ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55430

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
O4' A 0, 0.000, 0.170, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.170 std_dev=0.170
O2' A 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
C4' A 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
O3' A 0, 0.000, 0.250, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.250 std_dev=0.250
O2' B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
P A 0, 0.000, 0.369, 0.738, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.369 std_dev=0.369
OP2 A 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
C2' B 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C5' A 0, 0.000, 0.396, 0.792, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.396 std_dev=0.396
C8 B 0, 0.000, 0.433, 0.867, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.433 std_dev=0.433
N9 B 0, 0.000, 0.448, 0.897, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.448 std_dev=0.448
C1' B 0, 0.000, 0.456, 0.911, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.456 std_dev=0.456
N7 B 0, 0.000, 0.460, 0.921, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.460 std_dev=0.460
C4 B 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
O5' A 0, 0.000, 0.483, 0.965, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.483 std_dev=0.483
O3' B 0, 0.000, 0.490, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.490 std_dev=0.490
C5 B 0, 0.000, 0.494, 0.989, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.494 std_dev=0.494
N3 B 0, 0.000, 0.518, 1.037, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.518 std_dev=0.518
C3' B 0, 0.000, 0.523, 1.045, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.523 std_dev=0.523
C6 B 0, 0.000, 0.554, 1.109, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.554 std_dev=0.554
C2 B 0, 0.000, 0.570, 1.140, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.570 std_dev=0.570
O6 B 0, 0.000, 0.588, 1.175, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.588 std_dev=0.588
N1 B 0, 0.000, 0.594, 1.187, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.594 std_dev=0.594
N2 B 0, 0.000, 0.602, 1.204, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.602 std_dev=0.602
O4' B 0, 0.000, 0.626, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.626 std_dev=0.626
C4' B 0, 0.000, 0.678, 1.357, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.678 std_dev=0.678
OP1 B 0, 0.000, 0.715, 1.430, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.715 std_dev=0.715
O5' B 0, 0.000, 0.775, 1.550, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.775 std_dev=0.775
OP2 B 0, 0.000, 0.779, 1.558, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.779 std_dev=0.779
C5' B 0, 0.000, 0.788, 1.575, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.788 std_dev=0.788
P B 0, 0.000, 0.801, 1.603, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.801 std_dev=0.801
OP1 A 0, 0.000, 0.885, 1.770, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.885 std_dev=0.885

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01 0.09 0.14 0.01
C2 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.05 0.22 0.01 0.12 0.03 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.07 0.08 0.07
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.16 0.11 0.08
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.21 0.01 0.05 0.01 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.21 0.06
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.22 0.00 0.02 0.08 0.13
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.19 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.23 0.00 0.00 0.11 0.13
C8 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.18 0.01 0.10 0.02 0.14
N1 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.23 0.01 0.07 0.08 0.10
N2 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.06 0.22 0.01 0.17 0.02 0.04
N3 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.20 0.01 0.12 0.01 0.05
N7 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.20 0.00 0.11 0.10 0.17
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.18 0.01 0.02 0.04 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.14 0.13 0.04
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.16 0.22 0.09
O5' 0.11 0.22 0.09 0.05 0.21 0.00 0.22 0.00 0.23 0.18 0.23 0.22 0.20 0.20 0.18 0.02 0.02 0.09 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.24 0.00 0.05 0.15 0.16
OP1 0.09 0.12 0.07 0.16 0.05 0.03 0.02 0.15 0.00 0.10 0.07 0.17 0.12 0.11 0.02 0.05 0.14 0.16 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.03 0.08 0.11 0.01 0.21 0.08 0.19 0.11 0.02 0.08 0.02 0.01 0.10 0.04 0.13 0.13 0.22 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.13 0.00 0.13 0.14 0.10 0.04 0.05 0.17 0.07 0.01 0.04 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.10 0.13 0.09 0.16 0.10 0.14 0.03 0.03 0.13 0.06 0.13 0.14 0.11 0.09 0.20 0.07 0.05 0.07
C2 0.08 0.13 0.03 0.03 0.14 0.08 0.19 0.08 0.21 0.16 0.19 0.07 0.10 0.19 0.12 0.12 0.09 0.11 0.10 0.23 0.07 0.08 0.08
C2' 0.03 0.06 0.11 0.03 0.03 0.02 0.11 0.02 0.18 0.05 0.16 0.02 0.01 0.11 0.00 0.20 0.04 0.03 0.04 0.24 0.01 0.03 0.03
C3' 0.06 0.04 0.12 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.04 0.09 0.08 0.03 0.04 0.19 0.06 0.00 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00
C4 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.04 0.11 0.03 0.15 0.08 0.11 0.06 0.02 0.12 0.04 0.14 0.08 0.05 0.04 0.19 0.03 0.02 0.03
C4' 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.10 0.05 0.09 0.06 0.05 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.10 0.18 0.09 0.07 0.10 0.07 0.03 0.06
C5 0.05 0.12 0.12 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.03 0.01 0.20 0.13 0.07 0.03 0.15 0.03 0.02 0.04 0.12 0.03 0.04 0.04
C5' 0.01 0.12 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.01 0.09 0.18 0.11 0.01 0.04 0.10 0.17 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00
C6 0.07 0.13 0.14 0.09 0.06 0.08 0.03 0.08 0.05 0.03 0.03 0.19 0.15 0.07 0.04 0.15 0.01 0.06 0.07 0.11 0.06 0.06 0.06
C8 0.04 0.12 0.12 0.04 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.21 0.12 0.05 0.04 0.15 0.06 0.01 0.03 0.10 0.03 0.05 0.04
N1 0.00 0.01 0.10 0.05 0.06 0.02 0.13 0.02 0.15 0.11 0.10 0.05 0.02 0.16 0.05 0.14 0.02 0.01 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01
N2 0.17 0.21 0.04 0.10 0.22 0.15 0.24 0.15 0.25 0.21 0.24 0.17 0.21 0.23 0.20 0.09 0.14 0.19 0.17 0.25 0.13 0.14 0.15
N3 0.08 0.14 0.03 0.05 0.13 0.10 0.18 0.09 0.21 0.14 0.20 0.09 0.09 0.17 0.10 0.12 0.12 0.12 0.10 0.23 0.08 0.08 0.09
N7 0.07 0.19 0.14 0.07 0.09 0.06 0.02 0.08 0.01 0.01 0.10 0.28 0.18 0.02 0.07 0.15 0.03 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08 0.08
N9 0.00 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.09 0.03 0.12 0.06 0.08 0.09 0.04 0.10 0.02 0.14 0.09 0.05 0.03 0.17 0.02 0.01 0.02
O2' 0.06 0.23 0.05 0.04 0.16 0.11 0.23 0.12 0.30 0.14 0.31 0.25 0.13 0.21 0.11 0.17 0.08 0.14 0.14 0.35 0.09 0.13 0.13
O3' 0.05 0.00 0.12 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.07 0.03 0.06 0.04 0.04 0.21 0.05 0.01 0.02 0.15 0.00 0.01 0.01
O4' 0.07 0.01 0.01 0.10 0.05 0.14 0.08 0.12 0.09 0.08 0.05 0.05 0.00 0.10 0.06 0.07 0.21 0.12 0.10 0.12 0.10 0.05 0.08
O5' 0.21 0.08 0.16 0.26 0.17 0.27 0.20 0.25 0.19 0.23 0.12 0.00 0.10 0.24 0.20 0.13 0.36 0.25 0.24 0.21 0.26 0.20 0.23
O6 0.13 0.22 0.19 0.15 0.15 0.15 0.06 0.16 0.05 0.03 0.13 0.25 0.22 0.01 0.12 0.15 0.06 0.13 0.15 0.02 0.12 0.13 0.14
OP1 0.05 0.01 0.17 0.11 0.02 0.05 0.11 0.06 0.16 0.07 0.10 0.08 0.05 0.13 0.00 0.22 0.04 0.01 0.05 0.25 0.10 0.10 0.08
OP2 0.04 0.10 0.02 0.05 0.01 0.06 0.08 0.05 0.08 0.11 0.02 0.20 0.08 0.13 0.04 0.03 0.14 0.06 0.05 0.13 0.07 0.04 0.05
P 0.09 0.02 0.01 0.08 0.09 0.11 0.15 0.10 0.17 0.16 0.10 0.06 0.02 0.19 0.10 0.03 0.17 0.12 0.10 0.23 0.09 0.06 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.09 0.08
C2 0.04 0.00 0.03 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.17 0.11 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.11 0.10 0.10
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.08 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02
C4 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.04 0.03 0.00 0.04 0.06 0.04
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.06 0.14 0.10 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
C5' 0.02 0.09 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.10 0.04 0.12 0.09 0.10 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02
C8 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.09 0.07 0.01 0.01 0.05 0.02
N1 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.15 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02
N2 0.05 0.00 0.04 0.08 0.00 0.14 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.19 0.13 0.10 0.00 0.09 0.06 0.09
N3 0.04 0.00 0.02 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.16 0.11 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09
N7 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.06 0.09 0.01 0.04 0.00 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.05 0.12 0.09 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.14 0.14 0.13
O3' 0.06 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.00 0.11 0.02 0.15 0.19 0.16 0.04 0.06 0.02 0.00 0.04 0.03 0.09 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.07 0.13 0.11 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04
O5' 0.06 0.08 0.08 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.07 0.03 0.10 0.09 0.09 0.02 0.09 0.03 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.05 0.04 0.07
OP1 0.07 0.07 0.11 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.09 0.04 0.05 0.14 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.06 0.10 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.08 0.00 0.08 0.14 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.07 0.10 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.09 0.06 0.05 0.13 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00