ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55444

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 3, 2, 1, 1, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.016, 0.031, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.019, 0.039, 0.060, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.035 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.009, 0.034, 0.060, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.034 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.004, 0.029, 0.055, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.029 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.007, 0.043, 0.079, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.043 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.019, 0.057, 0.095, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.057 std_dev=0.038
O6 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N1 B 0, 0.227, 0.501, 0.776, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.501 std_dev=0.274
C2 B 0, 0.287, 0.565, 0.844, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.565 std_dev=0.278
C2' A 0, 0.268, 0.560, 0.852, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.560 std_dev=0.292
C6 B 0, 0.226, 0.535, 0.845, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.535 std_dev=0.309
C1' B 0, 0.343, 0.661, 0.979, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.661 std_dev=0.318
O4' A 0, 0.227, 0.563, 0.900, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.563 std_dev=0.337
C5 B 0, 0.265, 0.611, 0.956, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.611 std_dev=0.345
O2 B 0, 0.352, 0.708, 1.064, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.708 std_dev=0.356
N3 B 0, 0.253, 0.615, 0.978, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.615 std_dev=0.362
C4 B 0, 0.223, 0.641, 1.058, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.641 std_dev=0.418
C2' B 0, 0.525, 1.056, 1.588, 2.127 max_d=2.127 avg_d=1.056 std_dev=0.531
O4 B 0, 0.328, 0.885, 1.442, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.885 std_dev=0.557
O2' A 0, 0.535, 1.106, 1.677, 1.879 max_d=1.879 avg_d=1.106 std_dev=0.571
O4' B 0, 0.101, 0.683, 1.266, 2.353 max_d=2.353 avg_d=0.683 std_dev=0.583
C3' B 0, 0.581, 1.192, 1.802, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.192 std_dev=0.611
C4' A 0, 0.468, 1.080, 1.692, 1.725 max_d=1.725 avg_d=1.080 std_dev=0.612
C3' A 0, 0.671, 1.336, 2.002, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.336 std_dev=0.666
C5' A 0, 0.552, 1.242, 1.933, 2.285 max_d=2.285 avg_d=1.242 std_dev=0.691
C4' B 0, 0.305, 1.032, 1.759, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.032 std_dev=0.727
O2' B 0, 0.945, 1.720, 2.494, 2.576 max_d=2.576 avg_d=1.720 std_dev=0.774
O3' B 0, 1.001, 1.866, 2.732, 3.283 max_d=3.283 avg_d=1.866 std_dev=0.866
C5' B 0, 0.182, 1.187, 2.192, 4.207 max_d=4.207 avg_d=1.187 std_dev=1.005
O3' A 0, 1.184, 2.312, 3.441, 3.290 max_d=3.290 avg_d=2.312 std_dev=1.129
O5' B 0, -0.252, 0.938, 2.129, 4.056 max_d=4.056 avg_d=0.938 std_dev=1.190
OP1 B 0, 0.588, 1.899, 3.209, 6.524 max_d=6.524 avg_d=1.899 std_dev=1.311
O5' A 0, 0.959, 2.444, 3.929, 4.413 max_d=4.413 avg_d=2.444 std_dev=1.485
P B 0, 0.074, 1.560, 3.047, 5.592 max_d=5.592 avg_d=1.560 std_dev=1.486
OP2 B 0, 1.369, 2.994, 4.618, 5.846 max_d=5.846 avg_d=2.994 std_dev=1.625
P A 0, 1.604, 3.607, 5.610, 6.214 max_d=6.214 avg_d=3.607 std_dev=2.003
OP1 A 0, 2.023, 4.210, 6.397, 7.126 max_d=7.126 avg_d=4.210 std_dev=2.187
OP2 A 0, 1.914, 4.139, 6.365, 6.947 max_d=6.947 avg_d=4.139 std_dev=2.225

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.06 0.06 0.02 0.08 0.10 0.09 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.44 0.06 0.48 0.31 0.38
C2 0.09 0.00 0.16 0.17 0.02 0.18 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.23 0.63 0.21 0.65 0.02 0.97 0.68 0.66
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.10 0.03 0.08 0.17 0.10 0.07 0.14 0.18 0.15 0.06 0.03 0.01 0.07 0.03 0.34 0.10 0.37 0.34 0.42
C3' 0.04 0.17 0.01 0.00 0.17 0.01 0.27 0.01 0.26 0.37 0.19 0.21 0.16 0.38 0.20 0.02 0.01 0.02 0.08 0.30 0.15 0.34 0.15
C4 0.05 0.02 0.10 0.17 0.00 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.38 0.10 0.81 0.03 1.13 0.77 0.83
C4' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.07 0.25 0.10 0.27 0.19 0.23 0.09 0.24 0.05 0.00 0.01 0.11 0.13 0.20 0.10
C5 0.04 0.01 0.08 0.27 0.01 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.30 0.28 0.05 1.09 0.02 1.61 1.11 1.20
C5' 0.06 0.12 0.17 0.01 0.12 0.00 0.24 0.00 0.23 0.35 0.14 0.18 0.12 0.37 0.15 0.09 0.19 0.01 0.01 0.29 0.24 0.28 0.01
C6 0.06 0.01 0.10 0.26 0.02 0.07 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.31 0.35 0.09 1.08 0.01 1.68 1.16 1.22
C8 0.02 0.02 0.07 0.37 0.01 0.25 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.24 0.12 1.21 0.04 1.63 1.10 1.29
N1 0.08 0.00 0.14 0.19 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.27 0.49 0.16 0.87 0.02 1.35 0.94 0.95
N2 0.10 0.01 0.18 0.21 0.02 0.27 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.23 0.77 0.25 0.50 0.02 0.76 0.55 0.48
N3 0.09 0.01 0.15 0.16 0.01 0.19 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.21 0.62 0.20 0.56 0.02 0.79 0.56 0.54
N7 0.02 0.01 0.06 0.38 0.01 0.23 0.01 0.37 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.25 0.08 1.30 0.04 1.94 1.33 1.48
N9 0.01 0.03 0.03 0.20 0.01 0.09 0.03 0.15 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.19 0.23 0.02 0.83 0.04 1.06 0.71 0.82
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.23 0.24 0.30 0.09 0.31 0.29 0.27 0.23 0.21 0.33 0.19 0.00 0.08 0.16 0.26 0.35 0.29 0.37 0.39
O3' 0.34 0.63 0.07 0.01 0.38 0.05 0.28 0.19 0.35 0.24 0.49 0.77 0.62 0.25 0.23 0.08 0.00 0.22 0.32 0.32 0.58 0.41 0.28
O4' 0.01 0.21 0.03 0.02 0.10 0.00 0.05 0.01 0.09 0.12 0.16 0.25 0.20 0.08 0.02 0.16 0.22 0.00 0.33 0.07 0.33 0.15 0.20
O5' 0.44 0.65 0.34 0.08 0.81 0.01 1.09 0.01 1.08 1.21 0.87 0.50 0.56 1.30 0.83 0.26 0.32 0.33 0.00 1.21 0.03 0.02 0.01
O6 0.06 0.02 0.10 0.30 0.03 0.11 0.02 0.29 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.35 0.32 0.07 1.21 0.00 1.96 1.35 1.42
OP1 0.48 0.97 0.37 0.15 1.13 0.13 1.61 0.24 1.68 1.63 1.35 0.76 0.79 1.94 1.06 0.29 0.58 0.33 0.03 1.96 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.68 0.34 0.34 0.77 0.20 1.11 0.28 1.16 1.10 0.94 0.55 0.56 1.33 0.71 0.37 0.41 0.15 0.02 1.35 0.02 0.00 0.01
P 0.38 0.66 0.42 0.15 0.83 0.10 1.20 0.01 1.22 1.29 0.95 0.48 0.54 1.48 0.82 0.39 0.28 0.20 0.01 1.42 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.21 0.40 0.66 0.30 0.54 0.28 0.68 0.16 0.16 0.25 0.25 0.74 0.76 0.38 0.31 0.76 1.00 0.94 0.89
C2 0.22 0.29 0.27 0.50 0.23 0.33 0.25 0.43 0.22 0.22 0.29 0.36 0.58 0.37 0.29 0.22 0.57 0.84 0.98 0.71
C2' 0.26 0.20 0.45 0.74 0.27 0.63 0.26 0.77 0.17 0.19 0.22 0.23 0.71 0.90 0.33 0.39 0.81 1.06 1.04 0.94
C3' 0.78 0.58 1.07 0.84 0.44 0.81 0.46 0.91 0.55 0.63 0.48 0.64 1.38 1.02 0.46 0.65 0.93 1.16 0.97 1.11
C4 0.22 0.29 0.29 0.55 0.22 0.38 0.17 0.47 0.13 0.21 0.28 0.35 0.65 0.46 0.28 0.21 0.57 0.78 0.82 0.67
C4' 0.64 0.42 0.93 0.84 0.26 0.78 0.29 0.93 0.35 0.45 0.30 0.51 1.25 1.03 0.34 0.58 0.98 1.23 1.09 1.21
C5 0.25 0.35 0.29 0.51 0.25 0.32 0.20 0.37 0.16 0.24 0.34 0.43 0.63 0.40 0.29 0.21 0.45 0.62 0.64 0.52
C5' 0.78 0.56 1.10 1.01 0.17 0.92 0.17 1.05 0.34 0.56 0.37 0.71 1.40 1.21 0.15 0.71 1.09 1.34 1.32 1.33
C6 0.27 0.39 0.32 0.46 0.34 0.28 0.27 0.29 0.20 0.27 0.40 0.48 0.57 0.36 0.41 0.24 0.38 0.57 0.65 0.46
C8 0.21 0.27 0.29 0.57 0.22 0.44 0.25 0.55 0.19 0.19 0.25 0.35 0.72 0.55 0.26 0.26 0.61 0.70 0.66 0.66
N1 0.24 0.34 0.29 0.46 0.32 0.27 0.30 0.33 0.23 0.25 0.35 0.42 0.56 0.32 0.41 0.22 0.46 0.70 0.83 0.57
N2 0.22 0.26 0.27 0.51 0.22 0.36 0.28 0.48 0.26 0.22 0.27 0.33 0.56 0.37 0.26 0.25 0.64 0.94 1.12 0.80
N3 0.22 0.27 0.29 0.56 0.21 0.40 0.17 0.50 0.17 0.21 0.27 0.33 0.63 0.47 0.28 0.23 0.63 0.90 0.99 0.76
N7 0.26 0.35 0.30 0.54 0.23 0.39 0.21 0.44 0.18 0.24 0.31 0.44 0.68 0.47 0.26 0.25 0.47 0.57 0.54 0.52
N9 0.20 0.25 0.31 0.59 0.24 0.44 0.23 0.56 0.14 0.18 0.24 0.30 0.70 0.58 0.30 0.24 0.64 0.82 0.79 0.74
O2' 0.50 0.54 0.32 0.91 0.58 0.88 0.61 0.98 0.57 0.53 0.55 0.52 0.33 1.02 0.59 0.76 1.02 1.19 1.32 1.10
O3' 0.86 0.59 1.14 0.91 0.62 1.00 0.61 1.18 0.63 0.67 0.55 0.62 1.44 1.04 0.75 0.84 1.16 1.46 0.93 1.41
O4' 0.36 0.24 0.60 0.70 0.24 0.62 0.24 0.80 0.17 0.23 0.21 0.33 0.93 0.83 0.36 0.38 0.88 1.13 0.99 1.07
O5' 1.73 1.52 2.12 1.79 0.95 1.53 0.84 1.31 1.12 1.48 1.28 1.72 2.42 1.85 0.76 1.45 1.19 1.25 1.16 1.21
O6 0.31 0.43 0.39 0.46 0.39 0.31 0.29 0.28 0.22 0.29 0.45 0.55 0.56 0.45 0.49 0.30 0.30 0.48 0.53 0.36
OP1 2.67 2.43 3.12 2.55 1.56 2.24 1.33 1.65 1.69 2.28 2.07 2.80 3.66 2.62 1.32 2.23 1.30 1.06 1.28 1.13
OP2 2.10 1.83 2.38 2.03 1.16 1.81 1.02 1.42 1.31 1.75 1.54 2.10 2.92 2.15 0.96 1.78 1.15 0.99 0.99 1.00
P 2.33 2.00 2.71 2.37 1.25 2.11 1.12 1.67 1.47 1.95 1.67 2.28 3.16 2.56 1.00 2.02 1.35 1.12 1.12 1.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.30 0.03 0.01 0.12 0.35 0.11 0.16
C2 0.03 0.00 0.14 0.14 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.26 0.01 0.13 0.10 0.51 0.28 0.18
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.17 0.12 0.03 0.11 0.24 0.01 0.04 0.05 0.02 0.39 0.43 0.50 0.44
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.28 0.01 0.33 0.02 0.29 0.17 0.21 0.12 0.02 0.01 0.30 0.02 0.05 0.14 0.27 0.11
C4 0.03 0.01 0.04 0.28 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.07 0.00 0.04 0.22 0.68 0.61 0.32
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.19 0.06 0.05 0.17 0.25 0.03 0.09 0.01 0.01 0.06 0.17 0.03
C5 0.02 0.02 0.09 0.33 0.00 0.17 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.03 0.35 0.16 0.01 0.09 0.30 0.72 0.64 0.39
C5' 0.06 0.10 0.17 0.02 0.12 0.01 0.21 0.00 0.21 0.07 0.08 0.19 0.09 0.18 0.13 0.01 0.01 0.06 0.22 0.02
C6 0.02 0.02 0.12 0.29 0.01 0.19 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.04 0.33 0.13 0.02 0.12 0.26 0.62 0.44 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.16 0.14 0.02 0.02 0.12 0.49 0.24 0.20
N3 0.03 0.00 0.11 0.21 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.16 0.01 0.10 0.13 0.59 0.45 0.22
O2 0.06 0.01 0.24 0.12 0.01 0.17 0.03 0.19 0.04 0.03 0.01 0.00 0.22 0.44 0.01 0.21 0.13 0.47 0.20 0.17
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.27 0.25 0.35 0.09 0.33 0.16 0.19 0.22 0.00 0.04 0.28 0.16 0.28 0.29 0.57 0.38
O3' 0.30 0.26 0.04 0.01 0.07 0.03 0.16 0.18 0.13 0.14 0.16 0.44 0.04 0.00 0.09 0.21 0.17 0.37 0.25 0.20
O4 0.03 0.01 0.05 0.30 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.01 0.28 0.09 0.00 0.05 0.24 0.72 0.71 0.35
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.10 0.21 0.16 0.21 0.05 0.00 0.06 0.26 0.14 0.15
O5' 0.12 0.10 0.39 0.05 0.22 0.01 0.30 0.01 0.26 0.12 0.13 0.13 0.28 0.17 0.24 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.51 0.43 0.14 0.68 0.06 0.72 0.06 0.62 0.49 0.59 0.47 0.29 0.37 0.72 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.28 0.50 0.27 0.61 0.17 0.64 0.22 0.44 0.24 0.45 0.20 0.57 0.25 0.71 0.14 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.16 0.18 0.44 0.11 0.32 0.03 0.39 0.02 0.33 0.20 0.22 0.17 0.38 0.20 0.35 0.15 0.01 0.01 0.02 0.00