ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55445

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 7, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.009, 0.015, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.021, 0.033, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.033 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.070, 0.136, 0.203, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.136 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.111, 0.200, 0.289, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.200 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.199, 0.327, 0.454, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.327 std_dev=0.127
C3' A 0, 0.201, 0.329, 0.458, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.329 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.205, 0.371, 0.537, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.371 std_dev=0.166
O3' A 0, 0.314, 0.521, 0.728, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.521 std_dev=0.207
O5' A 0, 0.223, 0.431, 0.639, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.431 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.287, 0.498, 0.708, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.498 std_dev=0.210
C5' A 0, 0.360, 0.589, 0.819, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.589 std_dev=0.230
O4' B 0, 0.163, 0.401, 0.639, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.401 std_dev=0.238
C3' B 0, 0.277, 0.516, 0.754, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.516 std_dev=0.239
N1 B 0, 0.296, 0.547, 0.798, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.547 std_dev=0.251
C4' B 0, 0.108, 0.374, 0.640, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.374 std_dev=0.266
C6 B 0, 0.359, 0.626, 0.894, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.626 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.467, 0.741, 1.015, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.741 std_dev=0.274
C2 B 0, 0.389, 0.701, 1.012, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.701 std_dev=0.312
O5' B 0, 0.315, 0.629, 0.942, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.629 std_dev=0.314
P A 0, 0.311, 0.633, 0.954, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.321
C5' B 0, 0.247, 0.573, 0.898, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.573 std_dev=0.326
P B 0, 0.245, 0.574, 0.903, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.574 std_dev=0.329
O2 B 0, 0.504, 0.848, 1.192, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.848 std_dev=0.344
O3' B 0, 0.228, 0.585, 0.942, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.585 std_dev=0.357
C5 B 0, 0.469, 0.830, 1.191, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.830 std_dev=0.361
N3 B 0, 0.427, 0.812, 1.197, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.812 std_dev=0.385
C4 B 0, 0.486, 0.900, 1.315, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.900 std_dev=0.415
OP2 A 0, 0.457, 0.889, 1.321, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.889 std_dev=0.432
OP1 A 0, 0.461, 0.919, 1.377, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.919 std_dev=0.458
O2' B 0, 0.709, 1.190, 1.670, 1.671 max_d=1.671 avg_d=1.190 std_dev=0.481
O4 B 0, 0.601, 1.107, 1.612, 1.918 max_d=1.918 avg_d=1.107 std_dev=0.505
OP2 B 0, 0.669, 1.421, 2.173, 3.208 max_d=3.208 avg_d=1.421 std_dev=0.752
OP1 B 0, 0.960, 1.724, 2.488, 3.243 max_d=3.243 avg_d=1.724 std_dev=0.764

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.10 0.02 0.10 0.00 0.13 0.25 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.09 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.10 0.01 0.12 0.23 0.16
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.12 0.01 0.19 0.29 0.21
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.11 0.12 0.08 0.05 0.05 0.13 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.12 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.13 0.00 0.21 0.32 0.22
C8 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.12 0.01 0.16 0.25 0.18
N1 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02 0.12 0.01 0.17 0.29 0.20
N2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.13 0.02 0.10 0.01 0.11 0.23 0.16
N3 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.02 0.09 0.01 0.10 0.21 0.14
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.14 0.01 0.22 0.32 0.23
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.10 0.19 0.14
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.09 0.13 0.10 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.08 0.04 0.04
O3' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.08 0.09 0.13 0.09 0.07 0.03 0.05 0.00 0.01 0.06 0.07 0.14 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.09 0.08
O5' 0.04 0.10 0.03 0.04 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.12 0.12 0.10 0.09 0.14 0.08 0.04 0.06 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.15 0.00 0.25 0.35 0.24
OP1 0.05 0.13 0.06 0.09 0.12 0.07 0.19 0.07 0.21 0.16 0.17 0.11 0.10 0.22 0.10 0.08 0.14 0.08 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.25 0.05 0.05 0.23 0.02 0.29 0.02 0.32 0.25 0.29 0.23 0.21 0.32 0.19 0.04 0.08 0.09 0.01 0.35 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.16 0.04 0.04 0.16 0.02 0.21 0.02 0.22 0.18 0.20 0.16 0.14 0.23 0.14 0.04 0.07 0.08 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.23 0.18 0.12 0.15 0.10 0.12 0.09 0.12 0.15 0.23 0.29 0.32 0.14 0.16 0.10 0.08 0.30 0.21 0.04
C2 0.10 0.20 0.11 0.09 0.16 0.06 0.26 0.13 0.18 0.10 0.21 0.29 0.21 0.17 0.21 0.10 0.14 0.56 0.15 0.17
C2' 0.11 0.22 0.16 0.09 0.23 0.08 0.18 0.09 0.14 0.16 0.25 0.24 0.27 0.10 0.25 0.14 0.09 0.34 0.09 0.10
C3' 0.10 0.19 0.16 0.10 0.22 0.08 0.19 0.07 0.16 0.15 0.22 0.19 0.26 0.09 0.23 0.12 0.07 0.16 0.18 0.01
C4 0.10 0.22 0.10 0.08 0.08 0.05 0.19 0.08 0.15 0.08 0.20 0.31 0.23 0.13 0.12 0.06 0.08 0.46 0.22 0.10
C4' 0.14 0.21 0.20 0.16 0.18 0.13 0.16 0.12 0.15 0.16 0.21 0.23 0.33 0.16 0.19 0.12 0.11 0.08 0.34 0.10
C5 0.11 0.23 0.09 0.09 0.14 0.07 0.25 0.08 0.20 0.09 0.20 0.35 0.20 0.15 0.18 0.07 0.07 0.46 0.29 0.11
C5' 0.18 0.20 0.22 0.21 0.16 0.19 0.14 0.19 0.15 0.17 0.19 0.23 0.33 0.21 0.16 0.16 0.18 0.19 0.55 0.21
C6 0.07 0.19 0.10 0.11 0.22 0.05 0.30 0.09 0.22 0.07 0.19 0.33 0.19 0.17 0.28 0.06 0.09 0.51 0.26 0.12
C8 0.20 0.26 0.18 0.15 0.09 0.15 0.15 0.11 0.16 0.17 0.21 0.36 0.32 0.18 0.10 0.15 0.08 0.34 0.39 0.11
N1 0.08 0.17 0.11 0.11 0.21 0.06 0.30 0.12 0.21 0.08 0.17 0.29 0.21 0.18 0.29 0.07 0.13 0.56 0.20 0.15
N2 0.13 0.22 0.13 0.11 0.20 0.09 0.25 0.17 0.19 0.14 0.24 0.28 0.21 0.18 0.26 0.14 0.17 0.60 0.13 0.21
N3 0.09 0.21 0.11 0.07 0.14 0.05 0.21 0.11 0.15 0.10 0.22 0.29 0.22 0.14 0.16 0.09 0.12 0.52 0.15 0.14
N7 0.19 0.27 0.13 0.13 0.14 0.12 0.21 0.09 0.20 0.17 0.22 0.40 0.24 0.17 0.16 0.14 0.07 0.39 0.38 0.11
N9 0.14 0.23 0.15 0.11 0.08 0.10 0.13 0.08 0.13 0.13 0.21 0.32 0.29 0.14 0.10 0.09 0.07 0.37 0.27 0.07
O2' 0.11 0.24 0.15 0.09 0.29 0.08 0.23 0.09 0.17 0.17 0.29 0.24 0.26 0.09 0.33 0.17 0.09 0.32 0.11 0.14
O3' 0.08 0.17 0.13 0.07 0.27 0.03 0.27 0.03 0.20 0.15 0.23 0.14 0.22 0.07 0.30 0.18 0.03 0.02 0.01 0.00
O4' 0.19 0.24 0.25 0.19 0.15 0.15 0.11 0.12 0.13 0.18 0.22 0.30 0.39 0.20 0.15 0.11 0.11 0.15 0.33 0.06
O5' 0.19 0.20 0.22 0.22 0.14 0.21 0.13 0.21 0.14 0.17 0.18 0.24 0.33 0.23 0.15 0.19 0.20 0.20 0.56 0.19
O6 0.08 0.19 0.11 0.12 0.28 0.06 0.32 0.09 0.24 0.11 0.23 0.34 0.20 0.19 0.34 0.09 0.09 0.50 0.29 0.13
OP1 0.21 0.21 0.21 0.26 0.16 0.26 0.14 0.27 0.15 0.18 0.19 0.24 0.25 0.31 0.16 0.24 0.24 0.33 0.63 0.25
OP2 0.32 0.26 0.30 0.40 0.18 0.38 0.16 0.31 0.19 0.24 0.22 0.30 0.32 0.45 0.19 0.35 0.23 0.15 0.59 0.19
P 0.25 0.22 0.26 0.31 0.15 0.28 0.13 0.24 0.16 0.20 0.20 0.27 0.33 0.34 0.16 0.25 0.21 0.21 0.61 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.00 0.08 0.34 0.14 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.10 0.01 0.08 0.19 0.47 0.11 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.07 0.02 0.05 0.11 0.00 0.03 0.05 0.02 0.11 0.17 0.35 0.12
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.07 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.14 0.32 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.13 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.01 0.04 0.30 0.63 0.17 0.29
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.13 0.00 0.15 0.00 0.14 0.08 0.09 0.08 0.01 0.03 0.13 0.01 0.01 0.14 0.11 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.15 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.09 0.01 0.06 0.33 0.65 0.20 0.31
C5' 0.06 0.18 0.07 0.03 0.30 0.00 0.33 0.00 0.29 0.19 0.24 0.13 0.06 0.05 0.31 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.14 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.10 0.01 0.07 0.29 0.55 0.15 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.02 0.19 0.45 0.11 0.14
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.10 0.01 0.07 0.25 0.55 0.12 0.22
O2 0.02 0.01 0.11 0.06 0.01 0.08 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.12 0.02 0.13 0.14 0.42 0.14 0.10
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.10 0.01 0.12 0.06 0.12 0.06 0.13 0.23 0.00 0.04 0.12 0.01 0.13 0.16 0.46 0.18
O3' 0.10 0.10 0.03 0.02 0.10 0.03 0.09 0.05 0.10 0.10 0.10 0.12 0.04 0.00 0.10 0.13 0.04 0.14 0.32 0.11
O4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.13 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.10 0.00 0.04 0.32 0.68 0.20 0.32
O4' 0.00 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.13 0.01 0.13 0.04 0.00 0.08 0.41 0.15 0.20
O5' 0.08 0.19 0.11 0.03 0.30 0.01 0.33 0.01 0.29 0.19 0.25 0.14 0.13 0.04 0.32 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.34 0.47 0.17 0.14 0.63 0.14 0.65 0.07 0.55 0.45 0.55 0.42 0.16 0.14 0.68 0.41 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.11 0.35 0.32 0.17 0.11 0.20 0.08 0.15 0.11 0.12 0.14 0.46 0.32 0.20 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.15 0.12 0.11 0.29 0.04 0.31 0.01 0.24 0.14 0.22 0.10 0.18 0.11 0.32 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00