ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55453

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.023, 0.042, 0.062, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.042 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.018, 0.038, 0.058, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.038 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.022, 0.043, 0.064, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.043 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.037 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.031, 0.052, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.052 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.013, 0.041, 0.070, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.041 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.042, 0.097, 0.153, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.056
C6 B 0, 0.225, 0.469, 0.714, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.469 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.352, 0.650, 0.949, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.650 std_dev=0.298
C4 B 0, 0.424, 0.805, 1.187, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.805 std_dev=0.382
N1 B 0, 0.063, 0.451, 0.838, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.451 std_dev=0.388
N3 B 0, 0.453, 0.875, 1.297, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.875 std_dev=0.422
C2 B 0, 0.362, 0.791, 1.221, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.791 std_dev=0.430
C1' B 0, 0.142, 0.619, 1.095, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.619 std_dev=0.476
O4 B 0, 0.512, 1.080, 1.647, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.080 std_dev=0.568
O2 B 0, 0.541, 1.147, 1.753, 1.990 max_d=1.990 avg_d=1.147 std_dev=0.606
C2' B 0, 0.043, 0.819, 1.595, 2.605 max_d=2.605 avg_d=0.819 std_dev=0.776
O4' B 0, 0.303, 1.097, 1.891, 2.498 max_d=2.498 avg_d=1.097 std_dev=0.794
O4' A 0, -0.242, 0.559, 1.361, 2.597 max_d=2.597 avg_d=0.559 std_dev=0.801
C2' A 0, -0.222, 0.593, 1.408, 2.617 max_d=2.617 avg_d=0.593 std_dev=0.815
O2' B 0, 0.238, 1.116, 1.994, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.116 std_dev=0.878
O2' A 0, -0.224, 0.703, 1.629, 2.965 max_d=2.965 avg_d=0.703 std_dev=0.926
C4' B 0, 0.175, 1.196, 2.216, 3.287 max_d=3.287 avg_d=1.196 std_dev=1.021
C4' A 0, -0.275, 0.823, 1.920, 3.594 max_d=3.594 avg_d=0.823 std_dev=1.097
C3' B 0, -0.130, 0.996, 2.122, 3.693 max_d=3.693 avg_d=0.996 std_dev=1.126
C3' A 0, -0.340, 0.920, 2.179, 4.051 max_d=4.051 avg_d=0.920 std_dev=1.260
O3' B 0, -0.299, 1.282, 2.863, 5.295 max_d=5.295 avg_d=1.282 std_dev=1.581
O3' A 0, -0.412, 1.319, 3.050, 5.563 max_d=5.563 avg_d=1.319 std_dev=1.731
C5' B 0, 0.180, 1.934, 3.688, 6.169 max_d=6.169 avg_d=1.934 std_dev=1.754
C5' A 0, -0.522, 1.458, 3.439, 6.481 max_d=6.481 avg_d=1.458 std_dev=1.981
O5' B 0, -0.647, 1.694, 4.036, 7.640 max_d=7.640 avg_d=1.694 std_dev=2.341
O5' A 0, -0.790, 1.623, 4.035, 7.861 max_d=7.861 avg_d=1.623 std_dev=2.412
P A 0, -0.625, 2.366, 5.357, 9.848 max_d=9.848 avg_d=2.366 std_dev=2.991
P B 0, -1.077, 1.967, 5.011, 9.802 max_d=9.802 avg_d=1.967 std_dev=3.044
OP2 A 0, -0.368, 2.700, 5.767, 9.485 max_d=9.485 avg_d=2.700 std_dev=3.067
OP2 B 0, -1.133, 2.054, 5.241, 10.267 max_d=10.267 avg_d=2.054 std_dev=3.187
OP1 B 0, -1.297, 2.323, 5.943, 11.682 max_d=11.682 avg_d=2.323 std_dev=3.620
OP1 A 0, -0.849, 2.828, 6.506, 12.170 max_d=12.170 avg_d=2.828 std_dev=3.677

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.01 0.12 0.62 0.30
C2 0.04 0.00 0.40 0.17 0.02 0.41 0.02 0.73 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.53 0.26 0.52 0.73 0.01 1.48 1.92 1.47
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.01 0.18 0.17 0.31 0.49 0.39 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.26 0.14 0.29 0.39 0.20
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.23 0.13 0.22 0.16 0.20 0.10 0.01 0.00 0.01 0.36 0.13 0.51 0.23 0.22
C4 0.01 0.02 0.20 0.07 0.00 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.22 0.13 0.27 0.29 0.01 0.58 1.15 0.70
C4' 0.01 0.41 0.02 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.09 0.32 0.27 0.53 0.40 0.23 0.06 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.13 0.53 0.17
C5 0.01 0.02 0.10 0.11 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.08 0.15 0.10 0.47 0.01 0.36 1.03 0.54
C5' 0.01 0.73 0.01 0.01 0.24 0.00 0.04 0.00 0.16 0.54 0.49 0.99 0.68 0.43 0.10 0.07 0.04 0.01 0.00 0.06 0.29 0.43 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.11 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.20 0.38 0.00 0.60 1.23 0.70
C8 0.01 0.03 0.17 0.23 0.01 0.32 0.01 0.54 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.28 0.22 0.29 0.99 0.02 0.71 0.89 0.76
N1 0.03 0.00 0.31 0.13 0.01 0.27 0.01 0.49 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.23 0.39 0.46 0.01 1.13 1.59 1.12
N2 0.07 0.01 0.49 0.22 0.03 0.53 0.03 0.99 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.70 0.34 0.63 1.09 0.02 2.05 2.34 1.93
N3 0.04 0.01 0.39 0.16 0.01 0.40 0.01 0.68 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.50 0.23 0.54 0.66 0.01 1.26 1.78 1.33
N7 0.01 0.02 0.08 0.20 0.01 0.23 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.19 0.21 0.17 0.93 0.02 0.63 1.08 0.76
N9 0.01 0.03 0.02 0.10 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.43 0.01 0.19 0.71 0.35
O2' 0.01 0.53 0.00 0.01 0.22 0.08 0.08 0.07 0.19 0.28 0.39 0.70 0.50 0.19 0.03 0.00 0.03 0.08 0.11 0.13 0.14 0.47 0.19
O3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.13 0.02 0.15 0.04 0.18 0.22 0.23 0.34 0.23 0.21 0.09 0.03 0.00 0.01 0.30 0.20 0.64 0.27 0.20
O4' 0.00 0.52 0.01 0.01 0.27 0.00 0.10 0.01 0.20 0.29 0.39 0.63 0.54 0.17 0.01 0.08 0.01 0.00 0.09 0.13 0.23 0.74 0.38
O5' 0.16 0.73 0.26 0.36 0.29 0.02 0.47 0.00 0.38 0.99 0.46 1.09 0.66 0.93 0.43 0.11 0.30 0.09 0.00 0.48 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.14 0.13 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.20 0.13 0.48 0.00 0.49 1.22 0.64
OP1 0.12 1.48 0.29 0.51 0.58 0.13 0.36 0.29 0.60 0.71 1.13 2.05 1.26 0.63 0.19 0.14 0.64 0.23 0.02 0.49 0.00 0.01 0.01
OP2 0.62 1.92 0.39 0.23 1.15 0.53 1.03 0.43 1.23 0.89 1.59 2.34 1.78 1.08 0.71 0.47 0.27 0.74 0.02 1.22 0.01 0.00 0.01
P 0.30 1.47 0.20 0.22 0.70 0.17 0.54 0.02 0.70 0.76 1.12 1.93 1.33 0.76 0.35 0.19 0.20 0.38 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.14 0.82 0.78 0.18 0.27 0.09 0.47 0.13 0.13 0.22 0.18 0.79 1.17 0.25 0.59 1.04 1.37 1.07 1.31
C2 0.25 0.22 0.25 0.76 0.17 0.41 0.16 0.78 0.09 0.16 0.18 0.29 0.11 0.94 0.20 0.17 0.34 0.49 0.91 0.52
C2' 0.76 0.71 0.13 0.20 0.54 1.00 0.53 1.34 0.58 0.68 0.63 0.81 0.16 0.40 0.50 1.39 1.92 2.27 1.87 2.20
C3' 0.63 0.88 0.12 0.07 0.75 0.79 0.59 1.20 0.55 0.67 0.90 1.06 0.20 0.54 0.78 1.18 1.91 2.46 2.25 2.45
C4 0.18 0.12 0.51 0.72 0.10 0.17 0.05 0.20 0.10 0.12 0.14 0.15 0.37 0.98 0.13 0.41 0.49 0.49 0.22 0.48
C4' 0.20 0.32 0.97 0.93 0.40 0.15 0.22 0.35 0.19 0.14 0.49 0.43 1.08 1.50 0.54 0.34 1.00 1.71 1.57 1.65
C5 0.21 0.12 0.40 0.59 0.09 0.18 0.13 0.23 0.18 0.18 0.08 0.09 0.29 0.80 0.09 0.36 0.51 0.42 0.21 0.43
C5' 0.43 0.40 1.16 1.22 0.55 0.53 0.36 0.17 0.39 0.30 0.65 0.51 1.32 1.86 0.75 0.07 0.57 1.38 1.48 1.36
C6 0.23 0.09 0.23 0.53 0.06 0.23 0.11 0.46 0.19 0.18 0.03 0.09 0.17 0.69 0.14 0.21 0.17 0.14 0.44 0.11
C8 0.24 0.18 0.61 0.60 0.22 0.29 0.18 0.40 0.20 0.21 0.20 0.16 0.57 0.88 0.27 0.55 1.07 1.22 1.06 1.22
N1 0.25 0.14 0.17 0.60 0.15 0.35 0.11 0.73 0.11 0.17 0.12 0.18 0.19 0.75 0.23 0.11 0.28 0.54 0.94 0.53
N2 0.35 0.29 0.22 0.81 0.24 0.60 0.26 1.16 0.20 0.25 0.23 0.37 0.28 0.96 0.27 0.23 0.85 1.03 1.50 1.07
N3 0.17 0.20 0.46 0.85 0.13 0.27 0.10 0.46 0.07 0.10 0.19 0.29 0.25 1.10 0.16 0.32 0.09 0.12 0.35 0.12
N7 0.24 0.19 0.48 0.55 0.20 0.25 0.22 0.27 0.23 0.23 0.17 0.16 0.42 0.77 0.21 0.46 0.86 0.87 0.71 0.89
N9 0.20 0.14 0.66 0.70 0.16 0.23 0.10 0.30 0.14 0.15 0.18 0.14 0.59 1.02 0.22 0.54 0.91 1.06 0.82 1.04
O2' 0.70 0.47 0.20 0.29 0.34 1.15 0.40 1.58 0.49 0.54 0.38 0.52 0.23 0.39 0.31 1.42 1.99 2.48 1.88 2.28
O3' 0.91 1.10 0.26 0.45 0.92 1.24 0.80 1.77 0.78 0.92 1.07 1.29 0.12 0.13 0.92 1.51 2.43 3.25 2.83 3.16
O4' 0.56 0.30 1.34 1.36 0.32 0.56 0.39 0.26 0.49 0.46 0.33 0.26 1.35 1.83 0.38 0.17 0.52 1.04 0.87 0.99
O5' 0.82 0.62 1.49 1.58 0.85 1.02 0.64 0.65 0.68 0.62 0.90 0.61 1.74 2.31 1.10 0.57 0.45 0.89 1.24 0.97
O6 0.24 0.11 0.19 0.44 0.13 0.23 0.18 0.48 0.24 0.20 0.11 0.09 0.21 0.57 0.21 0.19 0.18 0.24 0.51 0.19
OP1 1.62 0.95 2.15 2.31 1.04 2.01 1.21 1.74 1.45 1.30 1.01 0.83 2.40 2.89 1.15 1.49 1.30 0.66 1.05 0.76
OP2 1.54 0.95 2.05 2.26 1.26 1.82 1.39 1.64 1.53 1.34 1.07 0.66 2.15 2.69 1.43 1.34 0.84 0.53 0.28 0.26
P 1.54 0.82 2.15 2.34 0.94 1.87 1.09 1.53 1.33 1.22 0.86 0.63 2.36 2.98 1.07 1.33 0.87 0.17 0.60 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.17 0.07 0.42 0.22
C2 0.03 0.00 0.14 0.11 0.02 0.29 0.05 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.07 0.02 0.34 0.96 0.74 0.49 0.67
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.05 0.01 0.13 0.03 0.15 0.01 0.09 0.27 0.01 0.01 0.05 0.01 0.18 0.16 0.24 0.09
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.09 0.01 0.14 0.03 0.16 0.04 0.09 0.23 0.01 0.00 0.10 0.01 0.23 0.35 0.13 0.09
C4 0.03 0.02 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.14 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.10 0.01 0.04 0.46 0.17 0.19 0.18
C4' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.07 0.00 0.27 0.01 0.32 0.04 0.21 0.60 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.11 0.37 0.17
C5 0.01 0.05 0.13 0.14 0.00 0.27 0.00 0.51 0.00 0.02 0.02 0.06 0.18 0.12 0.02 0.23 0.13 0.54 0.87 0.59
C5' 0.03 0.41 0.03 0.03 0.14 0.01 0.51 0.00 0.57 0.09 0.29 0.91 0.04 0.03 0.13 0.01 0.01 0.29 0.31 0.02
C6 0.01 0.02 0.15 0.16 0.02 0.32 0.00 0.57 0.00 0.01 0.01 0.03 0.21 0.11 0.03 0.32 0.24 0.63 1.02 0.74
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.30 0.04 0.34 0.13
N3 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.21 0.02 0.29 0.01 0.02 0.00 0.03 0.13 0.09 0.02 0.24 0.91 0.69 0.53 0.66
O2 0.04 0.01 0.27 0.23 0.03 0.60 0.06 0.91 0.03 0.02 0.03 0.00 0.38 0.14 0.04 0.63 1.52 1.36 1.12 1.29
O2' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.04 0.03 0.18 0.04 0.21 0.02 0.13 0.38 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.07 0.35 0.23
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.02 0.12 0.03 0.11 0.04 0.09 0.14 0.01 0.00 0.11 0.02 0.16 0.46 0.09 0.14
O4 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.07 0.02 0.13 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.11 0.00 0.06 0.54 0.26 0.21 0.28
O4' 0.00 0.34 0.01 0.01 0.04 0.01 0.23 0.01 0.32 0.02 0.24 0.63 0.03 0.02 0.06 0.00 0.12 0.16 0.52 0.32
O5' 0.17 0.96 0.18 0.23 0.46 0.02 0.13 0.01 0.24 0.30 0.91 1.52 0.03 0.16 0.54 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.07 0.74 0.16 0.35 0.17 0.11 0.54 0.29 0.63 0.04 0.69 1.36 0.07 0.46 0.26 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.49 0.24 0.13 0.19 0.37 0.87 0.31 1.02 0.34 0.53 1.12 0.35 0.09 0.21 0.52 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.67 0.09 0.09 0.18 0.17 0.59 0.02 0.74 0.13 0.66 1.29 0.23 0.14 0.28 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00