ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55431

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C3' A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N2 A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O3' A 0, 0.000, 0.053, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.053 std_dev=0.053
O2' A 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.000, 0.068, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.068 std_dev=0.068
N2 B 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C5' A 0, 0.000, 0.105, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C2 B 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O5' A 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
N1 B 0, 0.000, 0.151, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.151
N3 B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
P A 0, 0.000, 0.201, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.201 std_dev=0.201
OP1 B 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
OP2 B 0, 0.000, 0.237, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.237 std_dev=0.237
P B 0, 0.000, 0.242, 0.484, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.242 std_dev=0.242
C6 B 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
O5' B 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C4 B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
OP2 A 0, 0.000, 0.269, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C5' B 0, 0.000, 0.277, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.277 std_dev=0.277
O6 B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C5 B 0, 0.000, 0.300, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.300 std_dev=0.300
OP1 A 0, 0.000, 0.305, 0.610, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.305 std_dev=0.305
C4' B 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C1' B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C3' B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C2' B 0, 0.000, 0.321, 0.641, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.321 std_dev=0.321
N9 B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
O3' B 0, 0.000, 0.328, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.328 std_dev=0.328
O2' B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O4' B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
N7 B 0, 0.000, 0.401, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C8 B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.13 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.16 0.09
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.17 0.10
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.15 0.09
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.08
N2 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.11 0.03
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.10 0.04
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.11 0.17 0.11
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.06
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04
O5' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.18 0.11
OP1 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.03 0.10 0.09 0.07 0.01 0.01 0.11 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.13 0.05 0.03 0.13 0.04 0.16 0.01 0.17 0.15 0.15 0.11 0.10 0.17 0.12 0.05 0.05 0.08 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.08 0.03 0.04 0.11 0.06 0.02 0.02 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.01 0.04 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.07 0.03 0.03 0.03 0.08 0.06 0.01 0.10 0.07 0.01 0.08 0.02 0.04 0.01
C2 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.13 0.07 0.02 0.03 0.01 0.07 0.03
C2' 0.05 0.02 0.03 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.04 0.02 0.03 0.08 0.06 0.01 0.09 0.06 0.01 0.09 0.01 0.04 0.01
C3' 0.04 0.02 0.03 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.04 0.01 0.03 0.07 0.05 0.00 0.09 0.05 0.00 0.09 0.01 0.04 0.01
C4 0.08 0.01 0.05 0.09 0.06 0.10 0.06 0.07 0.03 0.08 0.00 0.06 0.03 0.07 0.07 0.02 0.12 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01
C4' 0.06 0.01 0.04 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.08 0.04 0.02 0.03 0.08 0.06 0.02 0.11 0.06 0.01 0.09 0.02 0.04 0.00
C5 0.13 0.01 0.10 0.13 0.11 0.14 0.10 0.09 0.05 0.14 0.01 0.04 0.07 0.12 0.13 0.08 0.16 0.13 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01
C5' 0.06 0.01 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.09 0.02 0.04 0.03 0.09 0.07 0.03 0.12 0.07 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01
C6 0.16 0.00 0.13 0.16 0.11 0.16 0.08 0.12 0.02 0.15 0.02 0.04 0.06 0.11 0.15 0.12 0.19 0.16 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02
C8 0.11 0.03 0.09 0.11 0.11 0.12 0.12 0.08 0.10 0.14 0.05 0.03 0.07 0.14 0.12 0.07 0.14 0.12 0.03 0.11 0.03 0.02 0.01
N1 0.12 0.03 0.08 0.14 0.04 0.15 0.02 0.10 0.02 0.07 0.04 0.05 0.02 0.04 0.08 0.05 0.19 0.13 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00
N2 0.03 0.06 0.07 0.01 0.05 0.04 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.14 0.07 0.01 0.07 0.06 0.05 0.11 0.08
N3 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.03 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04
N7 0.14 0.04 0.11 0.13 0.13 0.14 0.14 0.10 0.10 0.17 0.04 0.03 0.08 0.16 0.15 0.10 0.16 0.14 0.05 0.10 0.04 0.01 0.02
N9 0.08 0.01 0.05 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06 0.09 0.02 0.05 0.04 0.09 0.08 0.04 0.12 0.09 0.01 0.07 0.02 0.04 0.01
O2' 0.03 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03 0.08 0.05 0.06 0.00 0.03 0.07 0.04 0.01 0.06 0.04 0.00 0.10 0.00 0.05 0.02
O3' 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.08 0.00 0.05 0.02
O4' 0.07 0.01 0.05 0.09 0.06 0.10 0.07 0.07 0.06 0.08 0.03 0.03 0.04 0.09 0.07 0.02 0.12 0.08 0.01 0.08 0.02 0.03 0.00
O5' 0.07 0.01 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.06 0.05 0.10 0.01 0.06 0.03 0.10 0.08 0.05 0.13 0.08 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01
O6 0.19 0.00 0.18 0.19 0.12 0.19 0.10 0.14 0.02 0.20 0.02 0.04 0.07 0.15 0.19 0.18 0.21 0.19 0.08 0.01 0.07 0.01 0.05
OP1 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.07 0.01 0.05 0.03 0.01 0.10 0.04 0.05 0.03 0.05 0.12 0.07
OP2 0.03 0.11 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.05 0.00 0.10 0.16 0.08 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.12 0.02 0.12 0.17 0.14
P 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.10 0.02 0.05 0.03 0.01 0.09 0.03 0.05 0.03 0.05 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.03 0.03 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03
C4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.09 0.07
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.12 0.11
C5' 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.05 0.10 0.02 0.02 0.00 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.13 0.10
C8 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.11 0.01 0.10 0.11 0.12
N1 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.10 0.07
N2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03
N3 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.05
N7 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.11 0.01 0.12 0.14 0.13
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.07 0.07
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.04 0.05
O3' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
O5' 0.04 0.02 0.06 0.05 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.11 0.04 0.01 0.03 0.11 0.07 0.06 0.05 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.16 0.13
OP1 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.10 0.06 0.01 0.03 0.12 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.07 0.03 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.13 0.11 0.10 0.06 0.07 0.14 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.04 0.03 0.07 0.01 0.11 0.01 0.10 0.12 0.07 0.03 0.05 0.13 0.07 0.05 0.04 0.00 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00