ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55454

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.008, 0.030, 0.053, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.009, 0.033, 0.057, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.014, 0.045, 0.075, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.045 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.010, 0.057, 0.105, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.057 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.025, 0.098, 0.170, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.098 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.024, 0.147, 0.270, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.147 std_dev=0.123
C3' A 0, -0.004, 0.123, 0.250, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.123 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.053, 0.190, 0.328, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.190 std_dev=0.137
OP1 B 0, 0.086, 0.272, 0.458, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.272 std_dev=0.186
C5' A 0, 0.059, 0.270, 0.480, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.270 std_dev=0.210
P B 0, 0.087, 0.301, 0.515, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.301 std_dev=0.214
N1 B 0, 0.094, 0.327, 0.561, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.327 std_dev=0.234
C1' B 0, 0.096, 0.331, 0.567, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.331 std_dev=0.235
OP2 A 0, 0.095, 0.345, 0.595, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.345 std_dev=0.250
O2' B 0, 0.097, 0.347, 0.598, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.347 std_dev=0.251
C2' B 0, 0.084, 0.335, 0.586, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.335 std_dev=0.251
O5' A 0, 0.108, 0.362, 0.617, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.362 std_dev=0.254
C4 B 0, 0.118, 0.374, 0.630, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.374 std_dev=0.256
OP2 B 0, 0.023, 0.282, 0.541, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.282 std_dev=0.259
O5' B 0, 0.086, 0.350, 0.614, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.350 std_dev=0.264
C6 B 0, 0.120, 0.386, 0.653, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.386 std_dev=0.266
O4 B 0, 0.128, 0.405, 0.682, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.405 std_dev=0.277
C5 B 0, 0.127, 0.409, 0.690, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.409 std_dev=0.282
C3' B 0, 0.121, 0.407, 0.693, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.407 std_dev=0.286
P A 0, 0.103, 0.392, 0.681, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.392 std_dev=0.289
N3 B 0, 0.073, 0.364, 0.655, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.364 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.059, 0.351, 0.643, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.351 std_dev=0.292
O4' B 0, 0.122, 0.421, 0.719, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.421 std_dev=0.298
O3' A 0, 0.065, 0.380, 0.695, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.380 std_dev=0.315
C4' B 0, 0.127, 0.457, 0.786, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.457 std_dev=0.329
O3' B 0, 0.144, 0.480, 0.816, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.480 std_dev=0.336
O2 B 0, 0.023, 0.410, 0.796, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.410 std_dev=0.387
C5' B 0, 0.144, 0.575, 1.006, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.575 std_dev=0.431
OP1 A 0, 0.194, 0.636, 1.078, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.636 std_dev=0.442

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.09 0.06 0.01 0.00 0.02 0.18 0.00 0.12 0.02 0.17 0.10 0.13
C2 0.06 0.00 0.03 0.09 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.34 0.08 0.16 0.02 0.16 0.15 0.15
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.12 0.12 0.12
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.05 0.14 0.09 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.11 0.02 0.16 0.06 0.06
C4 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.23 0.02 0.16 0.01 0.17 0.14 0.15
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.04 0.12 0.08 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.17 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.17 0.01 0.16 0.01 0.14 0.13 0.13
C5' 0.05 0.09 0.09 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.07 0.12 0.09 0.10 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.10 0.16 0.06 0.01
C6 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01 0.16 0.00 0.13 0.13 0.12
C8 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.07 0.16 0.02 0.16 0.13 0.14
N1 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.29 0.05 0.16 0.01 0.15 0.14 0.14
N2 0.09 0.00 0.05 0.14 0.01 0.12 0.02 0.12 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.41 0.11 0.18 0.04 0.17 0.16 0.16
N3 0.06 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.33 0.08 0.17 0.01 0.18 0.15 0.16
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.06 0.16 0.02 0.14 0.12 0.12
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.15 0.01 0.16 0.01 0.17 0.14 0.16
O2' 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.03 0.00 0.15 0.03 0.09 0.06 0.14 0.13 0.15
O3' 0.18 0.34 0.09 0.01 0.23 0.02 0.17 0.06 0.21 0.07 0.29 0.41 0.33 0.09 0.15 0.15 0.00 0.14 0.12 0.19 0.15 0.20 0.11
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.11 0.08 0.06 0.01 0.03 0.14 0.00 0.10 0.02 0.22 0.06 0.11
O5' 0.12 0.16 0.08 0.11 0.16 0.02 0.16 0.01 0.16 0.16 0.16 0.18 0.17 0.16 0.16 0.09 0.12 0.10 0.00 0.17 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.19 0.02 0.17 0.00 0.13 0.13 0.12
OP1 0.17 0.16 0.12 0.16 0.17 0.17 0.14 0.16 0.13 0.16 0.15 0.17 0.18 0.14 0.17 0.14 0.15 0.22 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.15 0.12 0.06 0.14 0.06 0.13 0.06 0.13 0.13 0.14 0.16 0.15 0.12 0.14 0.13 0.20 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.15 0.12 0.06 0.15 0.03 0.13 0.01 0.12 0.14 0.14 0.16 0.16 0.12 0.16 0.15 0.11 0.11 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.12 0.21 0.16 0.21 0.17 0.34 0.18 0.32 0.19 0.13 0.14 0.22 0.18 0.23 0.22 0.13 0.08 0.05 0.06
C2 0.17 0.11 0.20 0.14 0.18 0.13 0.27 0.07 0.24 0.17 0.09 0.10 0.22 0.15 0.19 0.16 0.04 0.11 0.15 0.08
C2' 0.19 0.12 0.21 0.19 0.18 0.18 0.27 0.18 0.27 0.17 0.13 0.13 0.22 0.21 0.19 0.23 0.14 0.08 0.05 0.06
C3' 0.13 0.13 0.11 0.09 0.17 0.16 0.25 0.24 0.21 0.13 0.13 0.19 0.10 0.07 0.19 0.21 0.18 0.08 0.10 0.11
C4 0.18 0.09 0.21 0.14 0.20 0.13 0.32 0.09 0.29 0.18 0.10 0.10 0.23 0.16 0.21 0.17 0.05 0.12 0.15 0.08
C4' 0.10 0.12 0.13 0.09 0.14 0.13 0.24 0.22 0.21 0.09 0.10 0.22 0.15 0.08 0.17 0.16 0.15 0.07 0.08 0.09
C5 0.15 0.07 0.18 0.09 0.16 0.09 0.25 0.05 0.23 0.14 0.09 0.12 0.21 0.11 0.20 0.13 0.05 0.13 0.19 0.11
C5' 0.08 0.10 0.14 0.08 0.10 0.11 0.21 0.22 0.19 0.05 0.07 0.23 0.17 0.09 0.13 0.12 0.13 0.10 0.09 0.10
C6 0.14 0.07 0.16 0.07 0.10 0.08 0.18 0.03 0.17 0.13 0.04 0.10 0.19 0.09 0.15 0.11 0.06 0.14 0.21 0.12
C8 0.17 0.12 0.21 0.14 0.19 0.14 0.28 0.14 0.28 0.17 0.15 0.17 0.24 0.15 0.20 0.18 0.09 0.12 0.15 0.09
N1 0.16 0.10 0.18 0.10 0.14 0.10 0.21 0.05 0.20 0.15 0.06 0.10 0.20 0.12 0.16 0.13 0.04 0.13 0.19 0.11
N2 0.18 0.13 0.21 0.15 0.18 0.14 0.26 0.10 0.23 0.18 0.11 0.11 0.22 0.17 0.18 0.17 0.07 0.10 0.11 0.07
N3 0.19 0.11 0.22 0.16 0.20 0.14 0.32 0.10 0.28 0.19 0.09 0.10 0.23 0.18 0.21 0.18 0.06 0.11 0.12 0.06
N7 0.14 0.11 0.17 0.09 0.17 0.09 0.23 0.08 0.23 0.13 0.15 0.17 0.21 0.10 0.20 0.13 0.07 0.13 0.19 0.11
N9 0.19 0.10 0.22 0.16 0.20 0.15 0.32 0.14 0.31 0.18 0.12 0.13 0.24 0.17 0.21 0.20 0.08 0.11 0.12 0.07
O2' 0.29 0.22 0.31 0.28 0.24 0.25 0.33 0.19 0.34 0.28 0.20 0.20 0.31 0.28 0.22 0.30 0.20 0.09 0.04 0.09
O3' 0.17 0.17 0.12 0.10 0.33 0.19 0.40 0.30 0.32 0.20 0.22 0.16 0.11 0.07 0.37 0.25 0.23 0.23 0.19 0.18
O4' 0.13 0.13 0.14 0.13 0.18 0.16 0.29 0.23 0.26 0.13 0.13 0.22 0.15 0.12 0.20 0.19 0.15 0.08 0.05 0.08
O5' 0.07 0.10 0.15 0.05 0.08 0.13 0.19 0.26 0.17 0.04 0.04 0.22 0.19 0.02 0.11 0.10 0.14 0.20 0.12 0.14
O6 0.14 0.09 0.14 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.12 0.11 0.08 0.13 0.18 0.06 0.11 0.10 0.09 0.16 0.23 0.14
OP1 0.18 0.07 0.21 0.04 0.14 0.06 0.22 0.05 0.22 0.12 0.05 0.20 0.35 0.00 0.16 0.11 0.05 0.14 0.13 0.09
OP2 0.02 0.07 0.06 0.04 0.11 0.10 0.18 0.19 0.16 0.05 0.07 0.18 0.11 0.03 0.13 0.07 0.05 0.09 0.05 0.04
P 0.06 0.07 0.11 0.01 0.11 0.04 0.19 0.13 0.18 0.05 0.06 0.19 0.18 0.00 0.13 0.02 0.04 0.12 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.01 0.05 0.07 0.08 0.14 0.08
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.06 0.19 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.06 0.03
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.03 0.07 0.15 0.02 0.00 0.08 0.02 0.06 0.12 0.08 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.01 0.12 0.15 0.21 0.15
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C5 0.00 0.01 0.09 0.11 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.03 0.13 0.17 0.22 0.17
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.04 0.12 0.14 0.18 0.15
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.09 0.14 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01 0.04 0.10 0.11 0.17 0.11
O2 0.03 0.00 0.19 0.15 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.20 0.02 0.07 0.06 0.06 0.13 0.06
O2' 0.03 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.20 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.02
O3' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.09 0.02 0.14 0.01 0.13 0.03 0.09 0.20 0.03 0.00 0.10 0.02 0.10 0.20 0.14 0.14
O4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.13 0.17 0.23 0.16
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.10 0.10 0.13 0.12
O5' 0.06 0.07 0.03 0.06 0.12 0.02 0.13 0.01 0.12 0.08 0.10 0.06 0.02 0.10 0.13 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.08 0.08 0.12 0.15 0.04 0.17 0.03 0.14 0.09 0.11 0.06 0.07 0.20 0.17 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.14 0.06 0.08 0.21 0.02 0.22 0.02 0.18 0.14 0.17 0.13 0.05 0.14 0.23 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.03 0.08 0.15 0.02 0.17 0.01 0.15 0.10 0.11 0.06 0.02 0.14 0.16 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00