Doublet Group distance statistics: 55447

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 1, 5, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C5	A	0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N3	A	0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C2	A	0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.016
O6	A	0, 0.023, 0.039, 0.056, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.039 std_dev=0.016
C1'	A	0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C8	A	0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.035 std_dev=0.019
N2	A	0, 0.024, 0.053, 0.082, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.053 std_dev=0.029
C5	B	0, 0.130, 0.286, 0.442, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.286 std_dev=0.156
C6	B	0, 0.139, 0.301, 0.463, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.301 std_dev=0.162
C4	B	0, 0.111, 0.298, 0.484, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.298 std_dev=0.186
O4'	A	0, 0.049, 0.240, 0.432, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.240 std_dev=0.192
N1	B	0, 0.138, 0.333, 0.527, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.333 std_dev=0.194
C2	B	0, 0.180, 0.379, 0.578, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.379 std_dev=0.199
C2'	A	0, 0.097, 0.297, 0.496, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.297 std_dev=0.200
N3	B	0, 0.124, 0.340, 0.557, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.340 std_dev=0.216
C4'	A	0, 0.205, 0.424, 0.644, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.424 std_dev=0.219
C2'	B	0, 0.150, 0.370, 0.589, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.370 std_dev=0.219
O4	B	0, 0.136, 0.358, 0.579, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.358 std_dev=0.222
O2	B	0, 0.258, 0.496, 0.735, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.496 std_dev=0.238
C1'	B	0, 0.160, 0.406, 0.652, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.406 std_dev=0.246
C4'	B	0, 0.121, 0.441, 0.761, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.441 std_dev=0.320
O4'	B	0, 0.136, 0.464, 0.793, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.464 std_dev=0.329
P	B	0, 0.092, 0.421, 0.750, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.421 std_dev=0.329
O2'	A	0, 0.326, 0.667, 1.008, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.667 std_dev=0.341
OP1	B	0, 0.117, 0.519, 0.922, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.519 std_dev=0.403
C3'	A	0, 0.473, 0.891, 1.309, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.891 std_dev=0.418
C5'	B	0, 0.478, 0.898, 1.318, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.898 std_dev=0.420
O5'	B	0, 0.362, 0.840, 1.318, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.840 std_dev=0.478
OP2	B	0, 0.374, 0.869, 1.364, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.869 std_dev=0.495
C3'	B	0, 0.582, 1.081, 1.580, 1.589 max_d=1.589 avg_d=1.081 std_dev=0.499
O2'	B	0, 0.417, 0.946, 1.475, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.946 std_dev=0.529
C5'	A	0, 0.365, 0.919, 1.473, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.919 std_dev=0.554
O3'	A	0, 0.941, 1.747, 2.554, 2.282 max_d=2.282 avg_d=1.747 std_dev=0.806
O5'	A	0, 1.047, 2.007, 2.966, 2.776 max_d=2.776 avg_d=2.007 std_dev=0.959
O3'	B	0, 1.132, 2.096, 3.060, 3.050 max_d=3.050 avg_d=2.096 std_dev=0.964
OP2	A	0, 1.261, 2.294, 3.326, 2.961 max_d=2.961 avg_d=2.294 std_dev=1.033
P	A	0, 1.323, 2.419, 3.514, 3.196 max_d=3.196 avg_d=2.419 std_dev=1.096
OP1	A	0, 1.390, 2.536, 3.683, 3.441 max_d=3.441 avg_d=2.536 std_dev=1.146

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.03	0.02	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01	0.03	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.21	0.00	0.23	0.01	0.33	0.16	0.18
C2	0.03	0.00	0.11	0.11	0.01	0.07	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.24	0.43	0.11	0.35	0.01	0.40	0.27	0.32
C2'	0.00	0.11	0.00	0.01	0.06	0.02	0.04	0.11	0.06	0.05	0.09	0.13	0.10	0.03	0.01	0.00	0.05	0.02	0.24	0.06	0.24	0.30	0.22
C3'	0.03	0.11	0.01	0.00	0.03	0.00	0.04	0.03	0.03	0.12	0.07	0.15	0.11	0.11	0.03	0.02	0.01	0.01	0.29	0.05	0.24	0.25	0.20
C4	0.02	0.01	0.06	0.03	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.15	0.28	0.07	0.41	0.01	0.42	0.30	0.36
C4'	0.01	0.07	0.02	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.05	0.05	0.06	0.09	0.07	0.05	0.02	0.05	0.03	0.00	0.01	0.05	0.34	0.17	0.05
C5	0.01	0.01	0.04	0.04	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.15	0.20	0.04	0.53	0.01	0.48	0.41	0.48
C5'	0.05	0.11	0.11	0.03	0.07	0.01	0.08	0.00	0.10	0.06	0.11	0.13	0.09	0.07	0.04	0.07	0.08	0.01	0.01	0.11	0.32	0.28	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.03	0.00	0.05	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.19	0.25	0.06	0.53	0.00	0.50	0.44	0.50
C8	0.01	0.01	0.05	0.12	0.01	0.05	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.06	0.05	0.56	0.02	0.48	0.40	0.48
N1	0.03	0.00	0.09	0.07	0.01	0.06	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.23	0.36	0.09	0.45	0.01	0.45	0.36	0.42
N2	0.04	0.00	0.13	0.15	0.01	0.09	0.02	0.13	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.27	0.51	0.13	0.28	0.02	0.37	0.24	0.26
N3	0.03	0.00	0.10	0.11	0.00	0.07	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.22	0.41	0.11	0.31	0.01	0.37	0.23	0.27
N7	0.01	0.01	0.03	0.11	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.11	0.08	0.02	0.60	0.02	0.53	0.48	0.55
N9	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.08	0.17	0.01	0.41	0.01	0.40	0.27	0.34
O2'	0.01	0.24	0.00	0.02	0.15	0.05	0.15	0.07	0.19	0.10	0.23	0.27	0.22	0.11	0.08	0.00	0.06	0.04	0.25	0.18	0.22	0.33	0.22
O3'	0.21	0.43	0.05	0.01	0.28	0.03	0.20	0.08	0.25	0.06	0.36	0.51	0.41	0.08	0.17	0.06	0.00	0.14	0.30	0.21	0.33	0.26	0.22
O4'	0.00	0.11	0.02	0.01	0.07	0.00	0.04	0.01	0.06	0.05	0.09	0.13	0.11	0.02	0.01	0.04	0.14	0.00	0.25	0.05	0.39	0.11	0.16
O5'	0.23	0.35	0.24	0.29	0.41	0.01	0.53	0.01	0.53	0.56	0.45	0.28	0.31	0.60	0.41	0.25	0.30	0.25	0.00	0.59	0.02	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.06	0.05	0.01	0.05	0.01	0.11	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.18	0.21	0.05	0.59	0.00	0.55	0.51	0.57
OP1	0.33	0.40	0.24	0.24	0.42	0.34	0.48	0.32	0.50	0.48	0.45	0.37	0.37	0.53	0.40	0.22	0.33	0.39	0.02	0.55	0.00	0.01	0.00
OP2	0.16	0.27	0.30	0.25	0.30	0.17	0.41	0.28	0.44	0.40	0.36	0.24	0.23	0.48	0.27	0.33	0.26	0.11	0.01	0.51	0.01	0.00	0.01
P	0.18	0.32	0.22	0.20	0.36	0.05	0.48	0.01	0.50	0.48	0.42	0.26	0.27	0.55	0.34	0.22	0.22	0.16	0.00	0.57	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.15	0.14	0.33	0.10	0.11	0.08	0.23	0.10	0.12	0.14	0.17	0.17	0.45	0.12	0.14	0.21	0.12	0.18	0.09
C2	0.18	0.15	0.20	0.24	0.15	0.14	0.16	0.29	0.11	0.13	0.09	0.23	0.34	0.25	0.25	0.12	0.18	0.20	0.25	0.15
C2'	0.12	0.13	0.10	0.33	0.20	0.12	0.17	0.21	0.13	0.12	0.17	0.13	0.10	0.44	0.25	0.16	0.21	0.12	0.12	0.08
C3'	0.09	0.14	0.10	0.24	0.23	0.11	0.18	0.27	0.12	0.10	0.20	0.13	0.15	0.38	0.30	0.15	0.16	0.17	0.10	0.10
C4	0.15	0.15	0.16	0.28	0.08	0.09	0.10	0.27	0.08	0.11	0.12	0.20	0.25	0.36	0.11	0.10	0.18	0.19	0.27	0.14
C4'	0.12	0.13	0.13	0.33	0.14	0.13	0.13	0.21	0.12	0.11	0.14	0.15	0.16	0.52	0.19	0.17	0.28	0.15	0.13	0.12
C5	0.16	0.18	0.18	0.26	0.14	0.12	0.12	0.30	0.08	0.11	0.17	0.23	0.28	0.35	0.17	0.12	0.19	0.25	0.34	0.19
C5'	0.15	0.11	0.12	0.38	0.17	0.22	0.21	0.22	0.20	0.14	0.13	0.12	0.14	0.62	0.20	0.24	0.44	0.34	0.31	0.32
C6	0.18	0.16	0.22	0.23	0.20	0.16	0.15	0.32	0.10	0.10	0.20	0.24	0.36	0.27	0.25	0.14	0.20	0.28	0.35	0.21
C8	0.18	0.18	0.18	0.34	0.11	0.13	0.09	0.27	0.09	0.15	0.15	0.22	0.20	0.50	0.10	0.18	0.24	0.23	0.35	0.18
N1	0.19	0.12	0.22	0.23	0.20	0.16	0.16	0.31	0.11	0.11	0.14	0.22	0.38	0.24	0.29	0.14	0.19	0.24	0.30	0.18
N2	0.20	0.18	0.21	0.24	0.16	0.15	0.17	0.29	0.13	0.15	0.11	0.26	0.36	0.23	0.28	0.14	0.19	0.18	0.22	0.14
N3	0.15	0.16	0.17	0.27	0.08	0.11	0.13	0.26	0.10	0.12	0.11	0.21	0.28	0.30	0.14	0.10	0.18	0.16	0.23	0.12
N7	0.19	0.21	0.20	0.30	0.14	0.13	0.12	0.30	0.10	0.16	0.18	0.26	0.24	0.46	0.14	0.17	0.23	0.28	0.38	0.23
N9	0.15	0.16	0.15	0.32	0.07	0.10	0.06	0.25	0.08	0.13	0.13	0.19	0.20	0.44	0.08	0.14	0.20	0.17	0.26	0.12
O2'	0.29	0.30	0.24	0.47	0.34	0.29	0.30	0.27	0.29	0.29	0.32	0.29	0.18	0.52	0.38	0.31	0.36	0.27	0.28	0.28
O3'	0.20	0.36	0.16	0.30	0.46	0.11	0.34	0.28	0.25	0.27	0.44	0.36	0.14	0.41	0.55	0.16	0.10	0.32	0.16	0.20
O4'	0.14	0.16	0.15	0.37	0.10	0.13	0.08	0.18	0.09	0.12	0.15	0.20	0.18	0.55	0.13	0.16	0.29	0.17	0.13	0.11
O5'	0.44	0.36	0.54	0.28	0.26	0.48	0.26	0.68	0.33	0.37	0.31	0.40	0.63	0.19	0.23	0.43	0.29	0.39	0.39	0.38
O6	0.20	0.20	0.24	0.23	0.22	0.21	0.16	0.34	0.13	0.12	0.24	0.28	0.42	0.27	0.27	0.18	0.23	0.32	0.39	0.25
OP1	0.34	0.30	0.45	0.23	0.33	0.41	0.28	0.56	0.26	0.28	0.31	0.32	0.52	0.22	0.40	0.33	0.27	0.35	0.30	0.30
OP2	0.50	0.40	0.58	0.38	0.26	0.56	0.26	0.71	0.34	0.41	0.33	0.45	0.62	0.26	0.22	0.51	0.36	0.39	0.38	0.37
P	0.45	0.36	0.56	0.31	0.24	0.51	0.24	0.68	0.31	0.37	0.30	0.41	0.63	0.16	0.23	0.45	0.30	0.37	0.35	0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.18	0.01	0.00	0.06	0.07	0.21	0.09
C2	0.01	0.00	0.06	0.08	0.01	0.02	0.01	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.11	0.01	0.03	0.14	0.14	0.25	0.14
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.01	0.04	0.17	0.05	0.02	0.06	0.10	0.00	0.02	0.03	0.01	0.08	0.13	0.25	0.09
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.17	0.00	0.20	0.02	0.19	0.11	0.12	0.07	0.01	0.01	0.18	0.01	0.23	0.20	0.13	0.18
C4	0.01	0.01	0.03	0.17	0.00	0.05	0.01	0.22	0.01	0.00	0.00	0.01	0.16	0.07	0.00	0.02	0.20	0.23	0.30	0.21
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.06	0.03	0.03	0.03	0.16	0.03	0.05	0.00	0.02	0.07	0.15	0.04
C5	0.01	0.01	0.04	0.20	0.01	0.06	0.00	0.23	0.00	0.00	0.01	0.01	0.12	0.14	0.01	0.02	0.21	0.23	0.30	0.21
C5'	0.10	0.15	0.17	0.02	0.22	0.00	0.23	0.00	0.21	0.16	0.19	0.12	0.02	0.14	0.23	0.01	0.01	0.07	0.24	0.02
C6	0.01	0.00	0.05	0.19	0.01	0.06	0.00	0.21	0.00	0.00	0.01	0.01	0.09	0.12	0.01	0.03	0.18	0.18	0.26	0.17
N1	0.01	0.00	0.02	0.11	0.00	0.03	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.01	0.09	0.06	0.01	0.01	0.13	0.13	0.23	0.12
N3	0.01	0.00	0.06	0.12	0.00	0.03	0.01	0.19	0.01	0.00	0.00	0.01	0.18	0.06	0.00	0.03	0.17	0.18	0.28	0.18
O2	0.02	0.00	0.10	0.07	0.01	0.03	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.19	0.22	0.01	0.05	0.11	0.11	0.24	0.12
O2'	0.01	0.16	0.00	0.01	0.16	0.16	0.12	0.02	0.09	0.09	0.18	0.19	0.00	0.05	0.17	0.10	0.14	0.14	0.21	0.08
O3'	0.18	0.11	0.02	0.01	0.07	0.03	0.14	0.14	0.12	0.06	0.06	0.22	0.05	0.00	0.09	0.17	0.25	0.34	0.17	0.25
O4	0.01	0.01	0.03	0.18	0.00	0.05	0.01	0.23	0.01	0.01	0.00	0.01	0.17	0.09	0.00	0.03	0.21	0.25	0.32	0.24
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.03	0.05	0.10	0.17	0.03	0.00	0.05	0.05	0.19	0.12
O5'	0.06	0.14	0.08	0.23	0.20	0.02	0.21	0.01	0.18	0.13	0.17	0.11	0.14	0.25	0.21	0.05	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.07	0.14	0.13	0.20	0.23	0.07	0.23	0.07	0.18	0.13	0.18	0.11	0.14	0.34	0.25	0.05	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.21	0.25	0.25	0.13	0.30	0.15	0.30	0.24	0.26	0.23	0.28	0.24	0.21	0.17	0.32	0.19	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.09	0.14	0.09	0.18	0.21	0.04	0.21	0.02	0.17	0.12	0.18	0.12	0.08	0.25	0.24	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00