ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55435

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 5, 9, 8, 20, 11, 5, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.010, 0.015, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.016, 0.028, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.023, 0.040, 0.056, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.018, 0.039, 0.060, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.039 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.028, 0.054, 0.080, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.054 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.023, 0.054, 0.085, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.054 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.033, 0.065, 0.097, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.065 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.024, 0.069, 0.113, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.069 std_dev=0.044
C8 A 0, 0.031, 0.086, 0.141, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.086 std_dev=0.055
C2 B 0, 0.514, 0.720, 0.925, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.720 std_dev=0.206
N3 B 0, 0.450, 0.657, 0.864, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.657 std_dev=0.207
O4 B 0, 0.619, 0.847, 1.074, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.847 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.531, 0.760, 0.989, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.760 std_dev=0.229
C4 B 0, 0.480, 0.714, 0.948, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.714 std_dev=0.234
C1' B 0, 0.687, 0.943, 1.198, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.943 std_dev=0.255
O2 B 0, 0.563, 0.839, 1.116, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.839 std_dev=0.277
C2' B 0, 0.759, 1.043, 1.326, 1.563 max_d=1.563 avg_d=1.043 std_dev=0.283
O2' B 0, 0.914, 1.206, 1.498, 1.837 max_d=1.837 avg_d=1.206 std_dev=0.292
O4' B 0, 0.714, 1.011, 1.308, 1.602 max_d=1.602 avg_d=1.011 std_dev=0.297
C5 B 0, 0.401, 0.740, 1.079, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.740 std_dev=0.339
C6 B 0, 0.385, 0.726, 1.067, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.726 std_dev=0.341
C3' B 0, 0.846, 1.211, 1.576, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.211 std_dev=0.365
C4' B 0, 0.828, 1.227, 1.627, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.227 std_dev=0.399
C5' B 0, 0.897, 1.342, 1.787, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.342 std_dev=0.445
O5' B 0, 0.839, 1.300, 1.762, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.300 std_dev=0.462
O3' B 0, 0.913, 1.395, 1.878, 2.369 max_d=2.369 avg_d=1.395 std_dev=0.483
O4' A 0, 0.378, 0.967, 1.557, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.967 std_dev=0.590
C2' A 0, 0.315, 0.917, 1.519, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.917 std_dev=0.602
O5' A 0, 0.743, 1.352, 1.962, 3.558 max_d=3.558 avg_d=1.352 std_dev=0.610
P B 0, 1.248, 1.968, 2.687, 3.263 max_d=3.263 avg_d=1.968 std_dev=0.720
P A 0, 1.002, 1.864, 2.726, 4.200 max_d=4.200 avg_d=1.864 std_dev=0.862
C3' A 0, 0.281, 1.149, 2.018, 2.408 max_d=2.408 avg_d=1.149 std_dev=0.868
C4' A 0, 0.457, 1.383, 2.310, 2.578 max_d=2.578 avg_d=1.383 std_dev=0.927
OP2 A 0, 1.090, 2.026, 2.962, 4.087 max_d=4.087 avg_d=2.026 std_dev=0.936
O2' A 0, 0.558, 1.533, 2.508, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.533 std_dev=0.975
OP2 B 0, 1.713, 2.710, 3.707, 4.054 max_d=4.054 avg_d=2.710 std_dev=0.997
O3' A 0, 0.242, 1.269, 2.296, 2.659 max_d=2.659 avg_d=1.269 std_dev=1.027
OP1 B 0, 0.837, 1.897, 2.957, 3.839 max_d=3.839 avg_d=1.897 std_dev=1.060
OP1 A 0, 1.381, 2.588, 3.795, 4.913 max_d=4.913 avg_d=2.588 std_dev=1.207
C5' A 0, 0.857, 2.200, 3.544, 3.968 max_d=3.968 avg_d=2.200 std_dev=1.344

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.37 0.01 0.18 0.02 0.23 0.75 0.40
C2 0.02 0.00 0.30 0.13 0.01 0.24 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.45 0.35 0.31 0.01 0.19 0.93 0.37
C2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.15 0.01 0.05 0.21 0.11 0.20 0.22 0.37 0.30 0.13 0.02 0.01 0.05 0.02 0.46 0.07 0.62 0.47 0.44
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.20 0.01 0.30 0.03 0.29 0.37 0.21 0.09 0.10 0.39 0.22 0.01 0.01 0.01 0.32 0.34 0.54 0.49 0.34
C4 0.01 0.01 0.15 0.20 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.26 0.18 0.19 0.01 0.37 1.07 0.55
C4' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.07 0.31 0.14 0.33 0.23 0.26 0.10 0.31 0.02 0.01 0.02 0.10 0.26 0.41 0.10
C5 0.01 0.01 0.05 0.30 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.11 0.07 0.22 0.01 0.68 1.30 0.78
C5' 0.05 0.29 0.21 0.03 0.12 0.01 0.15 0.00 0.14 0.37 0.19 0.39 0.27 0.33 0.11 0.08 0.27 0.02 0.02 0.18 0.17 0.31 0.02
C6 0.02 0.00 0.11 0.29 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.16 0.14 0.19 0.00 0.67 1.28 0.74
C8 0.01 0.01 0.20 0.37 0.00 0.31 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.53 0.12 0.21 0.44 0.02 0.87 1.40 0.98
N1 0.02 0.00 0.22 0.21 0.01 0.14 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.31 0.26 0.23 0.01 0.40 1.10 0.54
N2 0.02 0.00 0.37 0.09 0.01 0.33 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.56 0.42 0.41 0.01 0.22 0.81 0.25
N3 0.02 0.00 0.30 0.10 0.00 0.23 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.47 0.35 0.29 0.01 0.17 0.87 0.33
N7 0.01 0.01 0.13 0.39 0.00 0.26 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.52 0.12 0.12 0.40 0.02 0.99 1.50 1.03
N9 0.00 0.01 0.02 0.22 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.16 0.02 0.23 0.02 0.44 1.07 0.64
O2' 0.02 0.21 0.01 0.01 0.12 0.31 0.30 0.08 0.25 0.53 0.11 0.37 0.23 0.52 0.24 0.00 0.07 0.23 0.44 0.34 0.61 0.60 0.53
O3' 0.37 0.45 0.05 0.01 0.26 0.02 0.11 0.27 0.16 0.12 0.31 0.56 0.47 0.12 0.16 0.07 0.00 0.24 0.23 0.10 0.44 0.53 0.29
O4' 0.01 0.35 0.02 0.01 0.18 0.01 0.07 0.02 0.14 0.21 0.26 0.42 0.35 0.12 0.02 0.23 0.24 0.00 0.12 0.10 0.13 0.73 0.41
O5' 0.18 0.31 0.46 0.32 0.19 0.02 0.22 0.02 0.19 0.44 0.23 0.41 0.29 0.40 0.23 0.44 0.23 0.12 0.00 0.22 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.34 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.34 0.10 0.10 0.22 0.00 0.86 1.38 0.86
OP1 0.23 0.19 0.62 0.54 0.37 0.26 0.68 0.17 0.67 0.87 0.40 0.22 0.17 0.99 0.44 0.61 0.44 0.13 0.01 0.86 0.00 0.01 0.01
OP2 0.75 0.93 0.47 0.49 1.07 0.41 1.30 0.31 1.28 1.40 1.10 0.81 0.87 1.50 1.07 0.60 0.53 0.73 0.02 1.38 0.01 0.00 0.00
P 0.40 0.37 0.44 0.34 0.55 0.10 0.78 0.02 0.74 0.98 0.54 0.25 0.33 1.03 0.64 0.53 0.29 0.41 0.00 0.86 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.14 0.33 0.36 0.17 0.37 0.24 0.55 0.24 0.18 0.15 0.17 0.35 0.34 0.24 0.29 0.68 0.90 1.03 0.88
C2 0.25 0.18 0.30 0.31 0.24 0.24 0.28 0.23 0.23 0.19 0.13 0.27 0.37 0.35 0.36 0.21 0.37 0.50 0.67 0.51
C2' 0.36 0.20 0.54 0.63 0.34 0.64 0.14 0.89 0.24 0.22 0.32 0.23 0.47 0.55 0.56 0.46 1.02 1.31 1.38 1.25
C3' 0.48 0.60 0.43 0.39 0.69 0.38 0.65 0.35 0.57 0.55 0.66 0.59 0.46 0.41 0.72 0.45 0.41 0.76 0.74 0.61
C4 0.22 0.13 0.30 0.31 0.15 0.25 0.24 0.30 0.22 0.16 0.10 0.20 0.35 0.33 0.23 0.20 0.44 0.58 0.70 0.57
C4' 0.43 0.39 0.47 0.48 0.42 0.42 0.47 0.40 0.46 0.42 0.39 0.38 0.50 0.49 0.43 0.43 0.45 0.76 0.67 0.59
C5 0.26 0.13 0.32 0.33 0.16 0.27 0.24 0.23 0.24 0.19 0.08 0.21 0.38 0.36 0.23 0.24 0.32 0.41 0.50 0.39
C5' 0.67 0.55 0.70 0.74 0.57 0.72 0.69 0.70 0.72 0.64 0.51 0.51 0.67 0.72 0.53 0.71 0.71 0.94 0.69 0.74
C6 0.32 0.17 0.35 0.37 0.19 0.34 0.23 0.24 0.24 0.24 0.08 0.26 0.41 0.42 0.27 0.30 0.26 0.30 0.41 0.31
C8 0.22 0.12 0.32 0.34 0.19 0.29 0.26 0.36 0.23 0.14 0.15 0.18 0.35 0.35 0.24 0.22 0.45 0.60 0.63 0.55
N1 0.30 0.19 0.33 0.35 0.23 0.30 0.25 0.21 0.22 0.22 0.12 0.29 0.40 0.40 0.35 0.27 0.29 0.36 0.51 0.38
N2 0.25 0.20 0.30 0.30 0.27 0.24 0.30 0.22 0.23 0.20 0.16 0.29 0.37 0.36 0.41 0.20 0.38 0.51 0.71 0.53
N3 0.22 0.15 0.30 0.30 0.20 0.24 0.28 0.31 0.23 0.17 0.11 0.23 0.36 0.32 0.29 0.19 0.46 0.62 0.78 0.62
N7 0.25 0.12 0.32 0.34 0.19 0.28 0.28 0.25 0.29 0.18 0.14 0.18 0.36 0.36 0.22 0.24 0.30 0.40 0.42 0.35
N9 0.22 0.12 0.31 0.33 0.15 0.30 0.23 0.41 0.21 0.15 0.13 0.18 0.35 0.33 0.22 0.23 0.54 0.71 0.81 0.68
O2' 1.12 0.73 1.20 1.32 0.56 1.46 0.94 1.75 1.13 1.00 0.54 0.66 0.97 1.19 0.35 1.32 1.86 2.03 2.18 2.08
O3' 0.34 0.35 0.34 0.34 0.39 0.34 0.40 0.36 0.38 0.35 0.37 0.35 0.35 0.34 0.41 0.36 0.40 0.69 0.69 0.56
O4' 0.25 0.16 0.34 0.36 0.20 0.28 0.21 0.30 0.20 0.18 0.17 0.20 0.42 0.40 0.29 0.22 0.40 0.68 0.72 0.59
O5' 0.67 0.56 0.66 0.68 0.63 0.67 0.77 0.63 0.79 0.67 0.55 0.50 0.63 0.68 0.58 0.70 0.61 0.55 0.54 0.58
O6 0.40 0.18 0.40 0.44 0.19 0.45 0.23 0.35 0.27 0.29 0.11 0.27 0.43 0.49 0.26 0.40 0.26 0.22 0.29 0.25
OP1 1.52 1.15 1.62 1.76 0.93 1.67 1.15 1.57 1.34 1.34 0.96 1.16 1.61 1.84 0.75 1.57 1.45 1.33 1.04 1.26
OP2 1.84 1.69 1.82 1.75 1.58 1.73 1.72 1.56 1.84 1.81 1.59 1.65 1.79 1.76 1.42 1.82 1.48 1.07 1.13 1.22
P 1.40 1.17 1.44 1.48 1.05 1.42 1.23 1.31 1.36 1.32 1.05 1.14 1.44 1.52 0.89 1.42 1.22 1.01 0.91 1.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.13 0.14 0.10
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.09 0.01 0.08 0.14 0.13 0.32 0.19
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.07 0.02 0.05 0.10 0.00 0.02 0.04 0.02 0.13 0.22 0.24 0.18
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.29 0.30 0.21
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.02 0.24 0.29 0.53 0.35
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.04 0.10 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.18 0.07 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.01 0.06 0.28 0.35 0.55 0.40
C5' 0.04 0.08 0.07 0.02 0.14 0.00 0.19 0.00 0.19 0.09 0.10 0.10 0.06 0.05 0.15 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.05 0.01 0.08 0.27 0.29 0.43 0.34
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.17 0.17 0.30 0.21
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.09 0.01 0.06 0.18 0.19 0.43 0.27
O2 0.03 0.00 0.10 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.13 0.01 0.13 0.09 0.10 0.24 0.13
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.06 0.01 0.11 0.06 0.13 0.03 0.11 0.21 0.00 0.04 0.08 0.01 0.15 0.29 0.36 0.25
O3' 0.06 0.09 0.02 0.01 0.07 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.09 0.13 0.04 0.00 0.07 0.06 0.09 0.35 0.34 0.23
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.03 0.25 0.33 0.58 0.39
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.13 0.01 0.06 0.03 0.00 0.10 0.05 0.22 0.14
O5' 0.10 0.14 0.13 0.09 0.24 0.01 0.28 0.01 0.27 0.17 0.18 0.09 0.15 0.09 0.25 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.13 0.22 0.29 0.29 0.18 0.35 0.09 0.29 0.17 0.19 0.10 0.29 0.35 0.33 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.32 0.24 0.30 0.53 0.07 0.55 0.03 0.43 0.30 0.43 0.24 0.36 0.34 0.58 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.19 0.18 0.21 0.35 0.05 0.40 0.01 0.34 0.21 0.27 0.13 0.25 0.23 0.39 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00