ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55439

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 23, 5, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.020, 0.036, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.032 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.013, 0.033, 0.054, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.036 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.024, 0.046, 0.069, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.046 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.025, 0.052, 0.079, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.052 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.015, 0.050, 0.084, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.050 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.018, 0.059, 0.101, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.059 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.445, 0.564, 0.682, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.564 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.463, 0.583, 0.703, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.583 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.443, 0.588, 0.733, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.588 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.385, 0.531, 0.677, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.531 std_dev=0.146
C5 B 0, 0.343, 0.495, 0.648, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.495 std_dev=0.153
P A 0, 0.320, 0.477, 0.634, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.477 std_dev=0.157
C6 B 0, 0.273, 0.432, 0.590, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.432 std_dev=0.159
O3' A 0, 0.241, 0.402, 0.562, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.402 std_dev=0.160
C4 B 0, 0.355, 0.532, 0.708, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.532 std_dev=0.176
N1 B 0, 0.207, 0.391, 0.574, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.391 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.741, 0.927, 1.114, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.927 std_dev=0.186
C3' B 0, 0.568, 0.757, 0.947, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.757 std_dev=0.190
C2' B 0, 0.552, 0.743, 0.933, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.743 std_dev=0.191
O2' A 0, 0.751, 0.942, 1.133, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.942 std_dev=0.191
C1' B 0, 0.580, 0.773, 0.967, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.773 std_dev=0.193
OP1 A 0, 0.370, 0.578, 0.787, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.578 std_dev=0.209
N3 B 0, 0.293, 0.506, 0.718, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.506 std_dev=0.213
O4' B 0, 0.806, 1.026, 1.247, 1.475 max_d=1.475 avg_d=1.026 std_dev=0.221
C2 B 0, 0.239, 0.462, 0.684, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.462 std_dev=0.222
OP2 A 0, 0.252, 0.478, 0.703, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.478 std_dev=0.225
C4' B 0, 0.821, 1.052, 1.282, 1.487 max_d=1.487 avg_d=1.052 std_dev=0.230
O5' B 0, 0.790, 1.023, 1.257, 1.327 max_d=1.327 avg_d=1.023 std_dev=0.233
O3' B 0, 0.699, 0.932, 1.166, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.932 std_dev=0.234
O2' B 0, 0.771, 1.024, 1.276, 1.805 max_d=1.805 avg_d=1.024 std_dev=0.253
O2 B 0, 0.553, 0.812, 1.070, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.812 std_dev=0.258
O4 B 0, 0.608, 0.869, 1.130, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.869 std_dev=0.261
C5' B 0, 0.905, 1.169, 1.434, 1.467 max_d=1.467 avg_d=1.169 std_dev=0.264
P B 0, 0.904, 1.192, 1.480, 1.591 max_d=1.591 avg_d=1.192 std_dev=0.288
OP2 B 0, 0.851, 1.166, 1.480, 1.631 max_d=1.631 avg_d=1.166 std_dev=0.314
C5' A 0, 1.361, 1.683, 2.005, 1.943 max_d=1.943 avg_d=1.683 std_dev=0.322
OP1 B 0, 1.170, 1.613, 2.056, 2.173 max_d=2.173 avg_d=1.613 std_dev=0.443

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.06 0.08 0.01 0.09 0.11 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.09 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.04 0.05 0.01 0.06 0.09 0.07
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.06 0.01 0.06 0.10 0.07
C5' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.08 0.10 0.07 0.04 0.03 0.03 0.12 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.05 0.07 0.00 0.08 0.11 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.07
N1 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.06 0.08 0.01 0.08 0.11 0.08
N2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.07 0.09 0.02 0.12 0.13 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06 0.01 0.07 0.10 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.02 0.05 0.01 0.06 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.13 0.02 0.04 0.01 0.05 0.09 0.07
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.03 0.08 0.06 0.09 0.10 0.07 0.06 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.08 0.10 0.11 0.08
O3' 0.14 0.06 0.04 0.01 0.09 0.03 0.11 0.12 0.09 0.16 0.07 0.08 0.06 0.15 0.13 0.08 0.00 0.09 0.16 0.10 0.23 0.17 0.17
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.02 0.02 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.07 0.09 0.08
O5' 0.03 0.08 0.06 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.08 0.09 0.06 0.05 0.04 0.07 0.16 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.05 0.07 0.00 0.08 0.11 0.09
OP1 0.04 0.09 0.07 0.07 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.06 0.08 0.12 0.07 0.06 0.05 0.10 0.23 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.11 0.08 0.06 0.09 0.03 0.10 0.03 0.11 0.09 0.11 0.13 0.10 0.10 0.09 0.11 0.17 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.06 0.04 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.08 0.17 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.09 0.10 0.14 0.10 0.11 0.15 0.10 0.06 0.16 0.15 0.18 0.11 0.18 0.06 0.14 0.16 0.09 0.12
C2 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.13 0.16 0.22 0.17 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.19 0.26 0.09 0.16
C2' 0.08 0.09 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.14 0.11 0.06 0.13 0.14 0.17 0.08 0.15 0.05 0.11 0.16 0.10 0.09
C3' 0.09 0.12 0.09 0.05 0.13 0.05 0.11 0.11 0.12 0.08 0.16 0.17 0.17 0.07 0.16 0.05 0.07 0.15 0.12 0.07
C4 0.08 0.07 0.11 0.11 0.07 0.13 0.11 0.20 0.12 0.07 0.07 0.11 0.15 0.10 0.09 0.07 0.20 0.24 0.12 0.18
C4' 0.11 0.13 0.10 0.06 0.14 0.06 0.12 0.08 0.13 0.10 0.16 0.17 0.17 0.07 0.16 0.07 0.06 0.13 0.12 0.06
C5 0.09 0.10 0.12 0.12 0.06 0.15 0.09 0.22 0.09 0.08 0.09 0.13 0.15 0.11 0.09 0.10 0.24 0.31 0.21 0.25
C5' 0.13 0.12 0.13 0.07 0.12 0.07 0.14 0.05 0.16 0.12 0.14 0.16 0.16 0.06 0.13 0.10 0.06 0.17 0.17 0.10
C6 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.15 0.10 0.24 0.09 0.08 0.11 0.12 0.12 0.10 0.10 0.12 0.26 0.36 0.25 0.29
C8 0.11 0.11 0.13 0.13 0.14 0.14 0.12 0.20 0.09 0.08 0.14 0.15 0.19 0.13 0.19 0.10 0.21 0.26 0.20 0.22
N1 0.07 0.09 0.09 0.09 0.12 0.14 0.16 0.24 0.14 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.13 0.09 0.23 0.35 0.16 0.25
N2 0.11 0.10 0.12 0.10 0.14 0.13 0.20 0.22 0.21 0.13 0.10 0.10 0.11 0.11 0.13 0.09 0.16 0.23 0.17 0.10
N3 0.09 0.07 0.11 0.09 0.08 0.13 0.14 0.21 0.16 0.09 0.07 0.09 0.12 0.09 0.08 0.07 0.17 0.21 0.08 0.13
N7 0.11 0.12 0.13 0.14 0.12 0.15 0.11 0.21 0.09 0.10 0.12 0.16 0.17 0.13 0.16 0.12 0.24 0.31 0.24 0.26
N9 0.08 0.08 0.11 0.12 0.12 0.12 0.10 0.19 0.09 0.05 0.12 0.12 0.17 0.12 0.16 0.08 0.19 0.22 0.13 0.18
O2' 0.08 0.10 0.10 0.08 0.12 0.09 0.09 0.16 0.10 0.05 0.15 0.15 0.17 0.09 0.18 0.06 0.13 0.19 0.11 0.12
O3' 0.09 0.12 0.09 0.10 0.15 0.10 0.11 0.14 0.12 0.08 0.17 0.16 0.17 0.15 0.21 0.07 0.11 0.17 0.11 0.10
O4' 0.09 0.12 0.09 0.11 0.15 0.09 0.13 0.13 0.13 0.09 0.16 0.15 0.17 0.13 0.17 0.07 0.12 0.13 0.11 0.11
O5' 0.11 0.11 0.12 0.04 0.11 0.03 0.14 0.07 0.16 0.11 0.12 0.14 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.17 0.20 0.10
O6 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.17 0.09 0.25 0.09 0.10 0.13 0.14 0.13 0.11 0.13 0.15 0.28 0.41 0.33 0.34
OP1 0.02 0.09 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.09 0.09 0.03 0.09 0.16 0.07 0.01 0.06 0.04 0.09 0.27 0.25 0.17
OP2 0.04 0.10 0.05 0.04 0.08 0.11 0.11 0.16 0.12 0.06 0.09 0.15 0.05 0.02 0.08 0.08 0.08 0.20 0.27 0.14
P 0.03 0.08 0.05 0.01 0.05 0.05 0.09 0.08 0.10 0.04 0.09 0.15 0.06 0.00 0.06 0.02 0.07 0.22 0.23 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.08 0.06 0.06
C2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.01 0.02 0.10 0.13 0.13 0.11
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.10 0.15 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.13 0.06 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.07 0.03 0.09 0.14 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.16 0.12 0.08
C4 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.02 0.11 0.16 0.17 0.13
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.09 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.11 0.14 0.16 0.12
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03 0.10 0.11 0.12 0.10
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.10 0.10 0.09
N3 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.01 0.01 0.11 0.15 0.16 0.13
O2 0.03 0.01 0.15 0.14 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.18 0.02 0.03 0.10 0.13 0.13 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.09 0.13 0.00 0.05 0.08 0.04 0.04 0.13 0.05 0.04
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.03 0.11 0.18 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.23 0.18 0.13
O4 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.00 0.03 0.11 0.17 0.18 0.14
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.10 0.09
O5' 0.05 0.10 0.05 0.06 0.11 0.01 0.11 0.01 0.10 0.08 0.11 0.10 0.04 0.09 0.11 0.05 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.08 0.13 0.13 0.16 0.16 0.09 0.14 0.07 0.11 0.10 0.15 0.13 0.13 0.23 0.17 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.13 0.06 0.12 0.17 0.03 0.16 0.01 0.12 0.10 0.16 0.13 0.05 0.18 0.18 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.05 0.08 0.13 0.02 0.12 0.02 0.10 0.09 0.13 0.12 0.04 0.13 0.14 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00