0.12 0.01 0.11 0.09 0.13 0.10 0.16 0.10 0.13 0.17 0.05 0.08 0.05 0.19 0.14 0.12 0.15 0.10 0.01 0.15 0.13 0.15 0.11
N9 0.10 0.10 0.11 0.07 0.14 0.08 0.16 0.08 0.16 0.15 0.13 0.04 0.10 0.17 0.13 0.12 0.11 0.08 0.02 0.18 0.08 0.12 0.07
O2' 0.31 0.41 0.35 0.27 0.38 0.26 0.39 0.26 0.40 0.35 0.40 0.40 0.40 0.38 0.35 0.37 0.24 0.25 0.27 0.40 0.30 0.27 0.27
O3' 0.24 0.21 0.25 0.23 0.24 0.26 0.24 0.24 0.23 0.26 0.21 0.18 0.23 0.26 0.25 0.26 0.24 0.23 0.22 0.24 0.13 0.15 0.15
O4' 0.10 0.09 0.11 0.09 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.13 0.11 0.05 0.09 0.15 0.11 0.12 0.12 0.09 0.06 0.16 0.04 0.05 0.02
O5' 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.01 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.10 0.09 0.04 0.06
O6 0.08 0.16 0.06 0.09 0.04 0.09 0.05 0.07 0.13 0.09 0.18 0.19 0.09 0.04 0.05 0.06 0.18 0.09 0.01 0.14 0.19 0.18 0.13
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05
OP2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.03
P 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.12 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.08 0.06 0.02 0.06 0.05 0.03 0.05 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.05
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.11 0.02 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.12 0.04 0.06
C4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.11 0.04 0.06
C5' 0.04 0.10 0.06 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.10 0.07 0.10 0.10 0.10 0.10 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.11 0.02 0.06
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.10 0.04 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.06
N2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.09 0.00 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.04 0.06
N7 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.10 0.03 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.10 0.05 0.06
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03
O3' 0.06 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.07 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.11 0.09 0.08
O5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.05
OP1 0.07 0.11 0.02 0.03 0.12 0.04 0.11 0.01 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.03 0.03 0.11 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.00 0.03 0.06 0.03 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.03 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00