ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55448

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 4, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.023, 0.035, 0.047, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.035 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.024, 0.036, 0.048, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.036 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.024, 0.036, 0.048, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.036 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.026, 0.040, 0.053, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.040 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.029, 0.043, 0.057, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.043 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.032, 0.047, 0.061, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.047 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.034, 0.050, 0.066, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.050 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.040, 0.059, 0.078, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.059 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.052, 0.082, 0.111, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.082 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.077, 0.115, 0.153, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.115 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.080, 0.119, 0.157, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.119 std_dev=0.038
N9 A 0, 0.091, 0.134, 0.176, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.134 std_dev=0.043
N1 B 0, 0.403, 0.637, 0.871, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.637 std_dev=0.234
C2 B 0, 0.519, 0.783, 1.047, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.783 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.459, 0.726, 0.993, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.726 std_dev=0.267
C1' B 0, 0.405, 0.698, 0.991, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.698 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.553, 0.851, 1.148, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.851 std_dev=0.297
O2 B 0, 0.782, 1.172, 1.563, 1.602 max_d=1.602 avg_d=1.172 std_dev=0.390
C4 B 0, 0.405, 0.802, 1.199, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.802 std_dev=0.397
C5 B 0, 0.581, 1.012, 1.443, 1.460 max_d=1.460 avg_d=1.012 std_dev=0.431
O4 B 0, 0.478, 0.986, 1.494, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.986 std_dev=0.508
O4' B 0, 0.684, 1.276, 1.869, 2.419 max_d=2.419 avg_d=1.276 std_dev=0.593
O4' A 0, 1.592, 2.290, 2.987, 2.558 max_d=2.558 avg_d=2.290 std_dev=0.698
C4' B 0, 0.730, 1.462, 2.195, 2.777 max_d=2.777 avg_d=1.462 std_dev=0.732
C2' B 0, 0.955, 1.689, 2.422, 3.128 max_d=3.128 avg_d=1.689 std_dev=0.733
C2' A 0, 1.783, 2.565, 3.347, 2.867 max_d=2.867 avg_d=2.565 std_dev=0.782
C4' A 0, 1.911, 2.759, 3.607, 3.478 max_d=3.478 avg_d=2.759 std_dev=0.848
C3' B 0, 1.050, 1.948, 2.846, 3.422 max_d=3.422 avg_d=1.948 std_dev=0.898
C3' A 0, 1.753, 2.686, 3.619, 3.903 max_d=3.903 avg_d=2.686 std_dev=0.933
O2' B 0, 1.284, 2.397, 3.510, 4.689 max_d=4.689 avg_d=2.397 std_dev=1.113
O3' B 0, 1.449, 2.702, 3.956, 4.822 max_d=4.822 avg_d=2.702 std_dev=1.254
O3' A 0, 1.190, 2.483, 3.775, 4.609 max_d=4.609 avg_d=2.483 std_dev=1.293
O2' A 0, 2.898, 4.206, 5.515, 4.800 max_d=4.800 avg_d=4.206 std_dev=1.308
C5' B 0, 1.649, 3.173, 4.696, 5.759 max_d=5.759 avg_d=3.173 std_dev=1.524
C5' A 0, 3.773, 5.414, 7.055, 6.300 max_d=6.300 avg_d=5.414 std_dev=1.641
O5' B 0, 2.291, 4.128, 5.965, 6.978 max_d=6.978 avg_d=4.128 std_dev=1.837
O5' A 0, 4.420, 6.368, 8.317, 7.954 max_d=7.954 avg_d=6.368 std_dev=1.949
P B 0, 3.881, 6.398, 8.915, 9.947 max_d=9.947 avg_d=6.398 std_dev=2.517
OP2 B 0, 4.890, 7.449, 10.008, 10.328 max_d=10.328 avg_d=7.449 std_dev=2.559
P A 0, 6.213, 8.927, 11.640, 10.831 max_d=10.831 avg_d=8.927 std_dev=2.714
OP2 A 0, 6.437, 9.292, 12.146, 11.548 max_d=11.548 avg_d=9.292 std_dev=2.854
OP1 B 0, 4.182, 7.157, 10.131, 11.481 max_d=11.481 avg_d=7.157 std_dev=2.974
OP1 A 0, 7.500, 10.761, 14.022, 12.625 max_d=12.625 avg_d=10.761 std_dev=3.261

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.29 0.00 0.38 0.01 0.37 0.46 0.38
C2 0.01 0.00 0.30 0.27 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.21 0.18 0.46 0.01 0.54 0.75 0.59
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.20 0.13 0.15 0.23 0.36 0.29 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.56 0.10 0.54 0.70 0.55
C3' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.26 0.01 0.34 0.01 0.36 0.32 0.33 0.25 0.22 0.37 0.22 0.02 0.00 0.01 0.12 0.40 0.11 0.17 0.08
C4 0.01 0.01 0.15 0.26 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.09 0.09 0.39 0.01 0.46 0.66 0.50
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.13 0.23 0.09 0.14 0.10 0.22 0.11 0.28 0.01 0.00 0.01 0.16 0.15 0.07 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.34 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.29 0.09 0.03 0.36 0.01 0.51 0.72 0.54
C5' 0.07 0.21 0.20 0.01 0.16 0.00 0.23 0.00 0.23 0.31 0.21 0.26 0.19 0.33 0.15 0.07 0.19 0.01 0.01 0.28 0.20 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.36 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.10 0.06 0.35 0.00 0.52 0.73 0.55
C8 0.00 0.01 0.15 0.32 0.00 0.23 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.18 0.11 0.41 0.01 0.54 0.72 0.56
N1 0.01 0.00 0.23 0.33 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.10 0.13 0.40 0.01 0.53 0.75 0.57
N2 0.02 0.00 0.36 0.25 0.01 0.14 0.02 0.26 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.31 0.21 0.51 0.02 0.62 0.83 0.66
N3 0.01 0.00 0.29 0.22 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.25 0.17 0.45 0.01 0.50 0.68 0.54
N7 0.00 0.01 0.08 0.37 0.00 0.22 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.37 0.21 0.06 0.37 0.01 0.58 0.78 0.59
N9 0.01 0.01 0.01 0.22 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.06 0.00 0.39 0.01 0.44 0.60 0.47
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.18 0.28 0.29 0.07 0.28 0.33 0.20 0.18 0.13 0.37 0.19 0.00 0.02 0.22 0.35 0.33 0.33 0.65 0.37
O3' 0.29 0.21 0.02 0.00 0.09 0.01 0.09 0.19 0.10 0.18 0.10 0.31 0.25 0.21 0.06 0.02 0.00 0.21 0.28 0.17 0.36 0.31 0.29
O4' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.06 0.11 0.13 0.21 0.17 0.06 0.00 0.22 0.21 0.00 0.26 0.04 0.32 0.24 0.29
O5' 0.38 0.46 0.56 0.12 0.39 0.01 0.36 0.01 0.35 0.41 0.40 0.51 0.45 0.37 0.39 0.35 0.28 0.26 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.10 0.40 0.01 0.16 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.17 0.04 0.33 0.00 0.55 0.75 0.56
OP1 0.37 0.54 0.54 0.11 0.46 0.15 0.51 0.20 0.52 0.54 0.53 0.62 0.50 0.58 0.44 0.33 0.36 0.32 0.01 0.55 0.00 0.00 0.00
OP2 0.46 0.75 0.70 0.17 0.66 0.07 0.72 0.21 0.73 0.72 0.75 0.83 0.68 0.78 0.60 0.65 0.31 0.24 0.01 0.75 0.00 0.00 0.00
P 0.38 0.59 0.55 0.08 0.50 0.07 0.54 0.01 0.55 0.56 0.57 0.66 0.54 0.59 0.47 0.37 0.29 0.29 0.00 0.56 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.11 0.74 0.20 0.24 0.67 0.24 1.40 0.23 0.20 0.17 0.22 1.29 0.41 0.34 0.77 1.72 2.20 1.95 2.20
C2 0.30 0.15 0.89 0.79 0.18 0.14 0.31 0.35 0.35 0.24 0.15 0.19 0.94 1.03 0.18 0.50 0.26 0.32 0.45 0.44
C2' 0.25 0.22 0.25 0.52 0.31 1.14 0.33 1.94 0.30 0.24 0.27 0.27 0.84 0.37 0.35 1.06 2.28 2.70 2.26 2.65
C3' 0.33 0.70 0.20 0.83 0.85 1.37 0.75 2.35 0.62 0.56 0.85 0.67 0.74 0.60 0.94 1.22 2.86 3.60 3.27 3.54
C4 0.32 0.14 0.75 0.40 0.24 0.39 0.32 0.84 0.32 0.24 0.14 0.24 1.00 0.61 0.30 0.65 0.85 1.02 1.08 1.19
C4' 0.24 0.48 0.40 0.63 0.67 1.20 0.57 2.18 0.46 0.38 0.64 0.43 0.99 0.48 0.79 1.09 2.67 3.60 3.21 3.46
C5 0.29 0.16 0.59 0.37 0.29 0.35 0.39 0.71 0.35 0.25 0.14 0.26 0.75 0.52 0.34 0.56 0.62 0.72 0.88 0.94
C5' 0.33 0.52 0.45 0.83 0.77 1.29 0.68 2.26 0.56 0.46 0.71 0.43 0.89 0.73 0.90 1.10 2.71 3.76 3.43 3.58
C6 0.27 0.17 0.58 0.51 0.24 0.19 0.42 0.38 0.38 0.24 0.15 0.24 0.59 0.66 0.25 0.45 0.22 0.21 0.41 0.41
C8 0.29 0.15 0.52 0.22 0.34 0.61 0.35 1.21 0.29 0.22 0.18 0.28 0.88 0.30 0.46 0.67 1.32 1.69 1.70 1.80
N1 0.28 0.16 0.72 0.72 0.20 0.14 0.36 0.26 0.38 0.24 0.16 0.20 0.69 0.90 0.20 0.42 0.27 0.37 0.36 0.30
N2 0.29 0.15 0.97 1.01 0.19 0.22 0.29 0.36 0.33 0.22 0.16 0.18 0.96 1.31 0.19 0.43 0.36 0.50 0.45 0.38
N3 0.32 0.13 0.92 0.61 0.19 0.26 0.28 0.64 0.32 0.23 0.15 0.20 1.14 0.87 0.22 0.63 0.63 0.75 0.81 0.91
N7 0.27 0.17 0.47 0.25 0.36 0.49 0.41 0.95 0.33 0.23 0.16 0.28 0.70 0.34 0.46 0.59 0.92 1.14 1.26 1.31
N9 0.32 0.12 0.68 0.24 0.28 0.58 0.30 1.19 0.28 0.22 0.17 0.25 1.07 0.42 0.37 0.73 1.34 1.67 1.62 1.77
O2' 0.73 0.66 0.89 0.17 0.44 0.56 0.44 1.32 0.51 0.63 0.54 0.81 1.44 0.24 0.38 0.46 1.69 2.21 1.48 2.00
O3' 0.23 0.66 0.33 0.79 0.74 1.32 0.56 2.43 0.41 0.43 0.80 0.75 0.99 0.52 0.84 1.08 3.08 4.13 3.54 3.97
O4' 0.29 0.20 0.69 0.33 0.42 0.84 0.35 1.68 0.29 0.22 0.36 0.16 1.26 0.44 0.54 0.87 2.08 2.79 2.52 2.75
O5' 0.36 0.20 0.58 0.63 0.44 0.96 0.39 1.88 0.34 0.27 0.35 0.17 1.07 0.66 0.58 0.75 2.24 3.25 2.98 3.08
O6 0.25 0.17 0.47 0.49 0.24 0.17 0.44 0.27 0.38 0.23 0.16 0.23 0.42 0.60 0.25 0.37 0.22 0.32 0.28 0.24
OP1 0.46 0.26 0.61 0.79 0.34 1.07 0.37 1.99 0.40 0.36 0.28 0.27 1.06 0.88 0.42 0.72 2.28 3.50 3.01 3.15
OP2 0.74 0.56 0.84 0.67 0.42 0.74 0.50 1.41 0.60 0.62 0.45 0.64 1.24 0.80 0.41 0.59 1.56 2.40 2.22 2.27
P 0.52 0.29 0.71 0.70 0.33 0.94 0.39 1.79 0.43 0.40 0.26 0.32 1.16 0.81 0.41 0.70 2.04 3.06 2.75 2.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.05 0.00 0.15 0.16 0.25 0.18
C2 0.02 0.00 0.13 0.36 0.01 0.42 0.01 0.67 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.34 0.01 0.28 0.42 0.41 0.46 0.49
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.04 0.02 0.13 0.09 0.16 0.02 0.09 0.24 0.00 0.03 0.04 0.00 0.32 0.33 0.28 0.30
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.21 0.01 0.48 0.03 0.55 0.13 0.26 0.71 0.02 0.01 0.21 0.01 0.29 0.27 0.18 0.21
C4 0.05 0.01 0.04 0.21 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.11 0.20 0.01 0.03 0.51 0.72 0.50 0.47
C4' 0.01 0.42 0.02 0.01 0.08 0.00 0.38 0.01 0.46 0.05 0.29 0.82 0.18 0.01 0.07 0.00 0.01 0.08 0.14 0.03
C5 0.04 0.01 0.13 0.48 0.01 0.38 0.00 0.55 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.43 0.03 0.21 1.09 1.38 1.08 1.09
C5' 0.04 0.67 0.09 0.03 0.06 0.01 0.55 0.00 0.63 0.04 0.51 1.31 0.08 0.09 0.07 0.01 0.01 0.08 0.26 0.01
C6 0.03 0.01 0.16 0.55 0.02 0.46 0.01 0.63 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.46 0.03 0.27 1.10 1.26 1.03 1.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.13 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.04 0.01 0.33 0.39 0.36 0.31
N3 0.03 0.01 0.09 0.26 0.00 0.29 0.01 0.51 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.26 0.01 0.17 0.22 0.22 0.33 0.32
O2 0.03 0.00 0.24 0.71 0.01 0.82 0.01 1.31 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.66 0.02 0.52 1.19 1.25 1.23 1.29
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.11 0.18 0.14 0.08 0.14 0.07 0.13 0.19 0.00 0.03 0.12 0.13 0.17 0.25 0.25 0.19
O3' 0.06 0.34 0.03 0.01 0.20 0.01 0.43 0.09 0.46 0.07 0.26 0.66 0.03 0.00 0.21 0.05 0.18 0.21 0.25 0.13
O4 0.05 0.01 0.04 0.21 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.04 0.01 0.02 0.12 0.21 0.00 0.03 0.50 0.75 0.48 0.46
O4' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.03 0.00 0.21 0.01 0.27 0.01 0.17 0.52 0.13 0.05 0.03 0.00 0.14 0.16 0.33 0.22
O5' 0.15 0.42 0.32 0.29 0.51 0.01 1.09 0.01 1.10 0.33 0.22 1.19 0.17 0.18 0.50 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.16 0.41 0.33 0.27 0.72 0.08 1.38 0.08 1.26 0.39 0.22 1.25 0.25 0.21 0.75 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.46 0.28 0.18 0.50 0.14 1.08 0.26 1.03 0.36 0.33 1.23 0.25 0.25 0.48 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.49 0.30 0.21 0.47 0.03 1.09 0.01 1.06 0.31 0.32 1.29 0.19 0.13 0.46 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00