ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55429

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C5 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2 A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O2' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O6 A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.000, 0.049, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
N2 A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
O3' A 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.000, 0.174, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.174 std_dev=0.174
O5' A 0, 0.000, 0.302, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.302 std_dev=0.302
C5' A 0, 0.000, 0.381, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.381 std_dev=0.381
N1 B 0, 0.000, 0.445, 0.890, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.445 std_dev=0.445
N3 B 0, 0.000, 0.451, 0.902, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.451 std_dev=0.451
C2 B 0, 0.000, 0.456, 0.912, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.456 std_dev=0.456
O6 B 0, 0.000, 0.456, 0.912, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.456 std_dev=0.456
C6 B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
C4 B 0, 0.000, 0.489, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.489 std_dev=0.489
C5 B 0, 0.000, 0.490, 0.981, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.490 std_dev=0.490
N2 B 0, 0.000, 0.503, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.503 std_dev=0.503
N9 B 0, 0.000, 0.549, 1.098, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.549 std_dev=0.549
N7 B 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
C1' B 0, 0.000, 0.571, 1.142, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.571 std_dev=0.571
C8 B 0, 0.000, 0.573, 1.147, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.573 std_dev=0.573
O3' B 0, 0.000, 0.603, 1.207, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.603 std_dev=0.603
O4' B 0, 0.000, 0.609, 1.217, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.609 std_dev=0.609
O2' B 0, 0.000, 0.625, 1.250, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.625 std_dev=0.625
C2' B 0, 0.000, 0.635, 1.269, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.635 std_dev=0.635
C4' B 0, 0.000, 0.645, 1.289, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.645 std_dev=0.645
C3' B 0, 0.000, 0.649, 1.299, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.649 std_dev=0.649
O5' B 0, 0.000, 0.683, 1.366, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.683 std_dev=0.683
P A 0, 0.000, 0.689, 1.378, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.689 std_dev=0.689
C5' B 0, 0.000, 0.702, 1.404, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.702 std_dev=0.702
OP2 B 0, 0.000, 0.708, 1.417, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.708 std_dev=0.708
P B 0, 0.000, 0.734, 1.468, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.734 std_dev=0.734
OP1 B 0, 0.000, 0.765, 1.529, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.765 std_dev=0.765
OP1 A 0, 0.000, 0.941, 1.882, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.941 std_dev=0.941
OP2 A 0, 0.000, 1.057, 2.113, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.057 std_dev=1.057

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.13 0.23 0.05
C2 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.14 0.01 0.02 0.46 0.19
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.01 0.14 0.21 0.05
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.17 0.00 0.09 0.19 0.08
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.05 0.46 0.21
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.00 0.08 0.04 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.07 0.22 0.03 0.09
C5 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.14 0.01 0.14 0.55 0.27
C5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.15 0.14 0.10 0.01 0.03 0.17 0.07 0.08 0.05 0.01 0.00 0.19 0.01 0.09 0.01
C6 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.15 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.13 0.00 0.14 0.57 0.27
C8 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.14 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.16 0.04 0.17 0.53 0.29
N1 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.14 0.00 0.08 0.52 0.24
N2 0.07 0.00 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.07 0.07 0.16 0.03 0.01 0.45 0.18
N3 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.14 0.01 0.02 0.41 0.17
N7 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.15 0.04 0.22 0.60 0.33
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.15 0.03 0.04 0.42 0.20
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.00 0.27 0.10 0.04
O3' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.15 0.03 0.16 0.10 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.07 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.05 0.15 0.12 0.01
O5' 0.08 0.14 0.12 0.17 0.14 0.00 0.14 0.00 0.13 0.16 0.14 0.16 0.14 0.15 0.15 0.09 0.15 0.02 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.05 0.11 0.00 0.18 0.59 0.29
OP1 0.13 0.02 0.14 0.09 0.05 0.22 0.14 0.01 0.14 0.17 0.08 0.01 0.02 0.22 0.04 0.27 0.16 0.15 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.46 0.21 0.19 0.46 0.03 0.55 0.09 0.57 0.53 0.52 0.45 0.41 0.60 0.42 0.10 0.10 0.12 0.01 0.59 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.19 0.05 0.08 0.21 0.09 0.27 0.01 0.27 0.29 0.24 0.18 0.17 0.33 0.20 0.04 0.02 0.01 0.01 0.29 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.08 0.22 0.25 0.03 0.18 0.07 0.14 0.10 0.05 0.01 0.12 0.10 0.13 0.05 0.30 0.29 0.12 0.10 0.17 0.04 0.01 0.05
C2 0.09 0.09 0.11 0.14 0.03 0.11 0.07 0.08 0.12 0.04 0.04 0.19 0.12 0.10 0.03 0.14 0.19 0.08 0.03 0.20 0.01 0.04 0.00
C2' 0.21 0.11 0.30 0.31 0.09 0.24 0.02 0.20 0.06 0.03 0.02 0.14 0.14 0.08 0.12 0.37 0.33 0.18 0.16 0.15 0.08 0.05 0.10
C3' 0.21 0.08 0.32 0.34 0.06 0.26 0.04 0.22 0.07 0.00 0.01 0.10 0.11 0.11 0.10 0.38 0.35 0.19 0.18 0.13 0.10 0.06 0.12
C4 0.06 0.04 0.10 0.14 0.03 0.09 0.13 0.05 0.16 0.11 0.07 0.10 0.06 0.17 0.02 0.16 0.20 0.05 0.00 0.21 0.04 0.07 0.03
C4' 0.22 0.09 0.34 0.39 0.06 0.30 0.05 0.26 0.08 0.01 0.00 0.12 0.12 0.12 0.10 0.42 0.42 0.21 0.21 0.16 0.12 0.07 0.14
C5 0.03 0.06 0.00 0.06 0.12 0.02 0.20 0.02 0.21 0.18 0.14 0.01 0.03 0.23 0.12 0.04 0.13 0.03 0.07 0.25 0.10 0.13 0.09
C5' 0.30 0.15 0.42 0.50 0.11 0.39 0.02 0.33 0.05 0.01 0.05 0.19 0.19 0.11 0.14 0.50 0.54 0.29 0.25 0.13 0.14 0.06 0.16
C6 0.05 0.10 0.03 0.03 0.13 0.00 0.19 0.03 0.23 0.17 0.18 0.04 0.06 0.21 0.12 0.01 0.09 0.04 0.07 0.26 0.10 0.14 0.10
C8 0.03 0.03 0.02 0.09 0.12 0.03 0.21 0.02 0.20 0.23 0.11 0.03 0.02 0.27 0.13 0.10 0.18 0.03 0.08 0.23 0.12 0.16 0.11
N1 0.02 0.03 0.04 0.08 0.05 0.05 0.13 0.02 0.19 0.10 0.14 0.06 0.03 0.15 0.04 0.06 0.13 0.02 0.02 0.24 0.05 0.09 0.05
N2 0.12 0.16 0.14 0.16 0.09 0.14 0.01 0.10 0.07 0.00 0.02 0.28 0.17 0.05 0.08 0.16 0.20 0.11 0.06 0.17 0.01 0.02 0.03
N3 0.12 0.12 0.15 0.18 0.06 0.14 0.05 0.10 0.10 0.03 0.00 0.19 0.14 0.09 0.06 0.20 0.22 0.10 0.06 0.18 0.01 0.02 0.02
N7 0.10 0.09 0.07 0.02 0.17 0.02 0.24 0.07 0.23 0.25 0.16 0.03 0.08 0.28 0.18 0.03 0.12 0.08 0.12 0.26 0.15 0.19 0.15
N9 0.06 0.04 0.12 0.17 0.03 0.10 0.14 0.06 0.15 0.13 0.05 0.10 0.06 0.20 0.03 0.20 0.23 0.05 0.01 0.20 0.05 0.08 0.03
O2' 0.24 0.16 0.32 0.32 0.16 0.26 0.07 0.23 0.03 0.11 0.10 0.19 0.18 0.04 0.18 0.37 0.33 0.22 0.20 0.06 0.13 0.12 0.16
O3' 0.18 0.06 0.29 0.29 0.05 0.22 0.03 0.20 0.05 0.02 0.01 0.08 0.07 0.08 0.09 0.33 0.29 0.16 0.17 0.10 0.10 0.07 0.12
O4' 0.15 0.07 0.24 0.28 0.03 0.20 0.08 0.16 0.10 0.06 0.01 0.12 0.10 0.14 0.04 0.32 0.33 0.13 0.11 0.16 0.04 0.01 0.06
O5' 0.20 0.19 0.12 0.03 0.27 0.12 0.34 0.16 0.31 0.39 0.23 0.14 0.20 0.42 0.30 0.03 0.03 0.20 0.21 0.33 0.25 0.29 0.25
O6 0.11 0.17 0.10 0.04 0.17 0.05 0.22 0.08 0.25 0.20 0.22 0.13 0.13 0.23 0.16 0.10 0.02 0.10 0.12 0.27 0.13 0.17 0.13
OP1 0.25 0.07 0.24 0.25 0.17 0.29 0.14 0.34 0.06 0.26 0.04 0.05 0.14 0.20 0.24 0.17 0.21 0.28 0.32 0.02 0.38 0.24 0.31
OP2 0.62 0.55 0.60 0.55 0.60 0.56 0.57 0.53 0.52 0.62 0.52 0.54 0.58 0.58 0.63 0.59 0.53 0.60 0.50 0.48 0.42 0.40 0.45
P 0.35 0.25 0.32 0.28 0.34 0.33 0.34 0.35 0.28 0.41 0.24 0.22 0.29 0.39 0.38 0.27 0.24 0.36 0.35 0.25 0.36 0.31 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.06 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00
C4 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01
C5 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00
C6 0.03 0.00 0.06 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02
C8 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01
N1 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
N2 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.02 0.08 0.08 0.07
N3 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.07 0.08 0.06
N7 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.02 0.02 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03
O5' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00
O6 0.05 0.00 0.08 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.00 0.03 0.04 0.05
OP1 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.08 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00