ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55442

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 3, 5, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.026, 0.046, 0.067, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.046 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.029, 0.052, 0.074, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.052 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.026, 0.056, 0.085, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.056 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.026, 0.057, 0.088, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.057 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.030, 0.062, 0.093, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.062 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.030, 0.064, 0.097, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.064 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.039, 0.075, 0.111, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.075 std_dev=0.036
N9 A 0, 0.053, 0.089, 0.126, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.089 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.056, 0.098, 0.139, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.098 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.055, 0.100, 0.146, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.100 std_dev=0.046
N2 A 0, 0.050, 0.133, 0.215, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.133 std_dev=0.082
C2' A 0, 0.084, 0.311, 0.539, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.311 std_dev=0.227
O4' A 0, 0.226, 0.472, 0.717, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.472 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.441, 0.709, 0.976, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.709 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.410, 0.708, 1.006, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.708 std_dev=0.298
C5 B 0, 0.181, 0.503, 0.825, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.503 std_dev=0.322
N1 B 0, 0.321, 0.646, 0.971, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.646 std_dev=0.325
C1' B 0, 0.421, 0.767, 1.113, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.767 std_dev=0.346
O4 B 0, 0.451, 0.798, 1.145, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.798 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.171, 0.533, 0.895, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.533 std_dev=0.362
C2 B 0, 0.645, 1.057, 1.469, 1.595 max_d=1.595 avg_d=1.057 std_dev=0.412
N3 B 0, 0.670, 1.088, 1.506, 1.551 max_d=1.551 avg_d=1.088 std_dev=0.418
O5' B 0, 0.272, 0.731, 1.190, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.731 std_dev=0.459
P B 0, 0.530, 1.036, 1.543, 1.862 max_d=1.862 avg_d=1.036 std_dev=0.506
C4' A 0, 0.508, 1.034, 1.560, 1.933 max_d=1.933 avg_d=1.034 std_dev=0.526
C4' B 0, 0.754, 1.287, 1.819, 2.155 max_d=2.155 avg_d=1.287 std_dev=0.532
C2' B 0, 0.953, 1.486, 2.018, 1.971 max_d=1.971 avg_d=1.486 std_dev=0.533
OP2 B 0, 0.815, 1.383, 1.950, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.383 std_dev=0.567
C5' A 0, 0.623, 1.196, 1.769, 2.818 max_d=2.818 avg_d=1.196 std_dev=0.573
O2 B 0, 0.848, 1.442, 2.037, 2.336 max_d=2.336 avg_d=1.442 std_dev=0.594
O2' A 0, 0.446, 1.054, 1.662, 1.906 max_d=1.906 avg_d=1.054 std_dev=0.608
C5' B 0, 0.928, 1.551, 2.173, 2.545 max_d=2.545 avg_d=1.551 std_dev=0.622
C3' B 0, 0.990, 1.613, 2.237, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.613 std_dev=0.624
O2' B 0, 1.119, 1.779, 2.439, 2.703 max_d=2.703 avg_d=1.779 std_dev=0.660
C3' A 0, 0.485, 1.213, 1.941, 2.063 max_d=2.063 avg_d=1.213 std_dev=0.728
O3' B 0, 1.367, 2.259, 3.152, 3.514 max_d=3.514 avg_d=2.259 std_dev=0.892
O5' A 0, 1.983, 3.156, 4.329, 3.946 max_d=3.946 avg_d=3.156 std_dev=1.173
OP1 B 0, 1.169, 2.460, 3.750, 4.674 max_d=4.674 avg_d=2.460 std_dev=1.291
O3' A 0, 0.819, 2.184, 3.549, 3.859 max_d=3.859 avg_d=2.184 std_dev=1.365
P A 0, 3.042, 4.788, 6.534, 5.799 max_d=5.799 avg_d=4.788 std_dev=1.746
OP2 A 0, 2.736, 4.643, 6.549, 6.413 max_d=6.413 avg_d=4.643 std_dev=1.906
OP1 A 0, 3.666, 5.945, 8.223, 8.212 max_d=8.212 avg_d=5.945 std_dev=2.278

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.11 0.04 0.04 0.05 0.10 0.07 0.03 0.01 0.02 0.39 0.01 0.31 0.04 0.69 0.36 0.30
C2 0.07 0.00 0.21 0.17 0.02 0.10 0.02 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.24 0.52 0.13 0.35 0.02 1.03 0.72 0.38
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.11 0.01 0.08 0.24 0.12 0.10 0.17 0.26 0.20 0.07 0.03 0.01 0.06 0.03 0.51 0.11 0.67 0.37 0.55
C3' 0.03 0.17 0.01 0.00 0.21 0.01 0.33 0.05 0.32 0.40 0.24 0.19 0.15 0.42 0.23 0.02 0.01 0.02 0.14 0.38 0.16 0.21 0.11
C4 0.04 0.02 0.11 0.21 0.00 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.26 0.29 0.07 0.44 0.02 1.10 0.74 0.49
C4' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.07 0.18 0.05 0.16 0.10 0.16 0.08 0.31 0.03 0.01 0.02 0.09 0.15 0.26 0.10
C5 0.03 0.02 0.08 0.33 0.01 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.34 0.13 0.07 0.59 0.02 1.37 0.99 0.70
C5' 0.11 0.17 0.24 0.05 0.18 0.01 0.23 0.00 0.23 0.27 0.19 0.19 0.16 0.28 0.18 0.10 0.25 0.01 0.02 0.26 0.29 0.37 0.03
C6 0.04 0.01 0.12 0.32 0.01 0.07 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.34 0.18 0.09 0.58 0.01 1.42 1.06 0.71
C8 0.04 0.02 0.10 0.40 0.01 0.18 0.01 0.27 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.32 0.20 0.08 0.67 0.02 1.37 0.94 0.78
N1 0.05 0.01 0.17 0.24 0.02 0.05 0.02 0.19 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.30 0.35 0.12 0.47 0.02 1.25 0.91 0.55
N2 0.10 0.01 0.26 0.19 0.03 0.16 0.02 0.19 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.21 0.66 0.15 0.26 0.05 0.92 0.66 0.27
N3 0.07 0.01 0.20 0.15 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.21 0.54 0.12 0.31 0.02 0.92 0.61 0.32
N7 0.03 0.02 0.07 0.42 0.01 0.16 0.01 0.28 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.37 0.20 0.07 0.72 0.03 1.55 1.14 0.87
N9 0.01 0.03 0.03 0.23 0.01 0.08 0.02 0.18 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.23 0.16 0.03 0.47 0.03 1.04 0.65 0.50
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.26 0.31 0.34 0.10 0.34 0.32 0.30 0.21 0.21 0.37 0.23 0.00 0.06 0.21 0.39 0.37 0.54 0.36 0.47
O3' 0.39 0.52 0.06 0.01 0.29 0.03 0.13 0.25 0.18 0.20 0.35 0.66 0.54 0.20 0.16 0.06 0.00 0.26 0.27 0.15 0.56 0.35 0.34
O4' 0.01 0.13 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.09 0.08 0.12 0.15 0.12 0.07 0.03 0.21 0.26 0.00 0.22 0.09 0.49 0.34 0.15
O5' 0.31 0.35 0.51 0.14 0.44 0.02 0.59 0.02 0.58 0.67 0.47 0.26 0.31 0.72 0.47 0.39 0.27 0.22 0.00 0.65 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.11 0.38 0.02 0.09 0.02 0.26 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.37 0.15 0.09 0.65 0.00 1.56 1.21 0.82
OP1 0.69 1.03 0.67 0.16 1.10 0.15 1.37 0.29 1.42 1.37 1.25 0.92 0.92 1.55 1.04 0.54 0.56 0.49 0.02 1.56 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.72 0.37 0.21 0.74 0.26 0.99 0.37 1.06 0.94 0.91 0.66 0.61 1.14 0.65 0.36 0.35 0.34 0.03 1.21 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.38 0.55 0.11 0.49 0.10 0.70 0.03 0.71 0.78 0.55 0.27 0.32 0.87 0.50 0.47 0.34 0.15 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.38 0.36 0.83 0.31 0.46 0.25 0.27 0.24 0.30 0.37 0.42 0.53 1.20 0.32 0.28 0.16 0.77 0.68 0.33
C2 0.20 0.35 0.23 0.68 0.26 0.28 0.14 0.14 0.14 0.22 0.38 0.43 0.44 0.79 0.31 0.13 0.16 1.29 0.86 0.34
C2' 0.32 0.38 0.38 0.91 0.31 0.53 0.27 0.36 0.28 0.34 0.35 0.40 0.42 1.27 0.29 0.35 0.31 0.77 0.74 0.27
C3' 0.74 0.64 0.93 0.45 0.43 0.40 0.44 0.38 0.58 0.66 0.54 0.69 1.11 0.74 0.32 0.53 0.53 0.69 0.31 0.71
C4 0.23 0.37 0.26 0.74 0.26 0.36 0.17 0.20 0.16 0.24 0.38 0.44 0.49 0.91 0.27 0.18 0.14 1.13 0.76 0.36
C4' 0.51 0.45 0.71 0.56 0.27 0.31 0.26 0.22 0.35 0.43 0.37 0.52 0.94 1.07 0.21 0.33 0.44 0.54 0.31 0.72
C5 0.22 0.36 0.26 0.68 0.19 0.34 0.21 0.22 0.18 0.21 0.35 0.46 0.48 0.79 0.18 0.17 0.16 1.16 0.69 0.40
C5' 0.58 0.55 0.78 0.71 0.35 0.48 0.30 0.28 0.38 0.51 0.47 0.64 0.99 1.30 0.30 0.42 0.38 0.30 0.51 0.57
C6 0.22 0.33 0.26 0.63 0.20 0.30 0.26 0.21 0.21 0.20 0.32 0.45 0.44 0.67 0.22 0.17 0.17 1.27 0.73 0.40
C8 0.28 0.38 0.32 0.78 0.20 0.45 0.19 0.32 0.20 0.26 0.34 0.46 0.54 1.00 0.18 0.26 0.18 0.90 0.57 0.42
N1 0.20 0.33 0.24 0.64 0.18 0.27 0.19 0.16 0.16 0.20 0.33 0.43 0.43 0.69 0.19 0.14 0.15 1.33 0.81 0.37
N2 0.19 0.35 0.21 0.66 0.28 0.25 0.14 0.12 0.13 0.22 0.39 0.43 0.43 0.77 0.35 0.13 0.18 1.33 0.91 0.34
N3 0.22 0.37 0.25 0.72 0.32 0.32 0.17 0.16 0.16 0.25 0.40 0.43 0.47 0.90 0.36 0.16 0.17 1.19 0.85 0.33
N7 0.25 0.37 0.29 0.70 0.20 0.40 0.24 0.29 0.22 0.23 0.34 0.49 0.51 0.82 0.20 0.22 0.20 1.03 0.59 0.43
N9 0.26 0.38 0.31 0.80 0.27 0.43 0.19 0.26 0.20 0.28 0.37 0.44 0.52 1.05 0.26 0.24 0.13 0.95 0.68 0.36
O2' 0.67 0.83 0.48 1.09 0.87 0.79 0.86 0.59 0.81 0.79 0.86 0.81 0.27 1.34 0.85 0.76 0.61 0.65 1.02 0.20
O3' 1.07 0.68 1.27 0.75 0.30 1.02 0.38 1.19 0.68 0.81 0.46 0.77 1.39 0.51 0.22 1.04 1.25 1.32 0.58 1.53
O4' 0.32 0.37 0.46 0.70 0.26 0.36 0.19 0.15 0.21 0.29 0.34 0.44 0.72 1.20 0.26 0.21 0.18 0.63 0.40 0.52
O5' 1.07 1.05 1.30 1.22 0.75 0.96 0.65 0.67 0.77 0.98 0.94 1.17 1.50 1.62 0.66 0.86 0.56 0.29 0.57 0.32
O6 0.24 0.31 0.29 0.59 0.30 0.31 0.34 0.26 0.27 0.22 0.31 0.44 0.44 0.59 0.36 0.23 0.22 1.29 0.69 0.44
OP1 1.71 1.79 1.98 1.67 1.40 1.34 1.19 0.85 1.29 1.61 1.67 1.97 2.20 1.98 1.33 1.36 0.78 0.45 0.88 0.60
OP2 1.48 1.56 1.67 1.34 1.15 1.19 0.94 0.93 1.05 1.37 1.43 1.77 2.06 1.68 1.07 1.16 0.78 0.63 0.64 0.51
P 1.46 1.37 1.70 1.63 0.95 1.41 0.83 1.04 1.00 1.29 1.21 1.54 1.91 2.15 0.82 1.28 0.79 0.47 0.68 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.02 0.08 0.04 0.09 0.04 0.11 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.31 0.04 0.01 0.17 0.77 0.32 0.27
C2 0.04 0.00 0.12 0.19 0.02 0.12 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.24 0.03 0.09 0.13 1.05 0.58 0.24
C2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.21 0.10 0.04 0.11 0.18 0.01 0.08 0.10 0.07 0.47 0.76 0.45 0.58
C3' 0.08 0.19 0.01 0.00 0.40 0.01 0.46 0.04 0.41 0.23 0.28 0.11 0.07 0.01 0.44 0.03 0.12 0.19 0.21 0.12
C4 0.04 0.02 0.08 0.40 0.00 0.16 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.34 0.22 0.01 0.05 0.23 1.26 0.90 0.25
C4' 0.09 0.12 0.02 0.01 0.16 0.00 0.19 0.01 0.18 0.12 0.14 0.12 0.32 0.05 0.16 0.01 0.03 0.21 0.22 0.05
C5 0.04 0.02 0.08 0.46 0.01 0.19 0.00 0.15 0.01 0.02 0.02 0.03 0.34 0.34 0.02 0.09 0.25 1.27 0.90 0.27
C5' 0.11 0.11 0.21 0.04 0.14 0.01 0.15 0.00 0.14 0.11 0.13 0.12 0.14 0.24 0.14 0.09 0.01 0.18 0.37 0.03
C6 0.04 0.02 0.10 0.41 0.01 0.18 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.27 0.01 0.11 0.20 1.15 0.70 0.26
N1 0.02 0.01 0.04 0.23 0.02 0.12 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.11 0.02 0.03 0.12 1.00 0.53 0.25
N3 0.04 0.01 0.11 0.28 0.01 0.14 0.02 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.30 0.13 0.03 0.08 0.17 1.18 0.74 0.25
O2 0.05 0.01 0.18 0.11 0.02 0.12 0.03 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.24 0.47 0.05 0.15 0.13 0.95 0.48 0.24
O2' 0.05 0.25 0.01 0.07 0.34 0.32 0.34 0.14 0.29 0.21 0.30 0.24 0.00 0.08 0.35 0.22 0.35 0.59 0.44 0.47
O3' 0.31 0.24 0.08 0.01 0.22 0.05 0.34 0.24 0.27 0.11 0.13 0.47 0.08 0.00 0.26 0.21 0.28 0.53 0.32 0.33
O4 0.04 0.03 0.10 0.44 0.01 0.16 0.02 0.14 0.01 0.02 0.03 0.05 0.35 0.26 0.00 0.06 0.25 1.29 0.99 0.25
O4' 0.01 0.09 0.07 0.03 0.05 0.01 0.09 0.09 0.11 0.03 0.08 0.15 0.22 0.21 0.06 0.00 0.18 0.55 0.33 0.17
O5' 0.17 0.13 0.47 0.12 0.23 0.03 0.25 0.01 0.20 0.12 0.17 0.13 0.35 0.28 0.25 0.18 0.00 0.04 0.03 0.01
OP1 0.77 1.05 0.76 0.19 1.26 0.21 1.27 0.18 1.15 1.00 1.18 0.95 0.59 0.53 1.29 0.55 0.04 0.00 0.03 0.02
OP2 0.32 0.58 0.45 0.21 0.90 0.22 0.90 0.37 0.70 0.53 0.74 0.48 0.44 0.32 0.99 0.33 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.27 0.24 0.58 0.12 0.25 0.05 0.27 0.03 0.26 0.25 0.25 0.24 0.47 0.33 0.25 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00