ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55438

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 10, 6, 5, 2, 2, 3, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.015, 0.024, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.027, 0.044, 0.061, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.044 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.021, 0.039, 0.056, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.011, 0.034, 0.058, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.034 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.025 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.031, 0.092, 0.153, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.092 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.043, 0.120, 0.197, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.120 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.070, 0.167, 0.264, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.167 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.104, 0.209, 0.313, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.209 std_dev=0.104
C3' A 0, 0.056, 0.167, 0.278, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.167 std_dev=0.111
C3' B 0, 0.139, 0.284, 0.429, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.284 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.063, 0.217, 0.371, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.217 std_dev=0.154
C5' A 0, 0.097, 0.253, 0.409, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.253 std_dev=0.156
C2' B 0, 0.065, 0.230, 0.395, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.230 std_dev=0.165
O3' A 0, 0.083, 0.256, 0.429, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.256 std_dev=0.173
OP2 A 0, 0.090, 0.275, 0.459, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.275 std_dev=0.185
C4' B 0, 0.170, 0.361, 0.552, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.361 std_dev=0.191
P A 0, 0.063, 0.254, 0.445, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.254 std_dev=0.191
O2' B 0, 0.105, 0.296, 0.488, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.296 std_dev=0.191
O3' B 0, 0.146, 0.339, 0.531, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.339 std_dev=0.193
O5' B 0, 0.157, 0.356, 0.556, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.356 std_dev=0.199
C1' B 0, 0.077, 0.293, 0.508, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.293 std_dev=0.215
N1 B 0, 0.070, 0.289, 0.508, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.289 std_dev=0.219
P B 0, 0.173, 0.398, 0.622, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.398 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.099, 0.328, 0.558, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.328 std_dev=0.230
C6 B 0, 0.075, 0.306, 0.536, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.306 std_dev=0.230
N3 B 0, 0.102, 0.346, 0.589, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.346 std_dev=0.243
OP1 A 0, 0.043, 0.288, 0.533, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.288 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.124, 0.369, 0.614, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.369 std_dev=0.245
OP2 B 0, 0.148, 0.394, 0.639, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.394 std_dev=0.245
OP1 B 0, 0.227, 0.480, 0.733, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.480 std_dev=0.253
O2 B 0, 0.131, 0.386, 0.640, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.386 std_dev=0.254
C5 B 0, 0.064, 0.329, 0.594, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.329 std_dev=0.265
C5' B 0, 0.199, 0.467, 0.735, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.467 std_dev=0.268
C4 B 0, 0.063, 0.334, 0.606, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.334 std_dev=0.272
O4 B 0, 0.114, 0.404, 0.695, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.404 std_dev=0.290

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.02 0.06 0.02 0.08 0.11 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.08 0.10 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.09 0.07 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.11 0.09 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.11 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.02 0.09 0.12 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.07 0.03 0.06 0.01 0.09 0.12 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.08 0.11 0.08
N1 0.03 0.01 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02 0.06 0.01 0.09 0.11 0.08
N2 0.04 0.00 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.03 0.06 0.02 0.09 0.11 0.07
N3 0.04 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.06 0.02 0.08 0.11 0.07
N7 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.09 0.12 0.08
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.07 0.10 0.07
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.08 0.02 0.10 0.13 0.09 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.10 0.06 0.04
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05 0.09 0.12 0.09 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.09 0.07 0.16 0.15 0.11
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.08 0.06
O5' 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.02 0.09 0.05 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.08 0.07 0.04 0.07 0.00 0.10 0.13 0.09
OP1 0.06 0.08 0.09 0.11 0.08 0.06 0.09 0.04 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.16 0.04 0.02 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.07 0.09 0.11 0.02 0.12 0.01 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.06 0.15 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.04 0.06 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.04 0.11 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.12 0.10 0.14 0.15 0.09 0.20 0.11 0.15 0.09 0.13 0.19 0.12 0.19 0.21 0.07 0.20 0.23 0.24 0.20
C2 0.16 0.14 0.14 0.17 0.23 0.14 0.29 0.16 0.26 0.19 0.14 0.18 0.15 0.21 0.23 0.16 0.21 0.23 0.25 0.21
C2' 0.10 0.15 0.13 0.15 0.13 0.10 0.16 0.11 0.12 0.10 0.16 0.22 0.14 0.20 0.17 0.09 0.21 0.23 0.24 0.20
C3' 0.10 0.17 0.11 0.14 0.13 0.09 0.12 0.10 0.09 0.10 0.19 0.23 0.12 0.17 0.19 0.08 0.21 0.24 0.24 0.21
C4 0.08 0.10 0.10 0.14 0.17 0.10 0.25 0.12 0.20 0.10 0.10 0.17 0.11 0.19 0.20 0.08 0.20 0.23 0.24 0.20
C4' 0.07 0.14 0.09 0.12 0.13 0.08 0.14 0.09 0.11 0.08 0.17 0.20 0.10 0.16 0.19 0.07 0.19 0.23 0.22 0.19
C5 0.06 0.12 0.08 0.13 0.15 0.09 0.22 0.12 0.18 0.07 0.14 0.18 0.09 0.18 0.19 0.05 0.20 0.24 0.24 0.20
C5' 0.07 0.16 0.08 0.11 0.16 0.08 0.13 0.09 0.10 0.08 0.19 0.21 0.09 0.14 0.23 0.08 0.19 0.24 0.22 0.19
C6 0.07 0.11 0.08 0.15 0.12 0.11 0.21 0.14 0.19 0.08 0.12 0.19 0.10 0.19 0.14 0.06 0.20 0.23 0.23 0.20
C8 0.06 0.13 0.06 0.11 0.18 0.08 0.21 0.10 0.16 0.08 0.17 0.18 0.08 0.15 0.25 0.07 0.19 0.24 0.23 0.20
N1 0.13 0.10 0.13 0.17 0.17 0.13 0.26 0.16 0.24 0.15 0.08 0.17 0.13 0.21 0.16 0.12 0.21 0.23 0.24 0.21
N2 0.21 0.21 0.17 0.18 0.28 0.17 0.31 0.19 0.29 0.24 0.22 0.22 0.17 0.22 0.27 0.21 0.23 0.23 0.25 0.22
N3 0.13 0.12 0.13 0.15 0.22 0.12 0.28 0.15 0.24 0.15 0.12 0.17 0.13 0.21 0.24 0.13 0.21 0.23 0.25 0.21
N7 0.07 0.15 0.06 0.11 0.19 0.09 0.21 0.12 0.16 0.09 0.19 0.19 0.08 0.15 0.25 0.08 0.19 0.25 0.24 0.20
N9 0.07 0.11 0.08 0.12 0.16 0.08 0.22 0.11 0.17 0.08 0.13 0.17 0.10 0.18 0.22 0.06 0.19 0.23 0.24 0.20
O2' 0.13 0.17 0.16 0.17 0.12 0.12 0.15 0.11 0.12 0.11 0.16 0.24 0.17 0.22 0.16 0.10 0.22 0.23 0.24 0.20
O3' 0.13 0.20 0.14 0.15 0.15 0.10 0.10 0.11 0.09 0.13 0.22 0.25 0.14 0.17 0.18 0.10 0.23 0.25 0.26 0.22
O4' 0.07 0.12 0.08 0.12 0.14 0.08 0.19 0.10 0.14 0.07 0.14 0.18 0.10 0.17 0.21 0.06 0.18 0.23 0.22 0.19
O5' 0.09 0.19 0.08 0.11 0.22 0.09 0.16 0.10 0.11 0.11 0.24 0.23 0.09 0.14 0.30 0.11 0.20 0.25 0.22 0.20
O6 0.09 0.16 0.09 0.15 0.12 0.13 0.16 0.16 0.16 0.10 0.16 0.21 0.10 0.18 0.14 0.08 0.20 0.24 0.22 0.20
OP1 0.11 0.20 0.10 0.11 0.21 0.10 0.13 0.12 0.10 0.12 0.24 0.23 0.11 0.13 0.28 0.11 0.19 0.26 0.22 0.21
OP2 0.14 0.24 0.11 0.13 0.27 0.14 0.19 0.16 0.15 0.17 0.28 0.26 0.12 0.14 0.35 0.16 0.21 0.29 0.24 0.23
P 0.11 0.21 0.09 0.12 0.23 0.11 0.15 0.13 0.12 0.13 0.25 0.24 0.10 0.13 0.30 0.12 0.20 0.28 0.23 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.13 0.10 0.09
C2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.06 0.18 0.18 0.20 0.17
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.13 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.08 0.11 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.09 0.10 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.10 0.14 0.10
C4 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.25 0.26 0.30 0.25
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.09 0.06 0.01
C5 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.26 0.27 0.30 0.27
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.05 0.07 0.07 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.13 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.24 0.23 0.22 0.22
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.18 0.18 0.17 0.16
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.01 0.05 0.22 0.22 0.26 0.21
O2 0.02 0.01 0.13 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.13 0.02 0.09 0.15 0.15 0.18 0.14
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.06 0.01 0.04 0.10 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.08 0.10 0.04
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.09 0.02 0.07 0.02 0.06 0.04 0.11 0.13 0.03 0.00 0.11 0.01 0.19 0.19 0.21 0.19
O4 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.11 0.00 0.04 0.26 0.29 0.34 0.28
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.09 0.03 0.01 0.04 0.00 0.15 0.17 0.12 0.13
O5' 0.11 0.18 0.04 0.09 0.25 0.01 0.26 0.01 0.24 0.18 0.22 0.15 0.03 0.19 0.26 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.13 0.18 0.08 0.10 0.26 0.09 0.27 0.13 0.23 0.18 0.22 0.15 0.08 0.19 0.29 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.20 0.11 0.14 0.30 0.06 0.30 0.05 0.22 0.17 0.26 0.18 0.10 0.21 0.34 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.17 0.05 0.10 0.25 0.01 0.27 0.01 0.22 0.16 0.21 0.14 0.04 0.19 0.28 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00