ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55440

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 12, 7, 3, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.004, 0.014, 0.031, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.014 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.001, 0.020, 0.039, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.005, 0.032, 0.060, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.032 std_dev=0.028
C2 B 0, 0.193, 0.332, 0.472, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.332 std_dev=0.140
N3 B 0, 0.187, 0.336, 0.486, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.336 std_dev=0.150
N1 B 0, 0.142, 0.302, 0.462, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.302 std_dev=0.160
O4' A 0, -0.064, 0.122, 0.307, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.122 std_dev=0.186
O2 B 0, 0.232, 0.428, 0.624, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.428 std_dev=0.196
C4 B 0, 0.115, 0.320, 0.525, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.320 std_dev=0.205
C1' B 0, 0.165, 0.378, 0.592, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.378 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.081, 0.300, 0.520, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.300 std_dev=0.219
C2' A 0, -0.080, 0.141, 0.362, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.141 std_dev=0.221
C5 B 0, 0.071, 0.312, 0.553, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.312 std_dev=0.241
O4 B 0, 0.093, 0.384, 0.674, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.384 std_dev=0.290
C4' A 0, -0.107, 0.238, 0.584, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.238 std_dev=0.345
C2' B 0, 0.135, 0.521, 0.906, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.521 std_dev=0.385
C5' A 0, -0.162, 0.357, 0.876, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.357 std_dev=0.519
O2' A 0, -0.140, 0.408, 0.955, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.408 std_dev=0.547
C3' A 0, -0.199, 0.426, 1.050, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.426 std_dev=0.624
O4' B 0, -0.068, 0.585, 1.238, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.585 std_dev=0.653
O2' B 0, 0.061, 0.802, 1.542, 2.535 max_d=2.535 avg_d=0.802 std_dev=0.741
C3' B 0, -0.060, 0.751, 1.563, 2.552 max_d=2.552 avg_d=0.751 std_dev=0.811
C4' B 0, -0.134, 0.769, 1.673, 2.982 max_d=2.982 avg_d=0.769 std_dev=0.903
O3' B 0, -0.073, 0.961, 1.995, 3.889 max_d=3.889 avg_d=0.961 std_dev=1.034
O3' A 0, -0.428, 0.735, 1.898, 3.364 max_d=3.364 avg_d=0.735 std_dev=1.163
O5' A 0, -0.414, 0.821, 2.057, 3.893 max_d=3.893 avg_d=0.821 std_dev=1.235
C5' B 0, -0.404, 0.951, 2.305, 4.398 max_d=4.398 avg_d=0.951 std_dev=1.355
O5' B 0, -0.488, 0.931, 2.350, 4.365 max_d=4.365 avg_d=0.931 std_dev=1.419
P A 0, -0.533, 0.997, 2.528, 5.481 max_d=5.481 avg_d=0.997 std_dev=1.530
OP2 A 0, -0.535, 1.133, 2.801, 6.029 max_d=6.029 avg_d=1.133 std_dev=1.668
OP1 A 0, -0.584, 1.149, 2.881, 6.430 max_d=6.430 avg_d=1.149 std_dev=1.733
P B 0, -0.629, 1.171, 2.971, 5.635 max_d=5.635 avg_d=1.171 std_dev=1.800
OP2 B 0, -0.663, 1.302, 3.266, 6.052 max_d=6.052 avg_d=1.302 std_dev=1.964
OP1 B 0, -0.775, 1.427, 3.629, 6.997 max_d=6.997 avg_d=1.427 std_dev=2.202

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.30 0.01 0.28 0.01 0.45 0.26 0.25
C2 0.04 0.00 0.12 0.11 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.27 0.61 0.12 0.51 0.01 0.48 0.56 0.41
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.19 0.06 0.07 0.09 0.14 0.11 0.05 0.02 0.00 0.04 0.02 0.21 0.05 0.54 0.32 0.32
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.16 0.32 0.09 0.19 0.12 0.31 0.15 0.02 0.01 0.02 0.06 0.21 0.49 0.22 0.23
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.35 0.07 0.59 0.01 0.64 0.63 0.53
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.13 0.07 0.13 0.09 0.12 0.05 0.25 0.02 0.00 0.01 0.09 0.25 0.16 0.07
C5 0.01 0.00 0.04 0.19 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.19 0.04 0.76 0.01 0.84 0.89 0.75
C5' 0.08 0.19 0.19 0.01 0.14 0.01 0.15 0.00 0.18 0.12 0.19 0.21 0.17 0.14 0.09 0.08 0.20 0.02 0.01 0.20 0.29 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.28 0.06 0.78 0.01 0.84 0.94 0.76
C8 0.01 0.01 0.07 0.32 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.15 0.07 0.78 0.02 0.94 0.88 0.80
N1 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.47 0.09 0.65 0.01 0.65 0.76 0.59
N2 0.05 0.01 0.14 0.19 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.76 0.15 0.41 0.02 0.36 0.45 0.31
N3 0.04 0.00 0.11 0.12 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.60 0.12 0.44 0.01 0.44 0.46 0.35
N7 0.01 0.00 0.05 0.31 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.12 0.04 0.86 0.02 1.02 1.05 0.91
N9 0.00 0.02 0.02 0.15 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.17 0.01 0.56 0.01 0.67 0.58 0.53
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.22 0.25 0.28 0.08 0.30 0.26 0.29 0.28 0.23 0.29 0.18 0.00 0.05 0.14 0.18 0.32 0.62 0.38 0.35
O3' 0.30 0.61 0.04 0.01 0.35 0.02 0.19 0.20 0.28 0.15 0.47 0.76 0.60 0.12 0.17 0.05 0.00 0.19 0.15 0.21 0.65 0.36 0.31
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.15 0.12 0.04 0.01 0.14 0.19 0.00 0.28 0.06 0.34 0.11 0.14
O5' 0.28 0.51 0.21 0.06 0.59 0.01 0.76 0.01 0.78 0.78 0.65 0.41 0.44 0.86 0.56 0.18 0.15 0.28 0.00 0.86 0.03 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.32 0.21 0.06 0.86 0.00 0.96 1.10 0.89
OP1 0.45 0.48 0.54 0.49 0.64 0.25 0.84 0.29 0.84 0.94 0.65 0.36 0.44 1.02 0.67 0.62 0.65 0.34 0.03 0.96 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.56 0.32 0.22 0.63 0.16 0.89 0.30 0.94 0.88 0.76 0.45 0.46 1.05 0.58 0.38 0.36 0.11 0.02 1.10 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.41 0.32 0.23 0.53 0.07 0.75 0.01 0.76 0.80 0.59 0.31 0.35 0.91 0.53 0.35 0.31 0.14 0.00 0.89 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.10 0.15 0.82 0.09 0.75 0.17 1.02 0.18 0.11 0.11 0.14 0.69 0.81 0.12 0.47 1.26 1.52 1.55 1.42
C2 0.11 0.15 0.24 0.61 0.18 0.37 0.26 0.51 0.19 0.11 0.12 0.24 0.54 0.38 0.24 0.17 0.83 0.97 1.24 0.96
C2' 0.17 0.11 0.15 0.81 0.14 0.83 0.18 1.13 0.19 0.13 0.13 0.12 0.74 0.85 0.18 0.56 1.35 1.63 1.62 1.52
C3' 0.46 0.33 0.63 0.58 0.23 0.68 0.29 1.03 0.39 0.39 0.27 0.35 1.26 0.69 0.20 0.49 1.25 1.68 1.60 1.53
C4 0.08 0.11 0.21 0.68 0.12 0.48 0.22 0.65 0.18 0.08 0.10 0.19 0.57 0.51 0.16 0.24 0.92 1.05 1.22 1.02
C4' 0.33 0.20 0.40 0.80 0.14 0.84 0.22 1.20 0.29 0.26 0.16 0.22 0.96 0.92 0.13 0.56 1.38 1.82 1.66 1.63
C5 0.09 0.11 0.28 0.59 0.17 0.35 0.22 0.46 0.16 0.07 0.11 0.20 0.53 0.37 0.22 0.12 0.70 0.78 0.99 0.78
C5' 0.40 0.26 0.46 1.03 0.17 1.11 0.23 1.50 0.32 0.32 0.20 0.28 0.79 1.19 0.16 0.77 1.60 2.09 1.80 1.83
C6 0.14 0.14 0.33 0.50 0.22 0.23 0.23 0.30 0.15 0.10 0.13 0.25 0.53 0.26 0.30 0.12 0.56 0.61 0.90 0.64
C8 0.07 0.10 0.20 0.74 0.13 0.55 0.19 0.73 0.17 0.08 0.11 0.15 0.61 0.64 0.15 0.28 0.89 1.00 1.06 0.96
N1 0.13 0.15 0.29 0.53 0.21 0.26 0.25 0.35 0.17 0.11 0.12 0.26 0.53 0.28 0.31 0.11 0.66 0.73 1.04 0.75
N2 0.13 0.16 0.23 0.60 0.19 0.37 0.27 0.52 0.21 0.13 0.15 0.26 0.54 0.38 0.25 0.18 0.86 1.02 1.32 1.00
N3 0.11 0.13 0.19 0.68 0.13 0.49 0.25 0.66 0.20 0.11 0.12 0.21 0.57 0.51 0.16 0.26 0.97 1.14 1.35 1.11
N7 0.09 0.12 0.29 0.61 0.16 0.37 0.19 0.50 0.16 0.09 0.13 0.17 0.53 0.42 0.19 0.14 0.66 0.74 0.89 0.73
N9 0.09 0.10 0.17 0.77 0.10 0.61 0.19 0.82 0.17 0.08 0.10 0.15 0.63 0.67 0.12 0.34 1.05 1.21 1.29 1.15
O2' 0.59 0.55 0.33 1.06 0.47 1.17 0.51 1.42 0.57 0.57 0.51 0.55 0.37 1.01 0.41 1.00 1.61 1.82 1.90 1.78
O3' 0.54 0.30 0.80 0.57 0.29 0.66 0.27 0.92 0.37 0.39 0.27 0.32 1.40 0.64 0.41 0.56 1.11 1.48 1.37 1.39
O4' 0.20 0.11 0.26 0.87 0.10 0.81 0.19 1.12 0.21 0.15 0.10 0.15 0.76 0.93 0.15 0.50 1.33 1.67 1.59 1.52
O5' 0.74 0.73 0.90 0.62 0.57 0.75 0.51 1.18 0.58 0.69 0.67 0.79 1.51 0.60 0.52 0.59 1.28 1.94 1.64 1.63
O6 0.19 0.16 0.38 0.42 0.24 0.19 0.22 0.20 0.15 0.13 0.17 0.27 0.56 0.26 0.34 0.23 0.38 0.41 0.74 0.46
OP1 1.23 1.08 1.46 0.95 0.83 0.89 0.81 1.03 0.94 1.09 0.96 1.17 2.04 0.76 0.73 0.92 0.98 1.51 1.32 1.27
OP2 1.19 1.12 1.32 0.80 0.85 0.74 0.80 0.93 0.91 1.09 1.01 1.23 1.93 0.61 0.75 0.84 0.92 1.44 1.23 1.19
P 1.02 0.92 1.20 0.74 0.67 0.75 0.64 1.02 0.76 0.91 0.81 1.01 1.82 0.59 0.58 0.74 1.04 1.63 1.40 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.32 0.01 0.00 0.11 0.14 0.34 0.15
C2 0.02 0.00 0.18 0.15 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.23 0.01 0.20 0.15 0.14 0.42 0.15
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.04 0.01 0.12 0.17 0.17 0.02 0.14 0.30 0.00 0.03 0.05 0.03 0.39 0.41 0.60 0.43
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.32 0.00 0.36 0.02 0.31 0.19 0.24 0.06 0.02 0.01 0.35 0.02 0.16 0.30 0.21 0.14
C4 0.01 0.01 0.04 0.32 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.09 0.01 0.02 0.37 0.44 0.75 0.46
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.11 0.00 0.24 0.00 0.26 0.07 0.05 0.26 0.29 0.02 0.12 0.00 0.01 0.11 0.25 0.08
C5 0.01 0.01 0.12 0.36 0.00 0.24 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.48 0.15 0.01 0.15 0.50 0.60 0.83 0.61
C5' 0.05 0.13 0.17 0.02 0.14 0.00 0.31 0.00 0.32 0.07 0.06 0.31 0.12 0.18 0.15 0.01 0.01 0.14 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.31 0.01 0.26 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.48 0.11 0.01 0.21 0.44 0.49 0.65 0.51
N1 0.00 0.01 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.15 0.01 0.01 0.20 0.20 0.43 0.24
N3 0.02 0.00 0.14 0.24 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.13 0.01 0.14 0.22 0.22 0.56 0.27
O2 0.05 0.00 0.30 0.06 0.01 0.26 0.01 0.31 0.02 0.02 0.01 0.00 0.37 0.39 0.02 0.36 0.19 0.24 0.34 0.15
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.33 0.29 0.48 0.12 0.48 0.20 0.21 0.37 0.00 0.05 0.34 0.18 0.30 0.33 0.64 0.35
O3' 0.32 0.23 0.03 0.01 0.09 0.02 0.15 0.18 0.11 0.15 0.13 0.39 0.05 0.00 0.11 0.20 0.20 0.38 0.12 0.18
O4 0.01 0.01 0.05 0.35 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.11 0.00 0.02 0.41 0.50 0.84 0.52
O4' 0.00 0.20 0.03 0.02 0.02 0.00 0.15 0.01 0.21 0.01 0.14 0.36 0.18 0.20 0.02 0.00 0.08 0.10 0.38 0.22
O5' 0.11 0.15 0.39 0.16 0.37 0.01 0.50 0.01 0.44 0.20 0.22 0.19 0.30 0.20 0.41 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.14 0.14 0.41 0.30 0.44 0.11 0.60 0.14 0.49 0.20 0.22 0.24 0.33 0.38 0.50 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.42 0.60 0.21 0.75 0.25 0.83 0.21 0.65 0.43 0.56 0.34 0.64 0.12 0.84 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.15 0.43 0.14 0.46 0.08 0.61 0.01 0.51 0.24 0.27 0.15 0.35 0.18 0.52 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00